检索结果-内蒙古大学图书馆

科学通报 2015年第5期60卷 534-546页

作者：宁康陈挺中国科学院青岛生物能源与过程研究所、单细胞研究中心生物信息学团队青岛266101 清华大学信息科学与技术国家实验室、生物信息研究部北京100084 清华大学计算机科学与技术系、智能技术与系统国家重点实验室北京100084

生物医学是一门新兴的前沿交叉学科,它综合了医学、生命科学和生物学的理论和方法而发展起来.近年来随着先进仪器装备与信息技术等越来越广泛和深入的整合到生物技术中来,生物医学研究中越来越频繁的涉及到大数据存储和分析等信息技术.... 详细信息

生物医学是一门新兴的前沿交叉学科,它综合了医学、生命科学和生物学的理论和方法而发展起来.近年来随着先进仪器装备与信息技术等越来越广泛和深入的整合到生物技术中来,生物医学研究中越来越频繁的涉及到大数据存储和分析等信息技术.大数据时代的来临对生物医学研究产生了重大影响.其中,一个重要发展趋势就是由假设驱动向数据驱动的转变.数十年来分子生物学水平上的实验目的是获得结论或者是提出一种新的假设,而现在基于海量生物医学大数据,可以对海量数据的研究来探索其中的规律,直接提出假设或得出可靠的结论.随着先进的生物分析技术的不断推出和更新,生物医学数据迅速积累.基于此类大数据一些以往不能解决的问题将有望解决,同时相关生物医学研究的新问题也层出不穷.生物医学相关的大数据技术和相关应用主要包括:基于高通量测序的个性化基因组、转录组和蛋白组研究,单细胞水平基因型和表型研究,人类健康相关微生物群落研究,生物医学图像研究等.相关生物医学大数据分析任务均具有着数据密集和计算密集的双密集性特点.要充分地利用这些大数据解决一系列生物医学问题,迫切需要高通量、高效率、高准确性的生物信息存储和分析策略.本文总结和回顾生物医学大数据的生成、管理和分析相关的一系列问题,其中重点讨论人体微生物群落、单细胞表型和基因型、生物医学图像等新近出现的生物医学大数据形式,以及相关数据分析和应用前景等.基于目前生物医学大数据的现状我们可以发现,生物医学大数据的研究正处于蓄势待发状态:适应于生物医学大数据的软硬件平台、大数据存储、大数据分析挖掘等方法等还不成熟,制约着生物大数据的研究.然而一旦相关研究获得突破并有所优化和应用,将会全方位地支撑生物医学大数据的深入解构;进而有助于对医学现象的趋势分析和预测,服务于相关的遗传疾病研究、公共卫生监控、医疗与医药开发等广泛生物医学应用.

关键词：生物医学大数据微生物群落单细胞医学图像数据挖掘

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转录因子结合位点的计算分析方法

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生物物理学报 2008年第5期24卷 334-347页

作者：李婷婷蒋博汪小我张学工清华大学生物信息学教育部重点实验室清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部清华大学自动化系北京100084

基因组上众多基因和非编码转录体按照特定的规律有序地表达是细胞正常生命活动的基础。转录调控是基因表达调控的关键步骤,转录因子结合在基因启动子序列中的转录因子结合位点,启动基因的转录和控制基因的转录效率。分析转录因子结合位... 详细信息

基因组上众多基因和非编码转录体按照特定的规律有序地表达是细胞正常生命活动的基础。转录调控是基因表达调控的关键步骤,转录因子结合在基因启动子序列中的转录因子结合位点,启动基因的转录和控制基因的转录效率。分析转录因子结合位点对研究基因调控系统有着重要意义,生物信息学在转录因子结合位点的研究中发挥着关键的作用。文章综述了分析蛋白质编码基因的转录因子结合位点的典型流程,总结了主要的算法、软件和资源,并简要评述了目前非编码RNA转录调控的研究现状。

关键词：转录因子结合位点模体识别模体定位非编码RNA转录调控生物信息学

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容差可控的线消隐算法

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系统仿真学报 2013年第9期25卷 2079-2084页

作者：徐鑫施侃乐雍俊海清华大学软件学院北京100084 清华大学计算机科学与技术系北京100084 信息系统安全教育部重点实验室北京100084 清华大学信息科学与技术国家重点实验室北京100084 法国国家信息与自动化研究所

线消隐是指对三维图形中包含的线段与面片的遮挡关系进行判断,并将裁剪的结果以二维矢量图形的方式输出到其他设备(如打印机和绘图仪)。该技术广泛用于三维模型的可视化与高精度矢量输出。传统的线消隐算法难以处理因浮点运算误差导致... 详细信息

