检索结果-内蒙古大学图书馆

基于转录组和单细胞测序数据分析CALU与肝细胞癌患者预后的关系及其作用机制

吉林大学学报(医学版) 2025年第2期51卷 447-459页

作者：王小燕李雪莲梁斌田文斐马海林莫之婧桂林医学院智能医学与生物技术学院实验教学中心广西桂林541199 桂林医学院广西高校分子医学工程重点实验室广西桂林541199 桂林医学院智能医学与生物技术学院生物化学教研室广西桂林541199

目的:通过生物信息学方法分析人钙腔蛋白(CALU)的表达水平与肝细胞癌(HCC)预后之间的关系,构建HCC预后列线图,并阐明其可能的作用机制。方法:从癌症基因组数据库(TCGA)下载374例HCC组织样本数据,从基因型组织表达数据库(GTEx)下载160例... 详细信息

目的:通过生物信息学方法分析人钙腔蛋白(CALU)的表达水平与肝细胞癌(HCC)预后之间的关系,构建HCC预后列线图,并阐明其可能的作用机制。方法:从癌症基因组数据库(TCGA)下载374例HCC组织样本数据,从基因型组织表达数据库(GTEx)下载160例正常组织样本数据。采用配对样本t检验分析在HCC组织样本和配对癌旁正常组织样本中CALU的表达差异,并采用人类蛋白图谱数据库(HPA)进行验证。采用DESeq2包对CALU低和高表达组HCC组织样本进行差异表达基因(DEGs)鉴定,采用pROC包进行受试者工作特征(ROC)曲线分析,采用单因素和多因素Cox回归分析确定CALU在不同临床病理特征HCC患者中的预后价值,采用ggplot2包绘制森林图,采用rms包和survival包构建列线图及校准图,分析CALU用于区分HCC组织与正常组织的诊断价值。采用Kaplan-Meier Plotter数据库数据对CALU与HCC患者预后的关系进行验证。采用GSE14520数据集中216例HCC样本基因转录表达数据对列线图预测准确性进行验证。采用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能及通路富集分析,采用基因集富集分析(GSEA)获得DEGs显著富集的基因集。采用GSE149614中10例HCC组织样本和8例癌旁正常组织样本单细胞测序数据对CALU与HCC患者预后关系及其作用机制进行验证。结果:与正常组织比较,HCC组织中CALU mRNA表达水平明显升高(P<0.001),HCC组织中CALU蛋白表达量升高。在HCC样本的CALU低表达组和CALU高表达组共发现928个DEGs,包括784个上调DEGs和144个下调DEGs。ROC分析,CALU用于区分癌和癌旁组织具有较高的诊断价值,ROC曲线下面积(AUC)为0.839。生存分析,CALU高表达组HCC患者生存率明显低于CALU低表达组(P<0.001)。单因素和多因素Cox回归分析确定CALU高表达是HCC患者预后的独立危险因素,并构建预后预测列线图。GSE14520数据集数据证实CALU可用于预测HCC预后。GO功能富集分析,上述DEGs主要富集于细胞氧化应激、铁死亡和铜死亡等方面(P<0.05);KEGG通路分析,DEGs富集的通路主要有细胞外基质(ECM)受体互作、亚油酸代谢和神经活性配体受体互作(P<0.05)。GSEA分析,CALU高表达激活细胞周期G_(1)期到S期、泛素化蛋白聚合反应和HCC进展,CALU低表达则促进HCC细胞氧化应激、铁死亡和铜死亡。单细胞测序分析,CALU mRNA在较高的肿瘤分期HCC细胞亚群中表达水平更高,CALU高表达HCC细胞亚群主要与泛素化、p53和细胞周期有关(P<0.01),CALU低表达HCC细胞亚群主要与细胞氧化应激、铁死亡和组蛋白绑定有关(P<0.01)。结论:CALU高表达可能与HCC患者预后不良存在关联,构建的HCC预后列线图预测患者生存率效果较好。上调CALU可能通过调节细胞周期G_(1)期到S期和蛋白泛素化以促进HCC进展,而下调CALU可能通过诱导HCC细胞氧化应激、铁死亡和铜死亡从而抑制HCC进展。

