检索结果-内蒙古大学图书馆

生物工程学报 2017年第3期33卷 372-385页

作者：魏磊袁野汪小我清华大学合成与系统生物学研究中心生物信息学教育部重点实验室自动化系清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部

随着合成基因线路规模的增加,传统的合成基因线路设计思路的瓶颈逐渐凸显,许多之前被忽略的因素对大规模基因线路的性能可能造成显著影响,这对合成基因线路的设计带来了新的挑战。本文重点梳理了基因表达噪声和竞争效应两方面对基因线... 详细信息

随着合成基因线路规模的增加,传统的合成基因线路设计思路的瓶颈逐渐凸显,许多之前被忽略的因素对大规模基因线路的性能可能造成显著影响,这对合成基因线路的设计带来了新的挑战。本文重点梳理了基因表达噪声和竞争效应两方面对基因线路性能的影响,阐释了二者间的紧密联系,并基于理性设计的思路,从模拟-数字运算设计、网络拓扑设计、基因线路中的信息传递理论和动态信号等方面,归纳总结了解决这些问题的潜在方案,并展望了规模化合成基因线路理性设计的未来发展方向。

关键词：合成基因线路基因表达噪声竞争效应理性设计

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基于合成基因线路的智能药物

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生物工程学报 2017年第3期33卷 456-466页

作者：彭曙光谢震清华大学清华信息科学与技术国家实验室生物信息学研究部自动化系教育部生物信息学重点实验室合成与系统生物学研究中心北京100084

合成生物学自诞生以来对生物学领域的研究产生了重要的影响。利用工程学思维与方法,合成生物学揭开了生命系统许多调控机制,改造并扩展了一系列生物元件,同时带来了广泛的生物医学应用,为疾病诊断与治疗提供了新的思路。本文综述了适用... 详细信息

合成生物学自诞生以来对生物学领域的研究产生了重要的影响。利用工程学思维与方法,合成生物学揭开了生命系统许多调控机制,改造并扩展了一系列生物元件,同时带来了广泛的生物医学应用,为疾病诊断与治疗提供了新的思路。本文综述了适用于哺乳动物细胞或者细菌的合成基因线路并用于疾病诊断与治疗领域的最新进展,为未来智能药物设计提供新的思路。

关键词：合成生物学基因线路基因治疗细胞治疗细菌疗法

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复杂疾病中多组学多模态数据的生物信息学研究进展

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科学通报 2024年第30期69卷 4432-4446页

作者：刘晓帆鲁志清华大学生命科学学院合成和系统生物学中心教育部生物信息学重点实验室北京100084 清华大学精准医学研究所北京100084

随着高通量测序技术的发展,多组学多模态数据的整合已成为复杂疾病研究的重要趋势,为深入理解疾病的发生发展提供了新视角,为实现复杂疾病的精准诊疗提供了重要支持.本文首先介绍了复杂疾病研究中的不同组学类型,如基因组学、转录组学... 详细信息

随着高通量测序技术的发展,多组学多模态数据的整合已成为复杂疾病研究的重要趋势,为深入理解疾病的发生发展提供了新视角,为实现复杂疾病的精准诊疗提供了重要支持.本文首先介绍了复杂疾病研究中的不同组学类型,如基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组学、影像组学等,以及相应的多组学数据库.然后本文对多组学、多模态数据的整合方法进行了系统的分类,详细阐述了基于关联分析和网络的方法,以及基于数据矩阵和机器学习的方法中早期整合、中期整合和后期整合方法.此外,本文还讨论了多组学整合模型在疾病筛查、分型、预后和药物反应预测等方面的应用.最后,本文总结了当前多组学整合面临的挑战,分为样本层面、数据层面和模型层面三类,并展望了未来的发展方向.本文为复杂疾病中多组学、多模态数据整合研究提供了系统的梳理,对该领域的进一步发展具有重要意义.

