检索结果-内蒙古大学图书馆

中华微生物学和免疫学杂志 2023年第2期43卷 93-101页

作者：贾如斯辰力李明洋杨佳吴芯蕾朱珊丽温州医科大学第一临床医学院(信息与工程学院) 温州325035 武汉大学医学部基础医学院武汉430062 温州医科大学基础医学院微生物学和免疫学教研室温州325035 温州医科大学第二临床医学院温州325035

目的分析人正常宫颈上皮细胞(HcerEpic)感染沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis,Ct)前后基因表达谱差异。方法HcerEpic细胞经DEAE-D预处理后加入E型Ct标准株,培养44 h后收集HcerEpic细胞(感染组),并以未感染Ct的HcerEpic细胞作为对照组,... 详细信息

目的分析人正常宫颈上皮细胞(HcerEpic)感染沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis,Ct)前后基因表达谱差异。方法HcerEpic细胞经DEAE-D预处理后加入E型Ct标准株,培养44 h后收集HcerEpic细胞(感染组),并以未感染Ct的HcerEpic细胞作为对照组,提取两组总RNA后反转录并构建cDNA文库。通过高通量测序分析两组基因表达谱差异,并选择代表性基因通过实时荧光定量PCR(qPCR)验证。结果共检测23997个基因,差异基因125个,其中上调基因119个,下调基因6个;GO分析显示差异基因富集于对病毒防御反应、Ⅰ型干扰素(interferon,IFN)信号通路、对Ⅰ型IFN的细胞反应等条目;KEGG富集通路为甲型流感、单纯疱疹病毒感染、EB病毒感染、HPV感染、NOD样受体通路等相关通路。结论人正常宫颈上皮细胞感染Ct前后转录组存在差异,差异基因主要富集于IFN通路,与细胞抗病毒过程密切相关。qPCR验证了ISG15、IFIT2、OASL、UBE2L6等差异显著且与IFN通路密切相关的基因。

关键词：沙眼衣原体宫颈上皮细胞转录组差异表达基因

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新型冠状病毒PLpro蛋白酶结构与功能的生物信息学分析

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病毒学报 2021年第1期37卷 43-51页

作者：杜倩倩张智慧廉政张庆媛薛向阳张丽芳蒋朋飞温州医科大学基础医学院微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所温州325035 温州医科大学病毒研究院温州325035

2019年12月,由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在中国武汉暴发。SARS-CoV-2的基因组编码2种病毒蛋白酶,即木瓜样蛋白酶(Papain-like protease,PLpro)和3C样蛋白酶(3C-like protease)。其中PLpro是SARS-CoV-2复制酶复合体(RC)形成的重要调节蛋白分子,对于病毒基因组转录和复制至关重要。因此,将SARS-CoV-2 PLpro作为药物的靶点对COVID-19的治疗具有积极意义。本研究应用生物信息学工具分析新型冠状病毒的木瓜样蛋白酶的结构和功能,首先利用BLAST和BioEdit获取SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶(SC2-PLpro)及其同源蛋白的氨基酸序列,并利用BLAST和MEGA 6.0进行同源性分析。之后,利用ProParam和Proscale分别对SC2-PLpro蛋白酶的理化性质、亲水性和疏水性进行分析。然后,通过SOMPA、ScanProsite和InterPro分别预测SC2-PLpro蛋白酶的二级结构和功能区域,进一步利用SignalP 4.0和TMHMM对SC2-PLpro蛋白酶的信号肽和跨膜区进行分析。最后,通过SWISS-MODEL对SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶进行三级结构同源建模。结果显示,对SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶与已报道的PLpro蛋白酶进行多序列比对后,发现SARS-CoV-2 nsp3的746~1063段氨基酸与多种冠状病毒PLpro蛋白酶氨基酸序列高度相似。同时,同源性分析发现SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒的PLpro蛋白酶具有同源性,其中与QHR63299、AVP78030相似性最高。对SC2-PLpro进行理化性质预测结果显示,其由318个氨基酸所组成,为稳定亲水性蛋白。二级结构预测结果显示SC2-PLpro主要含有α-螺旋、延伸链、β-转角、无规卷曲,四种结构贯穿整条氨基酸链。进一步进行功能分析,发现其具有完整的催化三联体、锌结合域、泛素样N末端结构域,故推测该蛋白具有去泛素化的功能。然后,信号肽假说和跨膜结构域分析结果表明,SC2-PLpro既不是分泌蛋白,也不属于跨膜蛋白。本研究提示,生物信息学分析SC2-PLpro为稳定性亲水蛋白,属于非跨膜蛋白,比较保守,具有去泛素化的功能,利用此功能可以进一步规避宿主的固有免疫反应。通过制备PLpro蛋白酶小分子抑制剂,可能有助于治疗新型冠状病毒肺炎。

