目的应用指数级富集配体系统进化技术(system evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)筛选与鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium)特异性结合的ssDNA适配子,建立酶联寡聚核苷酸吸附试验(enzyme-linked oligonucleotide assa...
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目的应用指数级富集配体系统进化技术(system evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)筛选与鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium)特异性结合的ssDNA适配子,建立酶联寡聚核苷酸吸附试验(enzyme-linked oligonucleotide assay,ELONA)检测鸟分枝杆菌的方法。方法设计并合成随机序列ssDNA文库,以鸟分枝杆菌为靶标,利用SELEX技术筛选特异性的ssDNA适配子,将亲和力最高的适配子进行克隆、测序;用DNAMAN软件分析适配子的二级结构,并检测其特异性。结果单适配子N1与鸟分枝杆菌结合的Kd为(246±21.87)nmol/L,即亲和力最高,而对结核分枝杆菌等其他分枝杆菌亲和力较低。结论应用SELEX筛选的鸟分枝杆菌ssDNA适配子N1具有较高亲和力和特异性,可作为鸟分枝杆菌检测及艾滋病合并鸟分枝杆菌感染的特异性诊断制剂。
丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)是导致人类肝脏疾病的重要病原体。长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)参与了许多疾病和生物过程的调控,但是lncRNA在HCV感染中的作用还了解很少。本研究旨在筛选HCV感染人肝癌细胞系Huh7.5....
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丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)是导致人类肝脏疾病的重要病原体。长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)参与了许多疾病和生物过程的调控,但是lncRNA在HCV感染中的作用还了解很少。本研究旨在筛选HCV感染人肝癌细胞系Huh7.5.1后差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),并研究相关lncRNA对细胞增殖及周期相关基因表达的影响。首先,分析HCV感染Huh7.5.1细胞72h前后lncRNA芯片表达谱;然后采用实时荧光定量PCR(Reverse tanscription-quantitative real time PCR,RT-qPCR)的方法对芯片中差异表达明显的17条lncRNA进行细胞水平验证;进一步采用CCK8以及ki67细胞增殖实验研究差异表达最明显的lncRNA对细胞增殖的影响;最后采用RT-qPCR探讨lncRNA对细胞周期蛋白基因cyclin B1/D1/E1的mRNA表达的影响。lncRNA芯片检测结果与RT-qPCR验证的相符的lncRNA中,发现HCV感染Huh7.5.1细胞后上调和下调最明显的两条lncRNA分别是RP11-288L9.1与ADAM20P1,而沉默RP11-288L9.1能抑制细胞周期蛋白基因cyclin B1/D1/E1的表达水平,并抑制Huh7.5.1细胞增殖。首次发现HCV感染后上调的RP11-288L9.1能促进细胞周期蛋白基因的表达水平和Huh7.5.1细胞增殖,另一种下调的ADAM20P1对细胞增殖影响不大。研究结果为HCV感染及肝癌细胞增殖提供了潜在的诊断标志物和治疗的新型靶点,具有一定的参考价值。
目的应用CS-SELEX(cell surface-system evolution of ligands by exponential enrichment)技术筛选与丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)非结构蛋白4B(non protein 4B,NS4B)特异性结合的ssDNA适配子,建立检测HCV NS4B的酶联寡聚核苷...
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目的应用CS-SELEX(cell surface-system evolution of ligands by exponential enrichment)技术筛选与丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)非结构蛋白4B(non protein 4B,NS4B)特异性结合的ssDNA适配子,建立检测HCV NS4B的酶联寡聚核苷酸吸附试验(enzyme-linked oligonucleotide assay,ELONA)方法。方法构建pDisplay-NS4B质粒,并转染至HepG2细胞中,在G418存在情况下连续筛选1个月,得到单克隆细胞群,经过Western blot以及流式细胞术验证,获得稳定表达NS4B的HepG2细胞。设计并合成随机序列ssDNA文库,以稳定表达NS4B的细胞为正向筛选靶细胞,以HepG2细胞为反筛细胞进行CS-SELEX技术筛选。每轮筛选获得的具有结合NS4B能力的ssDNA适配子,通过PCR扩增得到富集,随后通过不对称PCR获得下一轮筛选的ssDNA文库。经过16轮筛选,将亲和力最高的筛选产物克隆并测序,用ELONA方法检测适配子的亲和力。结果成功构建表面展示表达重组质粒pDisplay-NS4B。分别将该质粒转入HepG2细胞,通过G418筛选获得稳定表达HCV-NS4B的细胞系NS4B-HepG2。对CS-SELEX筛选的各轮适配子库进行亲和力测定,其中第14轮库适配子与NS4B的亲合力最高。分别对第14轮库中的单个适配子进行亲和力测定,以适配子ZN1和ZN5与NS4B的亲合力最高。ZN1和ZN5不仅能结合展示在细胞表面的NS4B蛋白,还能结合丙型肝炎病毒感染细胞(HCV cell culture,HCVcc)中的HCV-NS4B蛋白。结论适配子ZN1和ZN5对NS4B有高亲和力,这对研究HCV-NS4B致癌机制、HCV诊断以及治疗方面有潜在的应用价值。
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