检索结果-内蒙古大学图书馆

中国病原生物学杂志 2023年第7期18卷 750-758页

作者：李昆芳张隽宁丁一公博傲王然屈艳琳济宁医学院基础医学院山东济宁272067 济宁医学院形态学实验室

目的采用生物信息学方法分析EB病毒潜伏膜蛋白LMP1,为疫苗的研发提供理论依据。方法在NCBI数据库中获取LMP1蛋白的基因组序列和氨基酸序列,采用生物信息学分析工具ProtParam、SOPMA、SWISS MODEL、SignalP、TMHMM、Cell-PLoc 2.0、NetN... 详细信息

目的采用生物信息学方法分析EB病毒潜伏膜蛋白LMP1,为疫苗的研发提供理论依据。方法在NCBI数据库中获取LMP1蛋白的基因组序列和氨基酸序列,采用生物信息学分析工具ProtParam、SOPMA、SWISS MODEL、SignalP、TMHMM、Cell-PLoc 2.0、NetNGly、NetPhos-3.1、Conserved domains、IEDB、BLAST、Immunomedicine Group、UniProt预测LMP1蛋白的理化性质,二、三级结构,信号肽和跨膜区域,亚细胞定位,糖基化位点和磷酸化位点,保守结构域,B、T细胞表位,同源性,抗原决定簇以及相互作用蛋白。构建重组质粒LMP1-pMV261以及重组卡介苗,并通过检测LMP1分子及蛋白表达水平探究构建疫苗的基本条件。结果LMP1蛋白分子式为C1901H2877N493O562S11,氨基酸数为386,相对分子质量为41.98238×10^(3),原子总数为5844。LMP1蛋白为稳定亲水蛋白,二级结构主要为无规则卷曲(Cc),占49.48%,易与抗体嵌合。该蛋白无信号肽,具有6个跨膜区,亚细胞定位在宿主细胞膜,无糖基化位点,有27个磷酸化位点,7个相互作用蛋白。实时荧光定量PCR及Western blot检测该蛋白基因及蛋白表达均稳定。结论生物信息学分析LMP1蛋白为稳定亲水蛋白,含有丰富的B、T细胞表位,构建的重组卡介苗蛋白表达稳定,可作为EB病毒的候选疫苗。

关键词： LMP1 EB病毒生物信息学分析

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EB病毒BZLF1基因表位疫苗的预测及构建

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中国病原生物学杂志 2023年第1期18卷 12-18页

作者：丁一李昆芳薛庆节屈艳琳济宁医学院基础医学院山东济宁272067 济宁医学院形态学实验室

目的采用生物信息学方法预测EB病毒BZLF1基因编码蛋白的结构、抗原表位及疫苗的初步构建,为EB病毒相关疾病的疫苗的研制提供依据。方法通过NCBI获得EB病毒BZLF1蛋白的核苷酸序列和氨基酸序列,采用ORF Finder、Protparam、SOPMA、DTU H... 详细信息

目的采用生物信息学方法预测EB病毒BZLF1基因编码蛋白的结构、抗原表位及疫苗的初步构建,为EB病毒相关疾病的疫苗的研制提供依据。方法通过NCBI获得EB病毒BZLF1蛋白的核苷酸序列和氨基酸序列,采用ORF Finder、Protparam、SOPMA、DTU Health Tech、TMHMM-2.0、Cell-PLoc 2.0、NetPhos 3.1 Servera、NetNGlyc、SWISS MODE、Immunomedicine Group、IEDB、BLAST、Uniprot等生物信息学软件对EB病毒BZLF1蛋白的理化性质、亲疏水性、结构域、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化及糖基化位点、二级结构、三级结构、抗原决定簇、B细胞与T细胞抗原表位、蛋白同源性及相互作用蛋白进行预测分析。在T4DNA连接酶作用下连接BZLF1基因与穿梭表达载体pMV261,对连接产物进行PCR及双酶切鉴定。结果 BZLF1蛋白是由245个氨基酸组成的亲水蛋白,分子式为C_(1185)H_(1850)N_(332)O_(366)S_(8),相对分子质量为26.860×10^(3),理论等电点为5.25,脂肪族氨基酸指数为71.35,平均亲水系数为-0.529;该蛋白二级结构以无规则卷曲居多,占51.84%,无信号肽和跨膜区,存在18个磷酸化位点,2个糖基化位点,含有1个碱性亮氨酸拉链结构。预测该蛋白有9个抗原决定簇,8个B细胞优势抗原表位,9个CTL细胞优势表位,8个Th细胞表位,与人类环状amp反应元件结合蛋白相似度为6.12%,同源性较低。PCR及双酶切鉴定含BZLF1基因的pMV261载体构建正确。结论生物信息学预测BZLF1属于亲水蛋白,热稳定性较好。该蛋白含有多个磷酸化位点可参与相关信号通路,对疾病的发展起到重要作用。BZLF1含有多个B、T细胞抗原表位,且与人体蛋白同源性低,不易发生免疫交叉反应,可作为EB病毒候选疫苗表位。

