检索结果-内蒙古大学图书馆

草业科学 2023年第6期40卷 1568-1581页

作者：孙源长王天友罗琳蔡杨星林辉林冬梅张积森林占熺福建农林大学国家菌草工程技术研究中心福建福州350002 福建农林大学学海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福建福州350002

目前芦竹属(Arundo)菌草形态学的鉴定方法已经建立,但是在分子水平上的研究较少。对芦竹属菌草进行分子鉴定与选择压力分析可为菌草的杂交育种奠定基础。本研究通过PCR扩增得到芦竹属菌草的ITS2基因序列,并对它们的叶片进行转录组测序,... 详细信息

目前芦竹属(Arundo)菌草形态学的鉴定方法已经建立,但是在分子水平上的研究较少。对芦竹属菌草进行分子鉴定与选择压力分析可为菌草的杂交育种奠定基础。本研究通过PCR扩增得到芦竹属菌草的ITS2基因序列,并对它们的叶片进行转录组测序,通过生物信息学方法对其进行分子鉴定与选择压力分析。结果表明:在6.21百万年-9.75百万年前,以及5.14百万年-8.07百万年前分别进行了两次大规模的分化,将它们分为3大类(‘绿洲3号’‘绿洲5号’‘绿洲6号’‘绿洲8号’、‘绿洲2号’‘绿洲4号’‘绿洲7号’‘绿洲12号’和其他菌草)。选择压力分析筛选出‘绿洲1号’和‘绿洲3号’的正选择基因,它们大部分与转录调控、抗逆与发育相关。研究结果揭示了芦竹属菌草品种之间的关系和受到正向选择的基因与位点,为芦竹属菌草的适应性进化提供见解,也为今后的遗传改良提供靶点。

关键词：芦竹 ITS2序列系统发育转录组分歧时间选择压力

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染色体构象及其研究方法—3C技术

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分子植物育种 2016年第12期14卷 3501-3510页

作者：韩金磊吴为人王凯福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福州350002 福建农林大学作物科学学院福州350002 福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心福州350002

作为遗传物质载体的染色体在细胞中并非随机分布,而是占据一定的核空间,即染色体领域(chromosome territory,CT)。染色体领域所表现出的拓扑结构及动力学特征与基因的表达,DNA的复制,DNA的损伤修复以及基因组的稳定性密切相关。传统的... 详细信息

作为遗传物质载体的染色体在细胞中并非随机分布,而是占据一定的核空间,即染色体领域(chromosome territory,CT)。染色体领域所表现出的拓扑结构及动力学特征与基因的表达,DNA的复制,DNA的损伤修复以及基因组的稳定性密切相关。传统的细胞学方法,例如荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术,以及近些年发展起来的染色体构象捕获(chromosome conformation capture,3C)技术及其衍生技术是开展基因组构象研究的有效手段。本综述介绍了染色体空间结构的特点、不同分布模式以及3C技术的原理及其应用,希望藉此加深人们对这一领域的理解,并为植物功能基因组的研究提供借鉴。

关键词：染色体领域构象高通量测序荧光原位杂交 3C技术及其衍生技术

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基于开放染色质的全基因组水平转录调控元件的研究方法与进展

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福建农林大学学报（自然科学版） 2017年第1期46卷 1-8页

作者：韩金磊李占杰王凯福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福建福州350002 福建农林大学作物科学学院福建福州350002 福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心福建福州350002

真核生物转录调控过程是大量的顺式调控元件与反式作用因子相互作用的结果.研究发现,这一调控过程与染色质核小体的动态定位相关,调控因子的结合需要裸露的无核小体的DNA区域,即开放的染色质位点.因此,高效精确地定位基因组上的开放染... 详细信息

真核生物转录调控过程是大量的顺式调控元件与反式作用因子相互作用的结果.研究发现,这一调控过程与染色质核小体的动态定位相关,调控因子的结合需要裸露的无核小体的DNA区域,即开放的染色质位点.因此,高效精确地定位基因组上的开放染色质位点为成功地发掘基因组调控元件,乃至揭示基因表达调控机制提供了重要线索和有效手段.本文对开放染色质位点的定义、主要研究方法以及功能注释进行概述,希望对在基因组水平上调控元件的发掘,尤其是在植物中的应用提供借鉴.

