检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理进展 2010年第8期37卷 834-846页

作者：王曦汪小我王立坤冯智星张学工生物信息学教育部重点实验室清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部清华大学自动化系北京100084 吉林大学计算机科学与技术学院长春130012

随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术... 详细信息

随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术能否在科学探索中发挥重大作用的关键.以新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据为例,在扼要介绍高通量RNA-seq测序流程的基础上,对RNA-seq数据处理和分析的方法和现有软件做一个较为全面的综述,并对其中有待进一步研究的问题进行展望。

关键词：高通量RNA测序转录组基因表达数据处理与分析生物信息学

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

通过新基因计算机识别与实验确认对NCBI人类基因数据库一些模式参考序列错误的分析与纠正

引用

Acta Genetica Sinica 2004年第5期31卷 431-443页

作者：张德礼季梁李衍达清华大学信息科学技术学院自动化系生物信息学研究所信息科学技术国家实验室智能技术与系统国家重点实验室生物信息学教育部重点实验室北京100084 北京大学医学部北京100083

采用生物信息学分析与实验确认相结合的技术路线 ,通过所识别的基因在非冗余数据库比对发现了网上公布的计算机注释人类基因组编码序列存在各种类型的多处错误 ,包括cDNA水平的一个或一段碱基插入、缺失或突变 ,或是这些错误的不同排列... 详细信息

采用生物信息学分析与实验确认相结合的技术路线 ,通过所识别的基因在非冗余数据库比对发现了网上公布的计算机注释人类基因组编码序列存在各种类型的多处错误 ,包括cDNA水平的一个或一段碱基插入、缺失或突变 ,或是这些错误的不同排列组合 ,其中以错误插入为多 ,往往导致编码氨基酸的移码突变。最先举证了NCBIGENOMEAnnotationProject预测人类新基因的下列错误类型 :(1)开放读码框架 (ORF)中错误插入一个碱基造成编码氨基酸移码 ;(2 )错误拼接 ;(3)开放读框中错误插入一个或一段碱基造成该读框提前终止。只编码N 端氨基酸的cDNA序列而不完整 ;(4 )只有编码C 端氨基酸序列的cDNA而不完整 ;(5 )只是正确基因ORF中间的一段编码蛋白cDNA序列而不完整 ,缺N 端与C 端氨基酸序列 ,并且将不完整蛋白氨基酸序列的第一个非起始码氨基酸错误地预测为起始码氨基酸 ,如将L错误地预测为M ;(6 )开放读框中错误插入一个或一段碱基造成前面出现不该有的终止码 ,因而编码蛋白缺开头部分氨基酸 ;(7)可能将污染基因组序列当作完整基因cDNA序列对待而预测出所谓单一外显子基因。即便真是基因 ,也只是较长单一外显子mRNA中有一小ORF ,而ORF起始码上游同一相位确实存在终止码 ,无其他特点符合基因条件 ;(8)所预测基因只有ORF ,

关键词：人类基因组表达序列标签计算机克隆基因纠正模式参考序列生物信息学

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

病毒疫苗制备用不同核型VERO细胞系在裸鼠体内致癌/致瘤性的系统实验研究(英文)

引用

Acta Genetica Sinica 2004年第7期31卷 647-660页

作者：张德礼季梁李六金黄高升北京大学医学部公共卫生学院清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室清华大学信息科学技术学院清华信息科学与技术国家实验室清华大学自动化系智能技术与系统国家重点实验室北京100084 第四军医大学基础部病理学教研室中国癌症研究基金会肿瘤学研究所第四军医大学动物保健品研制中心实验动物研究中心

生产疫苗用细胞系可能具有致瘤性 ,一些常用的细胞系需要检查不同代次有无致癌性。在建立传代细胞种子库与工作库基础上 ,对研制生产病毒活疫苗所用 8株VERO细胞系在 2 19只裸鼠进行了致癌 (瘤 )实验。本研究结果表明 ,VERO细胞染色体... 详细信息

