检索结果-内蒙古大学图书馆

林业科学 2021年第11期57卷 79-84页

作者：戴晓港陈晨薛良交吴怀通尹佟明江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室南京林业大学南京210037

【目的】针对杨树种间杂交子代苗期形态不易区分的问题,利用美洲黑杨和小叶杨物种特异性InDel位点开发标记对种间杂交子代进行快速鉴别,为黑杨派和青杨派种间杂交子代鉴定、分子标记辅助育种等研究提供重要的参考技术。【方法】以美洲... 详细信息

【目的】针对杨树种间杂交子代苗期形态不易区分的问题,利用美洲黑杨和小叶杨物种特异性InDel位点开发标记对种间杂交子代进行快速鉴别,为黑杨派和青杨派种间杂交子代鉴定、分子标记辅助育种等研究提供重要的参考技术。【方法】以美洲黑杨、小叶杨及其杂交子代为试验材料,根据美洲黑杨和小叶杨重测序结果分析物种特异性InDel位点并设计引物,采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对引物进行通用性和物种特异性检测,用筛选出的物种特异的引物,对种间杂交子代的真实性进行鉴别。【结果】分别将10个个体的美洲黑杨和小叶杨重测序序列比对到美洲黑杨基因组,共获得长度差异大于5 bp的InDel位点359733个,其中种内特异、种间存在差异的InDel位点18418个。采用Primer3在美洲黑杨基因组中的17956个位点成功设计引物。在不同染色体共选取10对引物,采用SeqHunter2将引物序列比对到小叶杨基因组,共有6对引物在小叶杨中是通用的。采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,发现引物Psi2-1和Psi13-14在美洲黑杨和小叶杨中存在差异。利用美洲黑杨和小叶杨自然群体各50个个体对上述2个引物进行检测,发现引物Psi2-1在美洲黑杨中扩增出128 bp的特异性产物,在小叶杨中扩增出139 bp的特异性产物,在真实的种间杂交子代中扩增出128 bp和139 bp 2条产物;引物Psi13-14在美洲黑杨中扩增出132 bp的特异性产物,在小叶杨中扩增出144 bp的特异性产物,在真实的种间杂交子代中扩增出132 bp和144 bp 2条产物。2对引物对美洲黑杨与小叶杨种间杂交子代鉴别准确率达100%。【结论】获得了美洲黑杨和小叶杨物种特异性InDel标记2对,上述标记可以有效地用于美洲黑杨与小叶杨种间杂交子代的真实性鉴别。

关键词：美洲黑杨小叶杨种间杂交物种特异性引物分子鉴别

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林木基因组及功能基因克隆研究概述

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遗传 2010年第7期32卷 677-684页

作者：尹佟明南京林业大学江苏省杨树品种改良与种质创新重点实验室南京210037

在美国能源部资助下,首个多年生木本植物——杨树的全基因组测序已经完成且序列信息已对公众开放。杨树全基因组测序的完成标志着林木基因组进入后基因组研究时代。克隆控制重要性状的主效基因是林木后基因组时代的主要研究内容。近年来... 详细信息

在美国能源部资助下,首个多年生木本植物——杨树的全基因组测序已经完成且序列信息已对公众开放。杨树全基因组测序的完成标志着林木基因组进入后基因组研究时代。克隆控制重要性状的主效基因是林木后基因组时代的主要研究内容。近年来,在一些重要作物,如水稻、蕃茄及玉米中,先后成功克隆了多个控制重要农艺性状的主效基因,分子育种在作物中已进入实用阶段。林木相对于这些重要作物而言,分子遗传学的研究起步较晚,同时,由于林木自身的一些生物学特性,在林木中精确定位与克隆未知基因一度被视为遗传学研究领域的难点。随着技术和研究手段的不断进步,以及林木基因组资源的快速积累,有望在这一领域取得突破,为在林木中开展分子育种创造条件。文章综述了国际上林木基因组与功能基因克隆研究的现状与新发展,并对后基因组时代的林木功能基因克隆研究的预期成果进行了展望,以期为从事该领域研究的科研人员提供参考。

关键词：基因克隆林木基因组反向遗传学正向遗传学连锁分析相关分析分子育种

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基因组选择在林木遗传育种研究中的进展与展望

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林业科学 2020年第11期56卷 176-186页

作者：朱嵊黄敏仁南京林业大学江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室南京210037 南京林业大学生物与环境学院南京210037 江苏省农业种质资源保护与利用平台杨树种质资源圃南京210014

