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吉林大学学报（医学版） 2024年第1期50卷 168-177页

作者：王小燕张豪郭泽皓曹骏莫之婧桂林医学院智能医学与生物技术学院实验教学中心广西桂林541199 桂林医学院广西高校生物化学与分子生物学重点实验室广西桂林541199 桂林医学院智能医学与生物技术学院生物化学教研室广西桂林541199

目的:筛选泛素结合酶E2S (UBE2S)互作蛋白并构建肝细胞癌(HCC)基于UBE2S互作蛋白的预后模型(UIPM),分析UIPM评估HCC患者预后的价值。方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)技术筛选与Flag-UBE2S结合的蛋白复合体,经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶... 详细信息

目的:筛选泛素结合酶E2S (UBE2S)互作蛋白并构建肝细胞癌(HCC)基于UBE2S互作蛋白的预后模型(UIPM),分析UIPM评估HCC患者预后的价值。方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)技术筛选与Flag-UBE2S结合的蛋白复合体,经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDSPAGE)和Western blotting法验证后,采用液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)分析鉴定UBE2S互作蛋白,并对互作蛋白进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。采用R软件survival包筛选癌症基因组图谱(TGGA)中HCC预后相关蛋白与UBE2S互作蛋白取交集,通过LASSO回归分析从交集蛋白中获取关键蛋白构建UIPM,并建立预后模型风险评分公式,按照风险评分的中位值将TGGA中HCC患者分为高风险组和低风险组,通过受试者工作特征曲线(ROC)评估UIPM的预测准确性,并采用国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库对UIPM预测准确性进行再次验证。采用单因素和多因素Cox回归分析评估UIPM风险评分是否为HCC的预后独立危险因素,并进一步构建列线图模型。结果:Co-IP联合LC-MS分析得到97个UBE2S互作蛋白。GO功能和KEGG信号通路富集分析,互作蛋白主要与半胱氨酸型内肽酶活性、氧化应激和细胞死亡有密切关联。TCGA筛选出5 163个HCC预后相关蛋白,与UBE2S互作蛋白取交集,获得40个预后相关互作蛋白,LASSO回归分析得到7个关键蛋白,包括UBE2S、热休克蛋白家族A成员8(HSPA8)、异质性胞核核糖核蛋白H1(HNRNPH1)、含TCP1伴侣蛋白亚基3 (CCT3)、真核翻译起始因子2亚基1 (EIF2S1)、活化蛋白C激酶1受体(RACK1)和肌动蛋白相关蛋白2/3复合体亚基4(ARPC4),并构建了UIPM,高和低风险组HCC患者生存率存比较差异有统计学意义(P<0.05)。ROC曲线,UIPM预测HCC患者1、2和3年UIPM风险评分的ROC曲线下面积(AUC)值均大于0.7,表明预测模型准确度较高。ICGC数据库数据也证实UIPM预测准确度较高。单因素和多因素Cox回归分析,UIPM风险评分是HCC患者的独立预后危险因素(P<0.05)。列线图预测HCC患者生存率与实际生存率之间有较好的一致性。结论:97个互作蛋白与UBE2S相互作用,可能通过氧化应激和铁死亡相关通路的失调促进HCC发生发展。UIPM风险评分是HCC预后的独立危险因素,可以用于预测HCC患者预后。而UBE2S、HSPA8、HNRNPH1、CCT3、EIF2S1、RACK1和ARPC4有望成为HCC新的生物标志物和治疗靶点。

关键词：泛素结合酶E2S 肝细胞癌免疫共沉淀液相色谱-质谱联用仪预后分析

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COMMD7在脑低级别胶质瘤发生发展中作用机制的生物信息学分析

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吉林大学学报（医学版） 2023年第2期49卷 414-424页

作者：王小燕胡溢洪韩语诚邹先琼桂林医学院智能医学与生物技术学院实验教学中心广西桂林541199 广西高校生物化学与分子生物学重点实验室广西桂林541199 桂林医学院智能医学与生物技术学院生物医学工程教研室广西桂林541199

