检索结果-内蒙古大学图书馆

中国细胞生物学学报 2018年第6期40卷 955-961页

作者：黄希仕李瑞瑞黄岚珍阳晶吴群英蒋晓山桂林医学院细胞信号转导实验室桂林541004 桂林医学院科学实验中心桂林541004 桂林医学院细胞与遗传教研室桂林541004 桂林医学院研究生学院桂林541004

G蛋白偶联受体激酶6(G protein-coupled receptor kinase 6,GRK6)依赖去棕榈酰化修饰及特定核定位序列(nuclear localization sequence,NLS)实现胞核定位,但NLS的关键基团及其对激酶活性的影响尚不清楚。该研究首先通过构建一系列缺失... 详细信息

G蛋白偶联受体激酶6(G protein-coupled receptor kinase 6,GRK6)依赖去棕榈酰化修饰及特定核定位序列(nuclear localization sequence,NLS)实现胞核定位,但NLS的关键基团及其对激酶活性的影响尚不清楚。该研究首先通过构建一系列缺失突变子,初筛去棕榈酰化条件下GRK6的NLS结构域;然后采用点突变技术进一步确定NLS结构域中Lys(K)^(389)、Lys(K)^(390)、Lys(K)^(3913)个关键基团;最后通过检测内源性毒蕈碱M3受体介导的细胞内钙流,证实NLS突变子对M3受体介导的细胞内钙流信号的抑制作用无明显影响。该研究为进一步揭示GRK6胞核转运机制及其功能提供了有价值的信息。

关键词： GRK6 去棕榈酰化核定位信号 G蛋白偶联受体激酶

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缺血性脑卒中CARD8 rs2043211和NLRP3 rs10754558的遗传共关联作用

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中国神经精神疾病杂志 2019年第5期45卷 276-282页

作者：吕洁蒋晓山谭超张晶彭湘晖林红梅广西壮族自治区南溪山医院神经内科桂林541002 广西壮族自治区桂林医学院细胞信号转导实验室广西壮族自治区桂林医学院公共卫生学院

目的旨在探索Nod样受体蛋白3(nodlike receptor protein 3,NLRP3)炎症小体组分基因胱天蛋白酶募集域蛋白8(caspase recruitment domain- containing protein 8,CARD8)rs2043211及NLRP3 rs10754558的组合多态性是否会影响中国汉族人群缺血性脑卒中的遗传易感性。方法依据改良的急性卒中治疗Org10172试验(trial of org10172 in acute stroke treatment,TOAST)病因分型诊断标准,将动脉粥样硬化血栓型(n=145)及小动脉型(n=89)缺血性脑卒中纳入本研究,收集对照组115例,应用TaqMan MGB RT-PCR技术进行基因分型,以logistic回归分析基因-基因间的交互作用。结果 NLRP3 rs10754558或CARD8 rs2043211单一基因的小等位基因及基因型频率,在脑梗死两个亚组中的分布,与对照组比较均无统计学差异(P>0.05);logistic回归分析发现,rs10754558的CG基因型与rs2043211的AT基因型在动脉粥样硬化血栓型缺血性卒中的发病中存在交互作用,并增加发病风险(P<0.01,OR=4.95,95%CI:1.69~14.51)。结论 NLRP3炎症小体组分基因的基因型组合CARD8 rs2043211/NLRP3 rs10754558 AT/CG是动脉粥样硬化血栓型缺血性脑卒中的危险因素。

关键词：缺血性脑卒中 NLRP3炎症小体 CARD8rs2043211 NLRP3rs10754558

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莪术醇诱导人肝癌HepG2细胞衰老及其机制研究

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广西植物 2018年第7期38卷 894-902页

作者：黄岚珍杨飞城阳晶蒋晓山桂林医学院信号转导实验室广西桂林541004 桂林医学院科学实验中心广西桂林541004 桂林医学院附属医院病理科广西桂林541004 桂林医学院研究生学院广西桂林541004

为进一步探讨莪术醇的诱导细胞衰老的机制,该研究采用荧光定量PCR技术对莪术醇处理后细胞中81个细胞衰老相关基因差异表达谱进行分析,结果发现TP53及其下游基因p16Ink4a、p21Waf1/Cip1和p27Kip1等的表达水平显著升高,伴随ABL1、ALDH1A3... 详细信息