基因组选择技术是目前动植物遗传育种的关键技术和研究热点,已在一些动植物的遗传改良工作中取得了重要进展。林木具有世代间隔长的生物学特性,因而育种周期长,早期选择是缩短林木育种周期和加快林木育种进程的有效方法。林木早期选择... 详细信息

基因组选择技术是目前动植物遗传育种的关键技术和研究热点,已在一些动植物的遗传改良工作中取得了重要进展。林木具有世代间隔长的生物学特性,因而育种周期长,早期选择是缩短林木育种周期和加快林木育种进程的有效方法。林木早期选择研究可以粗略分为3个阶段:基于性状表型早晚期相关的早期选择、分子标记辅助选择的早期选择以及基因组选择。林木遗传改良的目标性状主要是生长性状和木材品质性状,其大都是复杂的数量性状,在生长进程中受到更加持久的环境影响。同时生长性状的遗传力是随着生长进程而发生变化的。基因组选择在林木遗传改良中的应用受限于多年生林木自身特点以及研究基础薄弱,包括世代间隔长、体型高大、幼龄期长、基因组和表型组等组学数据匮乏以及相关研究技术平台不完善等因素。为了推动基因组选择技术在林木遗传改良中的应用进程,本文介绍基因组选择技术的原理与方法,总结基因组选择技术在林木遗传育种中的研究进展,探讨基因组选择技术在林木遗传改良中应用的限制性因素。简要介绍基因组选择的线性模型、统计学估计方法(SNP-BLUP、GBLUP和Bayesian估计模型)和分析工具(rrBLUP、synbreed、BGLR、GVCBLUP、GAPIT、sommer和BLUPGA,等)。概括总结基因组选择技术在林木育种中应用的优势,简要概述阔叶树种(杨属、桉属、油棕属和橡胶树属)和针叶树种(松属和云杉属)的基因组选择研究案例,以油棕基因组选择研究作为典型案例分析。林木树种的基因组选择研究案例均表明基因组选择技术有助于提高林木选育效率和加快林木育种进程。深入探讨林木树种的参考基因组、全基因组关联分析、育种群体、连锁不平衡和多年生属性5个方面对林木基因组选择研究的影响。基因组选择在林木遗传育种研究中具有潜在应用前景,但其可行性仍需要大量的模拟数据和真实数据评估。当前林木基因组选择研究所面临的重要问题:1)林木树种的基因组组装质量普遍不高;2)如何开展林木多性状全基因组选择研究;3)针对多年生林木树种自身特点,设计出合理的试验方案,开发具备纵向性状数据处理能力的统计模型和分析软件。

关键词：基因组选择选育效率林木遗传改良全基因组关联分析

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一个杨树第V类几丁质酶基因的克隆及表达分析

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分子植物育种 2013年第2期11卷 225-231页

作者：江聪宋佳亮黄瑞芳黄敏仁徐立安南京林业大学江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室南京210037

几丁质酶是一种重要的糖苷酶，在植物抗生物及非生物胁迫的过程中发挥了重要的作用。根据序列差异及所含结构域的不同，杨树中的几丁质酶可以分为5类。其中关于第V类几丁质酶的研究最少。本研究在加拿大杨中克隆到了一个第V类几丁质酶基... 详细信息

几丁质酶是一种重要的糖苷酶，在植物抗生物及非生物胁迫的过程中发挥了重要的作用。根据序列差异及所含结构域的不同，杨树中的几丁质酶可以分为5类。其中关于第V类几丁质酶的研究最少。本研究在加拿大杨中克隆到了一个第V类几丁质酶基因PcCHl3。序列分析的结果显示，该基因eDNA全长1303bp，含完整的开放阅读框，可编码366个氨基酸。预测蛋白质分子质量为39．53kD。理论等电点（pI）为5．49。PcCHl3与苦瓜、烟草、梨的第V类几丁质酶在系统进化树上同属一个分支。对PcCHl3在逆境胁迫及病原真菌诱导下的表达模式进行分析后发现，该基因可以被杨树病原真菌杨生褐盘二孢菌强烈诱导（可达对照的83倍），在干旱胁迫及盐胁迫的条件下表达量也出现了较大的上调（为对照的4～5倍）。研究结果为杨树几丁质酶功能的系统进化及林木抗性育种研究建立了一定基础。

