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结核病与胸部肿瘤 2015年第3期 198-202页

作者：李颖付育红原梅董玲玲黄海荣李卫民高基民温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室 325035 首都医科大学附属北京胸科医院北京市结核病胸部肿瘤研究所国家结核病临床实验室

目的探讨四川盆地（重庆、四川地区）流行的结核分枝杆菌（MTB）群体遗传学特征。方法对413株源自四川盆地的MTB进行长序列多态性（LSP）谱系鉴定，采用x^2检验分析不同谱系MTB在人群中的分布差异。对菌株进行15位点数目可变串联重复序... 详细信息

目的探讨四川盆地（重庆、四川地区）流行的结核分枝杆菌（MTB）群体遗传学特征。方法对413株源自四川盆地的MTB进行长序列多态性（LSP）谱系鉴定，采用x^2检验分析不同谱系MTB在人群中的分布差异。对菌株进行15位点数目可变串联重复序列基因分型，评价各位点的分辨力。构建N—J树分析其系统进化；构建最小跨度树以模拟群体菌株的遗传结构；采用分子方差分析不同谱系MTB的群体间遗传分化；采用贝叶斯模型计算菌株最近共祖年代。结果通过LSP可将413株MTB分为两大谱系，其中北京谱系占56．2％（232／413），欧美谱系占43．8％（181／413）。两谱系MTB在人群中的分布（性别、年龄、民族以及菌株耐药性）差异无统计学意义（P〉0．05）。北京谱系MTB的N-J树呈放射状分布，最小跨度树中有72．4％（168／232）的菌株被划分到同-“克隆复合群”；欧美谱系MTB的N—J树呈枝状分布，最小跨度树中呈现出多个“克隆复合群”。北京谱系MTB在该地区有显著的群体间遗传分化（Fst=0．01891，P〈0．05），而欧美谱系MTB群体间遗传分化不显著（Fst=0．00519，P〉0．05）。欧美谱系MTB中最大菌株复合群的最近共祖年代为723（95％CI：517～946）年。结论北京谱系和欧美谱系MTB在四川盆地以“互相对抗”形式流行；两谱系MTB的群体间遗传分化存在差异；欧美谱系MTB的侵入可能与一次历史事件（约720年前的战争）有关。

关键词：结核分枝杆菌长序列多态性欧美谱系群体遗传学

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结核分枝杆菌单核苷酸多态性特征的分析

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疾病监测 2017年第4期32卷 332-336页

作者：陈海霞贾俊楠李卫民高基民温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室浙江温州325035 首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室北京101149 北京市结核病胸部肿瘤研究所北京101149

目的通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(MTB)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供参考依据。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)和欧洲核酸数据库(ENA)中共下载来自全球2 372株MTB全基因组序列,原始数据按照质... 详细信息

目的通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(MTB)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供参考依据。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)和欧洲核酸数据库(ENA)中共下载来自全球2 372株MTB全基因组序列,原始数据按照质控要求去除冗余,BWA v 0.7.12软件将菌株的测序文件回帖到结核杆菌参考基因组H37Rv上;SAMtools v 1.3、Picard v 1.112、Varscan筛选SNPs位点以及去除非特异性SNP位点;采用最大似然法软件RAxML v 8.2.8构建系统进化树;Genepop v 4.5.1软件计算每个SNP位点的遗传分化系数(Fst);SnpEff v 4.3c软件注释。结果初步筛选得到107 654个SNP位点,构建的系统进化树将2 347株MTB明确地划分为7个谱系以及69个亚谱系。优化后得到285个谱系定义的SNP位点,将2 347株MTB准确划分为7个分支及67个亚谱系。结论本研究通过基因组序列分析发现一批基于系统进化的SNP位点,而且基于系统进化285个SNP位点不仅可以用于系统发育及进化相关分析,同时也能够作为基因分型技术靶标,用于结核病分子流行病学。

关键词：结核分枝杆菌单核苷酸多态性基因分型系统进化

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四对结核分枝杆菌毒素-抗毒素系统基因功能的初步研究

四对结核分枝杆菌毒素-抗毒素系统基因功能的初步研究

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中华医学会结核病学分会2017年全国结核病学术大会

作者：李卫民刘静仪贾俊楠张俊杰高基民首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室北京师范大学生命科学学院教育部细胞增殖及调控生物学重点实验室

