检索结果-内蒙古大学图书馆

生物化学与生物物理进展 2018年第11期45卷 1093-1105页

作者：张祥林方欢汪小我清华大学自动化系合成与系统生物学研究中心生物信息学教育部重点实验室北京信息科学与技术国家研究中心生物信息学研究部北京100084

对染色质三维结构的探究逐渐成为了解基因组功能与基因调控关系的必要手段.近年来,随着高通量染色体构象捕获(Hi-C)等技术的发展和高通量测序成本的降低,全基因组交互作用的数据量快速增长,交互作用图谱分辨率不断提高.这给三维基因组... 详细信息

对染色质三维结构的探究逐渐成为了解基因组功能与基因调控关系的必要手段.近年来,随着高通量染色体构象捕获(Hi-C)等技术的发展和高通量测序成本的降低,全基因组交互作用的数据量快速增长,交互作用图谱分辨率不断提高.这给三维基因组学发展带来机遇的同时,也给计算建模带来了挑战.当前,三维基因组数据的分析方法覆盖面广,包括了数据前期处理、标准化、可视化、特征提取、三维建模等环节,但是如何从中选择高效、准确的方法却成为制约研究者们开展研究的一项关键因素.本文根据这些方法的适用场景、原理及特点进行系统地归纳,并重点关注了针对新技术或新需求的分析方法,以期促进这一领域中信息学方法的应用和开发,助力三维基因组学的研究.

关键词： Hi-C 三维基因组学基因组结构生物信息学

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DNA甲基化的生物信息学研究进展

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生物化学与生物物理进展 2009年第2期36卷 143-150页

作者：凡时财张学工生物信息学教育部重点实验室清华信息国家实验室生物信息学研究部清华大学自动化系北京100084 电子科技大学自动化工程学院成都610054

作为重要的表观遗传学现象之一,DNA甲基化对基因的表达发挥重要的调控功能.随着高通量检测技术的不断发展,对DNA甲基化的生物信息学研究也成为DNA甲基化研究中的一个非常活跃的热点.对生物信息学在DNA甲基化状态的预测、CpG岛不易被甲... 详细信息

作为重要的表观遗传学现象之一,DNA甲基化对基因的表达发挥重要的调控功能.随着高通量检测技术的不断发展,对DNA甲基化的生物信息学研究也成为DNA甲基化研究中的一个非常活跃的热点.对生物信息学在DNA甲基化状态的预测、CpG岛不易被甲基化的机制研究、探索DNA甲基化同其他表观遗传学现象之间的关系以及DNA异常甲基化同癌症的发生和发展之间的关系等方面的研究进展进行综述.

关键词： DNA甲基化生物信息学研究 CpG岛预测机制表观遗传学

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基于细胞—计算机交互的细胞控制方法

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自动化学报 2021年第3期47卷 489-500页

作者：颜钱明张鹏程乔榕古槿汪小我清华大学自动化系合成与系统生物学研究中心生物信息学教育部重点实验室北京100084 北京信息科学与技术国家研究中心生物信息学研究部北京100084

Wiener在控制论(Cybernetics)中强调了两大类控制对象:机器与动物.半个世纪以来,机器控制领域已形成一套较为完备且先进的控制理论,而在生物控制方面,由于生物系统的特殊性和复杂性,对生命的基本组成单位—细胞的控制仍然进展缓慢.近年... 详细信息

Wiener在控制论(Cybernetics)中强调了两大类控制对象:机器与动物.半个世纪以来,机器控制领域已形成一套较为完备且先进的控制理论,而在生物控制方面,由于生物系统的特殊性和复杂性,对生命的基本组成单位—细胞的控制仍然进展缓慢.近年来,随着合成生物学技术的发展,基于细胞—计算机交互的胞外控制手段开始引起研究者们的关注,为细胞控制带来了前所未有的机遇.胞机交互的方式能够适应生物系统的特殊性,发挥计算机控制的优势,实现细胞的自动化实时控制,为人类研究细胞内部基因调控机制与其他各项生命活动提供了大量的数据与方法支持.本文根据目前基于胞机交互的细胞控制工作,归纳与总结了胞机交互中常用的生物学工具以及控制算法,分析了细胞控制的特殊性与难点,指出研究实现细胞智能控制的可行性与重要性.