线消隐是指对三维图形中包含的线段与面片的遮挡关系进行判断,并将裁剪的结果以二维矢量图形的方式输出到其他设备(如打印机和绘图仪)。该技术广泛用于三维模型的可视化与高精度矢量输出。传统的线消隐算法难以处理因浮点运算误差导致的输出错误、图元缺失等问题。针对该问题提出了新算法,该算法以三角网格模型为输入,允许用户输入用于控制输出结果的几何容差,算法首先找出轮廓线和棱线,然后利用R树加速三维图元求交,最后采用容差可控的矢量裁剪算法获得最终的消隐结果。在传统算法中,容差是不可见且意义不明确的隐藏变量,新算法给容差赋予了明确的几何意义,避免了因浮点运算误差导致的逻辑错误。

关键词：线消隐 R树三角网格浮点误差容差

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SDN体系结构与未来网络体系结构创新环境

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电信科学 2013年第8期29卷 6-15页

作者：毕军清华大学信息网络科学与网络空间研究院北京100084 清华大学计算机科学与技术系北京100084 清华信息科学与技术国家实验室北京100084

在讨论互联网体系结构的基础上,介绍未来网络体系结构的主要国际学术研究进展。介绍了软件定义网(SDN)的发展现状,讨论SDN的体系结构,提出一种SDN体系结构的抽象模型。最后结合国家"863"计划基金资助项目"未来网络体系... 详细信息

在讨论互联网体系结构的基础上,介绍未来网络体系结构的主要国际学术研究进展。介绍了软件定义网(SDN)的发展现状,讨论SDN的体系结构,提出一种SDN体系结构的抽象模型。最后结合国家"863"计划基金资助项目"未来网络体系结构和创新环境",介绍一种未来网络体系结构创新环境(FINE)体系结构。

关键词：未来网络体系结构软件定义网未来网络体系结构创新环境

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一种IPv6域间路由宣告中的前缀置换方法

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小型微型计算机系统 2013年第9期34卷 1980-1983页

作者：张威毕军吴建平清华大学计算机科学与技术系北京100084 国防信息学院武汉430010 清华大学网络研究中心北京100084 清华信息科学与技术国家实验室(筹) 北京100084

提出一种增强IPv6网络BGP路由聚合能力的方法.该方法建议将Provider Independent(PI)地址空间的前缀映射为PA地址空间中相应大小的地址块,然后宣告BGP路由.该方法需要在AS边缘路由器(ASBR)建立前缀置换映射表.必要时采用前缀映射置换的... 详细信息

提出一种增强IPv6网络BGP路由聚合能力的方法.该方法建议将Provider Independent(PI)地址空间的前缀映射为PA地址空间中相应大小的地址块,然后宣告BGP路由.该方法需要在AS边缘路由器(ASBR)建立前缀置换映射表.必要时采用前缀映射置换的方法处理进出AS的IPv6分组.该方法仅在AS边缘路由器部署,不影响域内路由;该方法提高了BGP聚合路由的可能性,提高了互联网的路由可扩展性.本文的理论分析得出的基本结论是,该方法的地址空间开销和分组转发开销与被置换的PI地址在可路由IP地址空间中的占比有关.采用该方法,对使用PI地址的站点需要重定向服务提供外部访问连接.

关键词：互联网路由 BGP IPv6 可扩展性

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行为因果关系的分类与判定

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系统仿真学报 2011年第B07期23卷 188-192页

作者：金涛闻立杰王建民清华大学计算机科学与技术系北京100084 清华大学软件学院北京100084 信息系统安全教育部重点实验室北京100084 清华信息科学与技术国家实验室(筹) 北京100084

工作流技术可以加速企业过程感知信息系统的研发及更新演化,近年来得到了广泛应用,导致各行各业积累了大量的工作流模型。Petri网既有简单的图形化表示,又有很好的形式化基础,故常被用于表示这些工作流模型。如何对这些海量模型进行高... 详细信息

工作流技术可以加速企业过程感知信息系统的研发及更新演化,近年来得到了广泛应用,导致各行各业积累了大量的工作流模型。Petri网既有简单的图形化表示,又有很好的形式化基础,故常被用于表示这些工作流模型。如何对这些海量模型进行高效检索是一个难题。由于动态行为特性是工作流模型的本质特性,故需要基于任务之间的行为关系进行查询。因果关系是任务间行为关系的一种,对任务间因果关系进行了分类,并针对无环工作流模型提出了有效的判定算法。

关键词： Petri 行为因果关系分类判定

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面向复杂数据的对象存储系统

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计算机科学与探索 2014年第2期8卷 129-138页

作者：兰超张勇邢春晓清华大学计算机科学与技术系北京100084 清华大学信息技术研究院北京100084 清华大学信息科学与技术国家实验室北京100084

主要研究了数字图书馆应用中数字对象的有效存储和索引机制,提出并设计了针对数字图书馆的数据仓储系统PuntTable。PuntTable使用非关系模式存储和管理对象,并且通过在数据对象内部建立索引来支持查询。PuntTable包括两个主要模块:一个... 详细信息