关键词：人钙腔蛋白肝细胞癌生物信息学单细胞测序分析癌症预后

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

靶向小鼠 Ext1和 Ext2基因的CRISPR/Cas9系统设计及打靶效力分析

引用

国际遗传学杂志 2025年第1期48卷 8-16页

作者：王宁王添贤岳鹏鹏于鸿浩桂林医学院智能医学与生物技术学院广西高校医药生物技术与转化医学重点实验室桂林

目的设计靶向小鼠Ext1和Ext2基因的CRISPR/Cas9基因编辑系统, 并在细胞水平验证打靶效力, 旨在建立高效靶向小鼠Ext1和Ext2基因的编辑系统, 为后续建立基因编辑小鼠模型奠定基础。方法基于CRISPR/Cas9系统基因打靶的原理, 靶向小鼠Ext1... 详细信息

目的设计靶向小鼠Ext1和Ext2基因的CRISPR/Cas9基因编辑系统, 并在细胞水平验证打靶效力, 旨在建立高效靶向小鼠Ext1和Ext2基因的编辑系统, 为后续建立基因编辑小鼠模型奠定基础。方法基于CRISPR/Cas9系统基因打靶的原理, 靶向小鼠Ext1和Ext2基因分别设计两条sgRNA导向序列, 构建了4个sgRNA表达质粒, 并与Cas9表达质粒共转染小鼠N2a细胞, 经过嘌呤霉素和杀稻瘟霉素药物筛选后收取阳性转染细胞, PCR扩增打靶区域DNA片段, 利用Sanger测序鉴定打靶是否成功, 最后通过TA克隆测序进行打靶效率分析, 并对7次打靶效率结果进行统计学分析。结果 Ext1基因的Ext1-M-sgRNA1、Ext1-M-sgRNA2以及Ext2基因的Ext2-M-sgRNA1、Ext2-M-sgRNA2这4个靶点均成功发生突变, 通过TA克隆测序结果统计分析得到4个位点的突变效率分别为90%、80%、70%和50%, 且Ext1-M-sgRNA1的打靶效率高于Ext1-M-sgRNA2(P值为0.040 8), Ext2-M-sgRNA1的打靶效率高于Ext2-M-sgRNA2(P值为0.040 1)。结论本研究成功构建了高效靶向小鼠Ext1和Ext2基因的CRISPR/Cas9系统, 为后续构建动物模型深入研究遗传性多发性外生骨疣(hereditary multiple eostosis, HME)奠定基础。

关键词：基因编辑 CRISPR/Cas9系统 Ext1基因 Ext2基因

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

单细胞转录组解析HER2+乳腺癌的免疫微环境重塑及细胞通讯特征

引用

生物过程 2025年第1期15卷 58-66页

作者：王浩波李志豪于鸿浩岳鹏鹏广西高校医药生物技术与转化医学重点实验室广西桂林罕见病防治广西高校工程研究中心广西桂林桂林医学院智能医学与生物技术学院广西桂林

目的:本研究旨在利用单细胞转录组测序(scRNA-seq)分析HER2+乳腺癌(PT组)与正常乳腺组织(NM组)之间的细胞组成及细胞通讯差异,以探讨乳腺癌微环境的变化及其潜在的分子机制。方法:数据来源于Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的GSE16... 详细信息

目的:本研究旨在利用单细胞转录组测序(scRNA-seq)分析HER2+乳腺癌(PT组)与正常乳腺组织(NM组)之间的细胞组成及细胞通讯差异,以探讨乳腺癌微环境的变化及其潜在的分子机制。方法:数据来源于Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的GSE161529数据集,共包含3例HER2+乳腺癌患者(PT组)和3例健康乳腺组织样本(NM组)。本研究利用Seurat进行单细胞数据分析,基于差异表达基因(DEGs)进行Gene Ontology (GO)功能富集分析,并采用CellChat解析细胞–细胞相互作用网络,以识别HER2+乳腺癌微环境中的关键信号通路。结果:通过UMAP聚类分析,共鉴定出8种主要细胞类型。与NM组相比,PT组中B细胞、T/NK细胞、上皮细胞和髓系细胞的比例显著升高,而内皮细胞、成纤维细胞和嗜碱性粒细胞比例下降,肥大细胞无显著变化。差异基因分析显示,PT组显著上调的基因富集于免疫应答、细胞增殖及代谢重编程相关通路,而下调基因主要涉及核糖体生物合成、RNA代谢及蛋白翻译等过程。此外,CellChat分析揭示,PT组的细胞通讯显著增强,特别是FN1、MIF和APP信号通路的活跃,涉及细胞外基质重塑、炎症调控及免疫逃逸。结论:HER2+乳腺癌组织的细胞通讯模式发生了显著变化,肿瘤微环境的重塑可能通过增强特定信号通路促进癌症进展。Objective: This study aims to analyze the differences in cellular composition and cell-cell communication between HER2+ breast cancer (PT group) and normal breast tissue (NM group) using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), to explore microenvironmental alterations and their potential molecular mechanisms. Methods: The dataset GSE161529 was obtained from the Gene Expression Omnibus (GEO) database, including three HER2+ breast cancer samples (PT group) and three healthy breast tissue samples (NM group). Single-cell data analysis was performed using the Seurat package, differentially expressed genes (DEGs) were subjected to Gene Ontology (GO) functional enrichment analysis, and CellChat was used to construct the cell-cell interaction network to identify key signaling pathways in the HER2+ breast cancer microenvironment. Results: UMAP clustering analysis identified eight major cell types. Compared to the NM group, the PT group exhibited a significant increase in B cells, T/NK cells, epithelial cells, and myeloid cells, while endothelial cells, fibroblasts, and basophils were decreased, with mast cells showing no significant changes. Differential gene expression analysis revealed that upregulated genes in the PT group were enriched in immune response, cell proliferation, and metabolic reprogramming pathways, whereas downregulated genes were primarily associated with ribosome biogenesis,

