检索结果-内蒙古大学图书馆

＜正＞如何在网络层次上理解蛋白质的功能是当前系统生物学所面临的一个重要问题。本文描述了一个预测蛋白质功能联系的新方法。这个方法的基本假设是,功能相关的蛋白因为承受着相同的进化压力,因而比功能不相关的蛋白具有更加相似的进化模式。这里所指的蛋白质的进化模式是指蛋白质（包括它们的同源蛋白）在各个基因组形成的

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功能基因组系统学

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复杂系统与复杂性科学 2004年第1期1卷 6-8页

作者：李衍达清华大学自动化系清华大学生物信息学教育部重点实验室北京100084

随着人类基因组测序计划的完成和后基因组时代的到来 ,各种类型功能基因组数据爆炸性增长 ,使得功能基因组的研究必须将实验和理论分析相结合。因此 ,功能基因组系统学应运而生。本文介绍了功能基因组系统学的产生 ,并对我国功能基因组... 详细信息

随着人类基因组测序计划的完成和后基因组时代的到来 ,各种类型功能基因组数据爆炸性增长 ,使得功能基因组的研究必须将实验和理论分析相结合。因此 ,功能基因组系统学应运而生。本文介绍了功能基因组系统学的产生 ,并对我国功能基因组系统学的研究对象、研究特点、可采取的研究思路以及对现代医药学的影响作了进一步的介绍。

关键词：功能基因组系统学复杂性疾病人类基因组测序计划分子生物学理论病证

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温州蜜柑果实贮藏寿命生物标记的筛选

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中国农业科学 2016年第7期49卷 1346-1359页

作者：孙力丁毓端何义仲陈玲玲程运江华中农业大学园艺林学学院/园艺植物生物学教育部重点实验室/农业部华中地区园艺作物生物学与种质创新重点实验室华中农业大学信息学院/华中农业大学生物信息学中心

【目的】对温州蜜柑果实贮藏期所处生理状态进行分析,挖掘能反映柑橘果实采后贮藏期所处不同生理阶段的生物标记。【方法】通过对温州蜜柑采后贮藏0—50 d的基因芯片数据和初生代谢物数据分析,结合聚类、主成分分析、偏最小二乘法判别... 详细信息

【目的】对温州蜜柑果实贮藏期所处生理状态进行分析,挖掘能反映柑橘果实采后贮藏期所处不同生理阶段的生物标记。【方法】通过对温州蜜柑采后贮藏0—50 d的基因芯片数据和初生代谢物数据分析,结合聚类、主成分分析、偏最小二乘法判别分析和支持向量机等机器学习的方法挖掘能够预测温州蜜柑果实贮藏寿命的生物标记,并采用qRT-PCR对标记的可靠性进行验证。【结果】基于多元差异比较分析筛选出了5 232个差异基因;并将采后温州蜜柑分为贮藏初期、中期和后期3个生理阶段。Mapman功能富集分析发现氨基酸代谢和细胞壁代谢与采后温州蜜柑所处的生理状态密切相关;基因本体富集分析表明核小体组装、蛋白酶解等生物过程也发生了明显变化。qRT-PCR验证结果显示,谷胱甘肽S-转移酶(Cit.15371.1.S1at)实时定量值具有明显的阶段性特征,可作为预测温州蜜柑采后贮藏寿命的基因标记。与芯片数据对应的初生代谢物数据同样可将温州蜜柑采后贮藏期划分为3个生理阶段,且筛选出甘氨酸(Glycine)、3-氨基-6-甲氧基吡啶甲酸(3-Amino-6-methoxypicolinicacid)、丁烯二酸(2-Butenedioic acid)、Cyclohexanone,2-[(dimethylamino)methyl]4个候选代谢物标记。【结论】筛选了5个生物标记物,包括谷胱甘肽S-转移酶、甘氨酸(Glycine)、3-氨基-6-甲氧基吡啶甲酸(3-Amino-6-methoxypicolinicacid)、丁烯二酸(2-Butenedioic acid)、Cyclohexanone,2-[(dimethylamino)methyl],可以用来预测温州蜜柑果实贮藏寿命。

