检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理进展 2006年第3期33卷 254-261页

作者：王士雷黄波周云孙之荣清华大学生物信息与系统生物学研究所教育部生物信息学重点实验室清华大学生物信息与系统生物学研究所生物膜和膜生物技术国家重点实验室北京100084

为了对肝癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)的分子发病机理进行研究,首先对肝癌基因表达谱数据用t-检验算法进行了分析,找到了肝癌中特异性表达基因(characteristicgenes).然后把这些基因结合已知的肝HNF家族转录因子染色质免疫共沉淀结... 详细信息

为了对肝癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)的分子发病机理进行研究,首先对肝癌基因表达谱数据用t-检验算法进行了分析,找到了肝癌中特异性表达基因(characteristicgenes).然后把这些基因结合已知的肝HNF家族转录因子染色质免疫共沉淀结合DNA启动子芯片(ChIP-chip)实验数据用SAEM算法进行分析,得到了肝癌特异性表达基因的转录调控关系,并寻找到了多个HNF家族转录因子调控单基因的转录调控模式.结果表明HNF家族转录因子对大量具有重要功能的肝癌特异性表达基因进行了转录调控,并且多个HNF家族转录因子调控单基因可以形成前馈环和多输入调控等模式.

关键词：转录因子转录调控基因表达谱 ChIP-chip实验模式

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蛋白质亚细胞定位的生物信息学研究

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生物化学与生物物理进展 2007年第6期34卷 573-579页

作者：张松黄波夏学峰孙之荣清华大学生物信息与系统生物学研究所教育部生物信息学重点实验室生物膜和膜生物技术国家重点实验室北京100084

细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,如果定位发生偏差,将会对细胞功能甚至生命产生重大影响.蛋白质的亚细胞定位是蛋白质功能研究的重要方面,也是生物信息学中的热点问题,数据... 详细信息

细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,如果定位发生偏差,将会对细胞功能甚至生命产生重大影响.蛋白质的亚细胞定位是蛋白质功能研究的重要方面,也是生物信息学中的热点问题,数据库的构建和亚细胞定位分析及预测加速了蛋白质结构和功能的研究.

关键词：亚细胞定位生物信息学数据库预测蛋白质

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p-SAGE：基因集合的参数统计分析方法(英文)

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生物化学与生物物理进展 2009年第11期36卷 1415-1422页

作者：黄波李文婷李雯夏雪峰孙之荣清华大学生物信息与系统生物学研究所生物信息学教育部重点实验室生物膜与膜技术国家重点实验室清华大学生物科学与技术系北京100084

肿瘤的发生与发展通常是由重要的细胞通路表达水平的反常导致的.尽管目前已经有很多工作利用基因表达谱数据以及一些其他的先验知识来寻找那些与肿瘤相关的基因集合,但还是没有一个恰当的基因集合的统计学方法.大多数研究都是直接将单... 详细信息

肿瘤的发生与发展通常是由重要的细胞通路表达水平的反常导致的.尽管目前已经有很多工作利用基因表达谱数据以及一些其他的先验知识来寻找那些与肿瘤相关的基因集合,但还是没有一个恰当的基因集合的统计学方法.大多数研究都是直接将单基因的检验方法直接应用到基因集合上来.提出了基因集合的参数统计分析方法(p-SAGE),这个方法应用到大脑肿瘤的实验中,识别了许多显著的基因集合.一些新发现的基因集合是与信号转导和免疫相关的.这个简便有效的方法可以得出有生物学意义的结果.

关键词：参数统计分析方法基因集合反常基因

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应用进化踪迹及分子动力学模拟研究β2肾上腺素受体突变活性(英文)

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生物化学与生物物理进展 2006年第9期33卷 861-868页

作者：陈香柳树群孙之荣清华大学生物信息与系统生物学研究所教育部生物信息学重点实验室生物膜和膜生物技术国家重点实验室北京100084 云南大学生物资源保护和利用实验室昆明650091

β2肾上腺素受体(β2adrenergic receptor,β2AR)是G蛋白耦联受体(G protein coupled receptors,GPCRs)超家族中的一员,也是研究治疗哮喘的关键药物受体靶标.采用进化踪迹(evolutionary trace,ET)方法分析肾上腺素受体家族跨膜区片段序... 详细信息

β2肾上腺素受体(β2adrenergic receptor,β2AR)是G蛋白耦联受体(G protein coupled receptors,GPCRs)超家族中的一员,也是研究治疗哮喘的关键药物受体靶标.采用进化踪迹(evolutionary trace,ET)方法分析肾上腺素受体家族跨膜区片段序列,识别出了44个保守的残基,然后将β2肾上腺素受体以及受体D130N活性突变体、D79N失活突变体进行分子动力学模拟,试图找出与受体不同功能状态相关的结构动力学特征.发现受体DRY motif中的D130远离R131而转向K149残基这一结构特征与受体活性高度关联,此外,从残基相互作用的变化推断出了受体helix 2,4 and 6伴随着受体活化而发生的运动.这些研究结果对进一步探索β2肾上腺素受体突变体的激活机制以及所诱发疾病的分子机理提供了依据.

