检索结果-内蒙古大学图书馆

清华大学学报（自然科学版） 2004年第9期44卷 1286-1289页

作者：袁远季星来孙之荣李衍达清华大学生物信息学教育部重点实验室

基因表达谱数据的聚类分析对于研究基因功能和基因调控机制有重要意义。基于非线性降维算法等容特征映射 ,提出了一种新的大规模基因表达谱数据聚类算法 ,该方法改进了样本向量之间的距离度量 ,用测地距离代替传统的欧式距离 ,有助于挖... 详细信息

基因表达谱数据的聚类分析对于研究基因功能和基因调控机制有重要意义。基于非线性降维算法等容特征映射 ,提出了一种新的大规模基因表达谱数据聚类算法 ,该方法改进了样本向量之间的距离度量 ,用测地距离代替传统的欧式距离 ,有助于挖掘高维数据内在的几何结构。将该算法应用于两个公开的基因表达数据集 ,并用一种新的评价方法Normalized Cut将聚类结果与其他聚类方法的结果进行了比较。结果表明 ,该文的聚类算法优于其他聚类算法 ,聚类结果具有明显的生物学意义。

关键词：基因表达谱等容特征映射 k均值算法聚类算法

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学龄儿童睡眠时长与血压关系的队列研究

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中华医学杂志 2025年第16期105卷 1223-1232页

作者：吴晓菲刘琴张美玲陈栏灵 Tahir Muhammad Fahad 贺向前彭支莲肖伦袁双贵马军陈镜宇安曦洲黄道超钟海英王莉陈丽静梁小华重庆医科大学附属儿童医院儿研所临床流行病与生物信息学室国家儿童健康与疾病临床医学研究中心儿童发育疾病研究教育部重点实验室儿童感染与免疫罕见病重庆市重点实验室重庆重庆医科大学附属儿童医院儿研所重庆市卫生健康委儿童重要器官发育与疾病重点实验室重庆重庆医科大学生物医学工程学院重庆重庆市九龙坡区中医院中医科重庆重庆市九龙坡区疾病控制中心办公室重庆贵州省习水县妇幼保健院办公室遵义四川省石棉县人民医院办公室雅安

目的探讨学龄儿童睡眠时长与血压水平的关联。方法前瞻性队列研究。研究对象来自2021—2024年建立的西部地区健康儿童队列, 其中分别于2021(四川省石棉县、重庆市九龙坡区)、2022(重庆市九龙坡区)、2023年(贵州省习水县)进行了基线调查,... 详细信息

目的探讨学龄儿童睡眠时长与血压水平的关联。方法前瞻性队列研究。研究对象来自2021—2024年建立的西部地区健康儿童队列, 其中分别于2021(四川省石棉县、重庆市九龙坡区)、2022(重庆市九龙坡区)、2023年(贵州省习水县)进行了基线调查, 2023、2024年进行了随访。最终纳入15 662人次进行分析, 其中基线:2021年2 716名, 2022年2 766名, 2023年1 977名;第1次随访:2023年3 831名, 2024年2 058名;第2次随访:2024年2 314名。采集人口学特征、生活方式、睡眠状况等信息, 统一测量身、高体重、血压和臂踝脉搏波传导速度。采用限制性立方样条(RCS)回归模型分析平均睡眠时长、休息日与工作日平均睡眠时长差异与血压偏高风险的非线性关系, 确定切点值。基于多因素混合效应logistic回归模型分析不同平均睡眠时长、平均睡眠时长差异与血压偏高的关联。基于广义线性混合模型估计不同平均睡眠时长、睡眠时长差异组间血压及臂踝脉搏波传导速度的差异。结果基线时7 459名儿童年龄(10.8±2.3)岁, 男生3 848名(51.6%), 总体血压偏高率为13.4%(1 003/7 459)。血压偏高组年龄、身高、体质指数、体力活动、臂踝脉搏波传导速度均高于血压正常组(均P<0.05)。RCS回归模型分析结果显示, 平均睡眠时长切点值为9 h/d, 当平均睡眠时长<9 h/d, 平均睡眠时长与血压偏高风险呈负相关(P=0.008);平均睡眠时长差异与血压偏高风险呈正相关(P=0.005), 平均睡眠时长差异切点值是2.5 h/d。以平均睡眠时长<9 h/d组为参照, ≥9 h/d组的血压偏高风险降低(OR=0.86, 95%CI:0.75～0.99)。以平均睡眠时长差异<2.5 h/d组为参照, ≥2.5 h/d组血压偏高风险增加(OR=1.23, 95%CI:1.06～1.43)。平均睡眠时长≥9 h/d组收缩压、舒张压和臂踝脉搏波传导速度均低于<9 h/d组(均P<0.05);平均睡眠时长差异≥2.5 h/d组收缩压、舒张压和臂踝脉搏波传导速度均高于<2.5 h/d组(均P<0.05)。结论平均睡眠时长不足(<9 h/d)和睡眠规律性差(休息日与工作日平均睡眠时长差异≥2.5 h/d)是儿童血压偏高的危险因素。

