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基于单细胞测序技术揭示2'-5'-寡腺苷酸合成酶2在胰腺导管腺癌肿瘤相关巨噬细胞中的作用

海军军医大学学报 2025年第5期 567-576页

作者：汪子欣杨玉洁王越赵云鹏海军军医大学(第二军医大学)基础医学院六大队海军军医大学(第二军医大学)基础医学院人体解剖学教研室海军军医大学(第二军医大学)转化医学研究中心干细胞与再生医学研究室

目的基于早期和晚期胰腺导管腺癌(PDAC)患者肿瘤组织巨噬细胞相关的差异基因，探索PDAC肿瘤免疫微环境的特征，为PDAC提供早诊早治新靶点。方法收集3例早期与4例晚期PDAC患者肿瘤组织样本，利用单细胞测序技术分析组织转录组数据，结... 详细信息

目的基于早期和晚期胰腺导管腺癌(PDAC)患者肿瘤组织巨噬细胞相关的差异基因，探索PDAC肿瘤免疫微环境的特征，为PDAC提供早诊早治新靶点。方法收集3例早期与4例晚期PDAC患者肿瘤组织样本，利用单细胞测序技术分析组织转录组数据，结合癌症基因组图谱(TCGA)数据库，获取与预后有关的早期与晚期PDAC差异表达的巨噬细胞相关基因，采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)-Cox回归方法构建预后风险评分模型。利用基因表达谱交互分析2(GEPIA2)在线生存分析工具筛选出与PDAC预后相关的风险基因，使用通过估计RNA转录本相对子集进行细胞类型鉴定(CIBERSORT)方法对其免疫浸润情况进行分析，通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维和Monocle包对其在不同时期不同亚群巨噬细胞中的表达情况进行解析，并进一步借助STRING数据库及人类蛋白质图谱(HPA)数据库对其蛋白质-蛋白质相互作用和免疫组织化学染色图片进行分析。结果共发现48个早期与晚期PDAC差异表达的巨噬细胞相关基因与预后有关。筛选出11个差异表达的巨噬细胞基因作为PDAC预后基因，并利用这11个基因构建PDAC预后风险评分模型。筛选出2个不良预后基因，其中2'-5'-寡腺苷酸合成酶2(OAS2)基因主要在分泌型磷蛋白1(SPP1)阳性巨噬细胞中表达，人类异常纺锤体样小头畸形相关蛋白(ASPM)基因主要在增殖标志物Ki-67(MKI67)阳性巨噬细胞中表达，并且OAS2在不同时期PDAC巨噬细胞中的表达具有明显差异。免疫浸润研究表明OAS2和ASPM在调节性T细胞、M2型巨噬细胞中高表达(均P<0.05)。蛋白质-蛋白质相互作用网络显示了OAS2和ASPM间的表达关系以及更多其他共表达的蛋白。免疫组织化学分析表明OAS2在肿瘤组织中的表达水平高于正常组织。结论　OAS2和ASPM均为不良预后基因，分别在SPP1阳性巨噬细胞和MKI67阳性巨噬细胞中特异性表达并发挥负性免疫调节作用，进而促进PDAC的进展并导致不良预后，这有望为PDAC的防治提供新的靶点。

关键词：胰腺导管腺癌巨噬细胞预后肿瘤微环境单细胞测序拟时序分析 2'-5'-寡腺苷酸合成酶2

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海军军医大学学报 2023年第7期44卷 785-791页

作者：罗淑丹王多祥付瑞锋王灵王腾蛟王越海军军医大学(第二军医大学)基础医学院上海200433 海军军医大学(第二军医大学)转化医学研究中心干细胞与再生医学研究室上海200433

目的基于单细胞测序数据对肝细胞癌(HCC)铁死亡相关预后基因的表达状态进行分析,为HCC的精准治疗提供有效靶点。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库和铁死亡相关基因数据库获取HCC患者和正常组织样本的铁死亡相关差异基因,采用最小... 详细信息

