检索结果-内蒙古大学图书馆

基于转录组和单细胞测序数据分析CALU与肝细胞癌患者预后的关系及其作用机制

吉林大学学报(医学版) 2025年第2期51卷 447-459页

作者：王小燕李雪莲梁斌田文斐马海林莫之婧桂林医学院智能医学与生物技术学院实验教学中心桂林医学院广西高校分子医学工程重点实验室桂林医学院智能医学与生物技术学院生物化学教研室

目的:通过生物信息学方法分析人钙腔蛋白（CALU）的表达水平与肝细胞癌（HCC）预后之间的关系,构建HCC预后列线图,并阐明其可能的作用机制。方法:从癌症基因组数据库（TCGA）下载374例HCC组织样本数据,从基因型组织表达数据库（GTEx）下... 详细信息

目的:通过生物信息学方法分析人钙腔蛋白（CALU）的表达水平与肝细胞癌（HCC）预后之间的关系,构建HCC预后列线图,并阐明其可能的作用机制。方法:从癌症基因组数据库（TCGA）下载374例HCC组织样本数据,从基因型组织表达数据库（GTEx）下载160例正常组织样本数据。采用配对样本t检验分析在HCC组织样本和配对癌旁正常组织样本中CALU的表达差异,并采用人类蛋白图谱数据库（HPA）进行验证。采用DESeq2包对CALU低和高表达组HCC组织样本进行差异表达基因（DEGs）鉴定,采用pROC包进行受试者工作特征（ROC）曲线分析,采用单因素和多因素Cox回归分析确定CALU在不同临床病理特征HCC患者中的预后价值,采用ggplot2包绘制森林图,采用rms包和survival包构建列线图及校准图,分析CALU用于区分HCC组织与正常组织的诊断价值。采用Kaplan-Meier Plotter数据库数据对CALU与HCC患者预后的关系进行验证。采用GSE14520数据集中216例HCC样本基因转录表达数据对列线图预测准确性进行验证。采用基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）对DEGs进行功能及通路富集分析,采用基因集富集分析（GSEA）获得DEGs显著富集的基因集。采用GSE149614中10例HCC组织样本和8例癌旁正常组织样本单细胞测序数据对CALU与HCC患者预后关系及其作用机制进行验证。结果:与正常组织比较,HCC组织中CALU mRNA表达水平明显升高（P<0.001）,HCC组织中CALU蛋白表达量升高。在HCC样本的CALU低表达组和CALU高表达组共发现928个DEGs,包括784个上调DEGs和144个下调DEGs。ROC分析,CALU用于区分癌和癌旁组织具有较高的诊断价值,ROC曲线下面积（AUC）为0.839。生存分析,CALU高表达组HCC患者生存率明显低于CALU低表达组（P<0.001）。单因素和多因素Cox回归分析确定CALU高表达是HCC患者预后的独立危险因素,并构建预后预测列线图。GSE14520数据集数据证实CALU可用于预测HCC预后。GO功能富集分析,上述DEGs主要富集于细胞氧化应激、铁死亡和铜死亡等方面（P<0.05）;KEGG通路分析,DEGs富集的通路主要有细胞外基质（ECM）受体互作、亚油酸代谢和神经活性配体受体互作（P<0.05）。GSEA分析,CALU高表达激活细胞周期G1期到S期、泛素化蛋白聚合反应和HCC进展,CALU低表达则促进HCC细胞氧化应激、铁死亡和铜死亡。单细胞测序分析,CALU mRNA在较高的肿瘤分期HCC细胞亚群中表达水平更高,CALU高表达HCC细胞亚群主要与泛素化、p53和细胞周期有关（P<0.01）,CALU低表达HCC细胞亚群主要与细胞氧化应激、铁死亡和组蛋白绑定有关（P<0.01）。结论:CALU高表达可能与HCC患者预后不良存在关联,构建的HCC预后列线图预测患者生存率效果较好。上调CALU可能通过调节细胞周期G1期到S期和蛋白泛素化以促进HCC进展,而下调CALU可能通过诱导HCC细胞氧化应激、铁死亡和铜死亡从而抑制HCC进展。