关键词：新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 木瓜样蛋白酶(PLpro蛋白酶) 结构功能生物信息学新型冠状病毒肺炎(COVID-19)

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人巨细胞病毒感染对单核细胞功能的影响

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病毒学报 2019年第6期35卷 907-918页

作者：施昕妤郭刚强林康明李宝青薛向阳章慧娣温州医科大学基础医学院微生物学和免疫学教研室温州325035 温州医科大学附属第二医院检验科温州325000 温州医科大学附属第一医院肾内科温州325000

人巨细胞病毒(Human cytomegalovirus,HCMV)是一种β疱疹病毒。单核细胞是HCMV的主要体内靶标。当前大多数的研究集中于单个时间点来分析HCMV感染对单核细胞功能的影响,并未整体且动态地阐述HCMV感染对单核细胞功能的影响。本研究从GEO(... 详细信息

人巨细胞病毒(Human cytomegalovirus,HCMV)是一种β疱疹病毒。单核细胞是HCMV的主要体内靶标。当前大多数的研究集中于单个时间点来分析HCMV感染对单核细胞功能的影响,并未整体且动态地阐述HCMV感染对单核细胞功能的影响。本研究从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库筛选HCMV感染单核细胞4h、24h、48h后的基因芯片,通过生物信息学方法对HCMV感染单核细胞4h、24h、48h后的功能影响进行详细的阐述及比较分析,并用定量反转录聚合酶连锁反应(quantificational reverse transcription polymerase chain reaction,qRTPCR)验证HCMV感染人单核细胞白血病细胞(THP-1细胞)4h、24h和48h后白细胞介素(Interleukin,IL)-1β、IL-8、肿瘤坏死因子(Tumor necrosis factor,TNF)-a、IL-10的表达。结果表明HCMV感染单核细胞4h后参与信号转导、炎症反应、免疫反应、防御病毒反应和趋化反应等17个通路,且可能与病理学过程/疾病、病毒疾病、RNA病毒感染和免疫系统疾病等相关。HCMV感染单核细胞24h后主要参与炎症反应、细胞趋化等信号通路,预测主要与系统性红斑狼疮(Systemic lupus erythematosus,SLE)、结缔组织疾病和自身免疫性疾病等10种疾病相关。HCMV感染单核细胞48h后主要参与炎症反应、细胞趋化等信号通路,预测主要与结缔组织疾病、病理学过程和SLE等10个疾病相关。qRT-PCR结果显示HCMV感染THP-1细胞4h、24h和48h后IL-1β、IL-8、TNF-α、IL-10的表达增加。本研究表明HCMV感染主要引起炎症反应及趋化反应,并可能与自身免疫性疾病或SLE高度相关。

关键词：人巨细胞病毒(HCMV) 单核细胞炎症反应趋化反应

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人巨细胞病毒无症状性感染者UL144基因多态性研究

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病毒学报 2016年第5期32卷 610-618页

作者：郭刚强谢尙丹叶思思张良孙祥威李宝青张丽芳薛向阳温州医科大学微生物学和免疫学教研室温州325035 温州医科大学第二临床医学院温州325035 温州医科大学附属第一医院胃肠外科温州325035 温州医科大学附属第二医院检验科温州325000

为探究人巨细胞病毒（HCMV）无症状性感染者UL144基因多态性,本研究采用聚合酶链反应扩增HCMVDNA阳性无症状性感染者尿沉渣标本UL144基因开放读码框（ORF）,阳性结果进行双向DNA测序,通过生物信息学工具BioEdit、DNAstar、Mega5.0、Gene... 详细信息

为探究人巨细胞病毒（HCMV）无症状性感染者UL144基因多态性,本研究采用聚合酶链反应扩增HCMVDNA阳性无症状性感染者尿沉渣标本UL144基因开放读码框（ORF）,阳性结果进行双向DNA测序,通过生物信息学工具BioEdit、DNAstar、Mega5.0、GeneDoc等软件进行序列特征分析。结果显示,在50例HCMV-DNA阳性无症状性感染者尿沉渣标本中,21例标本UL144基因扩增阳性,阳性率为42%,并完成测序。同源性比较显示核苷酸同源性为80.2%～100%,氨基酸同源性为77.8%～100%。种系进化树分析显示21例无症状性感染者DNA序列主要分为2个基因型,A型（10例,47.61%）和B型（11例,52.38%）,未见其他基因型。Expasy数据库预测分析UL144基因编码产物重要功能基团,结果显示ASN、PKC、TNFR、NCD3G等翻译后修饰位点高度保守。与UL144A型相比,UL144B型在1-16和30-96氨基酸残基之间各增加了一个PROKAR_LIPOPROTEIN位点和ZF_CTCHY位点。与Toledo标准病毒株比较,UL144A型的CRD1和CRD2区域高度保守,UL144B型的CRD1和CRD2功能区变异较大,但跨膜区（transmembrane domain）和胞浆区（cytoplasmic domain）在UL144A型和B型中均高度保守。UL144A型和B型碱基变异未对UL144蛋白的预测等电点和二级结构造成较大改变。总之与HCMV显性感染者不同,HCMV无症状性感染者UL144基因型为A型和B型。