关键词：开放染色质位点 DNase I超敏感位点测序调控因子印记表观遗传修饰

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植物bHLH基因家族研究进展及在药用植物中的应用前景

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生物技术通报 2023年第10期39卷 1-16页

作者：安昌陆琳沈梦千陈盛圳叶康卓秦源郑平福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福州350002 广西大学农学院南宁530004 福建农林大学生命科学学院福州350002

碱性/螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子是植物中第二大转录因子家族,该家族广泛存在于各种植物的基因组中,并在植物生长发育、次生代谢、非生物逆境胁迫响应等方面发挥着重要的调控作用。本文全面综述了植物bHLH基因家族成员的结构特征、分... 详细信息

碱性/螺旋-环-螺旋(bHLH)转录因子是植物中第二大转录因子家族,该家族广泛存在于各种植物的基因组中,并在植物生长发育、次生代谢、非生物逆境胁迫响应等方面发挥着重要的调控作用。本文全面综述了植物bHLH基因家族成员的结构特征、分类规则及其生物学功能的研究进展,重点梳理总结了bHLH在植物生长发育和非生物胁迫(干旱、低温、盐、重金属)中的应答和调控,以及在次生代谢产物生物合成及动态积累过程中的重要作用,可为深入研究bHLH在生长发育、植物抗逆及品质形成等方面的分子调控机制及种质资源的开发提供指导。同时,因bHLH广泛参与调控植物次生代谢产物的合成和积累,已成为分子生药学和中药生态农业研究的热点。为此,本文进一步总结了近年来研究较为透彻的两种药用植物(丹参Salvia miltiorrhiza、黄花蒿Artemisia annua)中bHLH基因家族及其成员的研究进展,以期为药用植物bHLH基因家族的深入研究提供参考,并为药用植物的分子育种、拟境栽培等工作的开展以及中药生态农业的发展提供新思路。

关键词：药用植物 bHLH 生长发育非生物胁迫次生代谢产物

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福建省蛇菰科植物新记录种——多蕊蛇菰

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生物学杂志 2024年第1期41卷 79-81页

作者：林贵灿邱麒安昌福建卫生职业技术学院药学院福州350101 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福州350002

2022年10月,在福建省华安县华丰镇发现福建省蛇菰科蛇菰属植物新记录种——多蕊蛇菰(Balanophora polyandra),凭证标本保存在福建师范大学生命科学学院植物标本馆(FNU)。该种植株形态与福建原产3种蛇菰科植物相似,但其聚药雄蕊近圆盘状... 详细信息

2022年10月,在福建省华安县华丰镇发现福建省蛇菰科蛇菰属植物新记录种——多蕊蛇菰(Balanophora polyandra),凭证标本保存在福建师范大学生命科学学院植物标本馆(FNU)。该种植株形态与福建原产3种蛇菰科植物相似,但其聚药雄蕊近圆盘状、中央呈脐状突起、花药短裂、药室分成20~60小药室等特征可以明显与其他3种区分。详细描述该植物形态的主要特征及其民间主要药用价值等,并提供原植物的生境照片,进一步补充了福建省维管植物的本底资料,丰富了福建省的物种多样性。

关键词：蛇菰科多蕊蛇菰新记录福建

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基于流式细胞术和基因组Survey测定牛膝基因组大小

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分子植物育种 2022年

作者：刘亚洲贾海凤刘叶曾春丽吴林坤方长旬林文雄福建农林大学生命科学学院福建省农业生态过程与安全监控重点实验室福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福建农林大学农学院

牛膝(Achyranthes bidentata Blume)是中国传统的中药材，主要用于强筋骨补肝肾等。牛膝主产区是河南焦作，具有较高的药用价值和经济价值。牛膝还具有耐连作特性，推测与基因组中的基因簇合成特有的代谢分泌物有关；分析牛膝的基因组... 详细信息