目的:通过生物信息学方法分析COMM域包含蛋白质7 (COMMD7)的表达水平与脑低级别胶质瘤(LGG)患者预后之间的关系,以期寻找脑LGG新的潜在生物标志物,并建立预后预测模型,为患者预后预测及个性化治疗提供依据。方法:从UCSC基因组数据库下载... 详细信息

目的:通过生物信息学方法分析COMM域包含蛋白质7 (COMMD7)的表达水平与脑低级别胶质瘤(LGG)患者预后之间的关系,以期寻找脑LGG新的潜在生物标志物,并建立预后预测模型,为患者预后预测及个性化治疗提供依据。方法:从UCSC基因组数据库下载523个脑LGG样本和1 152正常样本的数据。采用Mann-Whitney U检验分析COMMD7在脑LGG样本和正常样本中的表达差异,并采用人类蛋白图谱(HPA)数据库进行验证。使用R语言的DESeq软件包对COMMD7低表达组和COMMD7高表达组脑LGG样本进行差异表达基因(DEGs)鉴定,采用R语言的pROC软件包进行受试者工作特征(ROC)曲线分析,采用单因素和多因素Cox回归分析COMMD7表达与脑LGG患者临床病理特征的关系及对脑LGG患者1、3和5年生存率的影响,采用R语言的ggplot2软件包构建森林图,采用R语言的RMS软件包和Survival软件包构建列线图和Calibration预测模型,采用比例风险回归模型分析COMMD7用于区分脑LGG样本和正常样本的诊断价值。采用GEPIA数据库及Oncolnc数据库进一步验证COMMD7与脑LGG患者预后的关系。使用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能和通路富集分析,使用基因集富集分析(GSEA)获得DEGs显著富集的基因集,采用TISIDB数据库分析COMMD7表达与脑LGG患者免疫细胞浸润之间的相关性。结果:COMMD7在脑LGG样本中表达明显上调,HPA检测结果显示COMMD7在脑LGG样本中高表达。分析得到了764个DEGs (|log_(2)FC|>1,P<0.05),包括654个上调和110个下调DEGs。基于多因素分析的预测模型显示COMMD7是一个独立的预后因素。ROC分析,COMMD7用于区分癌组织和癌旁组织具有较高的诊断价值[ROC曲线下面积(AUC)=0.835,95%CI:0.816~0.853]。Cox回归分析,COMMD7高表达组脑LGG患者生存率明显低于COMMD7低表达组,COMMD7高表达与LGG患者的预后不良呈明显正相关关系(P<0.001)。GEPIA数据库514个脑LGG样本分析和Oncolnc数据库510个脑LGG样本分析,COMMD7高表达组脑LGG患者的生存率明显低于COMMD7低表达组(P=0.003,P=0.006);GO功能富集分析,上述DEGs主要富集于DNA结合转录激活子活性、RNA聚合酶Ⅱ特异性、增强子序列特异性DNA结合和增强子绑定等方面;KEGG通路分析,DEGs仅富集于癌症中的转录失调通路。GSEA分析,DEGs主要富集于与KEGG数据库中细胞周期(N=1.950,P=0.012)、World press (WP)数据库中细胞周期(N=1.944,P=0.012)和G_(2)/M检查点(N=2.118, P=0.0012)和G_(2)/M DNA损伤检查点(N=1.879,P=0.012)密切相关的基因集,COMMD7高表达与肿瘤密切相关的p53稳定有关(N=1.793,P=0.012),可以激活p53下游通路(N=1.782, P=0.012)和p53信号通路(N=1.762,P=0.012),激活Tp53调控细胞周期基因的转录(N=1.766, P=0.018)。免疫浸润分析,COMMD7表达与活化的CD8+T淋巴细胞、中枢记忆CD8+T淋巴细胞和CD56^(bright)自然杀伤细胞等15种细胞数量呈明显正相关关系(P<0.05),与吲哚胺2, 3-加双氧酶1 (IDO1)、半乳凝素9(LGALS9)和CD244等11个关键的免疫检查点呈明显正相关关系(P<0.05),与CD274 (PD-L1)、激酶插入区域受体(KDR)和带有Ig及ITIM结构域的T淋巴细胞免疫受体(TIGIT)呈明显负相关关系(P<0.05),与CD40、CD276和CD48等8个关键的免疫刺激因子及C-C基序趋化因子配体2(CCL2)、C-C基序趋化因子配体5 (CCL5)和C-X-C基序趋化因子配体9 (CXCL9)等7个免疫趋化因子呈明显正相关关系(P<0.05)。结论:COMMD7的高表达可能是脑LGG患者不良预后的因素、潜在生物标志物和治疗靶点,通过调节癌症中的转录失调通路,激活p53信号通路和p53下游通路相关基因的失调促进脑LGG发生发展。COMMD7可能在LGG患者免疫检查点抑制剂治疗中发挥关键作用。

