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中国水产科学 2024年第12期31卷 1422-1431页

作者：张万亮董震宇王昊魏炳琦林华建王伟峰郭宝英国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022 浙江海洋大学海洋科学与技术学院浙江舟山316022

紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)的热硬化是为了应对春季连续低潮期的极端低潮而进行的提升热耐受性的一种生存策略。为揭示紫贻贝在热硬化下的热耐受性提升机制,基于转录组测序技术对热硬化组(H)和对照组(N)处理后的贻贝鳃组织进行... 详细信息

紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)的热硬化是为了应对春季连续低潮期的极端低潮而进行的提升热耐受性的一种生存策略。为揭示紫贻贝在热硬化下的热耐受性提升机制,基于转录组测序技术对热硬化组(H)和对照组(N)处理后的贻贝鳃组织进行测序分析。结果显示,相对于对照组,热硬化组有651个差异表达基因,其中有159个显著上调, 492个显著下调。GO分析结果显示,差异表达基因显著富集于代谢过程、物质运输、信号转导等生物学过程。进一步对GO分析中的显著富集条目基因集进行基因集富集分析发现,细胞大分子代谢过程、核酸代谢过程、含核碱化合物代谢过程等与大分子代谢、物质代谢、能量代谢相关的生物学过程均表现上调。KEGG分析发现,差异表达基因显著富集于Rap1、细胞凋亡–多物种、MAPK等与代谢调节相关的信号通路。以上研究表明,热硬化紫贻贝可能通过激活多种大分子代谢过程以增强组织的功能发挥能力,同时加强鳃组织主动清除损伤细胞的能力,为应对高温胁迫做出早期生理调节和适应性反应,使其功能得到更好地发挥。本研究挖掘了与紫贻贝热硬化相关的生物学过程及代谢通路,为研究紫贻贝热硬化形成的分子机制提供了研究基础。

关键词：紫贻贝热硬化转录组测序大分子代谢鳃

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紫贻贝产卵前后转录组分析与相关基因的筛选

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中国水产科学 2023年第8期30卷 953-964页

作者：姚荣辉叶莹莹马颜雯董震宇郭锋王伟峰郭宝英浙江海洋大学海洋科学与技术学院浙江舟山316022 国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022

为探究紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)雌性生殖相关基因在产卵过程中发挥的功能及其参与产卵活动的调控机制,对紫贻贝产卵前后的性腺组织进行了转录组测序分析。结果显示,紫贻贝产卵前后存在的差异表达基因为4060个,其中上调的基因... 详细信息

为探究紫贻贝(Mytilus galloprovincialis)雌性生殖相关基因在产卵过程中发挥的功能及其参与产卵活动的调控机制,对紫贻贝产卵前后的性腺组织进行了转录组测序分析。结果显示,紫贻贝产卵前后存在的差异表达基因为4060个,其中上调的基因数目为1488个,下调的基因数目为2572个。GO富集分析显示,这些差异基因主要参与生长、发育过程、生殖、生殖过程等生殖相关的生物学途径。KEGG富集分析显示,与产卵、生殖相关的信号通路包括TCA循环、GnRH信号通路、卵巢类固醇生成、雌激素信号通路、催产素信号通路、类固醇生物合成等能够被显著富集。荧光定量分析结果显示,促黄体生成激素β(LHβ)和基质金属蛋白酶14(MMP14)基因表达水平显著升高,促性腺激素释放激素受体(GnRHR)、细胞色素P4503A酶(CYP3A)、细胞色素P45017A酶(CYP17A)基因表达水平显著下降。本研究利用转录组学分析了紫贻贝在产卵前后性腺组织转录水平的差异,揭示了紫贻贝性腺组织中参与调节产卵过程的主要途径和候选基因,为进一步阐明紫贻贝产卵活动的内在调控机制提供数据支撑,也为紫贻贝苗种繁育提供理论支持。

关键词：紫贻贝转录组测序性腺产卵差异表达基因

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高温胁迫下厚壳贻贝(Mytilus coruscus)消化腺代谢组学研究

