检索结果-内蒙古大学图书馆

质谱学报 2017年第4期38卷 486-493页

作者：杨超霍祎邓海腾清华大学生命科学学院教育部生物信息学重点实验室北京100084

CRIP1(cysteine-rich intestinal protein 1)是含有双锌指结构域的蛋白,在很多肿瘤细胞中高表达,但其在肺癌细胞中的生理学功能尚不明确。本研究应用定量蛋白质组学探究CRIP1过表达对肺癌顺铂耐药细胞(A549/DDP)的影响及作用机制。运用... 详细信息

CRIP1(cysteine-rich intestinal protein 1)是含有双锌指结构域的蛋白,在很多肿瘤细胞中高表达,但其在肺癌细胞中的生理学功能尚不明确。本研究应用定量蛋白质组学探究CRIP1过表达对肺癌顺铂耐药细胞(A549/DDP)的影响及作用机制。运用慢病毒载体系统构建了CRIP1过表达的A549/DDP稳转细胞系,利用Western Blotting证实了单克隆细胞系中CRIP1的过表达。发现CRIP1过表达能够加快细胞增殖,增加细胞的耐药性。通过定量蛋白质组学分析,鉴定了CRIP1过表达引起的蛋白质组的变化,并且对上调和下调的蛋白进行聚类分析。结果表明,CRIP1过表达上调了烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)和NAD依赖型氧化还原酶的表达,从而促进细胞的增殖,并且提高了细胞的耐药性。

关键词： CRIP1 过表达生长速率蛋白质组学烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)

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新型长链非编码RNA(lncRNA)的生物信息学研究进展

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生物化学与生物物理进展 2013年第7期40卷 634-640页

作者：原佳沛张浩文鲁志生物信息学教育部重点实验室清华大学生命科学学院北京100084

非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不被翻译成蛋白质的一类RNA,近几年来关于它们的功能研究越来越引起人们的重视.现在已经发现了一些中小型ncRNA,比如microRNA、snoRNA、tRNA等,但是关于长ncRNA(lncRNA)的研究还不够完善.本篇综述回... 详细信息

非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不被翻译成蛋白质的一类RNA,近几年来关于它们的功能研究越来越引起人们的重视.现在已经发现了一些中小型ncRNA,比如microRNA、snoRNA、tRNA等,但是关于长ncRNA(lncRNA)的研究还不够完善.本篇综述回顾了ncRNA特别是lncRNA的生物信息学研究进展,包括它们的研究历程、基本特点、与疾病的关系,以及对已有的预测非编码RNA的计算机方法进行了分析和比较,并且介绍了利用机器学习模型整合新一代高通量测序数据的方法.

关键词：非编码RNA 长链非编码RNA 非编码RNA预测机器学习

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热蛋白质组学分析鉴定TH588的靶标蛋白

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质谱学报 2021年第5期42卷 951-961,I0011页

作者：刘宗元朱松标邓海腾陈宇凌清华大学生命科学学院北京100084 生物信息学教育部重点实验室北京100084

通过对活性小分子靶标蛋白的鉴定,可以建立活性小分子与细胞表型之间的联系,阐明活性小分子的功能和作用机理,对小分子药物的研发具有重要意义。热蛋白组学分析(thermal proteome profiling,TPP)是基于蛋白-配体结合可以增加蛋白热稳定... 详细信息

通过对活性小分子靶标蛋白的鉴定,可以建立活性小分子与细胞表型之间的联系,阐明活性小分子的功能和作用机理,对小分子药物的研发具有重要意义。热蛋白组学分析(thermal proteome profiling,TPP)是基于蛋白-配体结合可以增加蛋白热稳定性这一原理发展的鉴定活性小分子靶标蛋白的新技术,相较于其他小分子靶点鉴定方法,其最大的优点是不需要对活性小分子进行化学修饰,极大地拓宽了该方法的应用范围。TH588是7,8-二氢-8-氧鸟嘌呤三磷酸酶(MTH1)的抑制剂,通过抑制MTH1活性,增加肿瘤细胞DNA的氧化损伤,抑制肿瘤细胞的增殖。前期研究表明,TH588可发挥MTH1非依赖的抗肿瘤功能,因此鉴定TH588的脱靶靶标对理解TH588的作用机制并进行相关的分子结构改造至关重要。本研究通过鉴定TH588在细胞中的蛋白靶标,系统地介绍TPP技术的实施和优化;并对鉴定的28个TH588直接靶标和53个间接靶标进行生物信息学分析,为探究TH588抗肿瘤的作用机制提供实验依据。

关键词：热蛋白质组学分析 TH588 MTH1 脱靶效应

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空间转录组的解读与探究:数据分析方法学研究现状与展望

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科学通报 2024年第30期69卷 4415-4431页

作者：李润泽陈旭杨雪瑞生物信息学教育部重点实验室合成与系统生物学中心清华大学生命科学学院北京100084

作为近年来快速发展的新兴技术,空间转录组学已经极大地改变了生物和医学多个领域的研究范式.这一技术保留了复杂组织中细胞的空间定位信息,并且以多细胞团、单细胞或亚细胞分辨率进行转录组分析.细胞空间定位信息与其分子特征谱的耦合... 详细信息