牛膝(Achyranthes bidentata Blume)是中国传统的中药材，主要用于强筋骨补肝肾等。牛膝主产区是河南焦作，具有较高的药用价值和经济价值。牛膝还具有耐连作特性，推测与基因组中的基因簇合成特有的代谢分泌物有关；分析牛膝的基因组大小和特征等信息，可为牛膝全基因组测序与基因簇解析提供参考依据。该研究采用流式细胞技术和二代高通量技术进行全基因组Survey分析。流式细胞术估算牛膝基因组大小约为1.23 Gb。根据高通量测序，获得了76.26 Gb的基因组数据，总测序深度约为59.46×。K-mer分析结果估算牛膝的基因组大小约为1.22 Gb，重复序列比例为54.70%，杂合度为0.12%，GC含量为35%。通过MaSuRCA进行基因组初步组装，得到基因组大小为964.81 Mb。获得牛膝基因组大小等信息，研究结果为后续牛膝全基因组精细图谱的绘制、开发鉴定牛膝种质和性状定位的SSR分子标记提供一定的理论基础。

关键词：牛膝流式细胞术全基因组Survey分析基因组大小

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主要麻类作物的ITS序列分析与系统进化

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作物学报 2017年第6期43卷 862-874页

作者：张力岚王俊万雪贝徐益张列梅方平平祁建民张立武福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

比较主要麻类作物和测序植物间的ITS序列,可明确它们间系统位置和进化关系。本研究采用PCR扩增和搜索Gen Bank数据库,获得32份麻类作物和11份测序作物的核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)序列,利用MEGE软件分析ITS... 详细信息

比较主要麻类作物和测序植物间的ITS序列,可明确它们间系统位置和进化关系。本研究采用PCR扩增和搜索Gen Bank数据库,获得32份麻类作物和11份测序作物的核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)序列,利用MEGE软件分析ITS长度、G+C含量与同源性百分比差异。结果表明,黄麻属、红麻属、苎麻属和亚麻属的ITS基本序列全长分别为963、939、658和686 bp;G+C含量分别为57.87%、58.03%、59.05%和53.75%。黄麻属变异区域集中在220~386 bp间,红麻属变异区域集中在2个区段(206~347 bp,599~713 bp),苎麻属ITS变异区域分布在4个区段(158~163 bp、193~199 bp、288~333 bp和681~688 bp),亚麻属ITS变异区域分布在5个区段(219~229bp、235~240 bp、427~432 bp、468~484 bp和588~594 bp)。系统位置分析表明,红麻属与棉花亲缘关系最近,黄麻与棉花亲缘关系较近;亚麻与苎麻各为一小支。系统位置分析与传统的植物分类结果较一致。研究主要麻类作物比较基因组学时,红麻、黄麻可参考棉花,苎麻可参考杨树或蓖麻。推测红麻属的进化时间约为33.7百万年前(million years ago,MYA),黄麻属约为65.3MYA,苎麻属约为67.5MYA,亚麻属约为90.5MYA。主要麻类作物进化时间越久,同属不同种之间ITS变异区段越多。

关键词：麻类作物 ITS 系统位置进化关系

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红麻EST-SSR标记的开发及其多态性评价

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作物学报 2017年第8期43卷 1170-1180页

作者：万雪贝李东旭徐益徐建堂张力岚张列梅林荔辉祁建民张立武福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

红麻是最重要的自然纤维作物之一,然而SSR标记的匮乏限制了其遗传改良。本研究从红麻90 175个EST序列中挑出含有转录因子的EST,开发了94对SSR引物。以24份不同红麻种质资源的DNA为模板,利用9%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测多态性。结果... 详细信息

红麻是最重要的自然纤维作物之一,然而SSR标记的匮乏限制了其遗传改良。本研究从红麻90 175个EST序列中挑出含有转录因子的EST,开发了94对SSR引物。以24份不同红麻种质资源的DNA为模板,利用9%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测多态性。结果表明,85对引物(占90.4%)至少在2个材料之间存在多态性,表明开发的EST-SSR具有很好的多态性。其中,三核苷酸重复所占比例最多,重复基元AAT和ATG的多态性较高。聚类分析表明,24份红麻种质资源的遗传相似系数变化在0.62~0.92之间,表现出丰富的遗传基础。这些结果不仅丰富了红麻的分子标记数量,而且为红麻的遗传分析提供资源。

