检索结果-内蒙古大学图书馆

关联分析定位水稻第4号染色体的芒性基因并结合连锁分析精细定位Awn4.1

科学通报 2010年第Z2期55卷 2677-2681页

作者：胡广隆张冬玲潘慧乔李本吴建涛周雪崖张群远周雷姚国新李俊周李金杰张洪亮李自超中国农业大学农业部作物基因组学与遗传改良重点实验室北京市作物遗传改良重点实验室生物信息学教育部重点实验室信息国家实验室生物信息学研究部清华大学自动化系 Division of Statistical Genomics Washington University School of Medicine

芒性是水稻一个重要的驯化相关性状,但目前还没有其精细定位及关联分析的报道.利用303份栽培稻微核心种质材料和一个200株的BC5F2分离群体,考察其芒性表现和基因型,通过关联分析和连锁分析相结合的方法定位水稻第四号染色体的芒性基因.... 详细信息

芒性是水稻一个重要的驯化相关性状,但目前还没有其精细定位及关联分析的报道.利用303份栽培稻微核心种质材料和一个200株的BC5F2分离群体,考察其芒性表现和基因型,通过关联分析和连锁分析相结合的方法定位水稻第四号染色体的芒性基因.首先,运用logistic回归进行标记与性状的初步关联分析,在第4号染色体上发现了5个关联位点,包括了前人所发现的所有位点.然后,在其中一个位点Awn4.1的区间内加密标记,通过连锁分析与关联分析相结合的策略将芒基因Awn4.1精细定位在330kb的区间内,为克隆芒基因Awn4.1打下基础.结果表明,利用核心种质材料,结合连锁分析与关联分析方法能够更加高效和准确地定位水稻基因.

关键词：水稻芒关联分析连锁分析基因定位

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关联分析定位水稻第4号染色体的芒性基因并结合连锁分析精细定位Awn4.1

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科学通报 2010年第27期55卷 2777-2781页

作者：胡广隆张冬玲潘慧乔李本吴建涛周雪崖张群远周雷姚国新李俊周李金杰张洪亮李自超中国农业大学农业部作物基因组学与遗传改良重点实验室北京市作物遗传改良重点实验室北京100193 生物信息学教育部重点实验室信息国家实验室生物信息学研究部清华大学自动化系北京100084 Division of Statistical Genomics Washington University School of Medicine

关键词：水稻芒关联分析连锁分析基因定位

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中医药网络药理学:《指南》引领下的新时代发展

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中国中药杂志 2022年第1期47卷 7-17页

作者：王子怡王鑫张岱岩胡元佳李梢清华大学北京市中医药交叉研究所自动化系北京信息科学与技术国家研究中心生物信息学研究部北京100842 澳门大学中华医药研究院中药质量研究国家重点实验室澳门999078

中医药凭借整体观和两千多年来临床使用天然药物的实践经验,在疾病的预防和治疗中有独特优势。中医药诊疗思想和丰富临床经验中的"整体"特色孕育了以"网络"和"系统"为特色的新一代研究模式。该模式在生... 详细信息

中医药凭借整体观和两千多年来临床使用天然药物的实践经验,在疾病的预防和治疗中有独特优势。中医药诊疗思想和丰富临床经验中的"整体"特色孕育了以"网络"和"系统"为特色的新一代研究模式。该模式在生物医学大数据和人工智能时代得到了快速发展,其中有代表性的研究领域——"网络药理学"为人工智能与中西医学交叉研究、分析海量生物医学数据、建立从数据到知识的转换提供了新的思路和方法。中医药领域在提出"网络靶标"核心理论、促进网络药理学起源和发展过程中起着关键作用,并且率先制订了第一个网络药理学国际标准《网络药理学评价方法指南》。在理论上,网络靶标能够机制性关联药物与疾病,并定量表示药物整体调节作用机制;在方法上,网络药理学朝向计算、实验和临床相结合的研究模式发展。该文介绍了中医药网络药理学近期在预测药物靶点、理解药物和疾病的生物学基础、寻找病证标志物等方面取得的重要进展。随着《网络药理学评价方法指南》的提出,网络药理学的发展有望越来越规范、健康,基于网络靶标的中医药研发模式将产生更多高质量研究成果,有力促进中医药现代化和国际化。

