检索结果-内蒙古大学图书馆

武汉大学学报（医学版） 2024年第10期45卷 1222-1227页

作者：李俊魏蕾张京伟武汉大学中南医院甲乳外科湖北武汉430071 武汉大学泰康医学院(基础医学院)病理生理学教研室湖北武汉430071

目的:利用生物信息学方法,基于G-四链体(G-quadruplex)相关基因探讨乳腺癌新的分子分型和预后作用,并构建预测乳腺癌患者预后的G-四链体相关基因的风险模型。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌转录组数据及临床信息,在Pub... 详细信息

目的:利用生物信息学方法,基于G-四链体(G-quadruplex)相关基因探讨乳腺癌新的分子分型和预后作用,并构建预测乳腺癌患者预后的G-四链体相关基因的风险模型。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌转录组数据及临床信息,在PubMed上系统检索G-quadruplex相关研究,筛选纳入G-四链体相关基因数据,利用共识聚类鉴定G-四链体相关基因调控亚型,通过基因集富集分析(GESA)、Cox回归分析和LASSO回归分析等生物信息学方法,构建预测乳腺患者预后的G-四链体相关基因风险评分模型,并进一步检测其预测效能。结果:鉴定出基于G-四链体相关基因调控亚型,并且不同亚型总生存期、基因集通路富集分析和药物IC50上存在显著差异,筛选出8个G-四链体相关基因(RPS9、YBX1、FOS、VIM、RPL10、MYC、TAF15、HNRNPA1)用于构建G-四链体相关基因调控亚群的预测模型。Kaplan-Meier分析结果提示低评分组的结局较高评分组更差(P=0.02),风险模型在预测1年、3年和5年总体生存率的ROC曲线下面积(AUC),训练集中为0.80、0.77和0.78,验证集中为0.81、0.74和0.75。多因素Cox回归分析表明风险评分是乳腺癌患者预后的独立预测因子(P<0.001)。结论:基于G-四链体相关基因鉴定出乳腺癌亚型并构建的风险评分预后模型对乳腺癌有独立预后作用,为乳腺癌的预后预测提供新的见解。

关键词：乳腺癌 G-四链体预后模型分子分型 TCGA数据库

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基于TCGA数据构建乳腺癌上皮间质转化相关lncRNA的预后模型

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武汉大学学报（医学版） 2023年第8期44卷 985-990页

作者：万慧芳邵尤城魏蕾张京伟武汉大学中南医院甲乳外科湖北武汉430071 武汉大学泰康医学院(基础医学院)病理生理学教研室湖北武汉430071

目的:通过生物信息学分析,探讨上皮间质转化(EMT)相关的长链非编码RNA(lncRNA)在乳腺癌中的预后作用。方法:从TCGA数据库下载乳腺癌的转录组数据及临床信息,在MSigDB数据库下载EMT相关基因的数据集,然后利用差异分析、共表达分析、Cox... 详细信息

目的:通过生物信息学分析,探讨上皮间质转化(EMT)相关的长链非编码RNA(lncRNA)在乳腺癌中的预后作用。方法:从TCGA数据库下载乳腺癌的转录组数据及临床信息,在MSigDB数据库下载EMT相关基因的数据集,然后利用差异分析、共表达分析、Cox回归分析、Lasso回归分析、生存分析等生物信息学方法,构建乳腺癌中EMT相关lncRNA的风险特征,并进一步检验其预测效能。结果:乳腺癌肿瘤组和正常组有311个差异表达的EMT相关基因(P<0.05),与这些基因存在共表达关系的lncRNA有315个(皮尔逊相关系数r=0.7,P<0.001),其中,与预后可能相关的lncRNA有16个(P<0.05)。进一步行Lasso回归分析及多因素Cox回归分析,最终得到基于9个lncRNA表达水平的风险评分公式,根据风险评分的中位数将患者分为高、低风险组,生存分析结果显示,相比于低风险组,高风险组患者的总生存期更低(P<0.001)。ROC曲线结果表明,风险评分预后模型对乳腺癌的3、5、10年生存期具有较好的预测效能,Cox回归分析结果进一步表明该模型可以作为一个独立的预后因素。结论:基于9个EMT相关lncRNA的表达水平构建的风险评分预后模型对乳腺癌有独立的预后作用,为乳腺癌的预后预测提供了新的思路。

关键词：乳腺癌上皮间质转化 LncRNA 预后模型 TCGA数据库

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慢性尼古丁暴露对阿尔茨海默病小鼠病理改变的影响

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华中科技大学学报(医学版) 2024年第6期53卷 741-750页