关键词：胞机交互反馈控制合成生物学人工生物系统光遗传学

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新一代高通量RNA测序数据的处理与分析

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生物化学与生物物理进展 2010年第8期37卷 834-846页

作者：王曦汪小我王立坤冯智星张学工生物信息学教育部重点实验室清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部清华大学自动化系北京100084 吉林大学计算机科学与技术学院长春130012

随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术... 详细信息

随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术能否在科学探索中发挥重大作用的关键.以新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据为例,在扼要介绍高通量RNA-seq测序流程的基础上,对RNA-seq数据处理和分析的方法和现有软件做一个较为全面的综述,并对其中有待进一步研究的问题进行展望。

关键词：高通量RNA测序转录组基因表达数据处理与分析生物信息学

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脊椎动物中微小RNA进化模式研究

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中国科学（C辑） 2008年第4期38卷 348-355页

作者：汪小我张学工李衍达生物信息学教育部重点实验室清华信息国家实验室生物信息学研究部清华大学自动化系北京100084

微小RNA(microRNA,miRNA)是一类长度约为22个核苷酸的内源性非编码RNA.它们在植物、多细胞动物和病毒的基因组中广泛存在并起着重要的调控作用.到目前为止,人们对于这类重要调控因子的进化特性还知之甚少.大多数的miRNA被认为在进化上... 详细信息

微小RNA(microRNA,miRNA)是一类长度约为22个核苷酸的内源性非编码RNA.它们在植物、多细胞动物和病毒的基因组中广泛存在并起着重要的调控作用.到目前为止,人们对于这类重要调控因子的进化特性还知之甚少.大多数的miRNA被认为在进化上是高度保守的,但近期随着大量相对不保守的miRNA被相继发现并报道,人们发现在进化过程中不断有新的miRNA产生.在本文中通过研究一个微小RNA超家族,分析了miRNA在脊椎动物中的进化特性.发现新产生的miRNA在其出现后的一段时期内会经历一个近似中性进化的过程,在序列上快速演变,随后逐渐固定下来,并在进化上趋于保守.同时观察到miRNA有系特异性(lineage-specific)的大规模复制现象,以及miRNA在串连复制后,同源的miRNA前体可能会选择其发卡环不同臂上的序列作为成熟体,从而大大增加了miRNA新功能产生的可能性.这些观察表明,miRNA这一类重要的调控因子在进化过程中是十分活跃的。

关键词： miRNA 进化 miRNA:miRNA*互换系特异性复制

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合成基因线路规模化设计面临的挑战

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生物工程学报 2017年第3期33卷 372-385页

作者：魏磊袁野汪小我清华大学合成与系统生物学研究中心生物信息学教育部重点实验室自动化系清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学研究部

随着合成基因线路规模的增加,传统的合成基因线路设计思路的瓶颈逐渐凸显,许多之前被忽略的因素对大规模基因线路的性能可能造成显著影响,这对合成基因线路的设计带来了新的挑战。本文重点梳理了基因表达噪声和竞争效应两方面对基因线... 详细信息

随着合成基因线路规模的增加,传统的合成基因线路设计思路的瓶颈逐渐凸显,许多之前被忽略的因素对大规模基因线路的性能可能造成显著影响,这对合成基因线路的设计带来了新的挑战。本文重点梳理了基因表达噪声和竞争效应两方面对基因线路性能的影响,阐释了二者间的紧密联系,并基于理性设计的思路,从模拟-数字运算设计、网络拓扑设计、基因线路中的信息传递理论和动态信号等方面,归纳总结了解决这些问题的潜在方案,并展望了规模化合成基因线路理性设计的未来发展方向。

关键词：合成基因线路基因表达噪声竞争效应理性设计

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基于合成基因线路的智能药物

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生物工程学报 2017年第3期33卷 456-466页

作者：彭曙光谢震清华大学清华信息科学与技术国家实验室生物信息学研究部自动化系教育部生物信息学重点实验室合成与系统生物学研究中心北京100084

合成生物学自诞生以来对生物学领域的研究产生了重要的影响。利用工程学思维与方法,合成生物学揭开了生命系统许多调控机制,改造并扩展了一系列生物元件,同时带来了广泛的生物医学应用,为疾病诊断与治疗提供了新的思路。本文综述了适用... 详细信息

合成生物学自诞生以来对生物学领域的研究产生了重要的影响。利用工程学思维与方法,合成生物学揭开了生命系统许多调控机制,改造并扩展了一系列生物元件,同时带来了广泛的生物医学应用,为疾病诊断与治疗提供了新的思路。本文综述了适用于哺乳动物细胞或者细菌的合成基因线路并用于疾病诊断与治疗领域的最新进展,为未来智能药物设计提供新的思路。

关键词：合成生物学基因线路基因治疗细胞治疗细菌疗法

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血浆游离DNA全基因组甲基化测序的实用稳定性评估

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生物工程学报 2019年第12期35卷 2284-2294页