关键词： COMM域包含蛋白质7 脑低级别胶质瘤生物信息学预后免疫浸润

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基于囊性纤维化疾病分子特征及其作用机制的生物信息学分析

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吉林大学学报（医学版） 2022年第5期48卷 1290-1297页

作者：王小燕张秋月胡雨洁莫之婧桂林医学院生物技术学院实验教学中心广西桂林541199 桂林医学院生物技术学院生物化学与分子生物学教研室广西桂林541199

目的:筛选囊性纤维化(CF)特异性相关基因,预测其靶基因,并探讨其作用机制。方方法法:从基因表达汇编(GEO)数据库获取CF样本和正常对照样本的高通量芯片数据集GSE71799、GSE24206、GSE98925和GSE69764,并分为CF组和对照组。采用R软件limm... 详细信息

目的:筛选囊性纤维化(CF)特异性相关基因,预测其靶基因,并探讨其作用机制。方方法法:从基因表达汇编(GEO)数据库获取CF样本和正常对照样本的高通量芯片数据集GSE71799、GSE24206、GSE98925和GSE69764,并分为CF组和对照组。采用R软件limma包筛选CF组和对照组差异表达基因(DEGs),使用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能和通路富集分析,使用基因集富集分析(GSEA)获取DEGs显著富集的基因集,采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape软件可视化并筛选hub基因。结果:GEO数据库获取并筛选共429个DEGs (|log2 (FC)|>1, P<0.05), CF组中显著高表达DEGs 105个,对照组中显著高表达DEGs 324个。GO富集分析,DEGs主要富集于中性粒细胞介导的免疫、趋化因子活动和细胞黏附分子结合等方面;KEGG通路分析,DEGs主要富集于白细胞介素17 (IL-17)信号通路(P<0.05)。GSEA分析,DEGs主要富集于信号通路翻译、核糖体RNA(rRNA)处理和线粒体翻译等相关基因集。STRING数据库和Cytoscape软件分析共筛选出基质金属蛋白酶9 (MMP9)、C-X-C基序趋化因子配体2 (CXCL2)、C-X-C基序趋化因子配体3 (CXCL3)等35个hub基因,其中CXCL2和CXCL3 hub基因与DNA甲基化有关联。结论:hub基因可能是CF中调节中性粒细胞免疫的关键基因,通过中性粒细胞介导的免疫和与免疫密切相关的IL-17信号通路相关基因失调可促进CF发生发展,CXCL2和CXCL3基因可能成为CF的DNA甲基化治疗的生物标志物。

关键词：囊性纤维化生物信息学差异表达基因 hub基因分子机制

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基于生物信息学分析LIX1基因在前列腺癌中的表达与免疫浸润的关系

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临床医学进展 2023年第1期13卷 152-162页

作者：黎金连周青鸟林军吴群英桂林医学院智能医学与生物技术学院遗传教研室广西桂林南宁中心血站中国医学科学院输血研究所–南宁中心血站输血传播疾病(TTD)联合实验室广西南宁广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室广西南宁

目的:探讨肢体和中枢神经系统表达因子1 (Limb and CNS expressed 1, LIX1)在前列腺癌(prostate cancer, PCa)中的表达及临床意义。方法:利用Oncomine和UALCAN数据库分析LIX1在PCa组织中的表达;利用R3.6.3软件绘制受试者工作特征曲线(Re... 详细信息