关键词： EB病毒 BZLF1 生物信息学抗原表位

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鼻咽癌组织中高表达的GSDME对TME免疫浸润和患者预后的影响

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中国肿瘤生物治疗杂志 2023年第6期30卷 489-496页

作者：丁一李昆芳王然张隽宁苑珀涢毕馨曼余继霜屈艳琳济宁医学院基础医学院山东济宁272067 济宁医学院形态学实验室山东济宁272067

目的:探究细胞焦亡相关基因GSDME在鼻咽癌组织中的表达及其对肿瘤微环境(TME)和患者预后的影响。方法:从TCGA数据库获得548例鼻咽癌患者的基因表达数据及临床资料,运用R语言对GSDME进行差异表达分析、GO-KEGG富集分析;从人类蛋白质图谱(... 详细信息

目的:探究细胞焦亡相关基因GSDME在鼻咽癌组织中的表达及其对肿瘤微环境(TME)和患者预后的影响。方法:从TCGA数据库获得548例鼻咽癌患者的基因表达数据及临床资料,运用R语言对GSDME进行差异表达分析、GO-KEGG富集分析;从人类蛋白质图谱(HPA)数据库中获取GSDME蛋白在鼻咽癌组织和相应癌旁组织中的表达数据,通过STRING数据库探究与GSDME相互作用的蛋白质网络;应用ss GSEA算法分析GSDME在鼻咽癌组织中的表达及其与24种免疫细胞浸润的相关性,运用Spearman法分析GSDME与免疫检查点分子的相关性,通过TISIDB数据库分析GSDME表达与细胞因子基因表达的相关性。单因素和多因素COX回归分析筛选预后风险因素,基于风险因素GSDME绘制预后预测列线图和校准图,根据GSDME的表达水平对鼻咽癌患者进行生存分析和风险分析。qPCR法验证中国人鼻咽癌组织中GSDME及4种趋化因子mRNA的表达。结果:数据库数据分析显示,与癌旁组织相比,鼻咽癌组织中GSDME呈高表达(P<0.01),GO-KEGG富集分析显示GSDME参与免疫反应、细胞焦亡相关信号通路,GSDME表达与免疫细胞浸润、细胞因子及免疫检查点分子表达等相关,q PCR检查结果验证了中国人鼻咽癌组织中GSDME呈高表达。GSDME表达量、N分期和M分期是鼻咽癌患者预后的风险因素,基于风险因素建立的列线图和校正图能较好地预测鼻咽癌患者OS,鼻咽癌组织中GSDME高表达的患者预后差。结论:GSDME在鼻咽癌癌组织中呈高表达且是患者预后风险因素,基于GSDME建立的列线图预测预后效能良好;GSDME高表达与TME免疫浸润有关,其可能是免疫治疗的潜在靶点。

关键词：鼻咽癌细胞焦亡 GSDME 预后免疫细胞浸润

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JAK抑制剂治疗中重度COVID-19患者临床疗效及安全性的Meta分析

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中国医院药学杂志 2023年第5期43卷 536-544页