关键词：杨树第Ⅴ类几丁质酶表达分析抗逆育种

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杨四瘿螨诱导的美洲黑杨抑制消减文库的构建及分析

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南京林业大学学报（自然科学版） 2009年第2期33卷 5-8页

作者：张萍潘惠新黄敏仁王明庥南京林业大学江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室江苏南京210037

采用抑制性消减杂交（suppression subtractive hybridization，SSH）技术，以杨四瘿螨诱导48、72h的美洲黑杨无性系为实验方（tester），以未经诱导的美洲黑杨无性系为驱动方（driver）构建杨四瘿螨诱导差异表达的抑制消减cDNA文库，... 详细信息

采用抑制性消减杂交（suppression subtractive hybridization，SSH）技术，以杨四瘿螨诱导48、72h的美洲黑杨无性系为实验方（tester），以未经诱导的美洲黑杨无性系为驱动方（driver）构建杨四瘿螨诱导差异表达的抑制消减cDNA文库，共获得了710个克隆，所建cDNA文库的插入片段主要集中在200～1000bp之间。通过序列测定拼接和同源性对比分析，获得了美洲黑杨涉及信号传递、能量代谢、胁迫响应、物质运输等功能的差异基因。

关键词：杨四瘿螨美洲黑杨抑制性消减杂交技术

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位点特异性DNA内切酶在植物基因打靶中的应用

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南京林业大学学报（自然科学版） 2012年第6期36卷 130-134页

作者：程强胥猛黄敏仁南京林业大学江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室江苏南京210037

基因打靶是在基因组指定位点插入、删除和替换DNA序列的技术。由于同源重组频率低,在植物中高效的基因打靶技术一直未被建立,制约了植物基因功能和分子育种的研究。近年来,人工设计的锌指蛋白和TAL效应因子DNA结合结构域实现了对全新DN... 详细信息

基因打靶是在基因组指定位点插入、删除和替换DNA序列的技术。由于同源重组频率低,在植物中高效的基因打靶技术一直未被建立,制约了植物基因功能和分子育种的研究。近年来,人工设计的锌指蛋白和TAL效应因子DNA结合结构域实现了对全新DNA序列的识别。人工设计的DNA结合结构域连接核酸内切酶能在基因组指定位点创造双链DNA断裂,进而产生定点突变和促进同源重组。笔者重点介绍锌指核酸酶和TAL效应因子核酸酶在植物基因组定点突变和基因打靶中的研究进展,并对目前存在的问题进行分析。

关键词：植物基因打靶锌指核酸酶 TAL效应因子核酸酶

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杨树抗杨四瘿螨相关基因的表达分析

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南京林业大学学报（自然科学版） 2009年第4期33卷 8-12页

作者：张萍潘惠新黄敏仁王明庥南京林业大学江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室江苏南京210037

采用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,在构建杨四瘿螨诱导差异表达的抑制消减cDNA文库的基础上,通过RT-PCR技术对候选基因进行了验证,其中有6条差异表达候选基因在4个时间点表达量有明显的增强。运用RAC... 详细信息

采用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,在构建杨四瘿螨诱导差异表达的抑制消减cDNA文库的基础上,通过RT-PCR技术对候选基因进行了验证,其中有6条差异表达候选基因在4个时间点表达量有明显的增强。运用RACE(Rapid Amplification of cDNAEnds)技术克隆获得了一段全长2 053 bp的cDNA克隆,命名为PtWRKY,编码588个氨基酸。

关键词：杨四瘿螨 RT—PCR RACE PtWRKY

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ptr-MIR156a启动子克隆及特征分析

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南京林业大学学报（自然科学版） 2011年第6期35卷 1-5页

作者：陈英王浩然许庆黄敏仁南京林业大学杨树种质创新与品种改良重点实验室江苏南京210037

miR156a在火炬松、烟草、拟南芥中的表达与病原菌侵染密切相关。为了研究miR156a在杨树与病原菌互作过程中分子机制,以毛果杨全基因组DNA为材料,预测ptr-MIR156a启动子的大概区域,设计特异性PCR引物,克隆了ptr-MIR156a上游启动子区500、... 详细信息

miR156a在火炬松、烟草、拟南芥中的表达与病原菌侵染密切相关。为了研究miR156a在杨树与病原菌互作过程中分子机制,以毛果杨全基因组DNA为材料,预测ptr-MIR156a启动子的大概区域,设计特异性PCR引物,克隆了ptr-MIR156a上游启动子区500、1 000和1 500 bp片段,并进行顺式作用元件分析,然后分别构建了绿色荧光蛋白(GFP)报告基因植物表达载体,最后通过原生质体的瞬时表达体系对其进行了活性检测。结果表明,1 500 bp片段活性最高,1 000 bp片段次之,500 bp片段活性最低。