目的:探讨肢体和中枢神经系统表达因子1 (Limb and CNS expressed 1, LIX1)在前列腺癌(prostate cancer, PCa)中的表达及临床意义。方法:利用Oncomine和UALCAN数据库分析LIX1在PCa组织中的表达;利用R3.6.3软件绘制受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic curve,ROC曲线)和临床基线表,分析LIX1表达与PCa患者临床特征参数的关系;应用CANCERTOOL、GEPIA和TIMEER数据库分析LIX1表达水平与PCa患者预后及其与免疫细胞浸润的关系。利用LinkedOmics数据库筛选LIX1共表达基因及进行GSEA分析,探讨LIX1在PCa中潜在作用的信号通路。结果:LIX1 mRNA在PCa组织中表达水平显著降低且对PCa的诊断具有一定准确性。LIX1表达水平与PCa患者的TNM分期、Gleason分期、年龄和PSA水平显著负相关。LIX1低表达患者预后不佳,具有更高的复发风险。LIX1表达水平与PCa巨噬细胞的浸润水平呈正相关。LIX1及其共表达的基因主要富集在线粒体呼吸链复合物的组装,胞质分裂,核糖体和细胞周期途径等信号通路。结论:LIX1在PCa中表达降低,且与免疫浸润有关,可作为PCa诊断和不良预后的新型标志物。

关键词： LIX1 前列腺癌预后标记物 TCGA数据库免疫浸润

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PBL在医学生物化学实验教学中的设计

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教育教学论坛 2020年第39期 381-382页

作者：文红波曹运长南华大学衡阳医学院生化与分子生物学实验中心湖南衡阳421001 桂林医学院生物技术学院生化与分子生物学教研室广西桂林541199

生物化学在医学院校是一门专业基础课,主要研究组成人体化学物质的化学结构与功能,及其在体内的化学反应过程,概念较多且较抽象,教学内容枯燥,大部分只能靠识记,导致学生的学习难度大,学习的积极性和主动性不够。生物化学实验课是生物... 详细信息

生物化学在医学院校是一门专业基础课,主要研究组成人体化学物质的化学结构与功能,及其在体内的化学反应过程,概念较多且较抽象,教学内容枯燥,大部分只能靠识记,导致学生的学习难度大,学习的积极性和主动性不够。生物化学实验课是生物化学课程的重要组成部分,通过多年的实验教学,我们将PBL教学法贯穿临床医学专业生物化学实验教学的全过程,不但巩固了所学的理论知识,以提高学生的学习兴趣,而且还大大地激发了学生的科研思维和创新精神,取得了较好的教学效果。

关键词： PBL教学法生物化学实验临床医学专业教学设计

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将整体医学观念融入系统解剖学教学实践初探

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教育现代化 2018年第19期 267-270页

作者：赵晓平骆降喜王俊锋于兰李鸿文田顺亮桂林医学院基础医学院人体解剖学教研室桂林医学院生物技术学院生物化学与分子生物学教研室

医学科学的发展经历了传统医学时代和实验医学时代,目前正进入整体医学时代;这是历史发展的必然趋势。近几十年来,国内外将整体人为研究对象,以了解人体结构、健康和疾病的研究和实践已逐渐增加,但在基础医学教学中的实践则很少。为了... 详细信息

医学科学的发展经历了传统医学时代和实验医学时代,目前正进入整体医学时代;这是历史发展的必然趋势。近几十年来,国内外将整体人为研究对象,以了解人体结构、健康和疾病的研究和实践已逐渐增加,但在基础医学教学中的实践则很少。为了适应当前医学科学发展的需要,笔者努力尝试:在本校的系统解剖学教学实践中,融入整体医学观念,以期能使学生从整体角度把握人体结构,构建出一个完整的人体;培养学生开阔的医学哲学思维,提高医学认知和实践能力,为我国的医疗卫生事业培养出高水平、高素质的人才。

关键词：整体医学观整合医学系统解剖学教学实践

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EB病毒微小RNA在鼻咽癌中的表达及意义

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广西师范大学学报（自然科学版） 2015年第1期33卷 134-138页