主要研究了数字图书馆应用中数字对象的有效存储和索引机制,提出并设计了针对数字图书馆的数据仓储系统PuntTable。PuntTable使用非关系模式存储和管理对象,并且通过在数据对象内部建立索引来支持查询。PuntTable包括两个主要模块:一个是PuntStore,一种有多存储引擎的数据存储系统;另一个是PuntIndex,一种支持多种索引方式的索引系统。PuntTable实现了高吞吐量和低延迟对象存储,数据对象的索引和内容都可以选择最为合适的存储层来进行存储。使用实际数字图书馆中的数据对PuntTable进行了测试和评估。在测试所用的数据集中,每个数据都采用不同长度,使测试更加接近实际应用。实验结果显示,对于不同的数据集使用不同的存储模型可以显著增大数据库系统的吞吐量,并且有效减少延迟。

关键词：数字图书馆对象存储数据管理架构大数据

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结合AS层次关系的域间路由收敛时间分析

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中国海洋大学学报（自然科学版） 2008年第S1期38卷 175-178页

作者：吴鑫尹霞王之梁唐敏清华大学计算机科学与技术系北京100084 清华信息科学与技术国家实验室(筹) 北京100084 清华大学信息网络工程研究中心北京100084

域间路由系统存在慢收敛现象,已有研究表明该现象与不同路由事件及AS之间的商业关系有关。文中结合AS层次关系推导算法及路由事件分类算法对路由事件进行细分,分析比较了各类细分路由事件收敛时间的特征。实验结果表明:将AS商业关系作... 详细信息

域间路由系统存在慢收敛现象,已有研究表明该现象与不同路由事件及AS之间的商业关系有关。文中结合AS层次关系推导算法及路由事件分类算法对路由事件进行细分,分析比较了各类细分路由事件收敛时间的特征。实验结果表明:将AS商业关系作为路由事件分类标准之一,直接影响了各类路由事件收敛时间的统计特征;并且定量说明了2006年12月26日发生在台湾海域的地震对整个路由系统造成的巨大影响。

关键词：域间路由收敛时间边界网关协议(BGP) 自治系统(AS)

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新浪微博反垃圾中特征选择的重要性分析

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通信学报 2016年第8期37卷 24-33页

作者：张宇翔孙菀杨家海周达磊孟祥飞肖春景中国民航大学计算机科学与技术学院天津300300 清华大学网络科学与网络空间研究院北京100084 清华信息科学与技术国家实验室北京100084 北京邮电大学网络技术研究院北京100876 北京航空航天大学虚拟现实技术与系统国家重点实验室北京100876

微博中的垃圾用户非常普遍,其异常行为及生产的垃圾信息显著降低了用户体验。为了提高识别准确率,已有研究或是尽可能多地定义特征,或是不断尝试提出新的分类检测方法;那么,微博反垃圾问题的突破点优先置于寻找分类特征还是改进分类检... 详细信息

微博中的垃圾用户非常普遍,其异常行为及生产的垃圾信息显著降低了用户体验。为了提高识别准确率,已有研究或是尽可能多地定义特征,或是不断尝试提出新的分类检测方法;那么,微博反垃圾问题的突破点优先置于寻找分类特征还是改进分类检测方法,是否特征越多检测效果越好,新的方法是否可以显著提高检测效果。以新浪微博为例,试图通过不同的特征选择方法与不同的分类器组合实验回答以上问题,实验结果表明特征组的选择较分类器的改进更为重要,需从内容信息、用户行为和社会关系多侧面生成特征,且特征并非越多检测效果越好,这些结论将有助于未来微博反垃圾工作的突破。

关键词：新浪微博特征生成特征选择垃圾用户检测

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适用于片上并行计算阵列的超精简处理器架构

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电路与系统学报 2012年第2期17卷 1-5页

作者：周韧研刘雷波魏少军清华大学移动计算研究中心北京100084 清华大学微电子学研究所北京100084 清华信息科学与技术国家实验室北京100084

提出一种超精简处理单元架构。该处理单元基于运算-跳转式单指令处理器体系。使用指令优化和内部总线上加速器,该处理单元能够执行传统算术运算式单指令处理器难于执行的高效位运算以及执行效率较低的数据转移操作。以该处理单元构成的... 详细信息

提出一种超精简处理单元架构。该处理单元基于运算-跳转式单指令处理器体系。使用指令优化和内部总线上加速器,该处理单元能够执行传统算术运算式单指令处理器难于执行的高效位运算以及执行效率较低的数据转移操作。以该处理单元构成的片上大规模并行计算阵列可用于图像处理等局部性强、实时性要求高的计算任务。包含有该处理单元架构的16 16的原型阵列已经在FPGA上实现,性能达30.7GOPS@120MHz,平均功耗39.5mW。

关键词：超精简处理单元并行计算图像处理

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