生产疫苗用细胞系可能具有致瘤性 ,一些常用的细胞系需要检查不同代次有无致癌性。在建立传代细胞种子库与工作库基础上 ,对研制生产病毒活疫苗所用 8株VERO细胞系在 2 19只裸鼠进行了致癌 (瘤 )实验。本研究结果表明 ,VERO细胞染色体核型可发生变异 ,亚四倍体JA株与超二倍体KA株具有强的致癌性 ,不能用于致弱活病毒疫苗制备 ,但可替代HeLa细胞系用作恶性肿瘤阳性对照细胞。筛出无致瘤性的YB、JC、M和JB株亚二倍体VERO细胞系 ,可替代BHK 2 1细胞用于狂犬病减毒活疫苗制备。VERO细胞系染色体遗传相对稳定 ,不同代次变化不大。研究发现细胞染色体遗传特征决定致瘤性质并具有种属特异性 ,不同核型细胞致瘤性不同 ,细胞染色体数目变异大小和致癌性成正相关 ,通过体内外交替选育可在裸鼠体内快速选育成功高变异率肿瘤细胞系。高变异率HeLa或VERO细胞系移植于裸鼠可能产生恶性横纹肌样瘤。因此 ,应当强调疫苗生产用细胞系致瘤性评价的重要性。

关键词：非洲绿猴肾细胞系 VERO 裸鼠致癌毒理致瘤性

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

基于分子标记的宏基因组16S rRNA基因高变区选择策略

引用

应用生态学报 2015年第11期26卷 3545-3553页

作者：张军毅朱冰川徐超丁啸李俊锋张学工陆祖宏无锡市环境监测中心站江苏无锡214121 东南大学生物科学与医学工程学院生物电子学国家重点实验室南京210096 清华大学信息科学技术学院生物信息学教育部重点实验室/合成与系统生物学研究中心北京100083 北京大学工学院北京100871

随着新一代DNA测序技术出现,人们能够同时对多个DNA样本的宏基因组进行并行分析,尤其是以16S rRNA基因高变区为分子标记的测序已经成为微生物多样性研究最为简洁有效的方法.目前二代高通量测序的读长不能覆盖16S rRNA基因的全长,需要选... 详细信息

随着新一代DNA测序技术出现,人们能够同时对多个DNA样本的宏基因组进行并行分析,尤其是以16S rRNA基因高变区为分子标记的测序已经成为微生物多样性研究最为简洁有效的方法.目前二代高通量测序的读长不能覆盖16S rRNA基因的全长,需要选择一个有效的高变区进行测序.十多年来,对于16S rRNA基因高变区的选择策略没有统一的标准.本文分析了常用的高变区选择策略,指出不同环境条件是影响高变区选择的重要因素之一.在此基础上,提出了高变区选择的参考准则,同时建议应对选择的高变区进行有效评估.

关键词：微生物多样性 16S rRNA 新一代测序技术选择策略

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

病毒疫苗制备用传代细胞系(CCL)染色体组型分析与致癌安全性评价和恶性横纹肌样瘤(MRT)起源

病毒疫苗制备用传代细胞系(CCL)染色体组型分析与致癌安全性评价...

引用

2002-2003生命科学领域联合年会

作者：张德礼实验室、清华大学先进信息技术研究院医学基因组学实验室北京100084清华大学信息科学技术学院自动化系智能技术与系统国家重点实验室、清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点

本研究以细胞系染色体遗传变异率、软90旨中克隆形成率及在植物凝集素作用下的凝集性等指标配合检测细胞在裸鼠体内形成癌肿的潜力，进行平行性相关研究，不仅增强了本研究结论的科学性和可信度，而且寻找到了细胞系致癌/致瘤性检定的... 详细信息

本研究以细胞系染色体遗传变异率、软90旨中克隆形成率及在植物凝集素作用下的凝集性等指标配合检测细胞在裸鼠体内形成癌肿的潜力，进行平行性相关研究，不仅增强了本研究结论的科学性和可信度，而且寻找到了细胞系致癌/致瘤性检定的简易经济的初筛手段，为实现少使用裸鼠、减少实验动物使用数量的国际公认人道准则找到了合适的细胞系致癌安全性检定技术手段。

