检索结果-内蒙古大学图书馆

数据采集与处理 2022年第2期37卷 298-307页

作者：宋伟谢建平高倩谢良旭许晓军江苏理工学院电气信息工程学院常州213001 湖州师范学院理学院湖州313000 江苏理工学院计算机工程学院常州213001 江苏理工学院生物信息与医药工程研究所常州213001

人工智能方法的高性能通常需要有充足的数据来训练模型参数。如何在数据量不足的情况下提升模型的性能,即小样本学习,是人工智能领域的重要研究方向之一。本文提出了基于图像插值的小样本学习策略,并在手写数字图像识别任务中验证了该... 详细信息

人工智能方法的高性能通常需要有充足的数据来训练模型参数。如何在数据量不足的情况下提升模型的性能,即小样本学习,是人工智能领域的重要研究方向之一。本文提出了基于图像插值的小样本学习策略,并在手写数字图像识别任务中验证了该策略的可行性。系统研究了全连接神经网络和卷积神经网络对MNIST和USPS手写数字图像识别的小样本学习性能。计算结果表明,基于图像插值的数据增强方法可以显著提升神经网络在小样本数据中的特征提取能力和学习效率,且选择合适的图像插值缩放系数可以进一步优化神经网络的小样本学习性能。

关键词：人工智能手写数字小样本学习计算机视觉图像识别

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于双边随机投影算法的光学相干层析成像降噪

引用

数据采集与处理 2021年第4期36卷 713-721页

作者：潘玲佼范伟伟吴全玉江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所常州213001 常州大学微电子与控制工程学院常州213164

为了解决光学相干层析成像(Optical coherence tomography,OCT)系统中的散斑噪声问题,提出了一种基于双边随机投影的光学相干层析成像去噪算法。基于三维OCT图像相邻帧的生物组织结构之间的高度相似性及图像高分辨率的特性,将原始OCT图... 详细信息

为了解决光学相干层析成像(Optical coherence tomography,OCT)系统中的散斑噪声问题,提出了一种基于双边随机投影的光学相干层析成像去噪算法。基于三维OCT图像相邻帧的生物组织结构之间的高度相似性及图像高分辨率的特性,将原始OCT图像信号分解为无噪低秩矩阵、稀疏矩阵以及噪声矩阵;然后采用双边随机投影算法进行求解,提取低秩矩阵,从而去除噪声,恢复无噪图像;在临床数据集上对本文算法进行了测试,并通过信噪比(Signal to noise,SNR)、对比度噪声比(Contrast to noise ratio,CNR)以及等效视数(Equivalent number of looks,ENL)3个指标对降噪效果进行评价。实验结果表明,与稳健性主成分分析算法相比,本文算法在信噪比、对比度信噪比以及等效视数指标上分别提高了1.22 dB、0.84 dB和59.5,能更有效地抑制散斑噪声,且计算复杂度较低。

关键词：散斑噪声光学相干层析成像双边随机投影图像处理

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于CPU和GPU异构的蛋白质分子半柔性对接算法优化

引用

数据采集与处理 2018年第4期33卷 603-610页

作者：陆旭峰陆振宇梅向东孔韧常珊江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所常州213001 江苏赞奇科技股份有限公司常州213022

分子对接是预测蛋白质复合物的有效手段。对于分子对接算法的优化旨在加速分子对接效率,降低计算成本,以及充分发挥计算资源的利用率。本文主要采用3个方案对半柔性对接算法进行优化:(1)方案一在CPU端进行优化;(2)方案二在方案一的基础... 详细信息