关键词：人巨细胞病毒(HCMV) 无症状性感染 UL144 多态性

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人巨细胞病毒无症状性感染者UL146基因特征分析

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中华微生物学和免疫学杂志 2017年第9期37卷 650-658页

作者：杨敏叶思思杨佳婷林丛李辉婷邱炜郭刚强施红英李宝青薛向阳温州医科大学第二临床医学院 325035 温州医科大学基础医学院微生物和免疫学教研室 325035 温州医科大学公共卫生与管理学院 325035 温州医科大学附属第二医院、育英儿童医院检验科 325000

目的研究人巨细胞病毒（human cytomegalovirus,HCMV）UL146基因序列在无症状性感染者中的多态性.方法采集47例HCMV DNA阳性无症状感染者尿标本,采用聚合酶链反应（PCR）扩增UL146基因全序列,阳性扩增产物测序后,运用生物信息学软件... 详细信息

目的研究人巨细胞病毒（human cytomegalovirus,HCMV）UL146基因序列在无症状性感染者中的多态性.方法采集47例HCMV DNA阳性无症状感染者尿标本,采用聚合酶链反应（PCR）扩增UL146基因全序列,阳性扩增产物测序后,运用生物信息学软件进行序列特征分析.结果 47例无症状HCMV感染者尿沉渣标本中,17例标本UL146基因扩增阳性.序列分析显示：无症状HCMV感染者UL146基因核苷酸变异率为0～42.5％,氨基酸变异率为0～67.7％,突变遍布整个基因;与Towne株相比,其信号肽序列（signal sequence）及羧基末端（C-terminal）变异较大;种系进化树分析显示,17例无症状HCMV感染者UL146基因分布在G1、G8、G9和G11四个型别中,未见其他基因型.分析翻译后修饰位点显示,四个型别修饰方式差异较大,但其重要功能区ELRCXC趋化因子区呈现高度保守性.二级结构预测提示,其活性蛋白均以无规卷曲居多,四个型别等电点和分子量大小不尽相同.结论 HCMV无症状性感染者UL146基因在核苷酸序列和氨基酸结构层面均高度变异,但重要功能区高度保守,其基因型于无症状性感染者中的分布,与既往显性感染的研究结果不存在明显差异,但以G1、G8、G9、G11四个型别为主.

关键词：人巨细胞病毒(HCMV) 无症状性感染 ULl46 多态性

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抗人B7-H4嵌合抗体的制备及鉴定

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中国免疫学杂志 2022年第22期38卷 2763-2769页

作者：范振军张文婷张丽张俊爱赵祖国徐军发(指导) 广东医科大学医学技术学院检验医学研究所东莞523808 广东医科大学基础医学院微生物学和免疫学教研室东莞523808

目的:制备抗人B7-H4嵌合单克隆抗体(mAb),并对其生物学功能进行初步鉴定。方法:从杂交瘤细胞株扩增抗人B7-H4可变区基因序列;构建表达人鼠嵌合抗体的表达载体,并转染CHO-K1细胞构建稳定表达抗B7-H4嵌合抗体的CHO-K1细胞株;SDS-PAGE检测... 详细信息