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海洋与湖沼 2024年第1期55卷 171-181页

作者：郭锋王玉霞董震宇姚荣辉王伟峰叶莹莹严小军郭宝英国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022 浙江海洋大学海洋科学与技术学院浙江舟山316022

在全球变暖的背景下,海水温度不断升高、海洋暖化逐渐加剧,高温严重影响着海洋生物的各种生命过程,但对于海洋双壳贝类如何应对热应激的研究仍然不足。为此,开展了以18℃(CT)为对照组在26℃(ST)和33℃(HT)下对厚壳贻贝消化腺组织进行了... 详细信息

在全球变暖的背景下,海水温度不断升高、海洋暖化逐渐加剧,高温严重影响着海洋生物的各种生命过程,但对于海洋双壳贝类如何应对热应激的研究仍然不足。为此,开展了以18℃(CT)为对照组在26℃(ST)和33℃(HT)下对厚壳贻贝消化腺组织进行了急性热胁迫下的代谢组学分析,以便于研究其代谢反应。采用LC-MS/MS技术,并结合生物信息分析手段对差异代谢物进行筛选,并分析确定相关的代谢通路的变化,共有2532种代谢物在厚壳贻贝消化腺中被鉴定。KEGG富集分析用于探索差异代谢物的潜在代谢途径,共有29条代谢通路被显著富集,与对照组相比,ST组显著富集于牛磺酸和次牛磺酸代谢、神经活性配体-受体相互作用、鞘脂类代谢和视黄醇代谢等代谢通路;HT组显著富集于酪氨酸代谢、亚油酸代谢、丙氨酸新陈代谢、酪氨酸代谢、色氨酸代谢、苯丙氨酸代谢等代谢通路。研究结果显示,厚壳贻贝消化腺主要通过调节色氨酸代谢、酪氨酸代谢、鞘脂代谢、苯丙氨酸代谢、氧化磷酸化,脂肪酸、赖氨酸降解等信号通路应对热应激,从而帮助维持身体内部环境的稳定状态。上述研究为多视角探究厚壳贻贝耐热机制与应对环境中温度变化的适应性进化提供理论基础。

关键词：厚壳贻贝(Mytilus coruscus) 消化腺高温胁迫代谢组学

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波浪作用下刚性框架浮体及其锚绳运动数值模拟精度分析

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海洋工程 2018年第4期36卷 1-10页

作者：桂福坤左孝潘昀冯德军张健浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022

由小尺度刚性杆件构成的复杂结构近年来多用于海洋平台建设和海洋监测浮标制作以及海洋增养殖人工浮鱼礁的设计。采用有限单元法和集中质量点法建立波浪作用下刚性框架浮体及其锚绳运动数值模型,探讨空间单元划分、时间离散步长、数据... 详细信息

由小尺度刚性杆件构成的复杂结构近年来多用于海洋平台建设和海洋监测浮标制作以及海洋增养殖人工浮鱼礁的设计。采用有限单元法和集中质量点法建立波浪作用下刚性框架浮体及其锚绳运动数值模型,探讨空间单元划分、时间离散步长、数据保存格式对刚性框架浮体和柔性锚绳运动模拟精度的影响,分别给出此三者之间的匹配关系。研究结果表明:框架浮体的单元划分可依据是否出水给定,单元的划分比建议取0.05;锚绳的单元划分与其上端连接的浮体浮力有关,当锚绳的拉力主要由上端浮体浮力产生时锚绳单元的划分影响较小,当锚绳的拉力主要由波浪力产生时锚绳单元的划分比建议取0.02;空间单元划分与时间离散步长存在匹配关系,通过减小时间步长来追求数值模拟精度时必须同时考虑保存运动物理量截断误差的影响。

关键词：刚性浮体锚绳运动波浪作用截断误差单元划分比时间步长

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舟山近海常见鱼类分类多样性研究

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大连海洋大学学报 2021年第3期36卷 488-494页

作者：王业辉胡成业宋娜王晓艳高天翔中国海洋大学水产学院山东青岛266003 浙江海洋大学水产学院浙江舟山316022 浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022