目的探讨结核分枝杆菌毒素-抗毒素(toxin-antitoxin,TA)系统中4对基因的功能,为研究结核分枝杆菌的传播机制提供基础科学数据。方法选取结核分枝杆菌TA系统VapBC家族中4对基因,包括VapC4个毒素基因(Rv1720c、Rv2103c、Rv2494和Rv3408)和... 详细信息

目的探讨结核分枝杆菌毒素-抗毒素(toxin-antitoxin,TA)系统中4对基因的功能,为研究结核分枝杆菌的传播机制提供基础科学数据。方法选取结核分枝杆菌TA系统VapBC家族中4对基因,包括VapC4个毒素基因(Rv1720c、Rv2103c、Rv2494和Rv3408)和VapB4个抗毒素基因(Rv1721c、Rv2104c、Rv2493、Rv3407),在大肠杆菌和耻垢分枝杆菌中分别构建严谨型阿拉伯糖诱导质粒体系及乙酰胺诱导穿梭质粒体系观察VapC对细菌生长的抑制作用,及其对应的VapB解除抑制作用。结果在大肠杆菌和耻垢分枝杆菌的实验结果一致,Rv2103c具有一定抑制作用和Rv2104c具有消除抑制作用,其余3对毒素-抗毒素基因未见到明显的对细菌生长的抑制和消除抑制的作用。结论成功构建了VapBC家族在大肠杆菌及耻垢分枝杆菌中的表达体系,并发现了一对TA系统基因对细菌生长的抑制和消除抑制的作用。

关键词：结核分枝杆菌毒素-抗毒素系统 VapBC家族

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四川盆地结核分枝杆菌群体遗传学特征的研究

四川盆地结核分枝杆菌群体遗传学特征的研究

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中国防痨协会2016年全国学术大会

作者：李卫民李颖付育红原梅董玲玲黄海荣高基民 101149 首都医科大学附属北京胸科医院北京市结核病胸部肿瘤研究所国家结核病临床实验室温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室

目的:探讨在中国四川盆地流行的结核分枝杆菌群体遗传学特征. 方法:对收集自四川盆地(重庆和四川地区)的413株Mtb行长序列多态性(LSP)谱系鉴定;采用x2检验分析不同谱系Mtb在人群中的分布差异.对上述菌株行15位点数目可变串联重复序列... 详细信息

目的:探讨在中国四川盆地流行的结核分枝杆菌群体遗传学特征. 方法:对收集自四川盆地(重庆和四川地区)的413株Mtb行长序列多态性(LSP)谱系鉴定;采用x2检验分析不同谱系Mtb在人群中的分布差异.对上述菌株行15位点数目可变串联重复序列(VNTR)基因分型,评价各位点的分辨力.构建N-J树分析其系统进化;构建最小跨度树以模拟群体菌株的遗传结构;采用分子方差分析该地区不同谱系菌株的遗传分化;采用贝叶斯模型计算最近共祖年代. 结果:通过LSP可将413株Mtb菌株分为两大谱系,其中北京谱系占56.2％(232/413);欧美谱系占43.8％(181/413).两谱系Mtb在人群中的分布(性别、年龄、民族及耐药性)差异无统计学意义(P＞0.05).北京谱系Mtb的N-J树呈放射状分布,最小跨度树中有72.4％(168/232)的菌株被划分到同一"克隆复合群".欧美谱系Mtb的N-J树呈枝状分布,最小跨度树中呈现出多个"克隆复合群".北京谱系Mtb在重庆和四川两地区间有显著的遗传分化(FST=0.01891,P＜0.05),而欧美谱系Mtb遗传分化不显著(FST=0.00519,P＞0.05).欧美谱系Mtb中最大克隆复合群(共71株)的最近共祖年代为723年(95％CI:517～946年). 结论:北京谱系和欧美谱系Mtb在四川盆地以"互相对抗"形式流行;两谱系Mtb遗传分化存在差异;欧美谱系Mtb的侵入可能与一次历史事件(约720年前的一次战争)有关.