作者：杨潮清龚晓康梁征黄甜甜赵阳赵艳娜包建江汉大学医学部认知与情感障碍湖北省重点实验室武汉430056 武汉生物医学研究院武汉430056 江汉大学基础医学院病理学与病理生理学教研室武汉430056

目的探讨不同剂量慢性尼古丁暴露对小鼠阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)病理改变的影响,明确尼古丁对AD模型小鼠认知功能改变的影响,为AD的临床预防和干预提供实验依据。方法本课题选取9月龄的三转基因(3×Tg)小鼠(APPswe,PS... 详细信息

目的探讨不同剂量慢性尼古丁暴露对小鼠阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)病理改变的影响,明确尼古丁对AD模型小鼠认知功能改变的影响,为AD的临床预防和干预提供实验依据。方法本课题选取9月龄的三转基因(3×Tg)小鼠(APPswe,PS1M146V和Tau P301L转基因),给予低(5%即50μg/mL)、中(10%即100μg/mL)和高(20%即200μg/mL)剂量的尼古丁慢性暴露3个月;利用蛋白免疫印迹和免疫荧光、qPCR技术分别检测不同组别小鼠大脑β-淀粉样蛋白(Aβ)斑块沉积、Tau蛋白磷酸化、突触损伤与大脑神经炎症;通过小胶质细胞与Aβ共染,初步观测小胶质细胞对斑块的吞噬情况;行为学实验检测小鼠的认知功能。结果连续3个月的高剂量尼古丁慢性暴露会加剧Aβ的沉积,而低剂量尼古丁缓解Aβ的沉积,并显著减轻海马体的突触损伤。此外,高剂量尼古丁慢性暴露加重了3×Tg小鼠大脑中的小胶质细胞活化和神经炎症及星形胶质细胞增生,而给予低剂量尼古丁则没有明显改变。不同剂量尼古丁慢性暴露对Tau蛋白磷酸化和小鼠认知行为学表现无明显影响。结论低剂量尼古丁慢性暴露缓解AD模型小鼠的Aβ沉积和大脑突触损伤;高剂量尼古丁慢性暴露加重Aβ沉积和神经炎症。

关键词：阿尔茨海默病尼古丁 β淀粉样蛋白神经炎症

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基于TCGA数据库构建雌激素受体阳性乳腺癌患者的预后风险模型

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武汉大学学报（医学版） 2022年第2期43卷 243-249页

作者：杨燕贺鑫龚鹏举宋文静魏蕾张京伟武汉大学中南医院甲状腺乳腺外科湖北武汉430071 武汉大学基础医学院病理与病理生理学教研室湖北武汉430071

目的:构建微小RNA(miRNA)表达的预测雌激素受体(ER)阳性乳腺癌患者预后的风险模型。方法:分析了TCGA数据库下载的ER阳性乳腺癌患者的miRNA表达数据和临床资料,筛选出与ER阳性乳腺癌特异性相关的miRNA并构建了miRNA-临床的预测ER阳性乳... 详细信息

目的:构建微小RNA(miRNA)表达的预测雌激素受体(ER)阳性乳腺癌患者预后的风险模型。方法:分析了TCGA数据库下载的ER阳性乳腺癌患者的miRNA表达数据和临床资料,筛选出与ER阳性乳腺癌特异性相关的miRNA并构建了miRNA-临床的预测ER阳性乳腺癌患者3年和5年生存率的预测模型。受试者工作曲线(ROC)和校准曲线用于评估列线图的预测能力和准确性。最后分析了miRNA在他莫昔芬治疗复发组与未复发组的表达情况。使用DAVID工具进行miRNA靶基因的GO功能富集和KEGG信号通路富集。结果:Lasso回归分析最终得到与预后相关的4个miRNA(miR-331、miR-615、miR-653、miR-887)并计算风险评分,风险评分可以有效地区分低风险患者和高风险患者。随后,我们构建了包含风险评分和临床特征的预后模型。曲线下面积(AUC)显示,该模型具有较好的预测能力和准确性(3年AUC=0.768,5年AUC=0.849)。GSE37405数据集中miRNA表达分析显示miR-331在他莫昔芬治疗复发组的表达明显高于他莫昔芬治疗未复发组(P=0.018)。GO功能富集分析和KEGG信号通路分析表明,miR-331的靶基因主要参与蛋白质结合、转录调控和mRNA监视途径。结论:我们构建了miRNA-临床的预后模型,该模型可有效预测ER阳性乳腺癌患者的3年和5年生存率,并有利于制定个体化治疗决策。