为揭示舟山近海常见鱼类分类多样性,以及更合理地保护和利用舟山近海渔业资源,根据舟山近海鱼类资源调查与文献数据资料,基于Nelson分类系统对鱼类物种进行了系统整理,利用分类阶元包含指数(TINCLi)、分类多样性指数(Δ^(+)和Λ^(+))、... 详细信息

为揭示舟山近海常见鱼类分类多样性,以及更合理地保护和利用舟山近海渔业资源,根据舟山近海鱼类资源调查与文献数据资料,基于Nelson分类系统对鱼类物种进行了系统整理,利用分类阶元包含指数(TINCLi)、分类多样性指数(Δ^(+)和Λ^(+))、属间-科间多样性指数(G-F指数)和相对丰富度指数(Rr)等,从不同分类阶元分析了舟山近海常见鱼类的分类多样性。结果表明:舟山近海常见鱼类共16目63科118属154种,其中,鲈形目种类占绝对优势;鱼类组成目所拥有的科、属、种平均值分别为3.88、7.38、9.63,科所拥有的属、种平均值分别为1.90、2.48,属所拥有的种平均值为1.31,在目、科级水平的分类阶元包含指数值高于唐山湾与东山湾,但低于大亚湾与东海大陆架;舟山近海常见鱼类的平均分类差异指数(Δ^(+))和分类差异变异指数(Λ^(+))分别为60.0和340.8,Δ^(+)值低于唐山湾、东山湾、大亚湾、东海大陆架4个研究海域,而Λ^(+)值则高于上述研究海域;G-F指数分析显示,G指数为4.67,F指数为23.44,G-F指数为0.80,均高于浙江近海的杭州湾、象山湾、三门湾、台州湾、乐清湾等5个海湾;相对丰富度指数结果显示,目级水平上鲈形目最高(462.5),科级水平上虾虎鱼科最高(26.98)。研究表明,舟山近海常见鱼类种类组成较为集中,亲缘关系较近,分类均匀程度较低,在科、属水平上的多样性较高。

关键词：舟山近海分类阶元包含指数鱼类分类多样性 G-F指数相对丰富度指数

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紫贻贝（Mytilus galloprovincialis）热硬化过程中耐热相关生物学过程及通路的转录组分析

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中国水产科学 2024年

作者：张万亮董震宇王昊魏炳琦林华建王伟峰郭宝英国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江海洋大学海洋科学与技术学院

紫贻贝（Mytilus galloprovincialis）的热硬化是为了应对春季连续低潮期的极端低潮而进行的热耐受性提升的一种生存策略。为揭示紫贻贝在热硬化下的热耐受性提升机制，基于转录组测序技术对热硬化组（H）和对照组（N）处理后的贻贝鳃... 详细信息

紫贻贝（Mytilus galloprovincialis）的热硬化是为了应对春季连续低潮期的极端低潮而进行的热耐受性提升的一种生存策略。为揭示紫贻贝在热硬化下的热耐受性提升机制，基于转录组测序技术对热硬化组（H）和对照组（N）处理后的贻贝鳃组织进行测序分析。结果显示，相对于对照组，热硬化组有651个差异表达基因，其中有159个显著上调，492个显著下调。GO分析结果显示，差异表达基因显著富集于代谢过程、物质运输、信号转导等生物学过程。进一步对GO分析中的显著富集条目基因集进行GSEA分析，细胞大分子代谢过程、核酸代谢过程、含核碱化合物代谢过程等与大分子代谢、物质代谢、能量代谢相关的生物学过程均表现上调。KEGG分析发现，差异表达基因显著富集于Rap1、细胞凋亡-多物种、MAPK等与代谢调节相关的信号通路。以上研究表明，热硬化紫贻贝可能通过激活多种大分子代谢过程以增强组织的功能发挥能力，同时加强了鳃组织主动清除损伤细胞的能力，为后期高温胁迫做出早期生理调节和适应性反应，使其功能得到更好地发挥。本研究挖掘了与紫贻贝热硬化相关的生物学过程及代谢通路，为研究紫贻贝热硬化形成的分子机制提供了研究基础。