关键词：多组学数据多模态数据生物信息复杂疾病整合模型

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人体与哺乳动物的生物钟同步机制及疾病

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科学通报 2017年第25期62卷 2857-2866页

作者：黄海鹏傅肃能清华大学生命科学学院清华大学-北京大学生命科学联合中心生物信息学教育部重点实验室合成与系统生物学研究中心北京100084

由于地球的自转,地球表面的光照和温度会产生以24 h为周期的节律性波动.与之相适应地,近地表生物的新陈代谢、生长发育、细胞周期等也会随着昼夜更替而改变,形成稳定的昼夜节律.昼夜节律是生命体在自然环境中经过漫长的演化而产生的,但... 详细信息

由于地球的自转,地球表面的光照和温度会产生以24 h为周期的节律性波动.与之相适应地,近地表生物的新陈代谢、生长发育、细胞周期等也会随着昼夜更替而改变,形成稳定的昼夜节律.昼夜节律是生命体在自然环境中经过漫长的演化而产生的,但它并不是简单的被动适应,而是由内在的生物钟驱动的,主动与环境进行匹配的过程.那么,生物钟到底是什么?它是如何运作的?生物钟重置的机理是什么?生物钟紊乱对人类的健康又有什么样的影响?这些都是我们关心并期待解答的问题.

关键词：昼夜节律生物钟分子振荡系统视交叉上核肾上腺生物钟同步机制生物钟紊乱

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抗衰老药物对线虫生存曲线影响的荟萃分析

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中国科学：生命科学 2015年第5期45卷 479-487页

作者：梁亚茹刘畅王卓然董琼叶汪小我王钊清华大学医学院蛋白质科学教育部重点实验室北京100084 清华大学自动化系清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部合成与系统生物学研究中心生物信息学教育部重点实验室北京100084

随着世界人口老龄化步伐的加快,衰老机制及抗衰老药物的研究日益成为生物医学领域的热点前沿之一.国内外已有大量研究报道抗衰老药物能够延长多种模式生物包括线虫、果蝇、小鼠、大鼠及灵长类等的寿命,然而,这些药物延缓衰老方式的差异... 详细信息

随着世界人口老龄化步伐的加快,衰老机制及抗衰老药物的研究日益成为生物医学领域的热点前沿之一.国内外已有大量研究报道抗衰老药物能够延长多种模式生物包括线虫、果蝇、小鼠、大鼠及灵长类等的寿命,然而,这些药物延缓衰老方式的差异仍缺乏系统研究.因此,本研究以衰老研究的热点模式生物线虫为对象,搜集1990年以来国内外刊物上正式发表的有关抗衰老药物寿命试验的研究文献及其涉及的生存曲线,利用荟萃分析比较了不同抗衰老药物与生存曲线变化类型间的关系,并结合药物的药理作用探讨其延寿机制.生存曲线特征聚类结果与药物生物学分类交叉分析结果表明,药理作用类型与增益类型具有很强相关性,提示这2种分类方法的结果是匹配的.抗氧化剂类药物和控制血糖类药物对生存曲线的改善总体增益虽然不是最高,但相对于正常组生存曲线其增益部分呈平移形,表明该类药物可以通过改善年龄结构对整个群体产生显著增益,且其衰老曲线的特征与自然衰老相似.抗癫痫药物及胃肠道菌群相关药物总体增益较大,其曲线增益形状呈梯形,提示该类药物(尤其是胃肠道菌群相关药物)尽管显著延长了少数个体的最大寿命,但是从整个群体来看,大多数个体寿命延长程度并不明显,受益的少数个体可能需要较长的外界资源支持方能保持较长时间的存活状态,这种模式既不大众化也不经济.综上所述,清除自由基和控制血糖类药物对健康老年有着更为积极合理的作用与效应.

关键词：衰老抗衰老生存曲线线虫药物荟萃分析

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合成基因线路：癌症治疗与细胞治疗领域的新工具

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科技纵览 2016年第12期 70-71页

作者：谢震彭曙光清华大学生物信息学教育部重点实验室、清华信息国家实验室生物信息学研究部/合成与系统生物学中心清华大学自动化系

清华大学谢震研究团队为合成基因线路构建与组装提供了一系列元件和模块，开发了一些新的基因线路的设计策略，开拓了合成生物学在癌症基因治疗、细胞治疗上的应用。

关键词：细胞治疗合成基因线路癌症工具合成生物学清华大学设计策略

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基于分子标记的宏基因组16S rRNA基因高变区选择策略

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应用生态学报 2015年第11期26卷 3545-3553页

作者：张军毅朱冰川徐超丁啸李俊锋张学工陆祖宏无锡市环境监测中心站江苏无锡214121 东南大学生物科学与医学工程学院生物电子学国家重点实验室南京210096 清华大学信息科学技术学院生物信息学教育部重点实验室/合成与系统生物学研究中心北京100083 北京大学工学院北京100871