为进一步探讨莪术醇的诱导细胞衰老的机制,该研究采用荧光定量PCR技术对莪术醇处理后细胞中81个细胞衰老相关基因差异表达谱进行分析,结果发现TP53及其下游基因p16Ink4a、p21Waf1/Cip1和p27Kip1等的表达水平显著升高,伴随ABL1、ALDH1A3、CHEK2、HRAS、PTEN等多个衰老信号通路启动与效应关联基因的转录显著增强,而CyclinA2、IGFBP3、SIRT1以及TERT等细胞周期进程与衰老信号通路的负性调控基因的表达水平则显著降低。Western印迹检测结果显示,p53及其下游周期素依赖性蛋白激酶抑制物(CKI)分子p21WAF1和p16INK4水平升高,CyclinA2水平降低,与PCR结果一致,并伴野生型p53-诱导的蛋白磷酸酶1(Wip1)水平显著增高,提示莪术醇可能通过激活p53信号通路诱导HepG2细胞衰老。该研究进一步发现莪术醇能够诱导HepG2细胞发生衰老表型改变,伴G0/G1期周期阻滞。

关键词：莪术醇肿瘤细胞早衰 HepG2细胞肝癌细胞周期阻滞

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基于转录组学研究ZnO量子点致小鼠肝脏和肺脏损伤的作用机制

基于转录组学研究ZnO量子点致小鼠肝脏和肺脏损伤的作用机制

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纳米物质遗传毒性研究与评价专题研讨会

作者：杨艳杰郭向前季少平河南大学基础医学院细胞信号转导实验室和生物医学信息研究所开封市科技局细胞信号转导开封市重点实验室

ZnO量子点(QDs)具有优越的光学性能,兼具价格低廉,容易获得等优点,得到国内外科研工作者的广泛研究,其毒性和安全性也逐渐引起人们的关注。本研究首先合成平均粒径为5.4 nm的ZnO QDs,以5 mg/kg剂量通过尾静脉注射到昆明小鼠体内,24小时... 详细信息

ZnO量子点(QDs)具有优越的光学性能,兼具价格低廉,容易获得等优点,得到国内外科研工作者的广泛研究,其毒性和安全性也逐渐引起人们的关注。本研究首先合成平均粒径为5.4 nm的ZnO QDs,以5 mg/kg剂量通过尾静脉注射到昆明小鼠体内,24小时后收集肝脏和肺脏组织,利用RNA-Seq技术测序并进行生物信息学分析。结果表明ZnO QDs会引起肝脏36个基因(19个上调和17个下调)和肺脏144个基因(118个上调和26个下调)的显著差异表达(padj<0.05);其中有5个基因的表达量在肝脏和肺脏组织中同时发生改变。Go功能富集分析表明ZnO QDs处理显著影响肝脏的铁离子结合、氧化还原酶活性、电子供体、血红素结合、四吡咯结合、转货受体活性等5个类别;在肺脏中主要影响307个类别,包括核分裂、染色体分离、细胞器裂变、细胞周期过程调控、微管骨架等。KEGG代谢途径分析表明,肝脏内差异表达的基因并没有显著地富集到特定的通路上,而ZnO QDs处理会显著影响肺脏的细胞周期、细胞衰老、p53信号通路、同源重组、趋化因子信号通路、IL-17信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、DNA复制等10个通路。本研究在转录组水平揭示ZnO QDs致小鼠肝脏和肺脏的毒性作用机制,为其设计开发和安全应用提供理论依据和毒理学参考。

关键词： ZnO量子点转录组肝脏肺脏

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NME家族成员在乳腺癌中的表达和预后价值

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河南大学学报（医学版） 2019年第4期38卷 249-257页

作者：郭金帅南仿美吕明钰高华聪李思欣谢龙祥郭向前河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室医学生物信息学研究所

〔目的〕通过探究NME基因家族成员表达水平和乳腺癌不同亚型、临床病理特征及预后的关系,以期阐明NME基因家族成员在乳腺癌中的潜在作用。〔方法〕利用Oncomine数据库.Kaplan-Meier plotter数据库、人类蛋白质图谱数据库(The Human Prot... 详细信息