关键词：睡眠儿童血压脉搏波传导速度队列研究

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CRIP1生物学功能的定量蛋白质组学分析

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质谱学报 2017年第4期38卷 486-493页

作者：杨超霍祎邓海腾清华大学生命科学学院教育部生物信息学重点实验室北京100084

CRIP1(cysteine-rich intestinal protein 1)是含有双锌指结构域的蛋白,在很多肿瘤细胞中高表达,但其在肺癌细胞中的生理学功能尚不明确。本研究应用定量蛋白质组学探究CRIP1过表达对肺癌顺铂耐药细胞(A549/DDP)的影响及作用机制。运用... 详细信息

CRIP1(cysteine-rich intestinal protein 1)是含有双锌指结构域的蛋白,在很多肿瘤细胞中高表达,但其在肺癌细胞中的生理学功能尚不明确。本研究应用定量蛋白质组学探究CRIP1过表达对肺癌顺铂耐药细胞(A549/DDP)的影响及作用机制。运用慢病毒载体系统构建了CRIP1过表达的A549/DDP稳转细胞系,利用Western Blotting证实了单克隆细胞系中CRIP1的过表达。发现CRIP1过表达能够加快细胞增殖,增加细胞的耐药性。通过定量蛋白质组学分析,鉴定了CRIP1过表达引起的蛋白质组的变化,并且对上调和下调的蛋白进行聚类分析。结果表明,CRIP1过表达上调了烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)和NAD依赖型氧化还原酶的表达,从而促进细胞的增殖,并且提高了细胞的耐药性。

关键词： CRIP1 过表达生长速率蛋白质组学烟酰胺磷酸核糖转移酶(NAMPT)

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新型长链非编码RNA(lncRNA)的生物信息学研究进展

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生物化学与生物物理进展 2013年第7期40卷 634-640页

作者：原佳沛张浩文鲁志生物信息学教育部重点实验室清华大学生命科学学院北京100084

非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不被翻译成蛋白质的一类RNA,近几年来关于它们的功能研究越来越引起人们的重视.现在已经发现了一些中小型ncRNA,比如microRNA、snoRNA、tRNA等,但是关于长ncRNA(lncRNA)的研究还不够完善.本篇综述回... 详细信息

非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)是指不被翻译成蛋白质的一类RNA,近几年来关于它们的功能研究越来越引起人们的重视.现在已经发现了一些中小型ncRNA,比如microRNA、snoRNA、tRNA等,但是关于长ncRNA(lncRNA)的研究还不够完善.本篇综述回顾了ncRNA特别是lncRNA的生物信息学研究进展,包括它们的研究历程、基本特点、与疾病的关系,以及对已有的预测非编码RNA的计算机方法进行了分析和比较,并且介绍了利用机器学习模型整合新一代高通量测序数据的方法.