关键词：肾上腺素受体组成性活性进化踪迹方法 G蛋白耦联受体同源模建

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复杂疾病中多组学多模态数据的生物信息学研究进展

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科学通报 2024年第30期69卷 4432-4446页

作者：刘晓帆鲁志清华大学生命科学学院合成和系统生物学中心教育部生物信息学重点实验室北京100084 清华大学精准医学研究所北京100084

随着高通量测序技术的发展,多组学多模态数据的整合已成为复杂疾病研究的重要趋势,为深入理解疾病的发生发展提供了新视角,为实现复杂疾病的精准诊疗提供了重要支持.本文首先介绍了复杂疾病研究中的不同组学类型,如基因组学、转录组学... 详细信息

随着高通量测序技术的发展,多组学多模态数据的整合已成为复杂疾病研究的重要趋势,为深入理解疾病的发生发展提供了新视角,为实现复杂疾病的精准诊疗提供了重要支持.本文首先介绍了复杂疾病研究中的不同组学类型,如基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组学、影像组学等,以及相应的多组学数据库.然后本文对多组学、多模态数据的整合方法进行了系统的分类,详细阐述了基于关联分析和网络的方法,以及基于数据矩阵和机器学习的方法中早期整合、中期整合和后期整合方法.此外,本文还讨论了多组学整合模型在疾病筛查、分型、预后和药物反应预测等方面的应用.最后,本文总结了当前多组学整合面临的挑战,分为样本层面、数据层面和模型层面三类,并展望了未来的发展方向.本文为复杂疾病中多组学、多模态数据整合研究提供了系统的梳理,对该领域的进一步发展具有重要意义.

关键词：多组学数据多模态数据生物信息复杂疾病整合模型

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人体与哺乳动物的生物钟同步机制及疾病

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科学通报 2017年第25期62卷 2857-2866页

作者：黄海鹏傅肃能清华大学生命科学学院清华大学-北京大学生命科学联合中心生物信息学教育部重点实验室合成与系统生物学研究中心北京100084

由于地球的自转,地球表面的光照和温度会产生以24 h为周期的节律性波动.与之相适应地,近地表生物的新陈代谢、生长发育、细胞周期等也会随着昼夜更替而改变,形成稳定的昼夜节律.昼夜节律是生命体在自然环境中经过漫长的演化而产生的,但... 详细信息

由于地球的自转,地球表面的光照和温度会产生以24 h为周期的节律性波动.与之相适应地,近地表生物的新陈代谢、生长发育、细胞周期等也会随着昼夜更替而改变,形成稳定的昼夜节律.昼夜节律是生命体在自然环境中经过漫长的演化而产生的,但它并不是简单的被动适应,而是由内在的生物钟驱动的,主动与环境进行匹配的过程.那么,生物钟到底是什么?它是如何运作的?生物钟重置的机理是什么?生物钟紊乱对人类的健康又有什么样的影响?这些都是我们关心并期待解答的问题.

关键词：昼夜节律生物钟分子振荡系统视交叉上核肾上腺生物钟同步机制生物钟紊乱

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合成基因线路：癌症治疗与细胞治疗领域的新工具

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科技纵览 2016年第12期 70-71页

作者：谢震彭曙光清华大学生物信息学教育部重点实验室、清华信息国家实验室生物信息学研究部/合成与系统生物学中心清华大学自动化系

清华大学谢震研究团队为合成基因线路构建与组装提供了一系列元件和模块，开发了一些新的基因线路的设计策略，开拓了合成生物学在癌症基因治疗、细胞治疗上的应用。

关键词：细胞治疗合成基因线路癌症工具合成生物学清华大学设计策略

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基于分子标记的宏基因组16S rRNA基因高变区选择策略

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应用生态学报 2015年第11期26卷 3545-3553页

