检索结果-内蒙古大学图书馆

苏拉明与HIV-1衣壳蛋白六聚体中NTD/CTD界面互作调节CA蛋白装配

药学学报 2025年第3期60卷 817-824页

作者：许晓双张大为江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所江苏常州213001

HIV-1衣壳蛋白(HIV-1 capsid protein,CA)是寻找抗病毒药物的有效靶点。靶向HIV-1 CA C端结构域(C-terminal domain of HIV-1 CA,CA CTD)中的CAI(capsid assembly inhibitor peptide)结合口袋可用来筛选CA蛋白抑制剂。本研究基于均相时间分辨荧光技术发现小分子化合物苏拉明(suramin)通过结合到该口袋靶向HIV-1CA,其抑制CA CTD-CAI相互作用的半数抑制浓度(IC_(50))值为2.1μmol·L^(-1)。生物膜干涉法(bio-layer interferometry,BLI)实验表明,苏拉明直接与CA蛋白结合,且与CA蛋白六聚体的结合亲和力(K_(D)=248 nmol·L^(-1))高于与CA单体的结合亲和力(K_(D)=227μmol·L^(-1))。此外,CA蛋白体外组装实验表明苏拉明促进了CA蛋白的无序多聚化。分子模拟结合模式分析结果显示,苏拉明通过N57、Q63、Q67和Y169残基结合到CA六聚体中相邻CA单体之间的界面上,起到增强CA蛋白多聚化的作用。综上所述,苏拉明是一种靶向CA六聚体的CA蛋白抑制剂,可作为发现新型CA抑制剂的起点。

关键词：苏拉明衣壳装配生物膜干涉人类免疫缺陷病毒1型均相时间分辨荧光技术

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自适应噪声完备经验模态分解排列熵结合支持向量机的心音分类方法研究

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生物医学工程学杂志 2022年第2期39卷 311-319页

作者：刘美君吴全玉丁胜潘玲佼刘晓杰江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所江苏常州213001

针对心音信号非平稳性、非线性的特征,为了更直观地把心音信号的特征显示出来,提高分类识别的高效性,提出了一种自适应噪声完备经验模态分解(CEEMDAN)排列熵作为心音信号的特征向量,通过支持向量机(SVM)进行心音分类识别的方法。首先,... 详细信息

针对心音信号非平稳性、非线性的特征,为了更直观地把心音信号的特征显示出来,提高分类识别的高效性,提出了一种自适应噪声完备经验模态分解(CEEMDAN)排列熵作为心音信号的特征向量,通过支持向量机(SVM)进行心音分类识别的方法。首先,将原始心音信号进行CEEMDAN,得到若干从高频到低频的模态分量(IMF)。其次,利用IMF分量与原始信号的相关系数、能量因子和信噪比来优选IMF做Hilbert变换,得到分量信号的瞬时频率,再计算各IMF排列熵值组成特征向量。最后,将特征向量输入SVM二分类器进行正常与异常心音信号的分类识别。对源自2016年PhysioNet/CinC挑战赛的100例心音样本进行正常与异常的分类,准确度达到87%。研究表明本文方法相比于常用的EMD和EEMD排列熵的方法准确度提高了18%~24%,可见,CEEMDAN排列熵结合SVM的方法能够有效识别正常和异常心音。

关键词：心音分类自适应噪声完备经验模态分解排列熵支持向量机

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蛋白质分子机器结构的特性分析及去折叠研究

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数据采集与处理 2022年第5期37卷 1126-1133页

作者：张莉莉蒋益锋谢良旭孔韧常珊江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所常州213001

分子机器是指由分子尺度的物质构成且能行使某种加工功能的机器,主要构件是蛋白质等生物分子。三维空间结构决定了蛋白质的相关特性和功能,理解蛋白质的氨基酸(残基)序列如何折叠成特定的三维空间结构,即蛋白质结构的折叠机制及其特性... 详细信息

分子机器是指由分子尺度的物质构成且能行使某种加工功能的机器,主要构件是蛋白质等生物分子。三维空间结构决定了蛋白质的相关特性和功能,理解蛋白质的氨基酸(残基)序列如何折叠成特定的三维空间结构,即蛋白质结构的折叠机制及其特性对于分子机器的研究具有重要意义。因此,使用一种快速简单的研究蛋白质结构折叠机制信息的模拟方法很有必要。本文主要基于蛋白质的自然状态拓扑,采用高斯网络模型研究了蛋白质GB1,分析了其结构特性及其结构的展开过程,与相关实验和分子动力学模拟数据吻合良好,表明该弹性网络模型适用于蛋白质结构的研究。

关键词：蛋白质弹性网络模型结构特性去折叠 GB1

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基于深度学习的癫痫脑电信号分类

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数据采集与处理 2022年第4期37卷 787-797页

作者：徐晴葛成蔡标陆翼常珊江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所常州213001

有效地分析处理癫痫脑电信号并对其准确分类可以进一步完善癫痫检测问题。因此,各种深度学习方法逐渐应用到该问题中,如使用BiLSTM模型对癫痫脑电的一维时间序列数据进行处理。为进一步提高癫痫脑电分类的准确率,本文将癫痫脑电的一维... 详细信息