目的:制备抗人B7-H4嵌合单克隆抗体(mAb),并对其生物学功能进行初步鉴定。方法:从杂交瘤细胞株扩增抗人B7-H4可变区基因序列;构建表达人鼠嵌合抗体的表达载体,并转染CHO-K1细胞构建稳定表达抗B7-H4嵌合抗体的CHO-K1细胞株;SDS-PAGE检测mAb纯度;ELISA测定mAb效价;SPR测定mAb的亲和力;BCA法检测mAb浓度;CCK-8法检测T细胞增殖情况;ELISA和Western blot确定mAb结合表位范围;使用Discovery Studio软件对单抗表位进行分析。结果:从杂交瘤细胞成功扩增出抗体可变区基因,筛选出稳定表达嵌合抗体的CHO-K1细胞株;细胞培养上清中mAB浓度为1.82 mg/ml,ELISA有效效价为1.97×10^(5)左右,亲和力为3.72×10^(-9)kD;CCK-8结果表明嵌合单抗可以阻断B7-H4-Fc分子对T细胞增殖的抑制作用;表位分析结果表明嵌合mAb主要以氢键和疏水作用与B7-H4 IgC域结合。结论:本研究成功制备了抗B7-H4的人鼠嵌合单抗,可在体外有效地阻断B7-H4-Fc对T细胞增殖抑制作用并为B7-H4抗体药物研发提供了前期基础。

关键词： B7-H4 嵌合抗体抗体表位 T细胞增殖

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人巨细胞病毒临床株UL133基因序列遗传变异分析

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中国病原生物学杂志 2016年第7期11卷 584-589,595页

作者：郭刚强叶思思杨敏叶璐璐林刻智李宝青张丽芳薛向阳温州医科大学微生物学和免疫学教研室浙江温州325035 温州医科大学第二临床医学院浙江温州325035 温州医科大学基础医学实验中心浙江温州325035 温州医科大学附属第二医院检验科浙江温州325000

目的研究人巨细胞病毒（HCMV）临床感染株的UL133基因序列特征。方法采集HCMV-DNA阳性者的临床标本,PCR扩增UL133基因全序列,阳性扩增产物克隆到pEASYTM载体后进行序列测定,结合来自于NCBI数据库的15条序列进行UL133基因多态性分析。结... 详细信息

目的研究人巨细胞病毒（HCMV）临床感染株的UL133基因序列特征。方法采集HCMV-DNA阳性者的临床标本,PCR扩增UL133基因全序列,阳性扩增产物克隆到pEASYTM载体后进行序列测定,结合来自于NCBI数据库的15条序列进行UL133基因多态性分析。结果获得20例HCMV感染者的UL133全长序列。多态性分析显示HCMV临床株UL133基因核苷酸变异率为0～9.7%,氨基酸变异率为0～40.2%;不同感染者UL133序列5＇端的第32-45位发生了相对集中的非同义突变,其他部分序列较少出现氨基酸缺失及错义突变。其中1例临床感染者UL133序列在163-166位核苷酸出现移码突变。综合NCBI数据库的15株序列分析显示,UL133序列分为G1、G2、G3、G4、G5、G6等6个型,但未发现基因型与HCMV感染的临床表现具有显著关联性。编码蛋白翻译后修饰位点包括酪蛋白激酶磷酸化位点（CKP）,蛋白激酶C位点（PKC）以及NLS_BP核定位信号（NLS_BP）。与Toledo株相比,有1株发生移码突变,其他临床株UL133基因编码产物翻译后修饰位点相对保守。结论 HCMV UL133基因核苷酸序列及其编码的氨基酸序列高度保守,但仍具有一定的多态性。这种多态性与HCMV感染临床症状的关系尚待进一步研究。

关键词：人巨细胞病毒 UL133基因多态性

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UVC诱导CD4^+T细胞表面CRT分子表达的动力学特征

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免疫学杂志 2018年第10期34卷 875-879,885页

作者：沈晨芳薛向阳江明华周海霞温州医科大学第二临床医学院 325035 温州医科大学基础医学院微生物和免疫学教研室 325035 温州医科大学附属第二医院检验科 325027 温州医科大学附属第二医院血液科 325027

目的探讨UVC处理后CD4^+T淋巴细胞表面钙网蛋白(calreticulin,CRT)的分子动力学特征。方法应用免疫磁珠分选技术分选得到人外周血CD4^+T淋巴细胞,采用流式、细胞免疫荧光等方法检测UVC处理后CD4^+T淋巴细胞表面CRT的分子动力学改变,并... 详细信息

目的探讨UVC处理后CD4^+T淋巴细胞表面钙网蛋白(calreticulin,CRT)的分子动力学特征。方法应用免疫磁珠分选技术分选得到人外周血CD4^+T淋巴细胞,采用流式、细胞免疫荧光等方法检测UVC处理后CD4^+T淋巴细胞表面CRT的分子动力学改变,并分析植物血球凝集素(phytohaemagglutinin,PHA)处理后对CD4^+T淋巴细胞表面CRT的分子动力学的影响。结果1)活化的CD4^+T淋巴细胞经UVC处理后细胞表面出现CRT的暴露,并且随着UVC处理时间的延长,CRT的暴露也随之增多。2)经UVC处理后的CD4^+T淋巴细胞出现细胞凋亡现象,且UVC诱导的CRT暴露早于凋亡过程中的磷脂酰丝氨酸的外翻。3)还发现经PHA刺激活化的CD4^+T细胞相对于未活化的细胞而言细胞表面CRT的暴露量更多。结论 UVC处理使CD4^+T淋巴细胞表面出现CRT分子动力学改变的一系类特征为将来进一步研究经UVC灭活后的CD4^+T淋巴细胞诱导机体产生免疫原性反应(T细胞疫苗)的机制提供了一定的理论基础。