作者：方欢钟碧溪魏磊张祥林张威汪小我清华大学自动化系合成与系统生物学研究中心生物信息学教育部重点实验室北京信息科学与技术国家研究中心生物信息学研究部

随着液体活检技术的发展,血浆游离DNA成为当前的研究热点之一。血浆游离DNA的全基因组甲基化测序被认为在癌症检测等医学应用拥有巨大潜力,但目前尚缺乏针对该实验流程的实用稳定性评估。文中利用两名志愿者在不同时间采样的血浆游离DNA... 详细信息

随着液体活检技术的发展,血浆游离DNA成为当前的研究热点之一。血浆游离DNA的全基因组甲基化测序被认为在癌症检测等医学应用拥有巨大潜力,但目前尚缺乏针对该实验流程的实用稳定性评估。文中利用两名志愿者在不同时间采样的血浆游离DNA,在不同实验平台分别进行DNA甲基化的重亚硫酸盐转化前建库(Pre-BS)、转化后建库(Post-BS)和常规DNA建库,获取多因素影响下的测序数据样本。在此基础上,建立了一套血浆游离DNA测序数据分析的质量控制参考流程,综合评估了血液采集提取、游离DNA建库测序过程的实用稳定性,为血浆游离DNA全基因组甲基化测序应用于临床液体活检提供实用性的基础参考。

关键词：血浆游离DNA 全基因组 DNA甲基化片段化模式微量DNA建库

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基于生物网络调控的方剂研究模式与实践

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中西医结合学报 2007年第5期5卷 489-493页

作者：李梢清华大学自动化系生物信息学教育部重点实验室清华信息国家实验室生物信息学研究部北京100084

方剂的证候效应及其多靶点作用的科学阐释是目前方剂现代研究的关键问题。我们引入和发展了生物信息学和系统生物学等多学科方法,提出从生物网络调控角度研究方剂原理的框架。并在此基础上阐述方证关系和方剂协同作用机制等研究实例,包... 详细信息

方剂的证候效应及其多靶点作用的科学阐释是目前方剂现代研究的关键问题。我们引入和发展了生物信息学和系统生物学等多学科方法,提出从生物网络调控角度研究方剂原理的框架。并在此基础上阐述方证关系和方剂协同作用机制等研究实例,包括从寒热证候网络构建与模式分析角度探讨方证关系,以血管新生为例构建疾病相关网络,从寒性方剂中提取具有抗血管新生协同作用的中药组合并研究其网络调控机制。研究结果表明,从生物网络的角度可较好地解释方证、病证关系,方剂协同作用的"涌现"可能来自方中多成分在作用靶点上的网络联系。提示基于生物网络及其调控的方剂研究模式,结合"中医药生物信息学"、"中医药计算系统生物学"计算与实验方法,可望为方剂研究开辟新途径。

关键词：中药方剂学证候生物信息学系统生物学

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慢性乙型肝炎患者肝胆湿热证和肝郁脾虚证的决策树诊断模型初探

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中国中西医结合杂志 2009年第11期29卷 993-996页

作者：李梢张宁波李志红丁皓叶永安清华大学生物信息学教育部重点实验室清华信息国家实验室生物信息学研究部清华大学自动化系北京100084 北京中医药大学东直门医院

目的建立基于临床数据的慢性乙肝患者典型证候的诊断模型,探索与慢性乙肝典型证候相关的症状、体征和实验室指标组合。方法对1004例慢性乙肝患者进行证候学调查和实验室检测,包括88项症状、舌脉象、20项体征和14项实验室指标。然后选取... 详细信息

目的建立基于临床数据的慢性乙肝患者典型证候的诊断模型,探索与慢性乙肝典型证候相关的症状、体征和实验室指标组合。方法对1004例慢性乙肝患者进行证候学调查和实验室检测,包括88项症状、舌脉象、20项体征和14项实验室指标。然后选取典型证候的临床数据,联合采用Logistic回归、决策树、贝叶斯网络方法进行数据分析,构建能够有效区分不同证候的诊断模型。结果1004例慢性乙肝患者中最为典型的证候为肝胆湿热证(340例,占33·86%)与肝郁脾虚证(366例,占36·45%)。首先采用Logistic回归分析得到具有统计学意义的16项症状与体征及3项实验室指标,然后采用决策树方法构建能够区分肝胆湿热证、肝郁脾虚证的诊断模型(辨证诊断准确率=74·36%),发现苔白、淡红舌、巩膜黄染、两目干涩、丙氨酸转氨酶(ALT)和HBeAg是鉴别两证型的有效指标组合。采用贝叶斯网络分析的结果也验证了上述指标的重要性。结论本文建立了一种能够有效判别慢性乙肝患者肝胆湿热证、肝郁脾虚证的决策树诊断模型,为将基于经验的中医辨证转向基于数据模型的辨证提供了方法,有助于促进证候的客观化诊断。

关键词：慢性乙型肝炎决策树诊断模型中医证候

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