雉鸡阿拉善亚种的分类地位存在争议。采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序方法讨论雉鸡阿拉善亚种是否确立。共测定了雉鸡12个种群132个样本的线粒体DNA(mtDNA)控制区(control-region)1078个碱基长度的基因序列,61个变异位点产生68个单倍型。系统发育树和单倍型网络图结果显示,雉鸡阿拉善亚种是单系枝。雉鸡阿拉善亚种与甘肃亚种的分歧时间(0.15~0.23百万年)发生在晚更新世,中国西部干旱化、腾格里沙漠的形成以及贺兰山的存在导致分歧形成。结合系统发生树、单倍型网络图、Fst值(P<0.001)以及基因流(M_sohokhotensis to strauchi=0.006,M_strauchi to sohokhotensis=0.014),雉鸡阿拉善亚种在其分布区内独立进化。
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