关键词：病毒疫苗传代细胞系染色体组型分析致瘤性检定

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

从系统生物学角度看人类新基因的电子克隆、实验确认与功能研究

从系统生物学角度看人类新基因的电子克隆、实验确认与功能研究

引用

2002-2003生命科学领域联合年会

作者：张德礼清华大学信息科学技术学院自动化系智能技术与系统国家重点实验室、清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室、清华大学先进信息技术研究院医学基因组学实验室北京100084

本研究旨在采用电子克隆法发现具有自主知识产权和重要功能的人类新基因并经实验初步证实，为国内采用生物信息学方法克隆新基因开辟道路，并力求为国际同行提供成功的新经验、新思路。

关键词：电子克隆法生物信息技术功能基因组学

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

人类新基因的计算机识别、实验验证与功能基因组研究

人类新基因的计算机识别、实验验证与功能基因组研究

引用

2003年中国博士后生命科学学术研讨会暨院士论坛

作者：张德礼季梁马大龙李衍达清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室清华大学信息科学技术学院智能技术与系统国家重点实验室北京 100084 北京大学人类疾病基因研究中心北京 100083

本研究旨在采用计算机识别法发现具有自主知识产权和重要功能的人类新基因并经实验初步证实。采用的具体技术路线如下： 1)在公共数据库选择感兴趣的EST或cDNA;2)全自动化运行SiClone软件进行EST装配;3)在nr数据库通过比对筛选全新的... 详细信息

本研究旨在采用计算机识别法发现具有自主知识产权和重要功能的人类新基因并经实验初步证实。采用的具体技术路线如下： 1)在公共数据库选择感兴趣的EST或cDNA;2)全自动化运行SiClone软件进行EST装配;3)在nr数据库通过比对筛选全新的cDNA contig;4)所筛新cDNA contig的人工拼结和校对;5)ORF及其侧翼区的分析;6)编码蛋白结构与功能,特别是结构域和Motif的电子预测;7)引物设计,RT-PCR实验和cDNA测序;8)进一步实验确认与功能研究。以PubMed公布基因芯片差显表达cDNA和GenBank EST数据库下载脾脏、淋巴结和胸腺表达cDNA以及在神威-IV超级计算机上拼接的6万余条ContigcDNA这3类cDNA为基础,均识别到人类新基因。计算机识别到的800余个编码小分子肽类人类新基因,具有典型基因特点和一定功能结构域,其中23个基因被GenBank接受并被国际人类基因组组织(HUGO)基因命名委员会批准使用了标准化的基因命名符号。首批选择16个人类新基因用RT-PCR实验和cDNA测序验证,结果均获得预期序列,其中半数基因是具有特定重要功能结构域的基因。特别是3个人类新基因(RABL3,ZNF362和C17orf32)的成功克隆及其小鼠和大鼠同源基因的克隆对促进新基因识别软件的开发可能具有重要的理论意义。所获新的人类细胞增殖与分化相关癌基因及转录因子基因RABL3,ZNF362～362,SPRYDl,C17orf32和C1orf31等的体内、外功能鉴定在实施中,意外发现,C3orf6基因定位于3号染色体NTl_005994.11的914449～916853位核苷酸,识别物mRNA长2405bp,经Nortlfern Blotting证实全长3000 bp多。该基因ORF位于1742～2326bp,上游同一相位第6密码子为终止码TGA,并且前面还有多个终止码,下游有加尾信号AATAAA和PolyA尾。该基因ORF起始码上游1714 bp基因组DNA序列,在517～567,561～611和1229～1279区段有可能性分别为80％,97％和88％的3个启动子序列。在包含17或22氨基酸信号肽的194氨基酸残基核蛋白区段上有上皮细胞生长因子样结构域标签(EGF-1ike dolmainsignature),与浸润性B淋巴瘤基因(BAL：B aggressivelymphoma gene)紧密连锁。将C3orf6基因该区段(194氨基酸肽段)真核重组质粒注射入7～8周龄雄性Balb／c小鼠(体重约25克)后腿横纹肌后14 d,发现病理组织学观察具有明显的脾脏与淋巴结淋巴细胞反应性增生,主要是大量T淋 ,巴细胞,B淋巴细胞与巨噬细胞增生;在胸腺皮质,胸腺细胞增多;在肺支气管粘膜下,淋巴细胞和白细胞增多;在小肠粘膜下,襻氏小体分泌旺盛,分泌颗粒增多。29只7～8周龄雄性Balb／c小鼠(体重约25 g),只有3只注射含该区段C3orf6基因的真核重组质粒,20只注射可能使脾脏与淋巴结免疫细胞产生增生反应的其它基因真核重组质粒,6只阴性对照组Balb／c小鼠注射空载体质粒或生理盐水。结果发现,注射C3orf6基因真核重组质粒的3只小鼠全部出现强烈一致的脾脏与淋巴结免疫细胞增生反应,与阴性对照组小鼠相比显示了明显的差异;20只阳性对照小鼠出现程度不同的同类脾脏与淋巴结免疫细胞增生反应。由此提示C3orf6可能与细胞因子肿瘤免疫有关,说明该基因片段的预测功能与动物实验测定功能基本一致。斑马鱼体内实验研究结果证实,SPRYDl明显是与神经发育有关的细胞增殖与分化相关基因。细胞内反义技术实验研究结果表明,RABL3可能是有抑制凋亡作用的原癌基因。