有效地分析处理癫痫脑电信号并对其准确分类可以进一步完善癫痫检测问题。因此,各种深度学习方法逐渐应用到该问题中,如使用BiLSTM模型对癫痫脑电的一维时间序列数据进行处理。为进一步提高癫痫脑电分类的准确率,本文将癫痫脑电的一维时间序列数据转换为二维图像,使用EfficientNetV2模型来实现癫痫检测的二分类。同时,引入梯度加权类激活映射(Gradient⁃weighted class activation mapping,Grad⁃CAM)对二维图像分类进行可视化分析。对德国伯恩大学脑电癫痫脑电信号数据集的预处理版本进行分类实验,EfficientNetV2模型的准确率达到了98.69%,优于BiLSTM模型。结果表明,EfficientNetV2模型可以有效通过二维脑电图像实现癫痫脑电分类,而且分类准确率更高。

关键词：癫痫脑电信号 EfficientNetV2 BiLSTM 梯度加权类激活映射

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一种结合自适应噪声完备经验模态分解和盲反卷积去除脑电中眼电伪迹的新方法

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数据采集与处理 2020年第4期35卷 720-729页

作者：吴全玉张文强潘玲佼陶为戈刘晓杰江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所常州213001

针对微弱的脑电(Electroencephalogram,EEG)信号在采集过程中夹杂着各种生理伪迹,特别易遭到眨眼和眼动产生的眼电(Electrooculography,EOG)伪迹干扰。本文提出在自适应噪声完备经验模态分解(Complete ensemble empirical mode decomposition with adaptive noise,CEEMDAN)的基础上,构建盲反卷积(Blind deconvolution,BD)模型,实现EOG伪迹分离的方法。该方法首先运用CEEMDAN方法将含有伪迹的EEG信号分解成若干固有模态函数(Intrinsic mode function,IMF)分量,再以模态分量为观测信号送入EEG信号和EOG伪迹两个源信号构成的盲反卷积模型中,通过构建代价函数迭代实现EEG信号与EOG伪迹分离。为了验证新提出的算法,采用标准CHB⁃MIT头皮脑电数据库进行实验验证,EOG伪迹分离后的数据跟原始脑电数据作相关性分析,其相关系数是0.82。结果证实本文提出的方法保留有大多数原始EEG信号分量,同时对EOG伪迹的分离也具有良好的效果。

关键词：脑电信号眼电伪迹经验模态分解盲反卷积

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CAPRI第32～37轮竞赛中蛋白质复合物结构的预测和评估

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北京工业大学学报 2017年第12期43卷 1828-1836页

作者：张大为许晓双孔韧陆旭峰陆振宇常珊江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所江苏常州213001

为了探究蛋白质复合物的结构与相互作用,建立了蛋白质的分子对接方法,从2014年起参加蛋白质复合物结构预测竞赛的预测和打分竞赛.该方法首先采用结构模建方法预测单体蛋白质分子的结构,通过快速傅里叶变换进行全空间构象搜索.然后,优化... 详细信息

为了探究蛋白质复合物的结构与相互作用,建立了蛋白质的分子对接方法,从2014年起参加蛋白质复合物结构预测竞赛的预测和打分竞赛.该方法首先采用结构模建方法预测单体蛋白质分子的结构,通过快速傅里叶变换进行全空间构象搜索.然后,优化蛋白质复合物构象,并采用全原子统计势函数进行评价.总结第32~37轮CAPRI竞赛结果发现,该方法在T104、T105、T111和T118比赛中挑选出了L_(RMSD)小于2.0×10^(-10)m的近天然结构.通过对比其他国际优秀课题组的方法,分析预测和打分比赛中取得的成绩和不足之处,并为后续的研究提出了改进方案与建议.

关键词：蛋白质分子对接复合物结构预测打分函数

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以PDE2为靶标的抑制剂药物高通量筛选模型的建立

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中国新药杂志 2020年第10期29卷 1175-1180页

作者：许煌许晓双高英曹依菁黄险峰孔韧宋国强常州大学制药与生命科学学院江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所

目的:建立稳定可靠,且以二型磷酸二酯酶(PDE2)为靶标,采用AlphaScreencAMP kit为技术的高通量药物筛选模型。方法:利用大肠杆菌原核表达纯化获得目的蛋白,通过AlphaScreen酶活体系摸索MgCl2浓度对PDE2活性影响,测定底物Bio-cAMP的Km值... 详细信息

