检索结果-内蒙古大学图书馆

河南大学学报（医学版） 2019年第4期38卷 249-257页

作者：郭金帅南仿美吕明钰高华聪李思欣谢龙祥郭向前河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室医学生物信息学研究所

〔目的〕通过探究NME基因家族成员表达水平和乳腺癌不同亚型、临床病理特征及预后的关系,以期阐明NME基因家族成员在乳腺癌中的潜在作用。〔方法〕利用Oncomine数据库.Kaplan-Meier plotter数据库、人类蛋白质图谱数据库(The Human Prot... 详细信息

〔目的〕通过探究NME基因家族成员表达水平和乳腺癌不同亚型、临床病理特征及预后的关系,以期阐明NME基因家族成员在乳腺癌中的潜在作用。〔方法〕利用Oncomine数据库.Kaplan-Meier plotter数据库、人类蛋白质图谱数据库(The Human Protein Atlas)分析乳腺癌NME所有家族成员的mRNA、蛋白质表达及其与乳腺癌患者整体生存率的相关性等内容。〔结果〕(1)NME1、NME2、NME3和NME4 mRNA在大多数癌症中显著高表达,而NME5则低表达。NME1、NME2、NME3、NME8、NME9和NME10在乳腺癌中高表达。(2)NME1、NME2低表达和NME3、NME5、NME7高表达乳腺癌患者的整体生存率较好。对于不同亚型乳腺癌患者,不同NME家族成员有不同的预后表现。(3)NME2高表达和NME3、NME5、NME9及NME8低表达分别与不同淋巴结状态和p53状态的乳腺癌患者整体生存率恶化有关。〔结论〕(1)NME1、NME2、NME3、NME5和NME7可以作为乳腺癌的预后生物标志物。(2)NME1、NME3、NME5、NME7和NME9可以作为不同乳腺癌亚型的预后生物标志物,其中NME1低表达和NME5 mRNA水平高表达是Luminal A型乳腺癌良好预后标志物,而NME3、NME5 mRNA水平低表达和NME9 mRNA水平高表达水平高表达对于Basal like型乳腺癌有较好的预后作用,NME7 mRNA水平高表达对于HER2+型乳腺癌有较好的预后作用。(3)NME家族成员在乳腺癌组织中的mRNA表达水平和患者预后、病理分级、淋巴结状态和P53状态相关。

关键词： NME家族乳腺癌表达水平预后价值

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TCGA数据库:海量癌症数据的源泉

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河南大学学报（医学版） 2018年第3期37卷 223-228页

作者：谢龙祥闫中义党艺方厉永强董寰郭向前河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室/医学生物信息学研究所河南开封475004

由美国政府发起的癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划是一个公共资助的项目,其采用高通量基因组测序、基因芯片技术,运用多维数据整合分析方法,将人类几乎所有癌症(包括亚型在内的50多种肿瘤)的基因组变异及基因表达水... 详细信息

由美国政府发起的癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)计划是一个公共资助的项目,其采用高通量基因组测序、基因芯片技术,运用多维数据整合分析方法,将人类几乎所有癌症(包括亚型在内的50多种肿瘤)的基因组变异及基因表达水平图谱绘制出来,最终将阐明癌症的发生和发展机制,并在此基础上开发新的诊断、分类标准和治疗方法,勾画出新型"防治癌症策略"。文章介绍了TCGA数据库数据产生历程,检测平台和数据类型、水平以及数据下载方法和Barcode定义,重点概述TCGA在各种癌症防治研究中的应用,以期提高人们对癌症发生和发展分子基础的科学认识及增强预防、诊断和治疗癌症的能力。

关键词：癌症基因组图谱(TCGA) 癌症基因组学测序

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PAK2:一种新的乳腺癌治疗预测标志物

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河南大学学报（医学版） 2018年第4期37卷 234-238页

作者：党艺方张璐董寰韩亚莉郭向前谢龙祥河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室医学生物信息学研究所河南开封475004

[目的]研究PAK2 mRNA表达水平和乳腺癌病人预后之间的关系。[方法]利用在线数据库(包括ONCOMINE、乳腺癌基因表达Miner v4. 0和Kaplan-Meier Plotter)的临床及表达谱数据集,评估分析PAK2在乳腺癌预后中的价值。[结果]与正常组织样本相比... 详细信息