关键词：人钙腔蛋白肝细胞癌生物信息学单细胞测序分析癌症预后

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硝苯地平促进肝癌细胞Huh-7自噬小体形成并上调Beclin1的表达

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中国药理学通报 2022年第2期38卷 228-233页

作者：周程汪光亮潘光玉廖洪涛袁树民谭宁桂林医学院研究生院广西桂林541000 桂林医学院基础医学院组织与胚胎学教研室广西桂林541000 桂林医学院生物技术学院生物医学工程教研室广西桂林541000 桂林医学院基础医学院免疫学教研室广西桂林541000 桂林医学院基础医学院微生物学教研室广西桂林541000

目的探讨硝苯地平对肝癌细胞Huh-7自噬小体形成及其可能机制。方法以不同浓度的硝苯地平体外干预Huh-7细胞,通过细胞增殖实验和克隆形成实验,检测硝苯地平对Huh-7细胞增殖的影响;Western blot实验检测Huh-7细胞自噬相关蛋白Beclin1、LC... 详细信息

目的探讨硝苯地平对肝癌细胞Huh-7自噬小体形成及其可能机制。方法以不同浓度的硝苯地平体外干预Huh-7细胞,通过细胞增殖实验和克隆形成实验,检测硝苯地平对Huh-7细胞增殖的影响;Western blot实验检测Huh-7细胞自噬相关蛋白Beclin1、LC3B-Ⅱ的表达变化。运用激光共聚焦显微成像技术,观测硝苯地平对Huh-7细胞自噬小体形成的作用。结果硝苯地平可明显抑制Huh-7细胞的增殖,并呈时间和浓度依赖关系,2 d时硝苯地平的IC_(50)为22.7 mg·L^(-1);浓度为25 mg·L^(-1)的硝苯地平作用使Huh-7细胞的克隆形成率较对照组明显降低,克隆形成的抑制率结果为(95.46±0.45)%;Western blot结果提示,硝苯地平明显上调Beclin1、LC3B-Ⅱ蛋白表达水平;激光共聚焦显微镜影像结果显示,硝苯地平可以促进GFP-LC3B的聚集,提示硝苯地平明显诱导Huh-7细胞自噬小体形成。结论硝苯地平明显抑制肝癌细胞Huh-7增殖,并促进Huh-7细胞自噬小体形成,其机制可能与上调Beclin1蛋白的表达有关。

关键词：硝苯地平肝癌自噬自噬小体 Beclin1 LC3B-Ⅱ

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COMMD7在脑低级别胶质瘤发生发展中作用机制的生物信息学分析

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吉林大学学报（医学版） 2023年第2期49卷 414-424页

作者：王小燕胡溢洪韩语诚邹先琼桂林医学院智能医学与生物技术学院实验教学中心广西桂林541199 广西高校生物化学与分子生物学重点实验室广西桂林541199 桂林医学院智能医学与生物技术学院生物医学工程教研室广西桂林541199

目的:通过生物信息学方法分析COMM域包含蛋白质7 (COMMD7)的表达水平与脑低级别胶质瘤(LGG)患者预后之间的关系,以期寻找脑LGG新的潜在生物标志物,并建立预后预测模型,为患者预后预测及个性化治疗提供依据。方法:从UCSC基因组数据库下载... 详细信息