分子对接是预测蛋白质复合物的有效手段。对于分子对接算法的优化旨在加速分子对接效率,降低计算成本,以及充分发挥计算资源的利用率。本文主要采用3个方案对半柔性对接算法进行优化:(1)方案一在CPU端进行优化;(2)方案二在方案一的基础上,利用CUFFT的移植工具CUFFTW为方案一提供部分GPU并行接口;(3)方案三利用GPU并行架构,通过CPU和GPU的协同处理,利用纯并行计算接口进行优化。3种方案对PDB code分别为1PEE,1B6C,4HX3和2SNI的测试蛋白进行结合态和自由态的对接,求得的最小均方根偏差L_(RMSD)小于5?,满足了复合物结构预测竞赛要求的中等精度结构标准,验证了对接结果的正确性。最后在保证结果正确性的前提下,测试了不同蛋白在不同方案下的运行速率;在保证不同蛋白对接效率相同的前提下,以1PPE为例,比较了不同方案下的对接速率。实验结果表明在同等旋转步长并保证程序运行结果正确性的前提下,最终的优化效果可提速近10倍,有效改进了半柔性对接算法的运行速率。

关键词：蛋白质半柔性分子对接 CPU GPU

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

猪苓菌核2种热激蛋白基因的克隆及其表达分析

引用

中国中药杂志 2016年第24期41卷 4550-4555页

作者：刘蒙蒙邢咏梅郭顺星中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193 江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所江苏常州213001

该研究采用RT-PCR技术从中国野生猪苓菌核Polyporus umbellatus中克隆得到2种热激蛋白基因,其中Pu Hsp90基因的开放阅读框2 091 bp,编码696个氨基酸,推导的蛋白质相对分子质量约78.9 k Da;Pu Hsp70基因的开放阅读框1 944 bp,编码647个... 详细信息

该研究采用RT-PCR技术从中国野生猪苓菌核Polyporus umbellatus中克隆得到2种热激蛋白基因,其中Pu Hsp90基因的开放阅读框2 091 bp,编码696个氨基酸,推导的蛋白质相对分子质量约78.9 k Da;Pu Hsp70基因的开放阅读框1 944 bp,编码647个氨基酸,推导的蛋白质相对分子质量约70.5 k Da;蛋白质结构预测及同源比对分析表明,这2个基因编码的核苷酸序分别具有Hsp90,Hsp70蛋白的保守结构域。进化树分析表明,Pu Hsp90与变色栓菌Hsp90聚为一类,Pu Hsp70与肝色牛排菌Hsp70聚为一类。qRT-PCR分析表明,蜜环菌侵染的情况下,这2个基因在猪苓菌核中均上调表达。这2个基因在蜜环菌侵染猪苓菌核的状态下有相同的表达模式,预示这2个基因其可能在抗生物胁迫中起重要作用。

关键词：猪苓热休克蛋白基因克隆表达分析

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

猪苓Ⅱ型核糖体失活蛋白A链基因的克隆以及原核表达

引用

药学学报 2017年第2期52卷 327-332页

作者：刘蒙蒙邢咏梅郭顺星中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所北京100193 江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所江苏常州213001

采用RT-PCR技术从中国野生猪苓菌核(Polyporus umbellatus)中克隆得到一个Ⅱ型核糖体失活蛋白(typeⅡribosome inactivating protein,RIP)A链基因,该基因c DNA包含的完整开放阅读框为873 bp,编码的氨基酸为290个,分子质量为32.33 k Da,... 详细信息

采用RT-PCR技术从中国野生猪苓菌核(Polyporus umbellatus)中克隆得到一个Ⅱ型核糖体失活蛋白(typeⅡribosome inactivating protein,RIP)A链基因,该基因c DNA包含的完整开放阅读框为873 bp,编码的氨基酸为290个,分子质量为32.33 k Da,理论等电点为5.58。氨基酸序列分析表明,该基因编码的蛋白具有RICIN超家族蛋白的保守结构域。氨基酸序列多重比对及系统发育树结果显示,猪苓RIP与硬柄小皮伞(Marasmius oreades)亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析表明,这个基因在不同的菌核部位都有表达,且在蜜环菌侵染的菌核部位表达显著上调,提示该基因可能参与了猪苓响应生物胁迫过程。此外,利用基因重组技术构建p ET15b-Pu RIP原核表达载体,获得了高质量的His-Pu RIP融合蛋白,为多克隆抗体的制备提供材料基础,为研究基因功能奠定基础。