目的基于单细胞测序数据对肝细胞癌(HCC)铁死亡相关预后基因的表达状态进行分析,为HCC的精准治疗提供有效靶点。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库和铁死亡相关基因数据库获取HCC患者和正常组织样本的铁死亡相关差异基因,采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析构建风险预后评估模型;利用单细胞测序数据,通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维和Monocle包对预后风险基因在不同发育阶段细胞中的表达情况进行分析,并进一步通过CellChat包对预后风险基因在HCC细胞间的相互作用进行分析。结果共发现25个铁死亡相关差异基因与HCC患者的预后相关。筛选出含5'-核苷酸酶结构域2(NT5DC2)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)、微管解聚蛋白1(STMN1)和白细胞介素(IL)33(IL-33)4个基因作为HCC预后基因。其中NT5DC2主要在上皮细胞和内皮细胞中表达,IL-33主要在内皮细胞中表达,G6PD和STMN1在细胞中广泛表达;IL-33主要在发育早期阶段的内皮细胞中表达,NT5DC2、G6PD、STMN在不同的发育阶段均有表达;此外IL-33只在发育早期阶段的内皮细胞中与受体存在广泛交互。结论 IL-33作为良性预后基因,在HCC患者发育早期阶段的内皮细胞中特异性表达并发挥作用,提示维持血管内皮细胞的这种原始状态或促进IL-33介导的原始状态内皮细胞铁死亡可能是有效的HCC治疗靶点。

关键词：肝细胞癌预后铁死亡单细胞测序拟时序分析细胞互作分析白细胞介素33

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缺血性脑卒中后小鼠脑组织中星形胶质细胞的异质性分析

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海军军医大学学报 2023年第7期44卷 778-784页

作者：范杏飞赵云鹏王多祥付瑞锋王越海军军医大学(第二军医大学)基础医学院组织胚胎学教研室上海200433 海军军医大学(第二军医大学)转化医学研究中心干细胞与再生医学研究室上海200433

目的基于单细胞测序技术对缺血性脑卒中(IS)后脑组织中星形胶质细胞的动态变化进行研究,以更好地理解星形胶质细胞在IS发生、发展中的作用。方法利用基因表达汇编(GEO)数据库下载IS小鼠脑组织测序数据(GSE227651),采用典型关联分析(C... 详细信息

目的基于单细胞测序技术对缺血性脑卒中(IS)后脑组织中星形胶质细胞的动态变化进行研究,以更好地理解星形胶质细胞在IS发生、发展中的作用。方法利用基因表达汇编(GEO)数据库下载IS小鼠脑组织测序数据(GSE227651),采用典型关联分析(CCA)法进行数据整合,通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维分析获取不同的细胞亚群,使用SingleR包对不同细胞亚群进行注释;进一步通过tSNE聚类降维分析获取不同的星形胶质细胞亚群,并对不同星形胶质细胞亚群的数量改变和功能状态进行分析;利用Monocle包对不同星形胶质细胞亚群所处的发育阶段进行分析;利用CellChat包对星形胶质细胞与其他细胞亚群之间的配体-受体相互作用情况进行动态分析。结果下载获得GSE227651测序数据,整合聚类分析后将小鼠脑组织细胞聚类为19个细胞亚群,注释为16种不同的细胞类型。进一步对星形胶质细胞进行聚类分析,分为6个星形胶质细胞亚群,其中亚群0和亚群3在IS后第1天的数目占比相较于健侧对照降低,在IS后第3和第7天的占比逐渐升高;而亚群2和亚群5在IS后第1天的数目占比相较于健侧对照升高,在IS后第3和第7天的占比逐渐降低;亚群1和亚群4在IS后不同时间点的变化不大。根据功能分析将星形胶质细胞亚群2和亚群5定义为反应性星形胶质细胞,亚群0和亚群3定义为修复性星形胶质细胞,亚群1和亚群4定义为静息性星形胶质细胞。根据拟时序分析结果进一步将星形胶质细胞亚群2定义为急性反应性星形胶质细胞,亚群0定义为缺血损伤后修复性星形胶质细胞。细胞配体-受体相互作用分析显示,星形胶质细胞与星形胶质细胞、B细胞、自然杀伤(NK)细胞、内皮细胞、巨噬细胞、上皮细胞和神经元的配体-受体作用关系随时间动态改变,在IS后第1天主要通过与NK细胞建立联系介导炎症反应,而在IS后第3天开始通过与内皮细胞和神经元联系介导神经血管功能的恢复。结论星形胶质细胞的功能状态在IS后随时间动态改变,在IS后的早期可能主要通过急性反应性星形胶质细胞介导损伤后的急性炎症反应,而从IS后第3天开始可能主要通过缺血损伤后修复性星形胶质细胞参与损伤后脑组织的功能重建。

关键词：缺血性脑卒中星形胶质细胞单细胞测序拟时序分析

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单细胞转录组测序技术及其在免疫学研究中的应用

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海军军医大学学报 2024年第2期45卷 145-154页

作者：朱玉茹晨李宇王越海军军医大学(第二军医大学)基础医学院上海200433 海军军医大学(第二军医大学)转化医学研究中心干细胞与再生医学研究室上海200433 上海市细胞工程重点实验室上海200433