目的:通过生物信息学方法分析COMM域包含蛋白质7 (COMMD7)的表达水平与脑低级别胶质瘤(LGG)患者预后之间的关系,以期寻找脑LGG新的潜在生物标志物,并建立预后预测模型,为患者预后预测及个性化治疗提供依据。方法:从UCSC基因组数据库下载523个脑LGG样本和1 152正常样本的数据。采用Mann-Whitney U检验分析COMMD7在脑LGG样本和正常样本中的表达差异,并采用人类蛋白图谱(HPA)数据库进行验证。使用R语言的DESeq软件包对COMMD7低表达组和COMMD7高表达组脑LGG样本进行差异表达基因(DEGs)鉴定,采用R语言的pROC软件包进行受试者工作特征(ROC)曲线分析,采用单因素和多因素Cox回归分析COMMD7表达与脑LGG患者临床病理特征的关系及对脑LGG患者1、3和5年生存率的影响,采用R语言的ggplot2软件包构建森林图,采用R语言的RMS软件包和Survival软件包构建列线图和Calibration预测模型,采用比例风险回归模型分析COMMD7用于区分脑LGG样本和正常样本的诊断价值。采用GEPIA数据库及Oncolnc数据库进一步验证COMMD7与脑LGG患者预后的关系。使用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能和通路富集分析,使用基因集富集分析(GSEA)获得DEGs显著富集的基因集,采用TISIDB数据库分析COMMD7表达与脑LGG患者免疫细胞浸润之间的相关性。结果:COMMD7在脑LGG样本中表达明显上调,HPA检测结果显示COMMD7在脑LGG样本中高表达。分析得到了764个DEGs (|log_(2)FC|>1,P<0.05),包括654个上调和110个下调DEGs。基于多因素分析的预测模型显示COMMD7是一个独立的预后因素。ROC分析,COMMD7用于区分癌组织和癌旁组织具有较高的诊断价值[ROC曲线下面积(AUC)=0.835,95%CI:0.816~0.853]。Cox回归分析,COMMD7高表达组脑LGG患者生存率明显低于COMMD7低表达组,COMMD7高表达与LGG患者的预后不良呈明显正相关关系(P<0.001)。GEPIA数据库514个脑LGG样本分析和Oncolnc数据库510个脑LGG样本分析,COMMD7高表达组脑LGG患者的生存率明显低于COMMD7低表达组(P=0.003,P=0.006);GO功能富集分析,上述DEGs主要富集于DNA结合转录激活子活性、RNA聚合酶Ⅱ特异性、增强子序列特异性DNA结合和增强子绑定等方面;KEGG通路分析,DEGs仅富集于癌症中的转录失调通路。GSEA分析,DEGs主要富集于与KEGG数据库中细胞周期(N=1.950,P=0.012)、World press (WP)数据库中细胞周期(N=1.944,P=0.012)和G_(2)/M检查点(N=2.118, P=0.0012)和G_(2)/M DNA损伤检查点(N=1.879,P=0.012)密切相关的基因集,COMMD7高表达与肿瘤密切相关的p53稳定有关(N=1.793,P=0.012),可以激活p53下游通路(N=1.782, P=0.012)和p53信号通路(N=1.762,P=0.012),激活Tp53调控细胞周期基因的转录(N=1.766, P=0.018)。免疫浸润分析,COMMD7表达与活化的CD8+T淋巴细胞、中枢记忆CD8+T淋巴细胞和CD56^(bright)自然杀伤细胞等15种细胞数量呈明显正相关关系(P<0.05),与吲哚胺2, 3-加双氧酶1 (IDO1)、半乳凝素9(LGALS9)和CD244等11个关键的免疫检查点呈明显正相关关系(P<0.05),与CD274 (PD-L1)、激酶插入区域受体(KDR)和带有Ig及ITIM结构域的T淋巴细胞免疫受体(TIGIT)呈明显负相关关系(P<0.05),与CD40、CD276和CD48等8个关键的免疫刺激因子及C-C基序趋化因子配体2(CCL2)、C-C基序趋化因子配体5 (CCL5)和C-X-C基序趋化因子配体9 (CXCL9)等7个免疫趋化因子呈明显正相关关系(P<0.05)。结论:COMMD7的高表达可能是脑LGG患者不良预后的因素、潜在生物标志物和治疗靶点,通过调节癌症中的转录失调通路,激活p53信号通路和p53下游通路相关基因的失调促进脑LGG发生发展。COMMD7可能在LGG患者免疫检查点抑制剂治疗中发挥关键作用。

关键词： COMM域包含蛋白质7 脑低级别胶质瘤生物信息学预后免疫浸润

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力学刺激下骨细胞和骨组织分泌因子对乳腺癌和甲状腺癌细胞增殖、迁移和凋亡的影响

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医用生物力学 2024年第S1期39卷 613-613页