目的:建立稳定可靠,且以二型磷酸二酯酶(PDE2)为靶标,采用AlphaScreencAMP kit为技术的高通量药物筛选模型。方法:利用大肠杆菌原核表达纯化获得目的蛋白,通过AlphaScreen酶活体系摸索MgCl2浓度对PDE2活性影响,测定底物Bio-cAMP的Km值,考察二甲基亚砜(dimethyl sulfoxide,DMSO)对体系的影响,最后测定阳性抑制剂Bay 60-7550的半抑制浓度(IC50)验证模型。结果:纯化的PDE2蛋白通过SDS-PAGE检测分子量约为40. 0 kD,测得浓度1. 2 mg·m L-1;反应缓冲液中MgCl2浓度定为10 mmol·L-1,结合米氏方程,测得Km后确定底物工作浓度为200 nmol·L-1,PDE2工作浓度为0. 12 mg·m L-1;体系DMSO含量需低于4%;通过以上条件测得Bay 60-7550的IC50值为8. 4 nmol·L-1,与文献值近似。结论:建立的高通量筛选模型,具备易于操作、信号窗口大、速度快、节省原料等特点,可用于PDE2抑制剂筛选。

关键词：二型磷酸二酯酶 AlphaScreen 抑制剂高通量筛选

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蛋白质-配体分子对接中构象搜索方法

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数据采集与处理 2018年第4期33卷 586-594页

作者：常珊陆旭峰王峰江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所常州213001 常州大学信息科学与工程学院常州213164

分子对接是研究蛋白质-配体分子间相互作用与识别的有效方法。分子间的相互作用过程中形成的近天然构象是结合自由能极低的构象,快速且准确搜索能量极低的构象对于蛋白质-配体分子对接至关重要。本文回顾了蛋白质-配体分子对接中主要的... 详细信息

分子对接是研究蛋白质-配体分子间相互作用与识别的有效方法。分子间的相互作用过程中形成的近天然构象是结合自由能极低的构象,快速且准确搜索能量极低的构象对于蛋白质-配体分子对接至关重要。本文回顾了蛋白质-配体分子对接中主要的构象搜索算法,包括快速穷举搜索、启发式搜索和其他搜索方法,并列举了采用不同搜索算法的代表性分子对接软件。其次,介绍了蛋白质-配体分子对接的国际评估实验、常用的测试标准库和评价的重要指标。最后,分析并指出了当前蛋白质-配体对接构象搜索方法所存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。

关键词：蛋白质-配体相互作用构象搜索方法分子对接

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基于Hadoop环境下蛋白质与配体分子对接模拟实验研究

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数据采集与处理 2020年第4期35卷 672-681页

作者：钦淳许磊王峰孔韧常珊江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所常州213001 常州大学信息科学与工程学院常州213164

蛋白质种类和小分子的数量过多,对于药物的模拟开发运算量巨大。而分子对接是研究新药的重要手段,因此提高分子对接实验系统的工作效率十分重要。分子对接主要目的是研究蛋白质受体和配体小分子之间的作用与联系。本文通过模拟实验,搭... 详细信息

蛋白质种类和小分子的数量过多,对于药物的模拟开发运算量巨大。而分子对接是研究新药的重要手段,因此提高分子对接实验系统的工作效率十分重要。分子对接主要目的是研究蛋白质受体和配体小分子之间的作用与联系。本文通过模拟实验,搭建了一个Hadoop平台,并利用Hadoop强大的并行计算能力对蛋白质(1ppe与1uy6)与多组数量不同的配体小分子进行对接,最后对工作过程进行了相应的比较与优化。实验结果表明,该系统可以有效提高对接效率,并且具有较好的稳定性和便利性。

关键词：蛋白质分子对接 Hadoop环境并行计算

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全桡动脉波传导时间与动脉硬化参数的对比分析研究

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应用力学学报 2016年第2期33卷 229-233,369页

作者：吴全玉刘晓杰姚克明常珊李志勇江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所常州213001 东南大学生物科学与医学工程学院南京210096

将测量和分析不同部位的外周动脉脉搏波波形,作为一种无创评估动脉僵硬度的方法,已经受到中外医学界的广泛重视。脉搏波传导时间已经被用来作为评价动脉僵硬度的有效指标,其无创评估动脉硬化的有效价值也得到重视。本文是通过容易获取... 详细信息

将测量和分析不同部位的外周动脉脉搏波波形,作为一种无创评估动脉僵硬度的方法,已经受到中外医学界的广泛重视。脉搏波传导时间已经被用来作为评价动脉僵硬度的有效指标,其无创评估动脉硬化的有效价值也得到重视。本文是通过容易获取的桡动脉波形计算全桡动脉脉搏波传导时间(FRPTT),将其与已经成熟的动脉僵硬度指标作对比分析研究,来判断FRPTT是否可以用来评估人体的动脉僵硬度。对248位合格样本人员的桡动脉脉搏波波形数据进行计算分析,同时测量其身高、体重、手腕处动脉血压,计算身体质量指数、桡动脉增益指数、射血时间、FRPTT。通过对采集到的20s时间内桡动脉波形进行二次微分,用自编的软件算法自动检测出点b(心脏开始射血点)和e(左心射血的停止点)的位置,计算FRPTT。通过对算出的FRPTT值与已知的心率、脉压、增益指数三个参数进行分析和比较,发现其与心率和增益指数两个参数(P<0.001)显著相关;另外,女性组的FRPTT值跟脉压显示弱的负相关性,男性组没有相关性。结果表明,FRPTT可以作为一个衡量动脉硬化的指标。

关键词：桡动脉脉搏波波形分析法脉搏波传导时间动脉硬化

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