作者：丁一李昆芳彭翱翔刘乃婕路嘉慧薛庆节屈艳琳济宁医学院基础医学院山东济宁272067 济宁医学院病原生物学教研室山东济宁272067 济宁医学院形态学实验室山东济宁272067

目的:采用Meta分析方法评估JAK抑制剂治疗中重度COVID-19患者的临床疗效及安全性。方法:从PubMed、Web of Science,Cochrane Library数据库检索了2020年1月1日至2022年4月的685篇相关文章,最终纳入13篇文献到RevMan 5.4.1软件中进行主... 详细信息

目的:采用Meta分析方法评估JAK抑制剂治疗中重度COVID-19患者的临床疗效及安全性。方法:从PubMed、Web of Science,Cochrane Library数据库检索了2020年1月1日至2022年4月的685篇相关文章,最终纳入13篇文献到RevMan 5.4.1软件中进行主要临床结局的研究。Cochrane风险评估工具和Newcastle-Ottawa Scale(NOS)量表分别评估随机对照实验和队列研究的文献质量。亚组分析研究了用药剂量、种类、合并用药对临床死亡率的影响。结果:最终纳入13项研究,包括4402名患者,大多为感染SARS-CoV-2的中重度或重度老年患者。研究全因死亡率时,实验组与对照组相比有更低的临床死亡风险(RR=0.55,95%CI:0.47~0.65),且实验组总体严重不良反应风险和机械通气的需求率均低于对照组(总体严重不良反应:RR=0.78,95%CI:0.67~0.91;机械通气:RR=0.63,95%CI:0.46~0.85)。按照系统分析了实验组和对照组发生严重不良反应的差异。实验组发生继发性感染、泌尿系统和呼吸系统严重不良事件的风险更低,心血管系统严重不良事件的发生风险差异无统计学意义。此外对用药种类、剂量、合并用药进行了亚组分析,希望对临床治疗提供更多思路。结论:JAK抑制剂治疗中重度或重度COVID-19患者的临床疗效及安全性较好,且临床严重不良事件的发生风险更低,尚无试验证明相关不良反应发生与JAK抑制剂的直接相关性。

关键词： JAK抑制剂 COVID-19 临床疗效 Meta分析

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新冠病毒N基因编码蛋白的生物信息学分析

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中国病原生物学杂志 2022年第7期17卷 745-750,756页

作者：孔令启丁一屈艳琳济宁市第一人民医院小儿外科山东济宁272000 济宁医学院基础医学院济宁医学院形态学实验室

目的利用生物信息学方法分析预测新冠病毒N基因编码蛋白的结构及抗原表位,为研究新冠病毒靶向药物和疫苗提供理论依据。方法通过NCBI获得新冠病毒核衣壳蛋白的核苷酸序列和氨基酸序列,采用ORF Finder、Protparam、SOPMA、DTU Health Tec... 详细信息

目的利用生物信息学方法分析预测新冠病毒N基因编码蛋白的结构及抗原表位,为研究新冠病毒靶向药物和疫苗提供理论依据。方法通过NCBI获得新冠病毒核衣壳蛋白的核苷酸序列和氨基酸序列,采用ORF Finder、Protparam、SOPMA、DTU Health Tech、TMHMM-2.0、Conserved domains、Cell-PLoc 2.0、NetPhos 3.1 Servera、NetNGlyc、SWISS MODE、Immunomedicine Group、IEDB、SYFPEITHI、BLAST、Uniprot等生物信息学软件对新冠病毒N蛋白的开放阅读框、理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜区、结构域、亚细胞定位、磷酸化及糖基化位点、二级结构、三级结构、抗原决定簇、B细胞与T细胞抗原表位、蛋白同源性及相互作用蛋白进行预测分析。结果新冠病毒核衣壳蛋白是由419个氨基酸组成的亲水蛋白,分子式为C_(1970)H_(3137)N_(607)O_(629)S_(7),相对分子质量为45.625×10^(3),理论等电点为10.07,脂肪族氨基酸指数为52.93,平均亲水系数为-0.971;该蛋白二级结构以无规则卷曲居多占55.13%,无信号肽和跨膜区,存在57个磷酸化位点,5个糖基化位点。预测该蛋白有16个抗原决定簇,8个B细胞优势抗原表位,16个CTL细胞优势表位,13个Th细胞表位,与SARS-CoV同源性最高,主要与6种蛋白相互作用发挥功能。结论新冠病毒N基因编码蛋白含有多个B、T细胞优势抗原表位,与SARS-CoV同源性高,可为冠状病毒疫苗的研发提供和理论基础。