关键词：红麻 SSR 遗传多样性标记开发

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TOD1在被子植物中保守地调控花粉管膨压

TOD1在被子植物中保守地调控花粉管膨压

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中国植物学会第十六次全国会员代表大会暨85周年学术年会

作者：柯常姣陈立余福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福建农林大学

被子植物的有性生殖是管粉受精的过程,花粉管与雌蕊之间的相互作用对于成功的受精至关重要。我们前期的研究(Chen et al.,2015,Nature communications)证明拟南芥TurgOr regulation Defect 1 (TOD1)基因突变会导致花粉管体内生长变慢,... 详细信息

被子植物的有性生殖是管粉受精的过程,花粉管与雌蕊之间的相互作用对于成功的受精至关重要。我们前期的研究(Chen et al.,2015,Nature communications)证明拟南芥TurgOr regulation Defect 1 (TOD1)基因突变会导致花粉管体内生长变慢,最终导致结实率下降。TOD1编码一个定位在高尔基体上的碱性神经酰胺酶,该酶是重要的信号分子鞘氨醇-1-磷酸(sphingosine-1-phosphate,S1P)生成过程中的关键酶。S1P能够调控植物细胞的膨压,而膨压在花粉管生长过程中扮演重要角色。在拟南芥基因组中,TOD1 (At5G46220)基因与钾离子通道蛋白KAT1(POTASSIUM CHANNEL IN ARABIDOPSIS THALIANA 1;At5G46240)基因在5号染色体上紧密连锁。比较基因组学分析证明这一基因对在其它被子植物诸如真双子叶植物番茄(Solanum lycopersicum)和葡萄(Vitis vinifera),基部双子叶植物荷花(Nelumbo nucifera),单子叶植物香蕉(Musa acuminate)、菠萝(Ananas comosus)和水稻(Oryza sativa),以及基部被子植物睡莲(Nymphaea colorata)等,均具有保守的共线性;而与裸子植物诸如银杏(Ginkgo biloba)和火炬松(Pinus taeda)则不具有共线性。水稻和睡莲的TOD1基因均能部分互补拟南芥tod1突变体的表型;而银杏的TOD1基因则不能互补拟南芥tod1突变体的表型。与拟南芥TOD1的表达相类似,水稻TOD1也在花粉和花粉管中有特异的高表达。我们采用CRISPR/Cas9技术构建了水稻TOD1的基因编辑突变体,水稻tod1突变体花粉管体内生长的速率也明显要比野生型慢。我们的研究证明TOD1在被子植物中的功能具有保守性,这将为探讨鞘脂信号物质在被子植物花粉管膨压调控中的作用提供可能。

关键词：碱性神经酰胺酶 TOD1 花粉管膨压被子植物

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利用流式细胞技术测定和评估金线莲基因组大小

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福建农林大学学报（自然科学版） 2020年第6期49卷 766-771页

作者：林瀚王晶晶黄华星何碧珠兰思仁马晓开福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术研究中心福建农林大学兰科植物保护与利用国家林业和草原局重点实验室福建农林大学园林学院福建农林大学园艺学院福建福州350002

利用流式细胞技术对金线莲基因组大小进行测定,选取金线莲新鲜嫩叶为待测材料,选用3种不同的缓冲液进行解离,制备细胞核悬浮液.以鸡红细胞核为内标,使用碘化丙啶(PI)染色,通过流式细胞仪对其荧光强度进行测定;通过比较换算,建立了以流... 详细信息

利用流式细胞技术对金线莲基因组大小进行测定,选取金线莲新鲜嫩叶为待测材料,选用3种不同的缓冲液进行解离,制备细胞核悬浮液.以鸡红细胞核为内标,使用碘化丙啶(PI)染色,通过流式细胞仪对其荧光强度进行测定;通过比较换算,建立了以流式细胞技术测定金线莲基因组大小的参考方法.研究发现使用Galbraith′s解离液对金线莲样品的解离效果较好,测得金线莲基因组DNA的2C含量为6.83±0.067 pg.结果表明,基于流式细胞技术,优化解离和测定方法可准确测定金线莲的基因组大小.

关键词：金线莲流式细胞技术基因组大小

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