关键词：人类基因组表达序列标签计算机克隆基因识别功能基因组学

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

对NCBI人类基因数据库一些模式参考序列错误的鉴定

对NCBI人类基因数据库一些模式参考序列错误的鉴定

引用

2003年中国博士后生命科学学术研讨会暨院士论坛

采用生物信息学分析与实验确认相结合的技术路线,通过所识别的基因在非冗余数据库比对,发现了网上公布的计算机注释人类基因组编码序列存在各种类型的多处错误,包括cDNA水平的一个或一段碱基插入、缺失或突变,或是这些错误的不同排列组... 详细信息

采用生物信息学分析与实验确认相结合的技术路线,通过所识别的基因在非冗余数据库比对,发现了网上公布的计算机注释人类基因组编码序列存在各种类型的多处错误,包括cDNA水平的一个或一段碱基插入、缺失或突变,或是这些错误的不同排列组合。举证了NCBI GE-NOME Annotation Project预测人类新基因的下列错误类型： 1)开放读码框架(ORF)中错误插入一个碱基造成编码氨基酸移码;2)错误拼接;3)开放读码框中错误插入一个或一段碱基造成该读框提前终止,只编码N端氨基酸的cDNA序列而不完整;4)只有编码C端氨基酸序列的cDNA而不完整;5)只是正确基因ORF中间的一段编码蛋白cDNA序列而不完整,缺N端与C端氨基酸序列,并且将不完整蛋白氨基酸序列的第一个非起始码氨基酸错误地预测为起始码氨基酸,如将L错误地预测为M;6)开放读框中错误插入一个或一段碱基造成前面出现不该有的终止码,因而编码蛋白缺开头部分氨基酸;7)可能将污染基因组序列当做完整基因cDNA序列对待而预测出所谓单一外显子基因,即便真是基因,也只是较长单一外显子mRNA中有一小ORF,而ORF起始码上游同一相位确实存在终止码,无其它特点符合基因条件;8)所预测基因只有ORF,而ORF两端没有任何EST证据,可据此ORF拼接出受EST和人类基因组双重支持的完整基因cDNA(开放读框上游同一相位有终止码),预示所预测ORF参考序列可能不正确;9)有EST实验证据支持存在基因的人类基因组序列范围内又被预测出一条相似但更小的蛋白编码基因,因而新预测基因有可能是错误的。我们的策略既有助于发现更多的人类新基因,又有助于纠正美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因组注释项目公布的参考序列(REFSEQs)中所存在的错误。