作者：祝英文刘洪杏李亚楠胡婷婷韩标郭勇桂林医学院智能医学与生物技术学院生物医学工程教研室(实验室)桂林541199

目的探讨力学刺激下,骨细胞和骨组织分泌因子对MCF-7乳腺癌细胞和TPC-1甲状腺癌细胞的增殖、迁移和凋亡的影响。方法运用小鼠跑台训练的方式建立小鼠运动模型,同时利用四点弯曲加载装置给予体外培养MLO-Y4骨细胞力学刺激,收集小鼠胫骨... 详细信息

目的探讨力学刺激下,骨细胞和骨组织分泌因子对MCF-7乳腺癌细胞和TPC-1甲状腺癌细胞的增殖、迁移和凋亡的影响。方法运用小鼠跑台训练的方式建立小鼠运动模型,同时利用四点弯曲加载装置给予体外培养MLO-Y4骨细胞力学刺激,收集小鼠胫骨股骨的骨组织培养液和骨细胞MLO-Y4培养上清液,培养MCF-7细胞和TPC-1细胞。MTT检测细胞增殖,细胞划痕检测细胞的迁移能力,Hoechst33342/PI双染色检测细胞凋亡,蛋白免疫印迹法检测凋亡相关蛋白的表达。结果力学刺激骨细胞上清液和经过跑步锻炼的小鼠骨组织培养液,抑制MCF-7细胞和TPC-1细胞的增殖和迁移,促进以上癌细胞的凋亡,并上调了Bax蛋白的表达,下调Bcl-2蛋白的表达。结论力学刺激后的MLO-Y4骨细胞上清液和骨组织培养液中的分泌因子抑制MCF-7细胞和TPC-1细胞的增殖和迁移,促进MCF-7细胞和TPC-1细胞的凋亡。

关键词：力学刺激分泌因子凋亡相关蛋白细胞上清液 Bax蛋白骨细胞跑台训练骨组织

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跑台运动小鼠骨组织外泌体微小RNA表达谱及其生物信息学分析

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医用生物力学 2024年第S1期39卷 612-612页

作者：于浩洋祝英文李亚楠韩健韩标郭勇桂林医学院智能医学与生物技术学院生物医学工程教研室(实验室)桂林541199 桂林医学院第二附属医院骨科桂林541100

目的对小鼠进行跑台锻炼,提取其骨组织外泌体,进行外泌体微小RNA(mi RNA)测序,筛选差异表达mi RNA,并进行生物信息学分析。方法利用跑台使小鼠进行跑步锻炼后,检测骨组织的生化指标,micro-CT及荧光标记法检测骨生长情况。超速离心法提... 详细信息

目的对小鼠进行跑台锻炼,提取其骨组织外泌体,进行外泌体微小RNA(mi RNA)测序,筛选差异表达mi RNA,并进行生物信息学分析。方法利用跑台使小鼠进行跑步锻炼后,检测骨组织的生化指标,micro-CT及荧光标记法检测骨生长情况。超速离心法提取骨组织中的外泌体,对外泌体mi RNA进行高通量测序,筛选差异表达的mi RNA,根据差异表达mi RNA的靶基因,进行GO分析和KEGG分析,并以定量PCR验证成骨分化mi RNA。结果跑台锻炼提高骨组织的Ⅰ型胶原和骨钙素m RNA的表达,促进骨形成;成功提取小鼠骨组织外泌体,跑台锻炼小鼠骨组织外泌体中差异表达的mi RNA的靶基因参与成骨、轴突生成、神经发育、肌肉发育、细胞生长调节和染色质修饰等生物功能,并参与MAPK、PI3K-AKT、黏着斑和破骨分化等信号通路;荧光定量PCR检测,发现骨组织外泌体中mi R-2137显著上调,mi R-29b-3p和mi R-615-5p显著下调。结论跑台锻炼小鼠骨组织外泌体中的mi RNA参与成骨分化和骨形成等多种生理活动,本研究为探讨力学刺激下骨组织外泌体mi RNA通过旁分泌途径影响成骨和其他生理活动奠定基础。