随着新一代DNA测序技术出现,人们能够同时对多个DNA样本的宏基因组进行并行分析,尤其是以16S rRNA基因高变区为分子标记的测序已经成为微生物多样性研究最为简洁有效的方法.目前二代高通量测序的读长不能覆盖16S rRNA基因的全长,需要选... 详细信息

随着新一代DNA测序技术出现,人们能够同时对多个DNA样本的宏基因组进行并行分析,尤其是以16S rRNA基因高变区为分子标记的测序已经成为微生物多样性研究最为简洁有效的方法.目前二代高通量测序的读长不能覆盖16S rRNA基因的全长,需要选择一个有效的高变区进行测序.十多年来,对于16S rRNA基因高变区的选择策略没有统一的标准.本文分析了常用的高变区选择策略,指出不同环境条件是影响高变区选择的重要因素之一.在此基础上,提出了高变区选择的参考准则,同时建议应对选择的高变区进行有效评估.

关键词：微生物多样性 16S rRNA 新一代测序技术选择策略

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超分辨质谱分析浓香型白酒洋河梦之蓝(手工班)生物活性物质的研究

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酿酒科技 2019年第6期 30-34页

作者：杜然郭律均闫建斌清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室合成与系统生物学研究中心

中国白酒的独特酿造方法有利于增加酒体的微量成分,其中不仅包含呈香呈味物质,而且还包括大量生物活性成分。本研究利用气相色谱质谱(GC-MS)和高分辨串联液相质谱(UPLC/Q-ExactiveOrbitrap)分析了高端绵柔型白酒洋河梦之蓝(手工班)的生... 详细信息

中国白酒的独特酿造方法有利于增加酒体的微量成分,其中不仅包含呈香呈味物质,而且还包括大量生物活性成分。本研究利用气相色谱质谱(GC-MS)和高分辨串联液相质谱(UPLC/Q-ExactiveOrbitrap)分析了高端绵柔型白酒洋河梦之蓝(手工班)的生物活性物质,发现该酒除含有脂肪酸和酯类等常见活性物质外,还发现酚类化合物、呋喃类、吡嗪类、萜类和核苷类似物等组分。其中,虫草素和圣草酚两种生物活性成分在白酒中鲜有报道,定量分析显示二者的含量分别为1.78mg/L和1.81mg/L。

关键词：微量成分虫草素圣草酚白酒生物活性洋河

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质谱分析浓香型白酒洋河梦之蓝(手工班)微量成分的研究

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酿酒科技 2019年第5期 55-60页

作者：杜然郭律均闫建斌清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室合成与系统生物学研究中心北京100084

洋河梦之蓝(手工班)是洋河集团近年来推出的高端绵柔型白酒。为了分析其微量成分组成,利用色谱-质谱联用技术,鉴定出454种微量成分。其中,酯、脂肪酸、醇、醛、酚、酮类等是中国传统白酒中主要的呈味物质,在该酒中超过300余种;呋喃、核... 详细信息

洋河梦之蓝(手工班)是洋河集团近年来推出的高端绵柔型白酒。为了分析其微量成分组成,利用色谱-质谱联用技术,鉴定出454种微量成分。其中,酯、脂肪酸、醇、醛、酚、酮类等是中国传统白酒中主要的呈味物质,在该酒中超过300余种;呋喃、核苷类似物、萜烯、吡唑和吡嗪等具有潜在生物活性功能的物质,在该酒中检出48种。这些结果为研究绵柔型白酒风味和滋味来源及健康功效奠定了基础。

关键词：中国白酒洋河梦之蓝(手工班) 固相微萃取气质联用微量成分

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Inferring gene regulatory networks from gene expression profiles

Inferring gene regulatory networks from gene expression prof...

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第六届全国生物信息学与系统生物学学术大会暨国际生物信息学前沿研讨会

作者：赵震汪小我李衍达生物信息学教育部重点实验室、清华信息国家实验室生物信息学研究部/合成与系统生物学研究中心、清华大学自动化系

Inferring gene regulatory networks based on gene expression profiles is an import topic in computational systems *** dozens methods has been proposed in the last decade, current algorithms are still suffering from low... 详细信息

关键词： meta-analysis gene expression profile network inference

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