作者：熊伟明范才文黄辉王建红李璐向秋田晶雷迅桂林医学院附属医院耳鼻咽喉头颈外科广西桂林541001 桂林医学院生物技术学院生物化学与分子生物学教研室广西桂林541004

采用实时荧光定量PCR分析EB病毒微小RNA(ebv-miR)ebv-miR-BART19-5p和ebv-miRBART21-3p在鼻咽癌和鼻咽炎症组织中的表达,以便探明其表达在EB病毒(EBV)致鼻咽癌中的内在联系和意义。结果表明,鼻咽癌组织中ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BART21-3p的表达水平明显高于鼻咽黏膜炎症组织。EBV可能通过ebv-miR-BART19-5p和ebv-miR-BART21-3p的表达上调介导鼻咽组织癌变,它们可能是鼻咽癌治疗的分子靶点和鼻咽癌诊断的分子标志物。

关键词：鼻咽癌诊断标志物 EB病毒微小RNA

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人Daintain基因5'调控区序列的生物信息学分析

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现代生物医学进展 2015年第21期15卷 4178-4181页

作者：颜冬菁王青松唐敏王咸寿冯秋芳陈正望海南医学院理学院生化与分子生物学教研室海南海口571199 华中科技大学生命科学与技术学院湖北武汉430074 海南医学院理学院生物技术专业实验室海南海口571199

目的：探讨人Daintain基因5’调控区的序列特征。方法：利用在线软件BLAST、Neural Network Promoter Prediction、Promoter2．0、Promoter SCAN、EMBOSS、CpG Island Searcher和TFSEARCH预测人Daintain基因启动子区域、CpG岛分布和转录因子结合位点。结果：人Daintain基因5’调控区存在1个CAAT盒。Daintain基因可能存在6个启动子位点，CpG岛可能位于216bp区间（23～238bp）。评分85分以上时，该序列存在251个可能的转录因子结合位点；评分90分以上时，该序列存在70个可能的转录因子结合位点；评分95分以上时，该序列存在16个可能的转录因子结合位点；评分100分以上时，该序列存在7个可能的转录因子结合位点；这些结合的转录因子基本是与免疫细胞增殖或性别发生有关。结论：人Daintain基因5’调控区的生物信息学研究表明其转录受甲基化和多种转录因子的调控，为研究Daintain基因启动子的功能提供理论基础。

关键词：人Daintain基因 5’调控区启动子 CpG岛转录因子结合位点

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ABCA1基因I883M在广西汉族和壮族人群中的多态性分布

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长江大学学报（自科版）（中旬） 2007年第3期4卷 88-90页

作者：马义丽黄健戴玲胡春萍李红艳黄俊峰马广仁于详远孙中宝黑木政秀桂林医学院生物化学与分子生物学教研室广西桂林541004 桂林医学院生物化学与分子生物学教研室桂林医学院基础医学院广西桂林541004 桂林医学院卫生科广西桂林541004 桂林医学院生物技术学院广西桂林541004 福冈大学生物化学系

为探讨ABCA1基因I883M多态性在广西汉族和壮族人群中的分布,采用PCR-RFLP技术对121例无血缘关系的健康汉族人和100例无血缘关系的健康壮族人的ABCA1基因I883M位点A→G(Ile883Met)进行检测分析,发现ABCA1基因I883M基因型频率在汉族分别为... 详细信息

为探讨ABCA1基因I883M多态性在广西汉族和壮族人群中的分布,采用PCR-RFLP技术对121例无血缘关系的健康汉族人和100例无血缘关系的健康壮族人的ABCA1基因I883M位点A→G(Ile883Met)进行检测分析,发现ABCA1基因I883M基因型频率在汉族分别为:II=0.074,IM=0.380,MM=0.545;壮族分别为:II=0.130,IM=0.350,MM=0.520;两组人群的基因多态性分布差异无统计学意义(P>0.05),但与德国人群相比差异有统计学意义(P<0.01)。ABCA1基因I883M位点多态性在汉族与壮族中的分布可能没有差异,而有别于西方人种,暗示该基因多态性可能存在种族和个体差异,该数据可以很好地应用于群体遗传学的研究。

关键词： ABCA1基因单核苷酸多态性(SNP) 汉族壮族

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