关键词：温州蜜柑果实贮藏生物标记基因芯片初生代谢物

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基于序列保守性和蛋白质相互作用的真核蛋白质亚细胞定位预测

基于序列保守性和蛋白质相互作用的真核蛋白质亚细胞定位预测

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第九届全国酶学学术讨论会暨邹承鲁诞辰85周年纪念会

作者：张松夏学峰沈金城孙之荣清华大学生物与技术系教育部生物信息学重点实验室

蛋白质的亚细胞定位是进行蛋白质功能研究的重要信息。蛋白质合成后被转运到特定的细胞器中,只有转运到正确的部位才能参与细胞的各种生命活动,有效地发挥功能。随着蛋白质亚细胞定位信息的日渐重要,实验技术提供了一些比较精确

关键词：亚细胞定位预测核蛋白质保守性

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ISG15过表达抑制THP-1细胞的增殖与吞噬

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现代生物医学进展 2019年第4期19卷 601-607页

作者：郭琳宗兆运冯杉张麟邓海腾清华大学生命科学学院教育部生物信息学重点实验室北京100084

目的:干扰素刺激基因15蛋白(Interferon-stimulated Gene 15,ISG15)是由I型干扰素诱导产生的类泛素蛋白,在先天免疫中起重要作用,本文旨在阐明ISG15的表达水平对巨噬细胞功能的影响并进一步探究其作用机制。方法:构建ISG15过表达质粒并... 详细信息

目的:干扰素刺激基因15蛋白(Interferon-stimulated Gene 15,ISG15)是由I型干扰素诱导产生的类泛素蛋白,在先天免疫中起重要作用,本文旨在阐明ISG15的表达水平对巨噬细胞功能的影响并进一步探究其作用机制。方法:构建ISG15过表达质粒并通过慢病毒感染的方法整合进入THP-1细胞中,通过流式细胞仪分选出单克隆ISG15过表达细胞系,利用Western Blotting的方法验证ISG15在细胞内的过表达效果。在构建成功的细胞系中进行CCK8细胞增殖实验和Latex Beads细胞吞噬实验,最后通过定量蛋白质组学的方法观察细胞内蛋白质水平上变化。结果:Western Blotting的结果验证了ISG15在THP-1巨噬细胞系中的过表达效果,证明了ISG15过表达巨噬细胞系的成功构建。CCK8细胞增殖实验的结果表明,ISG15过表达的细胞系与对照组细胞系相比其增殖能力减弱;Latex beads细胞吞噬实验显示ISG15过表达细胞系的吞噬能力发生下降,并在蛋白质组学数据中找到糖酵解相关酶和膜转运蛋白下调的证据。结论:ISG15过表达能够降低与糖酵解相关的蛋白从而导致增殖能力的下降;同时也引起膜转运相关蛋白下调造成吞噬能力降低。

关键词：干扰素刺激基因15蛋白巨噬细胞吞噬定量蛋白质组学

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非编码RNA的生物信息学研究方法:RNA结构预测及其应用

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生命科学 2014年第3期26卷 219-227页

作者：张浩文杨禹丞鲁志清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室北京100084

近10多年来的研究逐步揭示了RNA的各种生物学功能。RNA不仅是信息从DNA传递到蛋白质的中间体,还直接参与基因沉默、表观遗传学修饰等生物学过程。单链的RNA在体内通过碱基配对折叠成一定的二级结构。介绍了现在预测RNA二级结构的主要算... 详细信息

近10多年来的研究逐步揭示了RNA的各种生物学功能。RNA不仅是信息从DNA传递到蛋白质的中间体,还直接参与基因沉默、表观遗传学修饰等生物学过程。单链的RNA在体内通过碱基配对折叠成一定的二级结构。介绍了现在预测RNA二级结构的主要算法及其应用,其中包括基于热力学、同源比对和统计学习的各种算法,以及如何引入实验数据辅助预测。二级结构预测算法被广泛用于寻找RNA功能单元和预测新非编码RNA等各种问题。如何利用高通量实验数据帮助结构预测,探索长非编码RNA功能,研究RNA与蛋白质相互作用,是RNA二级结构预测算法和应用的一些前沿方向。