[目的]研究PAK2 mRNA表达水平和乳腺癌病人预后之间的关系。[方法]利用在线数据库(包括ONCOMINE、乳腺癌基因表达Miner v4. 0和Kaplan-Meier Plotter)的临床及表达谱数据集,评估分析PAK2在乳腺癌预后中的价值。[结果]与正常组织样本相比,乳腺癌组织PAK2 mRNA水平显著升高;在仅接受过辅助化疗的ER(+)、ER(-)乳腺癌患者中和仅接受三苯氧胺治疗的乳腺癌患者中,PAK2表达升高则无复发生存期(relapse-free survival,RFS)显著缩短;PAK2 mRNA水平与乳腺癌分子亚型相关,在不同分子亚型乳腺癌组织间表达水平不同。[结论]PAK2是一个潜在的乳腺癌化疗效果预测标志物。

关键词： PAK2 乳腺癌三苯氧胺

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自身抗体在鉴别肺小结节中的作用

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河南大学学报（医学版） 2019年第1期38卷 53-57页

作者：杨鑫闫中义郭向前马静河南大学淮河医院河南开封475000 河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室医学生物信息学研究所河南开封475004

肺癌是最常见且死亡率最高的恶性肿瘤。由于不能有效的鉴别早期肺癌,导致患者的生存期短,因此早期肺癌的检测对于改善肺癌的预后至关重要,特别是鉴别良恶性的肺小结节仍存在许多困难。肿瘤自身相关血清抗体成为了研究的热点,它可以在肿... 详细信息

肺癌是最常见且死亡率最高的恶性肿瘤。由于不能有效的鉴别早期肺癌,导致患者的生存期短,因此早期肺癌的检测对于改善肺癌的预后至关重要,特别是鉴别良恶性的肺小结节仍存在许多困难。肿瘤自身相关血清抗体成为了研究的热点,它可以在肿瘤抗原表达很低的情况下被检测出,显著提高了早期肺癌的诊断率。本文结合肺小结节研究现状、血清自身抗体及肿瘤标志物的相关性,尤其是对肺癌相关自身抗体(P53,SOX2,PGP9.5,NY-ESO-1,CAGE,GAGE7,MAGE A1,GBU4-5)的研究进行了探讨。

关键词：肺小结节肺癌肿瘤相关抗原自身抗体

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肺癌血清学肿瘤标志物的研究

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河南大学学报（医学版） 2018年第4期37卷 239-241,246页

作者：谢田田孙晓晓马静谢龙祥张璐厉永强韩亚莉郭向前张祎捷闫中义河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室医学生物信息学研究所河南开封475000 河南大学淮河医院河南开封475000

肺癌发病率和死亡率呈逐年上升趋势,传统影像在肺癌的早期发现中具有很大的局限性,因此开发新的血清肿瘤标志物对肺癌的早期诊断与治疗具有非常重要的意义,也对患者预后预测及肺癌类型的鉴别具有重要的指导意义。

关键词：肺癌肿瘤标志物预后核酸适体

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遗传性脊髓小脑共济失调的发病机制及临床表型

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河南大学学报（医学版） 2018年第4期37卷 295-300页

作者：李松林翟小菊张璐闫中义谢龙祥韩亚莉吕佳佳陈文武郭向前董寰河南大学第一附属医院河南开封475000 河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室医学生物信息学研究所河南开封475000

遗传性脊髓小脑共济失调(spinocerebellar ataxias,SCAs)呈常染色体显性遗传,是以小脑性运动机能障碍为主要临床特征的运动失调性疾病。发病年龄多在青壮年,亦有报导在幼儿和老年时期发病。该病情进展缓慢,逐渐加重,并伴有复杂的小脑症... 详细信息

遗传性脊髓小脑共济失调(spinocerebellar ataxias,SCAs)呈常染色体显性遗传,是以小脑性运动机能障碍为主要临床特征的运动失调性疾病。发病年龄多在青壮年,亦有报导在幼儿和老年时期发病。该病情进展缓慢,逐渐加重,并伴有复杂的小脑症状和非小脑表现。由于动态突变是其主要突变方式,导致该疾病临床症状复杂,具有明显的临床变异性和遗传异质性。本文结合相关文献对SCAs的发病机制及临床表型进行综述。