关键词：紫贻贝热硬化转录组测序大分子代谢 GSEA

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滴滤式砂滤池水力特性初步研究

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渔业现代化 2017年第3期44卷 41-45页

作者：李训猛潘昀桂福坤浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022

为增强砂滤池过滤性能,探究散水滴滤式砂滤池水力特性,掌握其过水规律,以石英砂为滤池填充滤料,通过物理模型试验,研究饱和砂层散水滴滤模式下滤料粒径、滤层厚度对砂滤池过水流量的影响,建立了关系曲线及函数表达式。结果显示:滤层厚度... 详细信息

为增强砂滤池过滤性能,探究散水滴滤式砂滤池水力特性,掌握其过水规律,以石英砂为滤池填充滤料,通过物理模型试验,研究饱和砂层散水滴滤模式下滤料粒径、滤层厚度对砂滤池过水流量的影响,建立了关系曲线及函数表达式。结果显示:滤层厚度为0~4 cm时,砂滤池中出水量约由100 cm^3/s增加到600 cm^3/s;砂滤池过水流量与滤层厚度呈单调递增关系,滤料粒径越大,流量增长越快;砂滤池过水流量与滤料粒径呈二次函数递增关系;滤层厚度大于40 cm,以粒径为5~6 mm石英砂作为滤料的砂滤池,过水流量约稳定在410~420 cm^3/s;以粒径为7~8 mm石英砂作为滤料的砂滤池,过水流量稳定在640~650 cm^3/s;粒径为1~2 mm与粒径为3~4 mm对应的流量曲线较为接近,且均随滤层厚度递增。在滤层厚度恒定条件下,增大石英砂粒径,滤池中的过水流量也逐渐增加,且不同滤层厚度对应的流量曲线平行递增。试验得出的砂滤池过水流量与滤料粒径、滤层厚度的拟合曲线可为砂滤池的设计、建造及滤料选择提供理论参考。

关键词：砂滤池散水滴滤过水流量水力特性

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曼氏无针乌贼转录组微卫星特征分析

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渔业科学进展 2018年第3期39卷 144-151页

作者：管奥毋玉婷陈宇孙扬祁鹏志郭宝英浙江海洋大学海洋科学与技术学院国家海洋设施养殖工程技术研究中心舟山316022

本研究基于高通量测序获得的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)转录组数据,采用MISA(MIcro SAtellite)软件对其简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘。组装并去冗余后,得到127575个Unigene,序列拼接的总长度为1... 详细信息

本研究基于高通量测序获得的曼氏无针乌贼(Sepiella japonica)转录组数据,采用MISA(MIcro SAtellite)软件对其简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘。组装并去冗余后,得到127575个Unigene,序列拼接的总长度为103104058 bp。对Unigene序列进行SSR分析,共得到62124个SSR(完整型SSR 36813个),分布在50626条Unigene序列当中,SSR出现频率为48.70%,平均16.6 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以二碱基重复类型为主(31227,50.27%),其次为三碱基重复(16230,26.13%)。共发现122种碱基重复基元,在所有重复基元中(AT/AT)n占的比例最高为23.33%,其次为(AAAG/CTTT)n(17.42%)。曼氏无针乌贼SSR(完整型)的平均长度为25.87 bp,微卫星主要为重复长度大于20 bp的长序列,长度大于20 bp的微卫星序列占总数的51%。本研究发现,曼氏无针乌贼微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P<0.01),相关系数为–0.594。该研究结果为开发高度多态性微卫星引物进行曼氏无针乌贼亲缘关系鉴定、种群遗传多样性和增殖放流效果评估等研究奠定了基础。

关键词：曼氏无针乌贼微卫星转录组高通量测序重复基元

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大黄鱼(Larimichthys crocea)ISG15基因单核苷酸多态性及与抗病性状的相关性研究

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海洋与湖沼 2023年第1期54卷 173-182页

作者：李凤欣殷小龙卢德政刘成张建设沈斌浙江海洋大学、国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022 浙江省舟山市水产研究所浙江舟山316111

由哈维氏弧菌(Vibrioharveyi)等细菌感染引起的弧菌病对我国大黄鱼(Larimichthyscrocea)的养殖造成了严重危害。通过哈维氏弧菌人工感染大黄鱼建立易感组和抗病组,采用PCR扩增和直接测序法对大黄鱼干扰素刺激基因ISG15双拷贝(ISG15-1和I... 详细信息