关键词：毛果杨 miR156a 启动子克隆特性分析

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基于SLAF-seq技术的抗杨树叶锈病SNP位点开发

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南京林业大学学报（自然科学版） 2019年第2期43卷 73-78页

作者：戴美丽方乐成尹佟明李小平南京林业大学江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室南方现代林业协同创新中心江苏南京210037

【目的】探索美洲黑杨抗叶锈病的分子机制,为杨树抗病分子育种提供理论参考。【方法】选取抗锈病差异显著的美洲黑杨‘2-2’与‘2-38’为亲本,通过控制授粉杂交获得80个F1代个体。用特异性位点扩增(specific-locus amplified fragmenl s... 详细信息

【目的】探索美洲黑杨抗叶锈病的分子机制,为杨树抗病分子育种提供理论参考。【方法】选取抗锈病差异显著的美洲黑杨‘2-2’与‘2-38’为亲本,通过控制授粉杂交获得80个F1代个体。用特异性位点扩增(specific-locus amplified fragmenl sequencinq, SLAF-seq)简化基因组技术对所获F1代进行深度测序,以美洲黑杨第3代组装基因组为参照。通过序列比对筛选特异长度的DNA片段,构建SLAF-seq文库,获得特异性SNP位点。经美洲黑杨叶锈病的病原菌经形态学与分子工具鉴定,确定为落叶松-杨栅锈菌(Melampsora larici-populina Kleb.)。通过叶盘法控制条件接种并对被锈菌侵染后的杨树抗性进行评估;应用Kruskal-Wallis方法对接种结果进行检验。【结果】通过接种,获得了孢子堆数量和大小等表型数据;基于SNP标记的连锁分析,一共有8 723个SNP连锁至遗传图谱上;共识别出19个连锁群,总遗传距离为3 610.67 cM;通过Kruskal-Wallis检验可得到37个紧密连锁位点(P<0.005),标记分别位于I、IV、VI、XI、XV和XIX号连锁群上。【结论】利用SLAF-seq技术开发出了37个与杨树叶锈病抗病性状紧密关联的SNP分子标记,其中Marker42056位点连锁程度最高。

关键词：美洲黑杨落叶松-杨栅锈菌连锁遗传图谱 SLAF标签 Kruskal-Wallis检验

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BoxCox变换对数量性状基因座位检测效率的影响

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南京林业大学学报(自然科学版) 2010年第3期34卷 35-38页

作者：尹佟明江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建重点实验室

数量基因位点(quantitative trait loci,QTL)分析是利用图位法克隆控制数量性状主效基因的前提和基础。采用BoxCox公式进行数据正态转换对提高QTL分析效率有显著作用。笔者以杨树为实例显示了BoxCox公式在数据正态转变中的应用及数量性... 详细信息

数量基因位点(quantitative trait loci,QTL)分析是利用图位法克隆控制数量性状主效基因的前提和基础。采用BoxCox公式进行数据正态转换对提高QTL分析效率有显著作用。笔者以杨树为实例显示了BoxCox公式在数据正态转变中的应用及数量性状表型分布对QTL分析的影响。结果发现,数据是否符合正态分布对发现控制数量性状的基因位点有显著影响。如果不对性状的表型值进行分布检测并进行正态转变,可能无法发现某些有显著效应的遗传位点。通过比对转化前后QTL分析的LOD值变化曲线得知,曲线变化的趋势在转化前后是一致的,曲线上各个小峰的位置也是稳定的,但转化后LOD峰值显著提高。如第4染色体上,转化前后LOD值变化曲线上在40～60、80～100及130～150cm区间均有3个独立峰值出现,数据转化后对应峰值升高,其中第1个峰的峰值约增加3倍,数据转化后该峰值LOD支持度达到了极显著水平,显示该位置存在一个控制该性状的较强的遗传位点。第8染色体上也出现相似的情况。

关键词： BoxCox变换数量性状基因座位图位克隆

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