关键词：遗传性脊髓小脑共济失调(SCAs) 临床特征动态突变发病机制

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应用机器学习方法构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签

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河南大学学报（医学版） 2019年第1期38卷 26-29页

作者：王强安杨张国森董寰郭向前河南大学医学生物信息学研究所细胞信号转导实验室基础医学院河南开封475004 河南大学软件学院河南开封475004

[目的]应用机器学习方法,利用TCGA与GEO数据,构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签。[方法]收集TCGA和GSE45510数据,建立机器学习模型,利用pamr包预测标签,将预测亚型与实际值对比以评估预测效果。[结果]经测试,阈值取6.639时,分类准确率为87... 详细信息

[目的]应用机器学习方法,利用TCGA与GEO数据,构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签。[方法]收集TCGA和GSE45510数据,建立机器学习模型,利用pamr包预测标签,将预测亚型与实际值对比以评估预测效果。[结果]经测试,阈值取6.639时,分类准确率为87.8%,相关基因159个。[结论]利用机器学习方法构建平滑肌肉瘤分子分型预测标签,可以用于预测平滑肌肉瘤分子亚型,提高诊断精度,指导未来平滑肌肉瘤亚型特异性靶向治疗,推动精准治疗发展。

关键词：平滑肌肉瘤表达谱机器学习分子分型预测标签

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乳腺癌分子分型研究进展

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河南大学学报（医学版） 2018年第4期37卷 229-233页

作者：卢振东孙晓晓谢龙祥张璐厉永强韩亚莉郭向前闫中义河南大学基础医学院细胞信号转导重点实验室医学生物信息学研究所河南开封475004 河南大学淮河医院呼吸内科河南开封475000

乳腺癌是女性肿瘤中发生率和死亡率最高的肿瘤之一,由于乳腺癌的异质性和对治疗结果的不确定性,致使难以预测预后。随着生物技术的快速发展,乳腺癌的分子分型已在乳腺癌患者的化疗、内分泌治疗和个性化治疗中被广泛使用。分子分型给乳... 详细信息

乳腺癌是女性肿瘤中发生率和死亡率最高的肿瘤之一,由于乳腺癌的异质性和对治疗结果的不确定性,致使难以预测预后。随着生物技术的快速发展,乳腺癌的分子分型已在乳腺癌患者的化疗、内分泌治疗和个性化治疗中被广泛使用。分子分型给乳腺癌患者的诊断、治疗、预后及复发的判断提供了重要参考依据,因此乳腺癌分子分型具有广泛的临床应用前景。但现有乳腺癌肿瘤标记物仍不能满足临床需求,其临床实用性有待提高,亟需对乳腺癌进行进一步精准分型和开发肿瘤标记物,以实现乳腺癌的个体化治疗。

关键词：乳腺癌分子分型肿瘤标记物流行病学

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基于二代测序技术的转录组测序生物信息分析

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河南大学学报（医学版） 2019年第1期38卷 67-76页

作者：汤冬张国森赵晓芳江苏苏博生物医学股份有限公司江苏宿迁223800 河南大学基础医学院医学生物信息学研究所细胞信号转导实验室河南开封475004

随着二代测序技术和生物信息学的发展,越来越多的科研人员通过转录组测序(RNAseq)研究基因表达调控、疾病发生机制和遗传育种上的问题。面对测序所产生的大量数据,生物信息学分析策略对于数据的解读显得尤为重要。本文结合不同RNA(mRNA... 详细信息

随着二代测序技术和生物信息学的发展,越来越多的科研人员通过转录组测序(RNAseq)研究基因表达调控、疾病发生机制和遗传育种上的问题。面对测序所产生的大量数据,生物信息学分析策略对于数据的解读显得尤为重要。本文结合不同RNA(mRNA、LncRNA、miRNA和circRNA)的特点,对转录组测序中的几类分析流程及其所涉及的软件和数据库分别做简要的介绍,为RNAseq的生信分析研究提供参考。

关键词：二代测序转录组测序生物信息

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