关键词：猪苓 Ⅱ型核糖体失活蛋白基因克隆表达分析蛋白表达与纯化

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

利用转录组测序挖掘掌叶大黄蒽醌类生物合成相关基因

引用

药学学报 2018年第11期53卷 1908-1917页

作者：李欢张娜李依民黑小斌李元敏邓翀颜永刚刘蒙蒙张岗陕西中医药大学药学院/陕西省中药基础与新药研究重点实验室陕西西安712046 江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所江苏常州213001

蒽醌为中药大黄的主要活性成分,也是大黄质量控制的指标成分。为研究大黄蒽醌类生物合成通路,用Illumina HiSeq^(TM) 2000 150PE对掌叶大黄幼苗转录组文库进行高通量测序,得到11.04G数据,736 309 74条高质量reads (SRA数据库注册号SRP16... 详细信息

蒽醌为中药大黄的主要活性成分,也是大黄质量控制的指标成分。为研究大黄蒽醌类生物合成通路,用Illumina HiSeq^(TM) 2000 150PE对掌叶大黄幼苗转录组文库进行高通量测序,得到11.04G数据,736 309 74条高质量reads (SRA数据库注册号SRP160030)。Trinity do novo组装产生93 646个unigenes,平均长度1 108 nt。功能注释表明所有unigenes在NR、NT、Swiss-port、PFAM、KOG等数据库得到注释,可归为GO分类的生物过程、细胞组分和分子功能3大类57分支, KEGG分析发现1 107条unigenes参与19个次生代谢标准通路。172条unigenes编码蒽醌类生物合成相关的MVA、MEP、莽草酸及聚酮途径28个关键酶。125条CYP450基因可能参与次生代谢物的修饰,73条与糖基转移酶相关。RT-PCR和测序成功验证7个蒽醌及黄酮类候选全长unigenes。MISA还发现18885个SSRs。该研究首次获得掌叶大黄幼苗转录组基因表达特征及蒽醌类生物合成通路基因,为后续基因功能鉴定、次生代谢途径解析及蒽醌类生物合成与调控分子机制研究提供基础资料。

关键词：掌叶大黄转录组蒽醌基因代谢通路

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

分子动力学模拟在药物与膜相互作用研究中的应用

引用

北京工业大学学报 2017年第12期43卷 1802-1810页

作者：陈舟任丁朴莲花许晓双常珊刘继勇孔韧江苏理工学院化学与环境工程学院江苏常州213001 解放军八五医院上海200052 江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所江苏常州213001 第二军医大学长海医院药学部上海200433

药物与细胞膜的相互作用是决定药物在体内吸收、分布、代谢与排泄的关键因素之一,最终影响临床上的药效与毒副作用.对药物透膜过程的分子动力学模拟可在原子层面上提供药物与膜相互作用的丰富信息,从而指导药物分子的设计与优化以及载... 详细信息

药物与细胞膜的相互作用是决定药物在体内吸收、分布、代谢与排泄的关键因素之一,最终影响临床上的药效与毒副作用.对药物透膜过程的分子动力学模拟可在原子层面上提供药物与膜相互作用的丰富信息,从而指导药物分子的设计与优化以及载药体系如脂质粒的优化.从磷脂双分子层模型、全原子/联合原子模型方法及粗粒化模型方法、膜性质关键参数分析等方面展开介绍,并对系列药物分子与膜的相互作用分子动力学模拟应用实例进行了综述.

关键词：药物与膜相互作用分子动力学模拟磷脂双分子层

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于融合神经网络模型的药物分子性质预测

引用

计算机科学 2021年第9期48卷 251-256页

作者：谢良旭李峰谢建平许晓军江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所江苏常州213001 江苏省中以产业技术研究院江苏常州213100 江苏理工学院电气信息工程学院江苏常州213001 湖州师范学院理学院浙江湖州313000

在生物信息学领域,人工智能方法在预测药物分子的物理化学性质和生物活性中获得了重大成功,特别是神经网络已被广泛应用到药物研发中。但是浅层神经网络的预测精度低,深度神经网络又容易出现过拟合的问题,而模型融合策略有望提升机器学... 详细信息

