目的通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(MTB)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供参考依据。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)和欧洲核酸数据库(ENA)中共下载来自全球2 372株MTB全基因组序列,原始数据按照质控要求去除冗余,BWA v 0.7.12软件将菌株的测序文件回帖到结核杆菌参考基因组H37Rv上;SAMtools v 1.3、Picard v 1.112、Varscan筛选SNPs位点以及去除非特异性SNP位点;采用最大似然法软件RAxML v 8.2.8构建系统进化树;Genepop v 4.5.1软件计算每个SNP位点的遗传分化系数(Fst);SnpEff v 4.3c软件注释。结果初步筛选得到107 654个SNP位点,构建的系统进化树将2 347株MTB明确地划分为7个谱系以及69个亚谱系。优化后得到285个谱系定义的SNP位点,将2 347株MTB准确划分为7个分支及67个亚谱系。结论本研究通过基因组序列分析发现一批基于系统进化的SNP位点,而且基于系统进化285个SNP位点不仅可以用于系统发育及进化相关分析,同时也能够作为基因分型技术靶标,用于结核病分子流行病学。
目的：通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(***)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供科学依据.方法：从National Center for Biotechnology Information(NCBI)和European Nucleotide Archive(ENA)数据库中一共下载...
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目的：通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(***)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供科学依据.方法：从National Center for Biotechnology Information(NCBI)和European Nucleotide Archive(ENA)数据库中一共下载来自全球2372株结核分枝杆菌全基因组序列,原始数据(Raw data)按照质控要求去除冗余,BWA v 0.7.12软件将菌株的测序文件回帖到结核杆菌参考基因组H37Rv上;SAMtools v 1.3、Picard v 1.112、Varscan筛选SNPs位点以及去除非特异性SNP位点;采用最大似然法软件RAxMLv 8.2.8构建系统进化树;软件Genepop v 4.5.1计算每个SNP位点的遗传分化系数(Fst);软件SnpEff v 4.3c注释.
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