关键词： CD4^+T细胞钙网蛋白 UVC

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系统性红斑狼疮患者外周血人巨细胞病毒感染状态分析及意义

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中华风湿病学杂志 2014年第3期18卷 199-202页

作者：陈静熊江彪叶文静朱小春章慧娣张丽芳薛向阳温州医科大学附属第一医院风湿免疫科 325000 温州医科大学附属第一医院肾内科 325000 温州医科大学分子病毒与免疫学研究所基础医学院微生物和免疫学教研室

目的检测SLE患者外周血人巨细胞病毒（HCMV）的感染状况，探讨HCMV感染在SLE发病中的作用。方法采集并抽提60例已确诊的SLE患者和111名健康人外周血白细胞DNA，利用巢式PCR技术检测HCMV糖蛋白gB（UL55）基因以确定HCMV感染情况。应用2... 详细信息

目的检测SLE患者外周血人巨细胞病毒（HCMV）的感染状况，探讨HCMV感染在SLE发病中的作用。方法采集并抽提60例已确诊的SLE患者和111名健康人外周血白细胞DNA，利用巢式PCR技术检测HCMV糖蛋白gB（UL55）基因以确定HCMV感染情况。应用2个独立样本t检验、非参数检验、χ2检验及Fisher确切概率法统计分析。结果琼脂糖凝胶电泳及测序显示建立的巢式PCR能特异地检测***55基因，SLE患者外周血中HCMV检出率明显高于对照组[分别为41．7％（25／60）和1．8％（2／111），χ2=46．551，P〈0．01]。与外周血HCMV阴性组SLE患者相比，HCMV阳性组SLE患者抗核糖体P蛋白抗体（Rib．P）阳性率[分别为26％（9／35），56％（14／25），χ2=5．659，P=0．017]、直接Coomb’s试验阳性率[分别为37％（13／35），72％（18／25），χ2=7．096，P=-0．008]及抗β2糖蛋白1（GP1）抗体水平[分别为21．3（9．9，51．8）U/ml，13．6（5．9，23．1）U／ml；U=2．017，P=0．044]明显升高，血液系统相关指标中的红细胞[分别为（3．65±0．10）×10^12／L，（3．17±0．17）×10^12／L；t=2．574，P=0．013]、淋巴细胞[分别为（1．37±0．14）×10^12／L，（0．90±0．13）×10^12；t=2．456，P=0．017]、血红蛋白[分别为（110±19）g／L，（98±5）g／L；t=2．034，P=0．048]明显减少；肾损害相关指标中的血尿阳性率[分别为40％（14／35），72％（18／25）；χ2=6．000，P=0．014]、尿蛋白定量（24h）水平[分别为0．80（0．53，2．37）g，0．48（0．13，1．21）g；U=2．140，P=0．032]明显上升。结论外周血细胞HCMV感染可能参与SLE发生、发展过程。

关键词：红斑狼疮,系统性巨细胞病毒聚合酶链反应

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一种新型抗体替代品——亲和体的研究进展

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国际生物制品学杂志 2022年第5期45卷 272-276页

作者：杨佳周璐琪(综述) 张丽芳朱珊丽(审校) 温州医科大学基础医学院微生物学与免疫学教研室温州325000

作为抗体的一种新型替代品,亲和体不仅以高亲和力与靶蛋白特异性结合,同时又具备相对分子质量小(~6500)、穿透性强、免疫原性弱和制备过程简单等诸多特性。因此,亲和体在肿瘤靶向治疗、体内成像诊断和生物技术应用等方面具有更突出的优... 详细信息

作为抗体的一种新型替代品,亲和体不仅以高亲和力与靶蛋白特异性结合,同时又具备相对分子质量小(~6500)、穿透性强、免疫原性弱和制备过程简单等诸多特性。因此,亲和体在肿瘤靶向治疗、体内成像诊断和生物技术应用等方面具有更突出的优势和可行性。此文对其特性和应用研究进展做一综述。

关键词：亲和体靶向治疗成像诊断生物技术

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