关键词： HER2+乳腺癌单细胞RNA测序细胞通讯免疫微环境

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

重楼乙醇提取物对蝮蛇毒主要酶类的抑制作用

引用

华夏医学 2025年第2期38卷 32-40页

作者：严之英骆薇封紫惠张馨月李靖轩包婷婷李勇于鸿浩辜澜涛桂林医学院智能医学与生物技术学院桂林541199 桂林医学院科学实验中心桂林541199 桂林医学院广西高校医药生物技术与转化医学重点实验室桂林541199 桂林医学院广西药物分子发现与成药性优化重点实验室桂林541199

目的检测重楼乙醇提取物对蝮蛇毒中主要酶活力的抑制作用,分析重楼乙醇提取物治疗蝮蛇咬伤的效果。方法通过平板实验检测重楼乙醇提取物对蝮蛇毒蛋白水解酶和磷脂酶A2的抑制作用,利用分光光度法检测重楼乙醇提取物对蝮蛇毒透明质酸酶活... 详细信息

目的检测重楼乙醇提取物对蝮蛇毒中主要酶活力的抑制作用,分析重楼乙醇提取物治疗蝮蛇咬伤的效果。方法通过平板实验检测重楼乙醇提取物对蝮蛇毒蛋白水解酶和磷脂酶A2的抑制作用,利用分光光度法检测重楼乙醇提取物对蝮蛇毒透明质酸酶活性的抑制作用,并通过血凝实验来评估重楼乙醇提取物对蝮蛇毒凝血酶活性的抑制作用。结果蝮蛇毒与重楼乙醇提取物的质量比达到1∶50时,重楼乙醇提取物能显著抑制蝮蛇毒中的磷脂酶A2和蛋白水解酶活性。当蝮蛇毒与重楼乙醇提取物的质量比达到1∶50时,蝮蛇毒透明质酸酶的活性可以被重楼乙醇提取物完全抑制。此外,重楼乙醇提取物可以显著抑制蝮蛇毒凝血作用。结论重楼乙醇提取物能够有效抑制蝮蛇毒中主要酶类的活性,为治疗蝮蛇咬伤提供一定的理论依据。

关键词：重楼乙醇提取物蝮蛇毒抑制作用

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

NOD小鼠CD_8α^+抗原基因克隆载体的构建及其相关蛋白在树突状细胞中的表达

引用

吉林大学学报（医学版） 2012年第6期38卷 1058-1062,F0002页

作者：乔伟冯乐平孙情熊毅黎玉凤桂林医学院药学院药学实验教学中心广西桂林541004 桂林医学院生物技术学院生物技术教研室广西桂林541004

目的:构建NOD小鼠CD8α+抗原基因重组慢病毒载体,探讨其在树突状细胞(DCs)中的表达,阐明1型糖尿病(T1DM)的发病机理。方法:设计CD8α+基因特异性引物,从NOD小鼠胸腺淋巴细胞中提取总RNA,采用RT-PCR法扩增CD8α+基因,与质粒载体pCDF1-MCS... 详细信息