关键词：雌激素受体阳性乳腺癌 miRNA TCGA 列线图

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慢性间歇性酒精暴露对创伤后应激小鼠恐惧、焦虑和抑郁行为的影响及机制

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华中科技大学学报（医学版） 2024年第5期53卷 591-598页

作者：郝丽艳张一博吴杨杏子徐青青张议方袁诗雨肖一帆舒细记龚晓康江汉大学医学部认知与情感障碍湖北省重点实验室武汉430056 江汉大学医学部武汉生物医学研究院武汉430056 江汉大学医学部基础医学院病理学与病理生理学教研室武汉430056

目的观察慢性间歇性酒精暴露对创伤后应激障碍(post-traumatic stress disorder,PTSD)小鼠恐惧、焦虑和抑郁行为的影响以及可能的机制。方法将36只8周龄C57雄性小鼠随机分为正常对照(Control)组,创伤后应激(PTSD)组以及创伤后应激慢性... 详细信息

目的观察慢性间歇性酒精暴露对创伤后应激障碍(post-traumatic stress disorder,PTSD)小鼠恐惧、焦虑和抑郁行为的影响以及可能的机制。方法将36只8周龄C57雄性小鼠随机分为正常对照(Control)组,创伤后应激(PTSD)组以及创伤后应激慢性间歇性酒精暴露(PTSD+Alcohol)组,利用足底电击法制备小鼠PTSD模型后予以慢性间歇性酒精暴露14 d,检测各组小鼠恐惧、焦虑和抑郁行为;采用Western blot法检测各组小鼠海马组织小胶质细胞标记物离子钙接头蛋白1(IBA1)、神经元突触后致密蛋白95(PSD95)和突触结合蛋白(synaptotagminⅠ,SYT1)表达水平;采用免疫荧光染色法检测各组小鼠海马组织IBA1、突触素(synaptophysin,SYN)表达水平;通过酶联免疫分析(ELISA)检测各组小鼠海马组织肿瘤坏死因子α(TNF-α),白细胞介素6(IL-6)和白细胞介素1β(IL-1β)的释放量。结果与Control组相比,PTSD组小鼠在条件恐惧实验中僵直时间率显著增加,开放臂穿越次数减少,强迫游泳测试中不动时间增加,海马IBA1蛋白表达量以及TNF-α释放增加,SYN、PSD95和SYT1蛋白表达则下降(均P<0.05)。与PTSD组相比,PTSD+Alcohol组小鼠在条件恐惧实验中僵直时间率显著增加,旷场测试运动距离和中央区时间减少,海马IBA1蛋白表达增加,TNF-α和IL-1β释放量增加(均P<0.05)。结论慢性间歇性酒精暴露能够加重创伤后应激小鼠的恐惧、焦虑和抑郁行为,其机制可能与小胶质细胞的激活有关。

关键词：创伤后应激酒精使用障碍焦虑抑郁小胶质细胞

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VSIG4在乳腺癌中的表达及其与免疫浸润和预后的相关性

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肿瘤防治研究 2021年第5期48卷 489-496页

作者：宋文静刘姝婷贺鑫龚鹏举杨燕魏蕾张京伟武汉大学中南医院甲乳外科武汉430071 武汉大学基础医学院病理与病理生理学教研室武汉430071

目的分析M2型巨噬细胞在乳腺癌组织中的浸润丰度,探索VSIG4与M2型巨噬细胞的相关性及调控乳腺癌侵袭和迁移的潜在机制。方法下载TCGA-BRCA的RNA-seq数据,CIBERSORT评估样本的免疫细胞浸润丰度,构建预后风险预测模型。分析M2型巨噬细胞及... 详细信息

目的分析M2型巨噬细胞在乳腺癌组织中的浸润丰度,探索VSIG4与M2型巨噬细胞的相关性及调控乳腺癌侵袭和迁移的潜在机制。方法下载TCGA-BRCA的RNA-seq数据,CIBERSORT评估样本的免疫细胞浸润丰度,构建预后风险预测模型。分析M2型巨噬细胞及VSIG4对乳腺癌患者预后的影响,基因集富集分析VSIG4参与的信号通路,并预测其上游调控miRNA。结果M2型巨噬细胞的浸润丰度与年龄、PR状态、病理分期共同参与构建风险预测模型,模型预测性能较好(AUC=0.816)。M2型巨噬细胞的高浸润(HR=1.35,P<0.05)及VSIG4的高表达(HR=1.4,P=0.039)提示乳腺癌患者预后较差。VSIG4受上游miR-29a-3p调控,与Toll样受体、细胞黏附、细胞因子的生成及释放等通路显著相关。结论VSIG4与乳腺癌患者预后及M2型巨噬细胞浸润丰度显著相关,受上游miR-29a-3p调控,VSIG4促进乳腺癌细胞的侵袭和迁移,可作为乳腺癌的潜在预后标志物。