在生物信息学领域,人工智能方法在预测药物分子的物理化学性质和生物活性中获得了重大成功,特别是神经网络已被广泛应用到药物研发中。但是浅层神经网络的预测精度低,深度神经网络又容易出现过拟合的问题,而模型融合策略有望提升机器学习中弱学习器的预测能力。据此,文中将模型融合方法首次应用到药物分子性质的预测中,通过对药物分子的化学结构进行信息化编码,采用平均法、堆叠法融合浅层神经网络,提高对药物分子pKa预测的能力。与深度学习方法相比,堆叠法(Stacking)融合的模型具有更高的预测准确性,其预测结果的相关系数达到0.86。通过将多个弱学习器的神经网络有机组合可使其达到深度神经网络的预测精度,同时保留更好的模型泛化能力。研究结果表明,模型融合方法可提高神经网络对药物分子pKa预测结果的准确性和可靠性。

关键词：计算机辅助药物设计生物信息学模型融合深度学习机器学习

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

生物信息学高性能教学平台的建立与实践

引用

实验室研究与探索 2015年第10期34卷 152-156页

作者：常珊曾玲万华江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所江苏常州213001 华南农业大学信息学院广东广州510642

随着生命科学实验数据的高速积累和增长,生物信息学成为生命科学研究型人才必须掌握的重要技能。从高性能计算和生物信息学的关系入手,简述了生物信息学教学中采用高性能计算设备的必要性。根据农业院校的具体情况,在生物信息学教学中... 详细信息

随着生命科学实验数据的高速积累和增长,生物信息学成为生命科学研究型人才必须掌握的重要技能。从高性能计算和生物信息学的关系入手,简述了生物信息学教学中采用高性能计算设备的必要性。根据农业院校的具体情况,在生物信息学教学中建立了高性能计算平台,帮助学生熟悉相关并行计算环境,更好地理解生物信息学重要的理论和算法。在课程安排上,理论课、实验课以及课程设计的内容围绕生物信息学案例展开。基于Moodle教学系统进行在线课程管理,培养学生的自主学习能力和团队协作意识,提高了学生运用高性能计算解决实际生物信息学问题的能力。

关键词：高性能计算案例教学生物信息

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于转录组数据分析药用真菌猪苓密码子使用偏好性

引用

药学学报 2020年第5期55卷 1050-1055页

作者：刘蒙蒙邢咏梅郭顺星中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所北京100193 河北大学中医学院河北保定071002 江苏理工学院电气信息工程学院生物信息与医药工程研究所江苏常州213001

本研究以猪苓转录组数据(SRP058382)为基础,利用BLASTx和ESTScan对猪苓的CDS进行预测,共筛选出332条unigenes,再利用CodonW分析这些基因密码子使用偏向性。结果显示,猪苓基因密码子GC含量范围在44.51%~64.6%,平均含量为53.57%, GC3平均... 详细信息

本研究以猪苓转录组数据(SRP058382)为基础,利用BLASTx和ESTScan对猪苓的CDS进行预测,共筛选出332条unigenes,再利用CodonW分析这些基因密码子使用偏向性。结果显示,猪苓基因密码子GC含量范围在44.51%~64.6%,平均含量为53.57%, GC3平均含量为57.98%,说明猪苓基因偏向使用以G或C结尾的密码子;ENC值在38.46到61之间,说明其密码子偏向性较弱;中性绘图分析及ENC-plot曲线分析显示,猪苓基因GC12与GC3的回归系数为0.075,说明GC12和GC3的相关性微弱,并且大部分基因ENC值偏离了理论值。这些分析表明在猪苓基因的密码子使用偏向性的形成过程中,突变和选择压力等诸多因素都发挥着重要作用。通过高表达优越密码子分析确定了猪苓基因中22个最优密码子,多以G或C结尾。研究结果为猪苓的转基因研究中载体的选择及分子进化研究提供理论依据。

关键词：猪苓转录组密码子偏向性最优密码子

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：