作者：张军毅朱冰川徐超丁啸李俊锋张学工陆祖宏无锡市环境监测中心站江苏无锡214121 东南大学生物科学与医学工程学院生物电子学国家重点实验室南京210096 清华大学信息科学技术学院生物信息学教育部重点实验室/合成与系统生物学研究中心北京100083 北京大学工学院北京100871

随着新一代DNA测序技术出现,人们能够同时对多个DNA样本的宏基因组进行并行分析,尤其是以16S rRNA基因高变区为分子标记的测序已经成为微生物多样性研究最为简洁有效的方法.目前二代高通量测序的读长不能覆盖16S rRNA基因的全长,需要选... 详细信息

随着新一代DNA测序技术出现,人们能够同时对多个DNA样本的宏基因组进行并行分析,尤其是以16S rRNA基因高变区为分子标记的测序已经成为微生物多样性研究最为简洁有效的方法.目前二代高通量测序的读长不能覆盖16S rRNA基因的全长,需要选择一个有效的高变区进行测序.十多年来,对于16S rRNA基因高变区的选择策略没有统一的标准.本文分析了常用的高变区选择策略,指出不同环境条件是影响高变区选择的重要因素之一.在此基础上,提出了高变区选择的参考准则,同时建议应对选择的高变区进行有效评估.

关键词：微生物多样性 16S rRNA 新一代测序技术选择策略

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病毒疫苗制备用不同核型VERO细胞系在裸鼠体内致癌/致瘤性的系统实验研究(英文)

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Acta Genetica Sinica 2004年第7期31卷 647-660页

作者：张德礼季梁李六金黄高升北京大学医学部公共卫生学院清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室清华大学信息科学技术学院清华信息科学与技术国家实验室清华大学自动化系智能技术与系统国家重点实验室北京100084 第四军医大学基础部病理学教研室中国癌症研究基金会肿瘤学研究所第四军医大学动物保健品研制中心实验动物研究中心

生产疫苗用细胞系可能具有致瘤性 ,一些常用的细胞系需要检查不同代次有无致癌性。在建立传代细胞种子库与工作库基础上 ,对研制生产病毒活疫苗所用 8株VERO细胞系在 2 19只裸鼠进行了致癌 (瘤 )实验。本研究结果表明 ,VERO细胞染色体... 详细信息

生产疫苗用细胞系可能具有致瘤性 ,一些常用的细胞系需要检查不同代次有无致癌性。在建立传代细胞种子库与工作库基础上 ,对研制生产病毒活疫苗所用 8株VERO细胞系在 2 19只裸鼠进行了致癌 (瘤 )实验。本研究结果表明 ,VERO细胞染色体核型可发生变异 ,亚四倍体JA株与超二倍体KA株具有强的致癌性 ,不能用于致弱活病毒疫苗制备 ,但可替代HeLa细胞系用作恶性肿瘤阳性对照细胞。筛出无致瘤性的YB、JC、M和JB株亚二倍体VERO细胞系 ,可替代BHK 2 1细胞用于狂犬病减毒活疫苗制备。VERO细胞系染色体遗传相对稳定 ,不同代次变化不大。研究发现细胞染色体遗传特征决定致瘤性质并具有种属特异性 ,不同核型细胞致瘤性不同 ,细胞染色体数目变异大小和致癌性成正相关 ,通过体内外交替选育可在裸鼠体内快速选育成功高变异率肿瘤细胞系。高变异率HeLa或VERO细胞系移植于裸鼠可能产生恶性横纹肌样瘤。因此 ,应当强调疫苗生产用细胞系致瘤性评价的重要性。

关键词：非洲绿猴肾细胞系 VERO 裸鼠致癌毒理致瘤性

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偏执型精神分裂症与4个涉及多巴胺代谢的基因之间的关联分析

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遗传 2006年第4期28卷 403-406页

作者：李俊宁许琪沈岩季梁清华大学生物信息学教育部重点实验室清华大学自动化系北京100084 中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分... 详细信息

精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分析结果支持如下假说:COMT-136-BclⅠ对Val108/158Met有调控作用。当前者的基因型是CC时,后者的易感等位基因型是Met(A);而当前者的基因型是GG时,后者的易感等位基因型是Val(G)。这一新的假说可以解释此前单基因座分析对Val108/158Met(COMT)的截然相反的报道,同时也显示了多基因座分析对复杂疾病研究的必要性。

关键词：偏执型精神分裂症儿茶酚氧位甲基转移酶基因多基因座关联分析

来源：评论

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