免疫系统具有复杂性、多变性以及可塑性,目前其组成和动态变化的研究只局限在群体效应,无法体现其异质性。单细胞技术的出现革新了研究者们对免疫学问题的认识。单细胞RNA测序技术是目前应用最广泛的单细胞技术,它能够在单细胞和单分子... 详细信息

免疫系统具有复杂性、多变性以及可塑性,目前其组成和动态变化的研究只局限在群体效应,无法体现其异质性。单细胞技术的出现革新了研究者们对免疫学问题的认识。单细胞RNA测序技术是目前应用最广泛的单细胞技术,它能够在单细胞和单分子的水平进行免疫学分析,揭示生理或病理条件下的免疫反应过程。本文对单细胞RNA测序技术的一般流程、发展及其在免疫学方面的应用进展进行综述,并展望其在免疫学方面的发展前景。

关键词：免疫系统单细胞测序 RNA测序免疫反应

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切向流过滤结合超速离心分离小细胞外囊泡方法的建立

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中国生物制品学杂志 2022年第9期35卷 1096-1101页

作者：王灵李梦诗徐莎陈国栋王越海军军医大学转化医学研究中心干细胞与再生医学研究室上海200433 海军军医大学转化医学研究中心上海200433 上海市细胞工程重点实验室上海200433

目的建立切向流过滤结合超速离心分离小细胞外囊泡的方法,以期提升小细胞外囊泡的分离效率。方法使用切向流过滤结合超速离心的方法分离小细胞外囊泡,并通过透射电镜观察、纳米颗粒追踪、Western blot等技术对分离的囊泡进行鉴定。结果... 详细信息

目的建立切向流过滤结合超速离心分离小细胞外囊泡的方法,以期提升小细胞外囊泡的分离效率。方法使用切向流过滤结合超速离心的方法分离小细胞外囊泡,并通过透射电镜观察、纳米颗粒追踪、Western blot等技术对分离的囊泡进行鉴定。结果通过该方法分离的小细胞外囊泡直径主要分布在30~250 nm之间,透射电镜下可明确观察到囊泡样结构,纯化后的细胞外囊泡CD9、CD63和ALIX蛋白呈阳性表达,分离时间较常规超速离心方法明显缩短。结论切向流过滤结合超速离心能够有效分离小细胞外囊泡,提升分离效率。

关键词：小细胞外囊泡切向流过滤超速离心提取

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单细胞测序在干细胞生物学中的应用研究进展

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海军军医大学学报 2023年第7期44卷 792-799页

作者：肖邦朱静徐莎陈国栋黄超海军军医大学(第二军医大学)基础医学院医学遗传学教研室上海200433 海军军医大学(第二军医大学)中医系中医妇科学教研室上海200433 海军军医大学(第二军医大学)转化医学研究中心干细胞与再生医学研究室上海200433 海军军医大学(第二军医大学)基础医学院人体解剖学教研室上海200433

细胞间的变异或异质性是干细胞群的基本和内在特征。传统的组学分析在混合细胞群体上进行,导致这些差异被掩盖。近年来,单细胞基因组、表观基因组、转录组测序等技术发展迅速,为全面解析细胞异质性和识别不同表型细胞类型提供了强有力... 详细信息

细胞间的变异或异质性是干细胞群的基本和内在特征。传统的组学分析在混合细胞群体上进行,导致这些差异被掩盖。近年来,单细胞基因组、表观基因组、转录组测序等技术发展迅速,为全面解析细胞异质性和识别不同表型细胞类型提供了强有力的工具。这些方法应用于不同类型的干细胞,包括多能干细胞和组织特异性干细胞,取得了令人兴奋的新发现。本文综述了单细胞组学测序技术的最新进展,并对单细胞组学测序的方法和应用前景进行了展望。

关键词：单细胞组学 RNA测序表观基因组测序干细胞细胞异质性

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在临床医学八年制医学生中开展转化医学第二课堂理论授课的体会

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教育进展 2023年第8期13卷 5276-5280页

作者：王灵陈国栋徐莎杨向群王越海军军医大学转化医学研究中心干细胞与再生医学研究室上海海军军医大学基础医学院人体解剖学教研室上海海军军医大学转化医学研究中心上海

传统临床医学八年制医学生的培养体系往往偏重于临床能力的教学,在科研能力培养方面存在一定的不足。第二课堂是培养医学生科研思维和创新能力的重要方式之一,能够帮助医学生接触医学科研,掌握基本科研能力。然而,传统的第二课堂教学存... 详细信息