〔目的〕通过探究NME基因家族成员表达水平和乳腺癌不同亚型、临床病理特征及预后的关系,以期阐明NME基因家族成员在乳腺癌中的潜在作用。〔方法〕利用Oncomine数据库.Kaplan-Meier plotter数据库、人类蛋白质图谱数据库(The Human Protein Atlas)分析乳腺癌NME所有家族成员的mRNA、蛋白质表达及其与乳腺癌患者整体生存率的相关性等内容。〔结果〕(1)NME1、NME2、NME3和NME4 mRNA在大多数癌症中显著高表达,而NME5则低表达。NME1、NME2、NME3、NME8、NME9和NME10在乳腺癌中高表达。(2)NME1、NME2低表达和NME3、NME5、NME7高表达乳腺癌患者的整体生存率较好。对于不同亚型乳腺癌患者,不同NME家族成员有不同的预后表现。(3)NME2高表达和NME3、NME5、NME9及NME8低表达分别与不同淋巴结状态和p53状态的乳腺癌患者整体生存率恶化有关。〔结论〕(1)NME1、NME2、NME3、NME5和NME7可以作为乳腺癌的预后生物标志物。(2)NME1、NME3、NME5、NME7和NME9可以作为不同乳腺癌亚型的预后生物标志物,其中NME1低表达和NME5 mRNA水平高表达是Luminal A型乳腺癌良好预后标志物,而NME3、NME5 mRNA水平低表达和NME9 mRNA水平高表达水平高表达对于Basal like型乳腺癌有较好的预后作用,NME7 mRNA水平高表达对于HER2+型乳腺癌有较好的预后作用。(3)NME家族成员在乳腺癌组织中的mRNA表达水平和患者预后、病理分级、淋巴结状态和P53状态相关。

关键词： NME家族乳腺癌表达水平预后价值

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TCGA数据库:海量癌症数据的源泉

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河南大学学报（医学版） 2018年第3期37卷 223-228页

作者：谢龙祥闫中义党艺方厉永强董寰郭向前河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室/医学生物信息学研究所河南开封475004

由美国政府发起的癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划是一个公共资助的项目,其采用高通量基因组测序、基因芯片技术,运用多维数据整合分析方法,将人类几乎所有癌症(包括亚型在内的50多种肿瘤)的基因组变异及基因表达水... 详细信息

由美国政府发起的癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划是一个公共资助的项目,其采用高通量基因组测序、基因芯片技术,运用多维数据整合分析方法,将人类几乎所有癌症(包括亚型在内的50多种肿瘤)的基因组变异及基因表达水平图谱绘制出来,最终将阐明癌症的发生和发展机制,并在此基础上开发新的诊断、分类标准和治疗方法,勾画出新型"防治癌症策略"。文章介绍了TCGA数据库数据产生历程,检测平台和数据类型、水平以及数据下载方法和Barcode定义,重点概述TCGA在各种癌症防治研究中的应用,以期提高人们对癌症发生和发展分子基础的科学认识及增强预防、诊断和治疗癌症的能力。

关键词：癌症基因组图谱(TCGA) 癌症基因组学测序

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PAK2:一种新的乳腺癌治疗预测标志物

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河南大学学报（医学版） 2018年第4期37卷 234-238页

作者：党艺方张璐董寰韩亚莉郭向前谢龙祥河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室医学生物信息学研究所河南开封475004

[目的]研究PAK2 mRNA表达水平和乳腺癌病人预后之间的关系。[方法]利用在线数据库(包括ONCOMINE、乳腺癌基因表达Miner v4. 0和Kaplan-Meier Plotter)的临床及表达谱数据集,评估分析PAK2在乳腺癌预后中的价值。[结果]与正常组织样本相比... 详细信息

[目的]研究PAK2 mRNA表达水平和乳腺癌病人预后之间的关系。[方法]利用在线数据库(包括ONCOMINE、乳腺癌基因表达Miner v4. 0和Kaplan-Meier Plotter)的临床及表达谱数据集,评估分析PAK2在乳腺癌预后中的价值。[结果]与正常组织样本相比,乳腺癌组织PAK2 mRNA水平显著升高;在仅接受过辅助化疗的ER(+)、ER(-)乳腺癌患者中和仅接受三苯氧胺治疗的乳腺癌患者中,PAK2表达升高则无复发生存期(relapse-free survival,RFS)显著缩短;PAK2 mRNA水平与乳腺癌分子亚型相关,在不同分子亚型乳腺癌组织间表达水平不同。[结论]PAK2是一个潜在的乳腺癌化疗效果预测标志物。