作为近年来快速发展的新兴技术,空间转录组学已经极大地改变了生物和医学多个领域的研究范式.这一技术保留了复杂组织中细胞的空间定位信息,并且以多细胞团、单细胞或亚细胞分辨率进行转录组分析.细胞空间定位信息与其分子特征谱的耦合产生了新型的多模态高通量数据资源,这对高效的数据挖掘分析方法的开发提出了新的挑战.由于生理组织样本的复杂性与技术的局限性,空间转录组数据具有高度的非理想性.其数据结构复杂、信噪比低、稀疏性强且覆盖度不均一,给数据的深度分析和生物学信息的解析带来了一系列挑战,目前许多困难尚未解决.此外,多个技术路线的空间转录组学正在快速迭代发展,需要现有数据分析理论的发展和创新技术工具的开发.本文概述了当前空间转录组数据的常用解析方法,针对不同角度与层面的信息挖掘需求,讨论了现有方法的设计思路与潜在的局限性,并对未来方法学设计的方向和策略进行了展望,以期激发对新的数据分析理论、模型和算法的讨论和开发.

关键词：空间转录组生物信息学人工智能机器学习数据挖掘

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人体与哺乳动物的生物钟同步机制及疾病

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科学通报 2017年第25期62卷 2857-2866页

作者：黄海鹏傅肃能清华大学生命科学学院清华大学-北京大学生命科学联合中心生物信息学教育部重点实验室合成与系统生物学研究中心北京100084

由于地球的自转,地球表面的光照和温度会产生以24 h为周期的节律性波动.与之相适应地,近地表生物的新陈代谢、生长发育、细胞周期等也会随着昼夜更替而改变,形成稳定的昼夜节律.昼夜节律是生命体在自然环境中经过漫长的演化而产生的,但... 详细信息

由于地球的自转,地球表面的光照和温度会产生以24 h为周期的节律性波动.与之相适应地,近地表生物的新陈代谢、生长发育、细胞周期等也会随着昼夜更替而改变,形成稳定的昼夜节律.昼夜节律是生命体在自然环境中经过漫长的演化而产生的,但它并不是简单的被动适应,而是由内在的生物钟驱动的,主动与环境进行匹配的过程.那么,生物钟到底是什么?它是如何运作的?生物钟重置的机理是什么?生物钟紊乱对人类的健康又有什么样的影响?这些都是我们关心并期待解答的问题.

关键词：昼夜节律生物钟分子振荡系统视交叉上核肾上腺生物钟同步机制生物钟紊乱

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通过系统分析揭示组蛋白修饰模式与转录因子结合之间的关联(英文)

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生物化学与生物物理进展 2013年第2期40卷 177-187页

作者：李雯李文婷曹书娟余文祥李文杰戴俊彪孙之荣清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室生物膜与膜工程国家重点实验室北京100084

转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白... 详细信息

转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白修饰的位点,这为系统地研究转录因子和表观遗传标记之间的空间及调控关系提供了基础.该研究对公共数据库中的染色质免疫共沉淀结合测序数据进行整合分析,涉及5个细胞系中的85种转录因子、9种组蛋白修饰,目的是研究转录因子结合位点与组蛋白修饰模式以及基因表达在泛基因组水平上的关联.作者发现,不同转录因子与组蛋白修饰的共定位模式高度一致,并且组蛋白修饰在距离转录因子结合位点约500碱基对的位置富集.作者还发现,转录因子结合位点的占有率与活性组蛋白修饰的水平和双峰模式正相关,并且启动子区域组蛋白修饰的双峰和共定位模式和基因的高转录水平相一致.组蛋白修饰模式、转录因子结合位点的占有率与基因转录之间的关联暗示了细胞可能利用的基因表达调控机制.

关键词：表观遗传组转录因子系统生物学整合方法

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开启生命程序:合子基因组如何启动?

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科学通报 2024年第30期69卷 4373-4390页

作者：徐子寒孔凤颉伟清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室干细胞与再生医学研究中心北京100084 清华大学-北京大学生命科学中心北京100084

合子基因组激活(zygotic genome activation,ZGA)是卵子受精后的第一个转录事件,标志着胚胎基因表达程序的启动.ZGA缺陷严重影响胚胎发育,甚至导致胚胎死亡.随着微量细胞测序技术和单细胞分析技术的快速发展,人们对ZGA的理解在近年来取... 详细信息

合子基因组激活(zygotic genome activation,ZGA)是卵子受精后的第一个转录事件,标志着胚胎基因表达程序的启动.ZGA缺陷严重影响胚胎发育,甚至导致胚胎死亡.随着微量细胞测序技术和单细胞分析技术的快速发展,人们对ZGA的理解在近年来取得了长足进步.相关研究揭示了ZGA期间表观基因组、转录组、蛋白质组和代谢组的景观、重编程过程和相关机制.此外,ZGA的正常启动依赖多方面因素的协同调控.表观遗传重编程为ZGA及后续转录过程建立适宜的染色质环境,ZGA也影响表观遗传的重编程.ZGA也广泛受到RNA水平的调控,关键转录因子通过选择性激活基因表达驱动ZGA发生.本综述阐述了不同物种ZGA相关表观遗传重编程事件,ZGA相关RNA调控因子、核心ZGA转录因子的作用机制,以及ZGA期间转录组、蛋白质组、代谢组等多维度重编程景观.最后,我们针对ZGA过程中尚未解决的科学问题进行了深入探讨.