关键词：新冠病毒核衣壳蛋白生物信息学抗原表位

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脑源性神经营养因子与抑郁症的关系研究进展

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新乡医学院学报 2023年第8期40卷 791-795页

作者：王琳岳学强钱佳蕾原立乾郭丁文王政清马建军新乡医学院河南新乡453003 新乡医学院基础医学院大体形态学实验室河南新乡453003

抑郁症是一种致残性疾病,严重损害患者的生活质量,然而,抑郁症的发病机制尚未完全明确。脑源性神经营养因子(BDNF)是神经营养因子家族中的重要成员,其在神经元的存活、分化、突触可塑性及认知、情绪和记忆中发挥重要作用。研究发现,BDN... 详细信息

抑郁症是一种致残性疾病,严重损害患者的生活质量,然而,抑郁症的发病机制尚未完全明确。脑源性神经营养因子(BDNF)是神经营养因子家族中的重要成员,其在神经元的存活、分化、突触可塑性及认知、情绪和记忆中发挥重要作用。研究发现,BDNF在大脑皮质和海马中的含量与抑郁症密切相关,其可以通过不同信号通路调控抑郁症的发生发展,因此,其可以作为抑郁症治疗的重要靶点。本文就近年来关于BDNF与抑郁症的关系以及BDNF信号通路在抑郁症发病和治疗中的作用机制研究进行综述,以期为临床上抑郁症的研究及治疗提供新思路。

关键词：脑源性神经营养因子抑郁症酪氨酸激酶受体B p75神经营养素受体

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氢气抑制TL1A/DR3通路对兔肢体缺血-再灌注后心肌细胞凋亡的影响

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实用医学杂志 2023年第16期39卷 2037-2042页

作者：李林殷月王晨晨庄宝祥王岱君潍坊医学院基础医学院解剖学教研室山东潍坊261053 潍坊医学院基础医学院生理学教研室山东潍坊261053 潍坊医学院基础医学院形态学实验室山东潍坊261053

目的探讨氢气通过肿瘤坏死因子样细胞因子1A(tumor necrosis factor-like cytokine 1A,TL1A)/死亡受体3(death receptor 3,DR3)通路对兔肢体缺血-再灌注后心肌细胞凋亡的影响。方法下载基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)GSE160516数据集,进行基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集。采用随机数字表法将18只雄性新西兰大耳白兔随机分为对照组(C组),肢体缺血-再灌注组(R组),氢气组(H组),每组6只。建立兔双后肢缺血-再灌注模型,各组动物取静脉血离心制备血清,摘取心脏。酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)法检测血清TL1A和DR3水平。终端脱氧核苷酸转移酶UTP介导的缺口端标记(terminal deoxynucleotidyl transferase UTP mediated nicked end labeling,TUNEL)法检测心肌细胞凋亡率。免疫印迹(western blotting)法测定心肌组织中TL1A、DR3与半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase3)蛋白相对表达量。实时逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription polymerase chain reaction,RT-q PCR)测定心肌组织中TL1A、DR3与Caspase3 mRNA相对表达量。结果KEGG通路富集分析发现,小鼠心肌缺血-再灌注后,基因表达富集在Apoptosis信号通路、TNF信号通路和MAPK信号通路等。实验观察到,与C组比较,R组血清TL1A和DR3表达水平显著升高(P<0.01);与R组比较,H组血清TL1A和DR3表达水平显著降低(P<0.01)。与C组比较,R组心肌细胞凋亡率显著升高(P<0.01);与R组比较,H组心肌细胞凋亡率显著降低(P<0.01)。与C组比较,R组心肌组织内TL1A、DR3和Caspase3蛋白与mRNA相对表达量均显著升高(P<0.01);与R组比较,H组心肌组织内TL1A、DR3和Caspase3蛋白与mRNA相对表达量均显著降低(P<0.05,P<0.01)。结论氢气可通过抑制TL1A/DR3通路减轻肢体缺血-再灌注后心肌细胞凋亡。