目的:构建NOD小鼠CD8α+抗原基因重组慢病毒载体,探讨其在树突状细胞(DCs)中的表达,阐明1型糖尿病(T1DM)的发病机理。方法:设计CD8α+基因特异性引物,从NOD小鼠胸腺淋巴细胞中提取总RNA,采用RT-PCR法扩增CD8α+基因,与质粒载体pCDF1-MCS2-EF1-COPGFP进行连接重组,经过转化、筛选、鉴定和序列测定后,应用Western blotting法检测CD8α+基因的表达。应用Nanofectin脂质体转染试剂将含有目的基因的质粒转染HEK293细胞,进行重组慢病毒载体包装,将包装后的重组慢病毒颗粒感染DCs,采用Western blotting法检测CD8α+蛋白的表达。结果:成功构建了NOD小鼠CD8α+抗原基因的重组质粒载体,重组表达载体经转染HEK293细胞获得了重组病毒的原液,重组病毒扩增后感染DCs,免疫荧光下可见DCs内含有绿色荧光蛋白(GFP)表达。结论:NOD小鼠CD8α+抗原基因重组病毒载体构建成功,且有相关蛋白表达。

关键词： 1型糖尿病 CD8α+抗原基因慢病毒载体基因克隆树突状细胞

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

miR-194-3p调控模拟微重力条件下致成骨细胞功能异常的实验研究

引用

医用生物力学 2024年第4期39卷 623-630页

作者：薛进冬程路畅王敏谭彩美邓琪琪朱海美郭勇韩标桂林医学院智能医学与生物技术学院桂林541199 广西高校医药生物技术与转化医学重点实验室桂林541199

目的探讨模拟微重力环境下miR-194-3p对成骨细胞功能变化的调控作用,为极端力学环境下成骨细胞的力学响应机制提供理论基础。方法利用细胞旋转培养系统建立细胞水平微重力环境,分别采用MTT、RT-PCR、Western blot、荧光双染色法和茜素... 详细信息

目的探讨模拟微重力环境下miR-194-3p对成骨细胞功能变化的调控作用,为极端力学环境下成骨细胞的力学响应机制提供理论基础。方法利用细胞旋转培养系统建立细胞水平微重力环境,分别采用MTT、RT-PCR、Western blot、荧光双染色法和茜素红染色法检测转染miR-194-3p抑制剂前后MC3T3-E1成骨细胞增殖、分化、凋亡和矿化的变化情况。结果模拟微重力环境下miR-194-3p表达上调,成骨细胞的增殖、分化和矿化均受到一定程度的抑制,同时促进了成骨细胞的凋亡。转染miR-194-3p抑制剂后,miR-194-3p表达显著下调,且能部分逆转由微重力导致的细胞成骨细胞增殖减弱、成骨分化标志物如ALP、OCN和COL-I基因和蛋白表达降低、骨矿化结节减少和成骨细胞凋亡数目增加的情况,说明miR-194-3p能有效改善微重力暴露下成骨细胞功能异常的情况。结论模拟微重力环境下miR-194-3p可能作为一种负调控因子,通过调控成骨细胞功能参与其力学响应的进程。

关键词：模拟微重力环境 miR-194-3p 成骨细胞细胞增殖细胞分化矿化力学响应

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于囊性纤维化疾病分子特征及其作用机制的生物信息学分析

引用

吉林大学学报（医学版） 2022年第5期48卷 1290-1297页

作者：王小燕张秋月胡雨洁莫之婧桂林医学院生物技术学院实验教学中心广西桂林541199 桂林医学院生物技术学院生物化学与分子生物学教研室广西桂林541199

目的:筛选囊性纤维化(CF)特异性相关基因,预测其靶基因,并探讨其作用机制。方方法法:从基因表达汇编(GEO)数据库获取CF样本和正常对照样本的高通量芯片数据集GSE71799、GSE24206、GSE98925和GSE69764,并分为CF组和对照组。采用R软件limm... 详细信息