关键词：中医药网络药理学网络靶标网络药理学评价方法指南

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病毒疫苗制备用不同核型VERO细胞系在裸鼠体内致癌/致瘤性的系统实验研究(英文)

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Acta Genetica Sinica 2004年第7期31卷 647-660页

作者：张德礼季梁李六金黄高升北京大学医学部公共卫生学院清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室清华大学信息科学技术学院清华信息科学与技术国家实验室清华大学自动化系智能技术与系统国家重点实验室北京100084 第四军医大学基础部病理学教研室中国癌症研究基金会肿瘤学研究所第四军医大学动物保健品研制中心实验动物研究中心

生产疫苗用细胞系可能具有致瘤性 ,一些常用的细胞系需要检查不同代次有无致癌性。在建立传代细胞种子库与工作库基础上 ,对研制生产病毒活疫苗所用 8株VERO细胞系在 2 19只裸鼠进行了致癌 (瘤 )实验。本研究结果表明 ,VERO细胞染色体... 详细信息

生产疫苗用细胞系可能具有致瘤性 ,一些常用的细胞系需要检查不同代次有无致癌性。在建立传代细胞种子库与工作库基础上 ,对研制生产病毒活疫苗所用 8株VERO细胞系在 2 19只裸鼠进行了致癌 (瘤 )实验。本研究结果表明 ,VERO细胞染色体核型可发生变异 ,亚四倍体JA株与超二倍体KA株具有强的致癌性 ,不能用于致弱活病毒疫苗制备 ,但可替代HeLa细胞系用作恶性肿瘤阳性对照细胞。筛出无致瘤性的YB、JC、M和JB株亚二倍体VERO细胞系 ,可替代BHK 2 1细胞用于狂犬病减毒活疫苗制备。VERO细胞系染色体遗传相对稳定 ,不同代次变化不大。研究发现细胞染色体遗传特征决定致瘤性质并具有种属特异性 ,不同核型细胞致瘤性不同 ,细胞染色体数目变异大小和致癌性成正相关 ,通过体内外交替选育可在裸鼠体内快速选育成功高变异率肿瘤细胞系。高变异率HeLa或VERO细胞系移植于裸鼠可能产生恶性横纹肌样瘤。因此 ,应当强调疫苗生产用细胞系致瘤性评价的重要性。

关键词：非洲绿猴肾细胞系 VERO 裸鼠致癌毒理致瘤性

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生物信息学研究揭示乳腺癌组织分化中可能的microRNA调控通路

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科学通报 2010年第8期55卷 660-668页

作者：裴云飞王志敏费菲邵志敏黄薇张学工生物信息学教育部重点实验室清华信息科学与技术国家实验室(筹)生物信息学部清华大学自动化系北京100084 国家人类基因组南方研究中心上海201203 复旦大学附属肿瘤医院乳腺癌研究所复旦大学上海医学院肿瘤学系上海200032

microRNA(miRNA)被广泛报道能参与乳腺癌的病理发生发展过程.但是,在这些病理过程中,miRNA通过哪些信号通路来参与这些过程还不甚清楚.例如,在乳腺癌的组织学分级分化过程中,人们对于miRNA如何与其靶标基因相互作用来调控乳腺癌的分化... 详细信息