关键词：结核分枝杆菌长序列多态性群体遗传学地区差异

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四川盆地结核分枝杆菌群体遗传学特征的研究

四川盆地结核分枝杆菌群体遗传学特征的研究

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首届京津冀临床流行病学和循证医学协同发展促进会暨2016北京医学会临床流行病学和循证医学分会第二届学术年会

作者：李卫民李颖付育红原梅董玲玲黄海荣高基民首都医科大学附属北京胸科医院北京市结核病胸部肿瘤研究所国家结核病临床实验室温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室

探讨在中国四川盆地流行的结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)群体遗传学特征.结果表明北京谱系和欧美谱系MTB在四川盆地以“互相对抗”形式流行;两谱系MTB遗传分化存在差异;欧美谱系MTB的侵入可能与一次历史事件(约720年前... 详细信息

探讨在中国四川盆地流行的结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)群体遗传学特征.结果表明北京谱系和欧美谱系MTB在四川盆地以“互相对抗”形式流行;两谱系MTB遗传分化存在差异;欧美谱系MTB的侵入可能与一次历史事件(约720年前的一次战争)有关。

关键词：结核分枝杆菌群体遗传学北京谱系欧美谱系

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分析结核分枝杆菌单核苷酸多态性特征

分析结核分枝杆菌单核苷酸多态性特征

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中华医学会结核病学分会2017年全国结核病学术大会

作者：李卫民陈海霞贾俊楠高基民首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室北京101149 北京市结核病胸部肿瘤研究所北京101149 温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室浙江温州 325035

目的：通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(***)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供科学依据.方法：从National Center for Biotechnology Information(NCBI)和European Nucleotide Archive(ENA)数据库中一共下载... 详细信息

目的：通过全基因组序列分析结核分枝杆菌(***)单核苷酸多态性(SNP)特征,为结核病的预防、控制及治疗提供科学依据.方法：从National Center for Biotechnology Information(NCBI)和European Nucleotide Archive(ENA)数据库中一共下载来自全球2372株结核分枝杆菌全基因组序列,原始数据(Raw data)按照质控要求去除冗余,BWA v 0.7.12软件将菌株的测序文件回帖到结核杆菌参考基因组H37Rv上;SAMtools v 1.3、Picard v 1.112、Varscan筛选SNPs位点以及去除非特异性SNP位点;采用最大似然法软件RAxMLv 8.2.8构建系统进化树;软件Genepop v 4.5.1计算每个SNP位点的遗传分化系数(Fst);软件SnpEff v 4.3c注释.

关键词：结核分枝杆菌 SNP 基因分型系统进化

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评估可变数目串联重复序列VNTR位点分辨力的研究:针对中国流行的结核分枝杆菌

评估可变数目串联重复序列VNTR位点分辨力的研究:针对中国流行的...

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中华医学会结核病学分会2017年全国结核病学术大会

作者：李卫民陈海霞刘静仪张治国原梅贾俊楠孙照刚黄海荣蔡超高基民首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室北京市结核病胸部肿瘤研究所参比室温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室北京市结核病胸部肿瘤研究所参比室北京市昌平区结核病防治所检验科运城市急救中心检验科温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室

目的：在规范化的结核分枝杆菌数目可变串联重复序列多态性(15-VNTR)基因分型的基础上，构建涵盖我国31个省的VNTR数据库，每个省份优化出一套(VNTR)位点组合，为我国结核病预防控制提供科学依据。方法：对2007-2008年全国结核病耐药性... 详细信息

目的：在规范化的结核分枝杆菌数目可变串联重复序列多态性(15-VNTR)基因分型的基础上，构建涵盖我国31个省的VNTR数据库，每个省份优化出一套(VNTR)位点组合，为我国结核病预防控制提供科学依据。方法：对2007-2008年全国结核病耐药性基线调查的结核分枝杆菌4116株行15位点VNTR(15-VNTR)基因分型。采用分辨率指数(Hunter-Gaston Index(HGI))分析每个位点的分辨率。

关键词：分枝杆菌,结核 VNTR 基因分型 Hunter-Gaston Index 成簇率

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不同可变数目串联重复序列组合对中国流行结核分枝杆菌分辨力的评价研究