关键词：骨组织成骨分化 Ⅰ型胶原神经发育外泌体超速离心法肌肉发育跑台运动

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抗癌药物索拉非尼体外抗多房棘球蚴的效果评价（英文）

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中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2017年第5期35卷 417-422页

作者：党志胜奥祐三郎周晓农胡薇张颋陈军虎徐斌赵玉敏肖宁中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所世界卫生组织热带病合作中心科技部国家级热带病国际联合研究中心卫生部寄生虫病原与媒介生物学重点实验室上海200025 日本鸟取大学农学部兽医学院寄生虫学教研室复旦大学生命科学院微生物学与微生物工程系上海200433 桂林医学院生物技术学院生物医学工程系桂林541004

目的对抗癌药物索拉非尼体外抗多房棘球蚴的效果进行评价。方法从感染小鼠体内收集多房棘球蚴小囊泡,加入预先接种大鼠肝细胞的DMEM培养液(含10%胎牛血清、100 U/m L青霉素、100 mg/L链霉素)中,37℃、5% CO_2培养2~3个月后,选取直径2~4... 详细信息

目的对抗癌药物索拉非尼体外抗多房棘球蚴的效果进行评价。方法从感染小鼠体内收集多房棘球蚴小囊泡,加入预先接种大鼠肝细胞的DMEM培养液(含10%胎牛血清、100 U/m L青霉素、100 mg/L链霉素)中,37℃、5% CO_2培养2~3个月后,选取直径2~4 mm的完整包囊用于药物效果评价实验。实验分阿苯达唑组(阳性对照),阿苯达唑终浓度分别为10μmol/L和30μmol/L;索拉非尼组(实验组),索拉非尼终浓度分别为10μmol/L和30μmol/L;DMSO组(溶剂对照组),加DMSO(1︰9溶于PBS中);PBS组(阴性对照),仅加PBS。每孔取25~30个包囊,每个浓度设3个重复。药物处理48、72、96、120、144和168 h后,光学显微镜和扫描电镜观察包囊形态结构变化,计算包囊抑制率,对其体外抗棘球蚴效果进行评价。结果10、30μmol/L索拉非尼处理48、72、96、120、144和168 h后,包囊的抑制率分别为6.6%、42.4%、68.5%、77.4%、84.0%、89.5%和7.1%、45.6%、70.9%、82.6%、84.0%、89.9%。10、30μmol/L阿苯达唑在每个时间点的包囊抑制率分别为2.6%、6.6%、21.4%、47.8%、59.9%、70.6%和3.8%、12.7%、27.0%、51.4%、54.0%、73.0%。DMSO和PBS对包囊没有明显的抑制效果。索拉非尼的抑制效果均高于阿苯达唑,从处理后72 h起,索拉非尼和阿苯达唑的抑制率差异有统计学意义(P<0.05)。光学显微镜观察表明,索拉非尼处理后,包囊向内部陷塌,形成"日全食"状;扫描电镜观察发现,索拉非尼处理后,包囊内部生发层细胞脱落,完全失去活性。结论索拉非尼显示出较高的包囊抑制效果,是棘球蚴病治疗的潜在药物。

关键词：多房棘球蚴病生发层索拉非尼

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医学院校'生物医学工程概论'研究生课程及教材

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科教导刊-电子版（上旬） 2020年第2期 151-151页

作者：郭勇韩标潘光玉刘超桂林医学院生物技术学院生物医学工程教研室广西·桂林 541001

随着生物医学工程教育的发展,尤其是医学院校生物医学工程硕士点的建立,对'生物医学工程概论'的教学提出更高要求,也需要新的教材出现.本论文在调研国内外生物医学工程学科专业以及'生物医学工程概论'教学现状和进展的... 详细信息

随着生物医学工程教育的发展,尤其是医学院校生物医学工程硕士点的建立,对'生物医学工程概论'的教学提出更高要求,也需要新的教材出现.本论文在调研国内外生物医学工程学科专业以及'生物医学工程概论'教学现状和进展的基础上,结合普通二本医学院校的教学科研水平以及生源情况,探讨了'生物医学工程概论'研究生课程及教材建设策略.

关键词：医学院生物医学工程概论研究生课程

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