关键词：氢气缺血-再灌注心肌细胞凋亡

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经颈内静脉进行中心静脉置管的解剖研究及临床意义

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中国临床解剖学杂志 2024年第4期42卷 419-423页

作者：陈永正刘维周旭茹黎珂仰张功铭梁伟旭张钰瑞张子晴陈飞陈志国平顶山市中医医院影像科河南平顶山467000 新乡医学院基础医学院河南新乡453000 新乡医学院基础医学院大体形态学实验室河南新乡453000

目的测量颈内静脉穿刺置管长度及途经血管半径,为临床经颈内静脉进行中心静脉穿刺置管提供形态学依据。方法选取31具防腐成年大体标本,解剖静脉全程及其属支,确定穿刺入针点和置管终点,测量置管通路左、右侧入路点到各属支及终点的长度... 详细信息

目的测量颈内静脉穿刺置管长度及途经血管半径,为临床经颈内静脉进行中心静脉穿刺置管提供形态学依据。方法选取31具防腐成年大体标本,解剖静脉全程及其属支,确定穿刺入针点和置管终点,测量置管通路左、右侧入路点到各属支及终点的长度和血管压扁径,依据压扁径推算半径。结果左侧入路,至锁骨下静脉长度(20.47±9.08)mm;左右头臂静脉交汇处(91.17±14.12)mm;终点(148.27±17.25)mm。右侧入路,至锁骨下静脉长度(21.59±7.32)mm;左右头臂静脉交汇处(61.06±9.74)mm;终点(123.22±12.68)mm。左侧,颈内静脉半径(3.85±1.29)mm;锁骨下静脉(4.64±1.07)mm;头臂静脉(5.08±1.01)mm。右侧,锁骨下静脉半径(4.79±0.89)mm;颈内静脉(5.03±1.65)mm;头臂静脉(5.23±0.91)mm。上腔静脉半径(7.92±0.97)mm;奇静脉(4.16±1.21)mm。结论右侧入路行颈内静脉穿刺置管术优势大于左侧;左侧用长度20cm导管、右侧用长度15cm导管可基本满足临床需求。

关键词：中心静脉置管颈内静脉解剖

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血小板在肿瘤转移中的作用

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中国生物化学与分子生物学报 2022年第8期38卷 1006-1014页

作者：刘克颜宁召臣济宁医学院公共卫生学院山东济宁272067 济宁医学院基础医学院济宁市免疫学重点实验室山东济宁272067

血小板是巨核细胞产生的无核细胞碎片,其主要功能是参与凝血和止血。近年来,越来越多的研究和临床证据表明,血小板还参与并促进了肿瘤转移。当肿瘤细胞从原位肿瘤组织脱落进入血管后,血小板是其第一个接触到的宿主细胞。作为肿瘤转移微... 详细信息

血小板是巨核细胞产生的无核细胞碎片,其主要功能是参与凝血和止血。近年来,越来越多的研究和临床证据表明,血小板还参与并促进了肿瘤转移。当肿瘤细胞从原位肿瘤组织脱落进入血管后,血小板是其第一个接触到的宿主细胞。作为肿瘤转移微环境中的重要成员,血小板与肿瘤细胞之间相互作用和相互影响。一方面,肿瘤细胞能通过诱导血小板活化和聚集来调节血小板功能;另一方面,血小板能够通过直接接触和释放生物活性介质的方式,促进肿瘤转移。大量的研究结果表明,血小板主要通过以下几条途径促进肿瘤转移:1)降低血液流体剪切力对肿瘤细胞造成的机械损伤;2)帮助肿瘤细胞逃避免疫监视;3)促进肿瘤细胞在血管内的迁移和停滞;4)促进肿瘤细胞上皮间质转化;5)促进肿瘤细胞外渗;6)构建适合肿瘤细胞生存的转移生态位。因此,靶向血小板与肿瘤细胞相互作用成为潜在的肿瘤治疗策略。本文以国内外最新研究进展为基础,综述血小板在肿瘤转移不同阶段发挥的作用,以及抗血小板药物在肿瘤治疗中的应用。