由哈维氏弧菌(Vibrioharveyi)等细菌感染引起的弧菌病对我国大黄鱼(Larimichthyscrocea)的养殖造成了严重危害。通过哈维氏弧菌人工感染大黄鱼建立易感组和抗病组,采用PCR扩增和直接测序法对大黄鱼干扰素刺激基因ISG15双拷贝(ISG15-1和ISG15-2)进行单核苷酸多态性(SNPs)检测和分型,并与其哈维氏弧菌抗性进行关联分析。结果表明,从大黄鱼ISG15-1和ISG15-2基因中分别筛选到10个和4个SNP位点并进行了成功分型。经统计分析, ISG15-1基因的186 G/C和318 C/T位点以及ISG15-2基因的297G/T位点的基因型频率和等位基因频率在易感群体和抗病群体中均存在极显著差异,表明这3个SNP位点与大黄鱼哈维氏弧菌抗性显著相关。连锁不平衡分析结果显示,ISG15-1的SNPs可形成1个单倍块和11种单倍型,而ISG15-2的SNPs可形成1个单倍块和5种单倍型。其中, ISG15-1基因的单倍型H2(CCCCGGTACC)、H6(TCCCACTGTC)和H9(TCCCAGTGCC)与大黄鱼哈维氏弧菌抗性显著相关;ISG15-2基因的单倍型H1(CCCG)和H4(TCCG)与大黄鱼哈维氏弧菌抗性极显著相关。这些ISG15-1和ISG15-2基因的SNP位点以及单倍型可以作为抗哈维氏弧菌病大黄鱼选育的候选分子标记。

关键词：大黄鱼(Larimichthys crocea) 干扰素刺激基因ISG15 单核苷酸多态性哈维氏弧菌

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超灵敏高特异性巢式PCR检测方法的建立及其在大黄鱼(Larimichthys crocea)弧菌病早期预警中的应用

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海洋与湖沼 2024年第4期55卷 1008-1018页

作者：魏雪莲包红玉李继姬施慧陶震段鑫冰叶莹莹郭宝英浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心浙江舟山316022 浙江省舟山市定海区经济和信息化局浙江舟山316041 浙江省海洋水产研究所浙江省海水增养殖重点实验室浙江舟山316021 浙江海洋大学水产学院浙江舟山316022 浙江海洋大学海洋科学与技术学院浙江舟山316022

由哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)、副溶血弧菌(***)及溶藻弧菌(***)等病菌感染导致的弧菌病是大黄鱼养殖中最常见、最具危害性的疾病之一,然而目前针对发病后的遏制手段有限,因此亟待建立高灵敏度、高特异性的病原检测技术以实现病害早期... 详细信息

由哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)、副溶血弧菌(***)及溶藻弧菌(***)等病菌感染导致的弧菌病是大黄鱼养殖中最常见、最具危害性的疾病之一,然而目前针对发病后的遏制手段有限,因此亟待建立高灵敏度、高特异性的病原检测技术以实现病害早期预警。在普通两轮巢式PCR引物的基础上,对这3种弧菌分别设计一套三轮巢式PCR引物,通过扩增条件优化、特异性检验及灵敏度测定,确定了能精准检测3种弧菌的方法,达到了扩增产物单一、参考菌假阳性检出率为0、靶序列最低检出灵敏度分别为2.50 copies/μL(哈维氏弧菌)、3.12 copies/μL(副溶血弧菌)、2.53 copies/μL(溶藻弧菌)等效果。利用开发的检测方法,检测了2021~2023年度浙江、福建一带大黄鱼养殖样本,所有样本均检测出哈维氏弧菌和溶藻弧菌,副溶血弧菌未检出。结果显示浙江、福建一带大黄鱼弧菌病主要是由哈维氏弧菌和溶藻弧菌引起。开发的检测方法有望应用于大黄鱼等养殖物种弧菌病的早期预警和常规检测。

关键词：巢式PCR 大黄鱼弧菌病病原检测

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