传统临床医学八年制医学生的培养体系往往偏重于临床能力的教学,在科研能力培养方面存在一定的不足。第二课堂是培养医学生科研思维和创新能力的重要方式之一,能够帮助医学生接触医学科研,掌握基本科研能力。然而,传统的第二课堂教学存在基础科研与临床应用脱节的问题。面对这一现象,本课题组开展了基于转化医学的第二课堂理论授课。该理论授课在开拓学生科研视野、培养兴趣的同时也能够帮助他们跨越传统的学科壁垒,稳固基础医学与临床医学结合的知识体系。

关键词：八年制医学生第二课堂教学改革与创新转化医学

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干细胞外泌体对肺型氧中毒的保护作用和机制

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军事医学 2024年第4期48卷 267-272页

作者：徐胜崔立昆王舒陈杰包晓辰王越赵云鹏海军军医大学转化医学中心干细胞与再生医学研究室上海200433 海军军医大学免疫与炎症全国重点实验室上海200433 上海市干细胞临床转化研究院上海200092 海军特色医学中心潜水教研室上海200433 上海市细胞工程重点实验室上海200433

目的探讨干细胞外泌体在肺型氧中毒中的保护作用及机制。方法实验小鼠分为常压空气对照组、高压氧暴露组和高压氧外泌体干预组。在暴露前1 d给予磷酸盐缓冲液(PBS)和外泌体处理,0.23 MPa纯氧暴露8 h,分析肺部湿干比、炎症、渗出情况,病... 详细信息

目的探讨干细胞外泌体在肺型氧中毒中的保护作用及机制。方法实验小鼠分为常压空气对照组、高压氧暴露组和高压氧外泌体干预组。在暴露前1 d给予磷酸盐缓冲液(PBS)和外泌体处理,0.23 MPa纯氧暴露8 h,分析肺部湿干比、炎症、渗出情况,病理切片分析肺损伤,并检测肺部细胞死亡、抗氧化相关分子表达。结果干细胞外泌体预处理可明显减轻高压氧暴露引起的肺部损伤,降低湿干比,减少炎症因子分泌和肺部细胞凋亡。结论干细胞外泌体预防性给药可通过减少细胞死亡和炎症,减轻高压氧引起的肺型氧中毒。

关键词：外泌体肺型氧中毒肺损伤

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长链非编码RNA在急性髓系白血病中调控机制的研究进展

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解剖学杂志 2019年第4期42卷 403-406页

作者：徐莎仵敏娟王越倪海涛熊俊海军军医大学转化医学研究中心干细胞与再生医学研究室上海200433 海军军医大学组织学胚胎学教研室上海200433

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是指长度大于 200个核苷酸的非编码RNA,起初它被认为是基因组转录的"噪音",即RNA聚合酶II转录的副产物,并不具有生物学功能[1-2].但随着研究的深入,人们发现lncRNA参与了X染色体沉... 详细信息

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是指长度大于 200个核苷酸的非编码RNA,起初它被认为是基因组转录的"噪音",即RNA聚合酶II转录的副产物,并不具有生物学功能[1-2].但随着研究的深入,人们发现lncRNA参与了X染色体沉默、表观遗传调控、转录激活与干扰、细胞分化调节等多个关键的调控过程[3-5].

关键词：非编码RNA 表观遗传调控急性髓系白血病长链 RNA聚合酶转录激活生物学功能 X染色体

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基于数字切片的组织学教学现状及深度教学反馈功能探究

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基础医学教育 2019年第12期21卷 983-985页

作者：倪海涛仵敏娟蒋俊锋徐莎黎力王越礼嵩熊俊海军军医大学基础部组织胚胎学教研室上海200433 海军军医大学长海医院泌尿外科海军军医大学转化医学研究中心干细胞与再生医学研究室

组织学是基础医学生的必修课程,随着互联网及数字化的技术发展,全景切片的诞生在形态学的教学中起到了重要的作用。但由于与传统教学模式的差别,网络数字化一直作为辅助教学手段存在。文章通过对软件的深层功能开发,让学生更多地参与整... 详细信息

组织学是基础医学生的必修课程,随着互联网及数字化的技术发展,全景切片的诞生在形态学的教学中起到了重要的作用。但由于与传统教学模式的差别,网络数字化一直作为辅助教学手段存在。文章通过对软件的深层功能开发,让学生更多地参与整个教学改革过程,能更好地利用信息技术改变教学模式,而非简单成为一种服务应用于教学的手段,也能更好地实现“教-学-教”的反馈环路。

关键词：组织学教学改革数字切片

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