关键词：非编码RNA 长链非编码RNA 非编码RNA预测机器学习

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在全基因组范围内筛选酵母中砷抗性相关基因

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生物化学与生物物理进展 2007年第10期34卷 1072-1079页

作者：杜丽张新宇虞甬陈静思刘艳夏永静刘湘军清华大学医学院清华大学生物科学与技术系北京100084 清华大学生物信息学教育部重点实验室北京100084

砷化物是广泛应用的抗癌药物,特别是对白血病有显著疗效.然而,治疗过程中病人会因对砷化物具有耐药性而影响治疗效果,而目前对于砷抗性机制尚缺全面深入的研究.利用酵母作为模式生物,使用不同浓度的砷对由4757个酵母缺失型突变体组成的... 详细信息

砷化物是广泛应用的抗癌药物,特别是对白血病有显著疗效.然而,治疗过程中病人会因对砷化物具有耐药性而影响治疗效果,而目前对于砷抗性机制尚缺全面深入的研究.利用酵母作为模式生物,使用不同浓度的砷对由4757个酵母缺失型突变体组成的菌株库进行筛查.共鉴定出104个基因/开放阅读框(ORF),其缺失导致酵母对砷的抗性增加.生物信息学分析结果提示,这些基因与mRNA分解代谢、应激反应、组蛋白乙酰化和蛋白质合成及分解代谢等功能有关.同时这些基因中多于半数具有哺乳动物同源类似物.所以,进一步研究这些基因有望为人类砷化物的耐药性及毒性机制研究提供富有价值的新线索.

关键词：砷化物筛选酵母表型抗性

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热蛋白质组学分析鉴定TH588的靶标蛋白

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质谱学报 2021年第5期42卷 951-961,I0011页

作者：刘宗元朱松标邓海腾陈宇凌清华大学生命科学学院北京100084 生物信息学教育部重点实验室北京100084

通过对活性小分子靶标蛋白的鉴定,可以建立活性小分子与细胞表型之间的联系,阐明活性小分子的功能和作用机理,对小分子药物的研发具有重要意义。热蛋白组学分析(thermal proteome profiling,TPP)是基于蛋白-配体结合可以增加蛋白热稳定... 详细信息

通过对活性小分子靶标蛋白的鉴定,可以建立活性小分子与细胞表型之间的联系,阐明活性小分子的功能和作用机理,对小分子药物的研发具有重要意义。热蛋白组学分析(thermal proteome profiling,TPP)是基于蛋白-配体结合可以增加蛋白热稳定性这一原理发展的鉴定活性小分子靶标蛋白的新技术,相较于其他小分子靶点鉴定方法,其最大的优点是不需要对活性小分子进行化学修饰,极大地拓宽了该方法的应用范围。TH588是7,8-二氢-8-氧鸟嘌呤三磷酸酶(MTH1)的抑制剂,通过抑制MTH1活性,增加肿瘤细胞DNA的氧化损伤,抑制肿瘤细胞的增殖。前期研究表明,TH588可发挥MTH1非依赖的抗肿瘤功能,因此鉴定TH588的脱靶靶标对理解TH588的作用机制并进行相关的分子结构改造至关重要。本研究通过鉴定TH588在细胞中的蛋白靶标,系统地介绍TPP技术的实施和优化;并对鉴定的28个TH588直接靶标和53个间接靶标进行生物信息学分析,为探究TH588抗肿瘤的作用机制提供实验依据。

关键词：热蛋白质组学分析 TH588 MTH1 脱靶效应

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p-SAGE：基因集合的参数统计分析方法(英文)

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生物化学与生物物理进展 2009年第11期36卷 1415-1422页

作者：黄波李文婷李雯夏雪峰孙之荣清华大学生物信息与系统生物学研究所生物信息学教育部重点实验室生物膜与膜技术国家重点实验室清华大学生物科学与技术系北京100084

肿瘤的发生与发展通常是由重要的细胞通路表达水平的反常导致的.尽管目前已经有很多工作利用基因表达谱数据以及一些其他的先验知识来寻找那些与肿瘤相关的基因集合,但还是没有一个恰当的基因集合的统计学方法.大多数研究都是直接将单... 详细信息

肿瘤的发生与发展通常是由重要的细胞通路表达水平的反常导致的.尽管目前已经有很多工作利用基因表达谱数据以及一些其他的先验知识来寻找那些与肿瘤相关的基因集合,但还是没有一个恰当的基因集合的统计学方法.大多数研究都是直接将单基因的检验方法直接应用到基因集合上来.提出了基因集合的参数统计分析方法(p-SAGE),这个方法应用到大脑肿瘤的实验中,识别了许多显著的基因集合.一些新发现的基因集合是与信号转导和免疫相关的.这个简便有效的方法可以得出有生物学意义的结果.