关键词：人类基因组表达序列标签计算机克隆模式参考序列生物信息学

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

从病毒细胞遗传进化的生物循环选育到新基因识别与验证

从病毒细胞遗传进化的生物循环选育到新基因识别与验证

引用

2003年中国科协“生物信息学与进化计算”青年科学家论坛

作者：张德礼李衍达黄高升方福德季梁朱关福北京大学医学部公共卫生学院营养与食品卫生学系，北京大学人类疾病基因研究中心，北京，100083 清华大学信息科学与技术国家实验室生物信息学研究部，清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室，清清华大学信息科学与技术国家实验室生物信息学研究部，清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室，清华大学信息科学技术学院自动化系智能技术与系统国家重点实验室，北京，100084 第四军医大学基础部病理学教研室，西京医院病理科，中国癌症研究基金会肿瘤研究所，西安，710032 中国医学科学院基础医学研究所，中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室，北京，710032

初步建立了病毒细胞遗传进化的优劣环境交替性生物循环选育作用的理论与技术体系并得到实际应用。发现细小病毒超高增殖的交替选育规律又在不同实验体系基因与染色体水平分别得到验证，从而发现了病毒细胞遗传进化的优劣环境交替性生物... 详细信息

初步建立了病毒细胞遗传进化的优劣环境交替性生物循环选育作用的理论与技术体系并得到实际应用。发现细小病毒超高增殖的交替选育规律又在不同实验体系基因与染色体水平分别得到验证，从而发现了病毒细胞遗传进化的优劣环境交替性生物循环的选育规律，提出了相关选育机制与方法，初步建立了这种选育作用的理论与技术体系并得到实际应用，它正是联系高效水貂细小病毒疫苗研制、痘苗病毒重组质粒转染技术创新、细胞系致癌毒理学安全性评价、异类肿瘤在体实验转化现象确立与横纹肌样瘤起源之谜初步揭示的纽带与桥梁，具有广泛的科学指导和实用意义。实际应用：(1)安全高效的水貂肠炎病毒细胞培养灭活疫苗的首次研制成功和长期广泛应用;(2)在对痘苗病毒重组质粒转染技术的探索性研究中首次简化了基因转染技术;(3)恶性横纹肌样瘤(MRT)在模型动物体内的首次发现和成功复制，为阐明其起源之谜提供了机会。从染色体遗传变异角度初步阐明了MRT的发生、发展规律，从比较医学角度揭示了MRT的组织细胞起源;(4)解了传代细胞(CCL)致癌毒理实验的难题，揭示了遗传变异率与致癌(瘤)的关系。在基因识别新方法与功能基因分离方面取得重要进展。建立了从计算机软件分析、人工干预分析及与实验生物学相结合角度来发现人类新基因的方法，并证明它是加速基因克隆和鉴定的一条有效途径。电子克隆百余人类新基因(还用合作开发的软件计算机识别800个人类新基因候选对象)，部分基因编码序列已被实验证实和引用，其中几个新克隆基因已在动物实验中显示出明显的生物学功能活性。发现了美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因组注释项目公布的人类基因模式参考序列(REFSEQ)存在各种类型的多种/处错误，这一结果提示应慎重使用NCBI的REFSEQ数据库。

关键词：病毒细胞生物循环基因识别遗传进化

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

优劣环境交替性生物循环选育的理论与技术体系和应用

引用

科技导报 2003年第11期21卷 11-17,10页

作者：张德礼李衍达黄高升朱关福方福德清华大学信息科学技术学院自动化系智能技术与系统国家重点实验室清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室北京100084 第四军医大学基础部病理学教研室中国癌症研究基金会肿瘤学研究所西安710032 中国医学科学院基础医学研究所/中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京710032

不同环境条件下的交替选育作用[1-6]虽已有成功的应用,但在恶劣环境下筛选后再回归到同类优越环境下培育,并反复循环选育的优良生物品种,特别是选育强毒高免疫原性的超高增殖病毒株,经体内外环境交替培育获得高变异率肿瘤细胞系并实现... 详细信息

不同环境条件下的交替选育作用[1-6]虽已有成功的应用,但在恶劣环境下筛选后再回归到同类优越环境下培育,并反复循环选育的优良生物品种,特别是选育强毒高免疫原性的超高增殖病毒株,经体内外环境交替培育获得高变异率肿瘤细胞系并实现异类肿瘤在体实验转化的现象,尚未见报道.

关键词：病毒疫苗交替选育恶性横纹肌样瘤制备水貂细小病毒致癌安全性

来源：评论

学校读者我要写书评

暂无评论

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：