目的:筛选囊性纤维化(CF)特异性相关基因,预测其靶基因,并探讨其作用机制。方方法法:从基因表达汇编(GEO)数据库获取CF样本和正常对照样本的高通量芯片数据集GSE71799、GSE24206、GSE98925和GSE69764,并分为CF组和对照组。采用R软件limma包筛选CF组和对照组差异表达基因(DEGs),使用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能和通路富集分析,使用基因集富集分析(GSEA)获取DEGs显著富集的基因集,采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape软件可视化并筛选hub基因。结果:GEO数据库获取并筛选共429个DEGs (|log2 (FC)|>1, P<0.05), CF组中显著高表达DEGs 105个,对照组中显著高表达DEGs 324个。GO富集分析,DEGs主要富集于中性粒细胞介导的免疫、趋化因子活动和细胞黏附分子结合等方面;KEGG通路分析,DEGs主要富集于白细胞介素17 (IL-17)信号通路(P<0.05)。GSEA分析,DEGs主要富集于信号通路翻译、核糖体RNA(rRNA)处理和线粒体翻译等相关基因集。STRING数据库和Cytoscape软件分析共筛选出基质金属蛋白酶9 (MMP9)、C-X-C基序趋化因子配体2 (CXCL2)、C-X-C基序趋化因子配体3 (CXCL3)等35个hub基因,其中CXCL2和CXCL3 hub基因与DNA甲基化有关联。结论:hub基因可能是CF中调节中性粒细胞免疫的关键基因,通过中性粒细胞介导的免疫和与免疫密切相关的IL-17信号通路相关基因失调可促进CF发生发展,CXCL2和CXCL3基因可能成为CF的DNA甲基化治疗的生物标志物。

关键词：囊性纤维化生物信息学差异表达基因 hub基因分子机制

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

肝细胞癌中UBE2S互作蛋白的筛选及预后模型构建

引用

吉林大学学报（医学版） 2024年第1期50卷 168-177页

作者：王小燕张豪郭泽皓曹骏莫之婧桂林医学院智能医学与生物技术学院实验教学中心广西桂林541199 桂林医学院广西高校生物化学与分子生物学重点实验室广西桂林541199 桂林医学院智能医学与生物技术学院生物化学教研室广西桂林541199

目的:筛选泛素结合酶E2S (UBE2S)互作蛋白并构建肝细胞癌(HCC)基于UBE2S互作蛋白的预后模型(UIPM),分析UIPM评估HCC患者预后的价值。方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)技术筛选与Flag-UBE2S结合的蛋白复合体,经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶... 详细信息

目的:筛选泛素结合酶E2S (UBE2S)互作蛋白并构建肝细胞癌(HCC)基于UBE2S互作蛋白的预后模型(UIPM),分析UIPM评估HCC患者预后的价值。方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)技术筛选与Flag-UBE2S结合的蛋白复合体,经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDSPAGE)和Western blotting法验证后,采用液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)分析鉴定UBE2S互作蛋白,并对互作蛋白进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。采用R软件survival包筛选癌症基因组图谱(TGGA)中HCC预后相关蛋白与UBE2S互作蛋白取交集,通过LASSO回归分析从交集蛋白中获取关键蛋白构建UIPM,并建立预后模型风险评分公式,按照风险评分的中位值将TGGA中HCC患者分为高风险组和低风险组,通过受试者工作特征曲线(ROC)评估UIPM的预测准确性,并采用国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库对UIPM预测准确性进行再次验证。采用单因素和多因素Cox回归分析评估UIPM风险评分是否为HCC的预后独立危险因素,并进一步构建列线图模型。结果:Co-IP联合LC-MS分析得到97个UBE2S互作蛋白。GO功能和KEGG信号通路富集分析,互作蛋白主要与半胱氨酸型内肽酶活性、氧化应激和细胞死亡有密切关联。TCGA筛选出5 163个HCC预后相关蛋白,与UBE2S互作蛋白取交集,获得40个预后相关互作蛋白,LASSO回归分析得到7个关键蛋白,包括UBE2S、热休克蛋白家族A成员8(HSPA8)、异质性胞核核糖核蛋白H1(HNRNPH1)、含TCP1伴侣蛋白亚基3 (CCT3)、真核翻译起始因子2亚基1 (EIF2S1)、活化蛋白C激酶1受体(RACK1)和肌动蛋白相关蛋白2/3复合体亚基4(ARPC4),并构建了UIPM,高和低风险组HCC患者生存率存比较差异有统计学意义(P<0.05)。ROC曲线,UIPM预测HCC患者1、2和3年UIPM风险评分的ROC曲线下面积(AUC)值均大于0.7,表明预测模型准确度较高。ICGC数据库数据也证实UIPM预测准确度较高。单因素和多因素Cox回归分析,UIPM风险评分是HCC患者的独立预后危险因素(P<0.05)。列线图预测HCC患者生存率与实际生存率之间有较好的一致性。结论:97个互作蛋白与UBE2S相互作用,可能通过氧化应激和铁死亡相关通路的失调促进HCC发生发展。UIPM风险评分是HCC预后的独立危险因素,可以用于预测HCC患者预后。而UBE2S、HSPA8、HNRNPH1、CCT3、EIF2S1、RACK1和ARPC4有望成为HCC新的生物标志物和治疗靶点。