关键词：参数统计分析方法基因集合反常基因

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蛋白质亚细胞定位的生物信息学研究

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生物化学与生物物理进展 2007年第6期34卷 573-579页

作者：张松黄波夏学峰孙之荣清华大学生物信息与系统生物学研究所教育部生物信息学重点实验室生物膜和膜生物技术国家重点实验室北京100084

细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,如果定位发生偏差,将会对细胞功能甚至生命产生重大影响.蛋白质的亚细胞定位是蛋白质功能研究的重要方面,也是生物信息学中的热点问题,数据... 详细信息

细胞中蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,如果定位发生偏差,将会对细胞功能甚至生命产生重大影响.蛋白质的亚细胞定位是蛋白质功能研究的重要方面,也是生物信息学中的热点问题,数据库的构建和亚细胞定位分析及预测加速了蛋白质结构和功能的研究.

关键词：亚细胞定位生物信息学数据库预测蛋白质

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用生物信息学方法寻找肝癌特异性表达基因转录调控模式

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生物化学与生物物理进展 2006年第3期33卷 254-261页

作者：王士雷黄波周云孙之荣清华大学生物信息与系统生物学研究所教育部生物信息学重点实验室清华大学生物信息与系统生物学研究所生物膜和膜生物技术国家重点实验室北京100084

为了对肝癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)的分子发病机理进行研究,首先对肝癌基因表达谱数据用t-检验算法进行了分析,找到了肝癌中特异性表达基因(characteristicgenes).然后把这些基因结合已知的肝HNF家族转录因子染色质免疫共沉淀结... 详细信息

为了对肝癌(hepatocellularcarcinoma,HCC)的分子发病机理进行研究,首先对肝癌基因表达谱数据用t-检验算法进行了分析,找到了肝癌中特异性表达基因(characteristicgenes).然后把这些基因结合已知的肝HNF家族转录因子染色质免疫共沉淀结合DNA启动子芯片(ChIP-chip)实验数据用SAEM算法进行分析,得到了肝癌特异性表达基因的转录调控关系,并寻找到了多个HNF家族转录因子调控单基因的转录调控模式.结果表明HNF家族转录因子对大量具有重要功能的肝癌特异性表达基因进行了转录调控,并且多个HNF家族转录因子调控单基因可以形成前馈环和多输入调控等模式.

关键词：转录因子转录调控基因表达谱 ChIP-chip实验模式

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空间转录组的解读与探究:数据分析方法学研究现状与展望

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科学通报 2024年第30期69卷 4415-4431页

作者：李润泽陈旭杨雪瑞生物信息学教育部重点实验室合成与系统生物学中心清华大学生命科学学院北京100084

作为近年来快速发展的新兴技术,空间转录组学已经极大地改变了生物和医学多个领域的研究范式.这一技术保留了复杂组织中细胞的空间定位信息,并且以多细胞团、单细胞或亚细胞分辨率进行转录组分析.细胞空间定位信息与其分子特征谱的耦合... 详细信息

作为近年来快速发展的新兴技术,空间转录组学已经极大地改变了生物和医学多个领域的研究范式.这一技术保留了复杂组织中细胞的空间定位信息,并且以多细胞团、单细胞或亚细胞分辨率进行转录组分析.细胞空间定位信息与其分子特征谱的耦合产生了新型的多模态高通量数据资源,这对高效的数据挖掘分析方法的开发提出了新的挑战.由于生理组织样本的复杂性与技术的局限性,空间转录组数据具有高度的非理想性.其数据结构复杂、信噪比低、稀疏性强且覆盖度不均一,给数据的深度分析和生物学信息的解析带来了一系列挑战,目前许多困难尚未解决.此外,多个技术路线的空间转录组学正在快速迭代发展,需要现有数据分析理论的发展和创新技术工具的开发.本文概述了当前空间转录组数据的常用解析方法,针对不同角度与层面的信息挖掘需求,讨论了现有方法的设计思路与潜在的局限性,并对未来方法学设计的方向和策略进行了展望,以期激发对新的数据分析理论、模型和算法的讨论和开发.

关键词：空间转录组生物信息学人工智能机器学习数据挖掘

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