关键词：血小板肿瘤肿瘤转移抗血小板药物肿瘤治疗

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IL-28B对小鼠结肠炎的抑制作用及其机制研究

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中华微生物学和免疫学杂志 2022年第1期42卷 31-40页

作者：程大磊程红燕魏利张惠闫风连王长莹张俊凤熊化保山东大学齐鲁医学院济南250000 济宁医学院基础医学院免疫学与分子医学研究所济宁272067 济宁医学院附属医院医学研究中心济宁272007 济宁医学院济宁市免疫学重点实验室济宁272067

目的:研究IL-28B对葡聚糖硫酸钠(dextran sodium sulfate,DSS)诱导的小鼠结肠炎的作用和机制。方法:35只雄性C57BL/6小鼠随机分为对照组、DSS组以及IL-28B治疗组(1.25μg、2.5μg和5μg),每组7只。DSS组与IL-28B治疗组饮用2.5%DSS。从第... 详细信息

目的:研究IL-28B对葡聚糖硫酸钠(dextran sodium sulfate,DSS)诱导的小鼠结肠炎的作用和机制。方法:35只雄性C57BL/6小鼠随机分为对照组、DSS组以及IL-28B治疗组(1.25μg、2.5μg和5μg),每组7只。DSS组与IL-28B治疗组饮用2.5%DSS。从第3天开始,IL-28B治疗组每天腹腔注射相应剂量IL-28B,DSS组注射PBS。造模期间,每天进行疾病活动指数(disease activity index,DAI)评分。第8天处死小鼠,取小鼠外周血、脾脏、肠系膜淋巴结和结肠组织;观察小鼠结肠组织损伤、测量长度和HE染色进行组织病理学评分;流式细胞术检测各组织中免疫细胞的变化情况;采用ELISA法检测血清或结肠组织中炎性因子IL-12、IL-10、IL-1β、IL-6、IL-4和IL-13的表达水平。结果:与DSS组比较,2.5μg IL-28B治疗组DAI评分降低[(9.40±1.67)vs(3.50±1.73)]、结肠长度较长[(5.16±0.61)cm vs(6.91±0.60)cm]、组织病理学评分降低[(7.33±0.58)vs(4.33±0.58)],差异均有统计学意义(P<0.01)。与DSS组比较,2.5μg IL-28B治疗组外周血和脾脏中巨噬细胞比例降低[外周血:(21.39±3.21)%vs(15.63±2.98)%;脾脏:(3.03±0.28)%vs(2.05±0.48)%;P均<0.05];结肠中M2型巨噬细胞平均荧光强度显著增加[(1361.00±293.40)vs(2074.00±87.61),P<0.05]。与DSS组比较,2.5μg IL-28B治疗组结肠组织中IL-12和血清中IL-1β表达降低[IL-12:(31.72±6.92)pg/mg vs(5.41±3.41)pg/mg;IL-1β:(48.01±16.13)pg/ml vs(12.27±6.26)pg/ml;P均<0.01],结肠组织中IL-10、IL-4和IL-13表达显著升高[IL-10:(184.70±46.82)pg/mg vs(444.30±157.80)pg/mg;IL-4:(2.23±0.27)pg/mg vs(3.64±0.80)pg/mg;IL-13:(11.79±0.99)pg/mg vs(22.59±1.92)pg/mg;P均<0.05]。结论:IL-28B可能通过增加IL-4和IL-13的分泌调控巨噬细胞的分化及调节炎性因子的表达缓解小鼠急性肠炎的严重程度。

关键词：炎症性肠病 IL-28B 巨噬细胞细胞因子

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