关键词： RNA二级结构预测自由能共突变非编码RNA

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上帝有了竞争者

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商务周刊 2010年第1期 63-64页

作者：孙之荣清华大学生命科学学院教育部生物信息学重点实验室

自然演化的有机体被生物学家形象地称为＂生命1.0版本＂,在过去几十亿年的地球演化史中,生命的形式都在自然基础上展开,繁衍生息,新陈代谢。

关键词：竞争者生命的形式上帝自然演化生物学家自然基础新陈代谢有机体

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CRTC2在肝脏脂内稳态中的作用

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中国细胞生物学学报 2015年第9期37卷 1193-1196页

作者：韩锦铂李二伟陈力群张元元魏方超刘洁媛邓海腾王一国清华大学生命科学学院清华大学–北京大学生命科学联合中心教育部生物信息学重点实验室北京100084 清华大学生命科学学院生物医学测试中心北京100084

脂合成代谢的增强会引起甘油三酯在肝脏内异常堆积,导致胰岛素耐受或者非酒精性脂肪肝性病变。SREBP1(sterol regulatory element-binding protein 1)是调控脂合成代谢的重要转录调控因子,SREBP1合成后以非活性前体的形式存在于内质网... 详细信息

脂合成代谢的增强会引起甘油三酯在肝脏内异常堆积,导致胰岛素耐受或者非酒精性脂肪肝性病变。SREBP1(sterol regulatory element-binding protein 1)是调控脂合成代谢的重要转录调控因子,SREBP1合成后以非活性前体的形式存在于内质网。在胰岛素信号通路激活或在体内低固醇水平诱导下,SREBP1以依赖于COPII(coat protein complex II)的方式从内质网转运到高尔基体,并在高尔基体受蛋白酶加工剪切,成熟后的SREBP1进入细胞核诱导脂合成相关基因的表达。尽管研究人员对SREBP1调控脂代谢的功能有了相当多的认识和理解,但对代谢性疾病中SREBP1活性增强的分子机制一直不清楚。我们的研究结果表明,CRTC2(CREB regulated transcription coactivator 2)介导了m TOR(mechanistic target of rapamycin)调控的且依赖于COPII复合物的SREBP1的成熟,揭示了CRTC2介导的信号通路在调控肝脏脂代谢中的重要作用。

关键词： CRTC2 SREBP1 mTOR 脂合成

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基于分子标记的宏基因组16S rRNA基因高变区选择策略

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应用生态学报 2015年第11期26卷 3545-3553页

作者：张军毅朱冰川徐超丁啸李俊锋张学工陆祖宏无锡市环境监测中心站江苏无锡214121 东南大学生物科学与医学工程学院生物电子学国家重点实验室南京210096 清华大学信息科学技术学院生物信息学教育部重点实验室/合成与系统生物学研究中心北京100083 北京大学工学院北京100871

随着新一代DNA测序技术出现,人们能够同时对多个DNA样本的宏基因组进行并行分析,尤其是以16S rRNA基因高变区为分子标记的测序已经成为微生物多样性研究最为简洁有效的方法.目前二代高通量测序的读长不能覆盖16S rRNA基因的全长,需要选... 详细信息

随着新一代DNA测序技术出现,人们能够同时对多个DNA样本的宏基因组进行并行分析,尤其是以16S rRNA基因高变区为分子标记的测序已经成为微生物多样性研究最为简洁有效的方法.目前二代高通量测序的读长不能覆盖16S rRNA基因的全长,需要选择一个有效的高变区进行测序.十多年来,对于16S rRNA基因高变区的选择策略没有统一的标准.本文分析了常用的高变区选择策略,指出不同环境条件是影响高变区选择的重要因素之一.在此基础上,提出了高变区选择的参考准则,同时建议应对选择的高变区进行有效评估.

关键词：微生物多样性 16S rRNA 新一代测序技术选择策略

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