关键词：合子基因组激活(ZGA) 表观遗传转录因子胚胎发育

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复杂疾病中多组学多模态数据的生物信息学研究进展

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科学通报 2024年第30期69卷 4432-4446页

作者：刘晓帆鲁志清华大学生命科学学院合成和系统生物学中心教育部生物信息学重点实验室北京100084 清华大学精准医学研究所北京100084

随着高通量测序技术的发展,多组学多模态数据的整合已成为复杂疾病研究的重要趋势,为深入理解疾病的发生发展提供了新视角,为实现复杂疾病的精准诊疗提供了重要支持.本文首先介绍了复杂疾病研究中的不同组学类型,如基因组学、转录组学... 详细信息

随着高通量测序技术的发展,多组学多模态数据的整合已成为复杂疾病研究的重要趋势,为深入理解疾病的发生发展提供了新视角,为实现复杂疾病的精准诊疗提供了重要支持.本文首先介绍了复杂疾病研究中的不同组学类型,如基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组学、影像组学等,以及相应的多组学数据库.然后本文对多组学、多模态数据的整合方法进行了系统的分类,详细阐述了基于关联分析和网络的方法,以及基于数据矩阵和机器学习的方法中早期整合、中期整合和后期整合方法.此外,本文还讨论了多组学整合模型在疾病筛查、分型、预后和药物反应预测等方面的应用.最后,本文总结了当前多组学整合面临的挑战,分为样本层面、数据层面和模型层面三类,并展望了未来的发展方向.本文为复杂疾病中多组学、多模态数据整合研究提供了系统的梳理,对该领域的进一步发展具有重要意义.

关键词：多组学数据多模态数据生物信息复杂疾病整合模型

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三维电子显微学自动化数据采集的进展

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生物物理学报 2010年第7期26卷 579-589页

作者：雷建林清华大学生命科学学院结构生物学中心教育部生物信息学重点实验室北京100084

生物三维电子显微学在过去几年取得了巨大的突破,一些具有高对称性的病毒颗粒获得了准原子分辨率的结构,非对称性的生物大分子及其复合体的结构分辨率也有快速的提高。而要获得高分辨率的结构,获取足够多的高质量电子显微照片是其中的... 详细信息

生物三维电子显微学在过去几年取得了巨大的突破,一些具有高对称性的病毒颗粒获得了准原子分辨率的结构,非对称性的生物大分子及其复合体的结构分辨率也有快速的提高。而要获得高分辨率的结构,获取足够多的高质量电子显微照片是其中的一个关键因素。近年来,自动化数据采集技术在电子断层成像术和单颗粒方法中都取得了很大的进展。其广泛应用将使结构测定更加快速并使结构分辨率提高到更高的层次。

关键词：自动化数据采集冷冻电子显微学三维电子显微学单颗粒分析技术电子断层术

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一种基于二代测序辨识短串联重复序列长度变异的新方法及其在人类遗传疾病研究中的应用（英文）

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生物化学与生物物理进展 2016年第8期43卷 768-777页

作者：严章明王瑶刘珂向书念孙之荣清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室北京100084 南昌大学第一附属医院南昌330006 Department of Statistics University of California Berkeley CA 94720 USA

二代测序技术的涌现推动了基因组学研究,特别是在疾病相关的遗传变异研究中发挥了重要作用.虽然大多数遗传变异类型都可以借助于各种二代测序分析工具进行检测,但是仍然存在局限性,比如短串联重复序列的长度变异.许多遗传疾病是由短串... 详细信息

二代测序技术的涌现推动了基因组学研究,特别是在疾病相关的遗传变异研究中发挥了重要作用.虽然大多数遗传变异类型都可以借助于各种二代测序分析工具进行检测,但是仍然存在局限性,比如短串联重复序列的长度变异.许多遗传疾病是由短串联重复序列的长度扩张导致的,尤其是亨廷顿病等多种神经系统疾病.然而,现在几乎没有工具能够利用二代测序检测长度大于测序读长的短串联重复序列变异.为了突破这一限制,我们开发了一个全新的方法,该方法基于双末端二代测序辨识短串联重复序列长度变异,并可估计其扩张长度,将其应用于一项基于全外显子组测序的运动神经元疾病临床研究中,成功地鉴定出致病的短串联重复序列长度扩张.该方法首次原创性地利用测序读长覆盖深度特征来解决短串联重复序列变异检测问题,在人类遗传疾病研究中具有广泛的应用价值,并且对于其他二代测序分析方法的开发具有启发性意义.

关键词：二代测序短串联重复序列长度变异运动神经元疾病

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