microRNA(miRNA)被广泛报道能参与乳腺癌的病理发生发展过程.但是,在这些病理过程中,miRNA通过哪些信号通路来参与这些过程还不甚清楚.例如,在乳腺癌的组织学分级分化过程中,人们对于miRNA如何与其靶标基因相互作用来调控乳腺癌的分化还知之甚少.本研究通过计算的方法研究miRNA在乳腺癌组织学分级分化过程中的作用.通过寻找miRNA靶标基因集合在基因芯片数据中乳腺癌Ⅰ级和Ⅲ级间显著差异表达,鉴定了15个候选miRNAs,其中9个关键的miRNAs通过调控差异表达的靶基因来参与6个重要的信号转导通路.在这些通路中,TGF-β信号通路中一个主要的抑制分子SMAD7蛋白被预测为上面几个关键miRNAs的靶标基因.SMAD7既能被miRNA直接调控又能被miRNA调控的信号通路调控,进而影响TGF-β信号通路在乳腺癌组织分化中的作用.因此,我们推测TGF-β信号通路作为一个核心通路在miRNA调控乳腺癌的组织分化过程中起重要作用.预测靶标基因在乳腺癌Ⅰ级和Ⅲ级的分类性能在另外3个独立的乳腺癌数据集上得到进一步验证.3个预测差异表达的关键miRNAs也通过实时荧光定量PCR在10个不同组织分级的乳腺癌病人样本中得到验证.

关键词： microRNA 组织分级乳腺癌 TGF-β通路组织分级

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合成基因线路：癌症治疗与细胞治疗领域的新工具

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科技纵览 2016年第12期 70-71页

作者：谢震彭曙光清华大学生物信息学教育部重点实验室、清华信息国家实验室生物信息学研究部/合成与系统生物学中心清华大学自动化系

清华大学谢震研究团队为合成基因线路构建与组装提供了一系列元件和模块，开发了一些新的基因线路的设计策略，开拓了合成生物学在癌症基因治疗、细胞治疗上的应用。

关键词：细胞治疗合成基因线路癌症工具合成生物学清华大学设计策略

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SLP-2基因反义核酸对食管鳞癌细胞系TE12生长和增殖的影响

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癌症 2005年第2期24卷 155-159页

作者：张立勇丁芳刘仲敏李文东刘芝华李衍达清华大学自动化系生物信息学教育部重点实验室北京100084 中国医学科学院中国协和医科大学肿瘤医院肿瘤研究所分子肿瘤学国家重点实验室北京100021

背景与目的应用cDNA微阵列从食管鳞癌配对组织中得到一批在食管鳞癌中差异表达的基因,其中包括SLP-2(stomatin-likeprotein2,SLP-2),它在食管鳞癌中高表达。为验证SLP-2在食管鳞癌中的高表达,构建SLP鄄2真核表达载体,以探讨SLP鄄2与食... 详细信息

背景与目的应用cDNA微阵列从食管鳞癌配对组织中得到一批在食管鳞癌中差异表达的基因,其中包括SLP-2(stomatin-likeprotein2,SLP-2),它在食管鳞癌中高表达。为验证SLP-2在食管鳞癌中的高表达,构建SLP鄄2真核表达载体,以探讨SLP鄄2与食管鳞癌发生、发展的关系。方法利用PCR从正常食管上皮cDNA中扩增SLP-2的开放阅读框,将SLP-2重组到pcDNA3.1/myc-His(-)中,构建SLP鄄2的真核表达质粒。然后将重组子导入食管鳞癌细胞系TE12中。半定量RT鄄PCR鉴定转染细胞,获得阳性细胞克隆。采用MTT比色法、平板克隆形成实验、流式细胞术和MTS比色法分析SLP鄄2对TE12细胞的影响。结果SLP鄄2在食管鳞癌中高表达。SLP鄄2基因反义转染抑制TE12细胞SLP鄄2表达时,可抑制细胞生长和增殖,导致S期阻滞,并抑制TE12细胞的粘附功能。结论食管鳞癌中SLP鄄2表达上调促进TE12细胞过度生长和增殖,并参与食管鳞癌的转移。

关键词：食管肿瘤 SLP-2 细胞转染

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偏执型精神分裂症与4个涉及多巴胺代谢的基因之间的关联分析

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遗传 2006年第4期28卷 403-406页

作者：李俊宁许琪沈岩季梁清华大学生物信息学教育部重点实验室清华大学自动化系北京100084 中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分... 详细信息