关键词： VSIG4 M2型巨噬细胞乳腺癌预后模型预后标志物肿瘤浸润免疫细胞

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黄芩苷通过抑制HMGB-1减少U937巨噬细胞的M1型极化和减轻小鼠的急性肺损伤

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中国病理生理杂志 2021年第7期37卷 1233-1239页

作者：杨冰朱路明江丽丽王菁覃元武汉市第八医院呼吸科湖北武汉430010 武汉大学基础医学院病理生理学教研室湖北武汉430071

目的:验证黄芩苷减轻急性肺损伤的作用和机制。方法:用脂多糖(LPS)处理人巨噬细胞系U937模拟急性肺损伤的炎症环境,加入黄芩苷,检测细胞内高迁移率族盒蛋白1(HMGB-1)的蛋白表达和巨噬细胞M1表型标志物水平,并使用HMGB-1中和抗体进行验... 详细信息

目的:验证黄芩苷减轻急性肺损伤的作用和机制。方法:用脂多糖(LPS)处理人巨噬细胞系U937模拟急性肺损伤的炎症环境,加入黄芩苷,检测细胞内高迁移率族盒蛋白1(HMGB-1)的蛋白表达和巨噬细胞M1表型标志物水平,并使用HMGB-1中和抗体进行验证。再用LPS给与小鼠腹腔注射造成炎症模型,给予黄芩苷灌胃,检测其肺湿干重比及肺泡灌洗液中HMGB-1和巨噬细胞M1表型标志物蛋白浓度来验证黄芩苷的在体作用。结果:黄芩苷可以抑制LPS引起的U937巨噬细胞向M1表型极化,并减少LPS导致的HMGB-1蛋白高表达。在炎症模型下巨噬细胞的活力下降,而加入黄芩苷可以逆转这一效果。使用HMGB-1中和抗体可以达到与黄芩苷类似的效果。动物实验中,黄芩苷灌胃的小鼠的肺泡灌洗液中HMGB-1和M1型巨噬细胞标志物白细胞介素1β(IL-1β)和肿瘤坏死因子α(TNF-α)相对于模型组显著减少,肺湿干重比显著小于模型组。结论:黄芩苷通过抑制HMGB-1减少U937巨噬细胞的M1型极化和减轻小鼠的急性肺损伤.

关键词：急性肺损伤黄芩苷巨噬细胞高迁移率族盒蛋白1 M1型极化

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转录因子E2F1与肿瘤预后和肿瘤免疫的泛癌研究

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武汉大学学报（医学版） 2021年第6期42卷 941-947页

作者：徐靓婧邵尤城龚鹏举陈芳芳张京伟武汉大学中南医院甲状腺乳腺外科湖北武汉430071 武汉大学基础医学院病理生理学教研室湖北武汉430071

目的:揭示E2F1在肿瘤中重要的免疫调节因子的地位,为肿瘤的免疫治疗和预后预测提供新的靶点。方法:利用ONCOMINE数据库、UCSC Xena数据库综合分析E2F1在肿瘤组织以及癌旁组织中的表达。在GEPIA数据库中,测试E2F1表达和泛癌分期之间的相... 详细信息

目的:揭示E2F1在肿瘤中重要的免疫调节因子的地位,为肿瘤的免疫治疗和预后预测提供新的靶点。方法:利用ONCOMINE数据库、UCSC Xena数据库综合分析E2F1在肿瘤组织以及癌旁组织中的表达。在GEPIA数据库中,测试E2F1表达和泛癌分期之间的相关性以及泛癌组织和癌旁组织之间E2F1的表达水平差异。Kaplan-Meier Plotter分析E2F1在泛癌中的差异生存曲线。并综合分析各个肿瘤中E2F1与肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)的相关性。随后使用TISIDB数据库重点研究了每种肿瘤中E2F1与肿瘤免疫浸润细胞之间的相关性。结果:E2F1在多种肿瘤中普遍高表达,且E2F1可以预测多种肿瘤患者的生存率。在多种肿瘤中,E2F1与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性明显相关。E2F1和ACT-CD4淋巴细胞的关系最为明显,尤其是在乳腺浸润癌(BRCA)、肾透明细胞癌(KIRC)和肝细胞肝癌(LIHC)这三种肿瘤中。结论:E2F1是至关重要的肿瘤预后预测因子,并在一定程度上调节多种肿瘤相关的免疫反应。

