染色体靶向切割和标签化(clevage under target and tagment,CUT&Tag)技术利用Tn5转座酶与Protein A/G的融合蛋白,引导Tn5酶至与靶蛋白结合的抗体附近,对靶蛋白结合的附近染色质区域进行切割,随后通过标签化处理对片段化染色质进行...
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染色体靶向切割和标签化(clevage under target and tagment,CUT&Tag)技术利用Tn5转座酶与Protein A/G的融合蛋白,引导Tn5酶至与靶蛋白结合的抗体附近,对靶蛋白结合的附近染色质区域进行切割,随后通过标签化处理对片段化染色质进行文库制备,并利用高通量测序技术获取特定位点或蛋白质结合位置的染色质信息。CUT&Tag技术在蛋白质和DNA相互作用的研究领域起到了重大作用,不仅可以了解组蛋白修饰发生的位置,而且可以明确转录因子结合的区域。相较于传统的染色质免疫沉淀高通量测序(chromatin immunoprecipitation-sequencing,ChIP-seq)技术,CUT&Tag技术具有信噪比高、可重复性好、实验周期短、细胞投入量低等优点,在早期胚胎发育、干细胞、肿瘤以及表观遗传学等研究领域体现出巨大优势。本文将针对CUT&Tag在代谢组织细胞(以小鼠原代胰岛细胞为例)的具体操作步骤进行描述,以提供一种研究代谢细胞的表观遗传学方法。
随着测序技术的发展和对tRNA衍生小分子(tRNA-derived small RNA,tsRNAs)的深入研究,越来越多的tsRNAs及其功能在各物种中被鉴定。tsRNAs根据切割位点的不同可分为tRNA衍生片段(tRNA-derived fragment,tRF)和tRNA应激诱导RNA(tRNA-deriv...
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随着测序技术的发展和对tRNA衍生小分子(tRNA-derived small RNA,tsRNAs)的深入研究,越来越多的tsRNAs及其功能在各物种中被鉴定。tsRNAs根据切割位点的不同可分为tRNA衍生片段(tRNA-derived fragment,tRF)和tRNA应激诱导RNA(tRNA-derived stress-induced RNA,tiRNA),其中tRF是一类具有调节功能的非编码RNA。为了加深对tRF的研究,近年来一些基于测序数据的tRF鉴定方法和相关数据库不断涌现,前者主要包括Telonis等人的算法和tDRmapper方法,后者主要有tRFdb、tRF2Cancer和MINTbase等。同时这两者为tRF的深入研究提供了更有效的工具。大量的研究表明,tRF主要以类似miRNA的方式对RNA、DNA及蛋白质进行调节,但也存在特异的作用方式。随着对这三者的深入研究,研究人员发现tRF在人类疾病的各种生物过程中也扮演着重要的角色,例如可以作为生物标志物。因此本文主要对tRF的鉴定方法、数据库、对靶分子的调节机制及其与人类疾病的关系作一综述。
Kelch样ECH关联蛋白1(Kelch-like ECH-associated protein 1,Keap1)是E3泛素连接酶的底物识别亚单位,在蛋白质的泛素化修饰中起重要作用。蛋白质的泛素化修饰作为一种重要且复杂的蛋白质翻译后修饰,在自噬和蛋白酶体系统中作为降解信号...
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Kelch样ECH关联蛋白1(Kelch-like ECH-associated protein 1,Keap1)是E3泛素连接酶的底物识别亚单位,在蛋白质的泛素化修饰中起重要作用。蛋白质的泛素化修饰作为一种重要且复杂的蛋白质翻译后修饰,在自噬和蛋白酶体系统中作为降解信号而被利用。野生型Keap1能够识别、结合多种底物蛋白质并通过Keap1-Cul3-Rbx1复合物泛素化。此外,Keap1还作为一种抑癌蛋白而被广泛研究,已发现诸多Keap1的体细胞突变或等位基因的异常缺失诱发人类多种疾病。当前的研究主要围绕在Keap1-Nrf2系统而很少涉及到其他下游底物。鉴于Keap1在细胞中的重要功能及广大的发展空间,这篇综述将对Keap1目前的研究现状进行总结。包括:泛素-蛋白酶体系统(ubiquitin-proteasome system,UPS),Keap1的结构、功能、突变,Keap1的泛素化底物及Keap1的相关疾病,探讨Keap1在疾病中的临床意义及研究中存在的机遇与挑战。
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