关键词： PAK2 乳腺癌三苯氧胺

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自身抗体在鉴别肺小结节中的作用

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河南大学学报（医学版） 2019年第1期38卷 53-57页

作者：杨鑫闫中义郭向前马静河南大学淮河医院河南开封475000 河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室医学生物信息学研究所河南开封475004

肺癌是最常见且死亡率最高的恶性肿瘤。由于不能有效的鉴别早期肺癌,导致患者的生存期短,因此早期肺癌的检测对于改善肺癌的预后至关重要,特别是鉴别良恶性的肺小结节仍存在许多困难。肿瘤自身相关血清抗体成为了研究的热点,它可以在肿... 详细信息

肺癌是最常见且死亡率最高的恶性肿瘤。由于不能有效的鉴别早期肺癌,导致患者的生存期短,因此早期肺癌的检测对于改善肺癌的预后至关重要,特别是鉴别良恶性的肺小结节仍存在许多困难。肿瘤自身相关血清抗体成为了研究的热点,它可以在肿瘤抗原表达很低的情况下被检测出,显著提高了早期肺癌的诊断率。本文结合肺小结节研究现状、血清自身抗体及肿瘤标志物的相关性,尤其是对肺癌相关自身抗体(P53,SOX2,PGP9.5,NY-ESO-1,CAGE,GAGE7,MAGE A1,GBU4-5)的研究进行了探讨。

关键词：肺小结节肺癌肿瘤相关抗原自身抗体

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应用机器学习方法构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签

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河南大学学报（医学版） 2019年第1期38卷 26-29页

作者：王强安杨张国森董寰郭向前河南大学医学生物信息学研究所细胞信号转导实验室基础医学院河南开封475004 河南大学软件学院河南开封475004

[目的]应用机器学习方法,利用TCGA与GEO数据,构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签。[方法]收集TCGA和GSE45510数据,建立机器学习模型,利用pamr包预测标签,将预测亚型与实际值对比以评估预测效果。[结果]经测试,阈值取6.639时,分类准确率为87... 详细信息

[目的]应用机器学习方法,利用TCGA与GEO数据,构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签。[方法]收集TCGA和GSE45510数据,建立机器学习模型,利用pamr包预测标签,将预测亚型与实际值对比以评估预测效果。[结果]经测试,阈值取6.639时,分类准确率为87.8%,相关基因159个。[结论]利用机器学习方法构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签,可以用于预测平滑肌肉瘤分子亚型,提高诊断精度,指导未来平滑肌肉瘤亚型特异性靶向治疗,推动精准治疗发展。

关键词：平滑肌肉瘤表达谱机器学习分子分型预测标签

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基于二代测序技术的转录组测序生物信息分析

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河南大学学报（医学版） 2019年第1期38卷 67-76页

作者：汤冬张国森赵晓芳江苏苏博生物医学股份有限公司江苏宿迁223800 河南大学基础医学院医学生物信息学研究所细胞信号转导实验室河南开封475004

随着二代测序技术和生物信息学的发展,越来越多的科研人员通过转录组测序(RNAseq)研究基因表达调控、疾病发生机制和遗传育种上的问题。面对测序所产生的大量数据,生物信息学分析策略对于数据的解读显得尤为重要。本文结合不同RNA(mRNA... 详细信息

随着二代测序技术和生物信息学的发展,越来越多的科研人员通过转录组测序(RNAseq)研究基因表达调控、疾病发生机制和遗传育种上的问题。面对测序所产生的大量数据,生物信息学分析策略对于数据的解读显得尤为重要。本文结合不同RNA(mRNA、LncRNA、miRNA和circRNA)的特点,对转录组测序中的几类分析流程及其所涉及的软件和数据库分别做简要的介绍,为RNAseq的生信分析研究提供参考。

关键词：二代测序转录组测序生物信息

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