关键词：泛素结合酶E2S 肝细胞癌免疫共沉淀液相色谱-质谱联用仪预后分析

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

桂林会仙湿地真菌Talaromyces sp.W21的化学成分及其抗炎活性研究

引用

天然产物研究与开发 2024年第7期36卷 1175-1181页

作者：梁琳袁玺冼小雅周先丽王力生邝彤东梁成钦桂林医学院药学院桂林医学院智能医学与生物技术学院桂林医学院广西糖尿病系统医学重点实验室桂林541199

研究桂林会仙湿地来源真菌Talaromyces sp.W21的化学成分及其抗炎活性。综合运用多种柱色谱、现代波谱技术和理化性质对Talaromyces sp.W21发酵提取物中的化学成分进行分离、纯化和结构鉴定,并从中分离得到10个化合物,分别鉴定为cytospo... 详细信息

研究桂林会仙湿地来源真菌Talaromyces sp.W21的化学成分及其抗炎活性。综合运用多种柱色谱、现代波谱技术和理化性质对Talaromyces sp.W21发酵提取物中的化学成分进行分离、纯化和结构鉴定,并从中分离得到10个化合物,分别鉴定为cytospone K(1)、(3 S,4 R,5 R)-4-hydroxymethyl-3,5-dimethyldihydro-2-furanone(2)、lasdiplactone(3)、leptosphaerone C(4)、annularin A(5)、annularin K(6)、cladobotrin V(7)、2-(2′S-hydroxypropyl)-5-methyl-7-hydroxychromone(8)、bacillisporin A(9)、bacillisporin B(10)。其中,化合物1为新的α-吡喃酮类化合物,化合物2~8为首次从Talaromyces sp.中分离获得。抗炎活性实验结果表明化合物9和10对LPS诱导的RAW 264.7释放NO具有一定的抑制作用,其IC 50分别为38.90±0.79、35.02±1.03μmol/L。

关键词：湿地真菌化学成分 α-吡喃酮抗炎活性

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于TCGA数据挖掘及网络药理学探讨卤泛群治疗胶质母细胞瘤的潜在机制

引用

中国药理学通报 2024年第4期40卷 756-764页

作者：曹振程路畅秦祎雄郭勇韩标桂林医学院智能医学与生物技术学院广西桂林541199 桂林医学院生物化学与分子生物学重点实验室广西桂林541199

目的运用癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)基因组学数据挖掘潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群(halofantrine),通过网络药理学方法探讨卤泛群防治胶质母细胞瘤的作用机制,并结合细胞实验对卤泛群防治胶质母细胞瘤的机制进行... 详细信息

目的运用癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)基因组学数据挖掘潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群(halofantrine),通过网络药理学方法探讨卤泛群防治胶质母细胞瘤的作用机制,并结合细胞实验对卤泛群防治胶质母细胞瘤的机制进行验证。方法通过癌症临床公开数据库TCGA挖掘胶质母细胞瘤发生发展的关键基因,利用CMAP数据库寻找潜在治疗胶质母细胞瘤的药物,借助STITCH、Drug bank、Binding DB、BATMAN-TCM、TargetNet、SwissTarget、PubChem检索药物靶点信息,利用Drug bank、DisGeNET、GeneCards,TDD筛选胶质母细胞瘤靶点。通过Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”可视化网络图,通过进行GO、KEGG和分子对接分析,预测其作用机制。利用CCK-8及qPCR等方法验证卤泛群对胶质母细胞瘤细胞及治疗靶点的作用。结果筛选出潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群,卤泛群有150个作用靶点,胶质母细胞瘤治疗靶点有173个,和药物交集靶点有12个,获得3个核心靶点:EGFR、MAPK14、IGF1R。分子对接结果显示,卤泛群与核心靶点结合的潜能和活性良好。CCK-8和qPCR实验结果表明卤泛群可通过EGFR、MAPK14、IGF1R靶点抑制胶质母细胞瘤细胞增殖。结论卤泛群通过EGFR、MAPK14、IGF1R靶点发挥治疗胶质母细胞瘤的作用。

关键词： TCGA数据库网络药理学胶质母细胞瘤卤泛群分子对接作用机制

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：