精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分析结果支持如下假说:COMT-136-BclⅠ对Val108/158Met有调控作用。当前者的基因型是CC时,后者的易感等位基因型是Met(A);而当前者的基因型是GG时,后者的易感等位基因型是Val(G)。这一新的假说可以解释此前单基因座分析对Val108/158Met(COMT)的截然相反的报道,同时也显示了多基因座分析对复杂疾病研究的必要性。

关键词：偏执型精神分裂症儿茶酚氧位甲基转移酶基因多基因座关联分析

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多巴胺通路的基因与精神分裂症风险的多位点关联研究

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中国科学（C辑） 2004年第5期34卷 465-470页

作者：孙向青贾彦彬张学工许琪沈岩李衍达清华大学教育部生物信息学重点实验室清华大学自动化系北京100084 中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

精神分裂症是一种严重的精神疾患,全世界的群体发病率约为1％.一般认为它是一种复杂的多基因疾病,其致病因素是多个基因的联合作用.有证据表明多巴胺递质系统的改变与精神分裂症有关.为了发现多巴胺代谢通路中的精神分裂症易感基因,收集... 详细信息

精神分裂症是一种严重的精神疾患,全世界的群体发病率约为1％.一般认为它是一种复杂的多基因疾病,其致病因素是多个基因的联合作用.有证据表明多巴胺递质系统的改变与精神分裂症有关.为了发现多巴胺代谢通路中的精神分裂症易感基因,收集了82个精神分裂症病例和108个与之匹配的正常对照,分析了该人群位于多巴胺代谢通路上的24个基因中的59个单核苷酸多态性(SNPs)位点.由于传统的单位点关联研究忽视了复杂疾病的多基因致病性的本质,不考虑易感基因之间的相互作用,因此提出了一个多位点的关联分析方法,该方法用致病后验概率度量一个多位点基因型组合的致病风险,并用一套基于扰动和平均的算法来检测易感的多位点基因型组合和抑制噪声,避免在结果中包含假阳性位点.发现了一个三位点的SNP组合,相应的基因组合为COMT和ALDH3B1基因,对精神分裂症高度易感.

关键词：精神分裂症关联研究多巴胺易感基因通路 SNP 位点基因型代谢基因组合

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《网络药理学评价方法指南》解读

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中草药 2021年第14期52卷 4119-4129页

作者：牛明张斯琴张博杨扩李梢解放军总医院第五医学中心血液病医学部北京100071 清华大学北京市中医药交叉研究所清华大学自动化系北京信息科学与技术国家研究中心生物信息学研究部北京100084 天津国际生物医药联合研究院天津市创新药物早期成药性评价企业重点实验室天津300457

网络药理学是从生物网络的整体角度阐释疾病机制和药物作用机制的一门新兴学科。其研究理念契合了中医药学的整体论思想,中医药领域也率先提出了网络药理学的核心理论——"网络靶标"理论。随着生物医药"大数据"、... 详细信息

网络药理学是从生物网络的整体角度阐释疾病机制和药物作用机制的一门新兴学科。其研究理念契合了中医药学的整体论思想,中医药领域也率先提出了网络药理学的核心理论——"网络靶标"理论。随着生物医药"大数据"、人工智能时代的到来,网络药理学成为信息科学与医学生命科学交叉创新的一个重要突破口,也成为医药研究从还原论迈向系统论的一个重要标志。目前,网络药理学的理论分析、算法开发等方面得到长足的进步,在传统医学与现代医学领域,特别是中医药学领域,应用日益广泛。但是,由于缺乏规范的技术引领,网络药理学的发展仍面临着诸多挑战,特别在研究的可靠性、规范性以及可验证性等方面还存在很多不足。为了进一步规范和引导网络药理学的研究,近期世界中医药学会联合会发布了国际上第一个专门用于网络药理学评价的标准——《网络药理学评价方法指南》。针对该指南内容,通过分析网络药理学研究过程中的关键影响因素,重点解读该指南相关技术要求的选择策略及其适用性,为从事网络药理学研究或审评人员更好地使用该指南提供参考,以期促进网络药理学研究的良性发展。

关键词：网络药理学网络靶标评价方法评价要素评价流程指南

来源：评论

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