关键词： E2F1 ACT-CD4淋巴细胞泛癌预后肿瘤微环境

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利用加权基因共表达网络分析挖掘促进乳腺癌循环肿瘤细胞转移的关键基因

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武汉大学学报（医学版） 2021年第1期42卷 72-77页

作者：曾祎凡张京伟邵尤城龚鹏举陈芳芳武汉大学中南医院甲状腺乳腺外科湖北武汉430071 武汉大学基础医学院病理生理学教研室湖北武汉430071

目的:通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选促进乳腺癌循环肿瘤细胞转移的基因,为乳腺癌转移的早期预警提供循环肿瘤细胞标志物,也为乳腺癌发展动态监测提供新策略。方法:利用WGCNA筛选出数据集GSE9893中与乳腺癌转移相关的基因,... 详细信息

目的:通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选促进乳腺癌循环肿瘤细胞转移的基因,为乳腺癌转移的早期预警提供循环肿瘤细胞标志物,也为乳腺癌发展动态监测提供新策略。方法:利用WGCNA筛选出数据集GSE9893中与乳腺癌转移相关的基因,将所选基因与在循环肿瘤细胞数据库中高表达的基因取交集作为候选基因,最后在肿瘤基因组计划(TCGA)数据库中验证候选基因的表达水平。结果:1024个基因在伴转移的乳腺癌中高表达,WGCNA从中得到与乳腺癌转移相关的67个基因,其中ACTB和DDX5基因在乳腺癌循环肿瘤细胞中呈现出高表达的状态,并且DDX5在TCGA伴转移的乳腺癌样本中也高表达。结论:DDX5可作为乳腺癌发展动态监测的循环肿瘤细胞标志物,并可能为乳腺癌治疗提供新的靶点。

关键词：乳腺癌加权基因共表达网络分析循环肿瘤细胞转移

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LncRNA GATA3-AS1促进乳腺癌细胞的增殖迁移及其机制

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医学新知 2022年第2期32卷 127-137页

作者：江琪习一清魏蕾武汉大学基础医学院病理生理学教研室武汉430071 武汉大学中南医院甲乳外科武汉430071

目的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)与多种肿瘤的发生发展密切相关。本研究旨在探讨LncRNA GATA3-AS1在乳腺癌进展中的生物学作用及其机制。方法使用starBase等在线数据库预测GATA3-AS1的下游靶基因GATA3,采用qRT-PCR技... 详细信息

目的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)与多种肿瘤的发生发展密切相关。本研究旨在探讨LncRNA GATA3-AS1在乳腺癌进展中的生物学作用及其机制。方法使用starBase等在线数据库预测GATA3-AS1的下游靶基因GATA3,采用qRT-PCR技术检测正常乳腺细胞与乳腺癌细胞中LncRNA GATA3-AS1的表达水平,通过在线数据库预测其表达与乳腺癌不同临床病理特征的关系。利用质粒转染实验获得低表达GATA3-AS1的细胞株,使用Cell Counting Kit-8(CCK8)实验、划痕实验、Transwell实验评估GATA3-AS1在乳腺癌进展中的功能,并采用蛋白印迹实验验证GATA3-AS1和GATA3的表达相关性。结果 GATA3-AS1在乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MCF-7中显著高表达,通过bc-GenExMiner数据库在线分析,GATA3-AS1在年龄> 51岁、人类表皮生长因子受体2阴性(HER2-)、雌激素受体阳性(ER+)、孕激素受体阳性(PR+)、激素受体A阳性型(luminal A)的乳腺癌患者中表达量更高,且GATA3-AS1的表达与乳腺癌的总生存期呈显著负相关。体外实验表明,沉默GATA3-AS1可显著降低乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MCF-7的增殖迁移能力。此外,在MDA-MB-231和MCF-7细胞系中敲低GATA3-AS1后,GATA3蛋白水平显著升高,提示GATA3-AS1的促癌作用可能是通过其蛋白编码基因GATA3的表达来介导。结论 LncRNA GATA3-AS1可能通过调节GATA3的表达促进乳腺癌肿瘤细胞的增殖与迁移。

关键词：长链非编码RNA GATA3-AS1 乳腺癌增殖迁移调控机制

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