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结核病与胸部肿瘤 2017年第3期 173-178页

作者：陈海霞蔡超刘静仪张治国原梅贾俊楠孙照刚黄海荣高基民李卫民温州医科大学检验医学院生命科学学院、浙江省模式生物技术与应用重点实验室 325035 北京市结核病胸部肿瘤研究所、北京市结核病耐药重点实验室 101149 北京首都医科大学附属北京胸科医院、国家结核病临床实验室 101149 北京市昌平区结核病防治所检验科 102200 山西省运城市急救中心检验科 044000 北京首都医科大学公共卫生学院临床流行病学、北京市重点实验室 100069

目的在规范化的结核分枝杆菌（Mycobacteriumtuberculosis，MTB）可变数目串联重复序列（variablenumberoftandemrepeats，VNTR）基因分型的基础上，构建我国31个省（自治区、直辖市）VNTR数据库，每个省优化一套VNTR位点组合，为我国... 详细信息

目的在规范化的结核分枝杆菌（Mycobacteriumtuberculosis，MTB）可变数目串联重复序列（variablenumberoftandemrepeats，VNTR）基因分型的基础上，构建我国31个省（自治区、直辖市）VNTR数据库，每个省优化一套VNTR位点组合，为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据。方法对2007—2008年全国结核病耐药性基线调查的4116株MTBl5位点VNTR（15-VNTR）基因分型。汉高指数（Hunter-GastonIndex，HGI）分析每个位点的分辨率。依据谱系流行特征，以分辨率高和稳定性强为原则，为各省设计一套VNTR优化组合（***、***、8-VNTR和5-VNTR），采用HGI和成簇率进行评价。结果完成了涵盖率为96．36％（3966／4116）MTB完整15-VNTR图谱。发现QUB11b、MIRU26等7个高分辨率位点；QUB26、MIRU16、Mtub21、QUB11b在部分地区遗传稳定性差。内蒙古自治区、重庆市、黑龙江省的最优组合为***，其他各省的最佳组合为8-VNTR。结论VNTR数据库的建立将推动全国范围MTB传染源的追踪；各省优化VNTR组合的推出有助于当地结核病疫情的监测和群体遗传学的研究。

关键词：结核分枝杆菌可变数目串联重复序列基因分型分辨率成簇率

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不同可变数目串联重复序列组合对中国流行结核分枝杆菌分辨力的评价研究

不同可变数目串联重复序列组合对中国流行结核分枝杆菌分辨力的评...

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中国防痨协会第32届全国学术大会暨首届中国防痨科技奖颁奖大会

作者：陈海霞刘静仪张治国原梅贾俊楠孙照刚黄海荣蔡超高基民李卫民温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室首都医科大学附属北京胸科医院国家结核病临床实验室北京市昌平区结核病防治所检验科运城市急救中心检验科北京市结核病胸部肿瘤研究所北京市结核病耐药重点实验室

目的在规范化的结核分枝杆菌数目可变串联重复序列多态性(15-VNTR)基因分型的基础上,构建涵盖我国31个省的VNTR数据库,每个省份优化出一套(VNTR)位点组合,为我国结核病预防控制提供科学依据。方法对2007—2008年全国结核病耐药性基线调... 详细信息

目的在规范化的结核分枝杆菌数目可变串联重复序列多态性(15-VNTR)基因分型的基础上,构建涵盖我国31个省的VNTR数据库,每个省份优化出一套(VNTR)位点组合,为我国结核病预防控制提供科学依据。方法对2007—2008年全国结核病耐药性基线调查的结核分枝杆菌4116株行第15位点VNTR(15-VNTR)基因分型。采用分辨率指数(Hunter-Gaston Index,HGI)分析每个位点的分辨率。据此,依据谱系流行特征,以分辨率高和稳定性强为原则,为31个省设计一套12-VNTR、10-VNTR、8-VNTR、5-VNTR组合并加以评价。结果完成了3966株结核分枝杆菌完整的15-VNTR图谱,涵盖率为96.36%(3966/4116)。通过各个位点HGI的中值比较发现,Qub-11b、MIRU 26、Mtub21、Mtub04、QuB 26、MIRU31、MIRU10属于高分辨率位点;Qub26、MIRU16、Mtub21、Qub-11b在部分地区呈现较差遗传稳定性。内蒙古,重庆,黑龙江地区的最优组合为10-VNTR,其他地区用8-VNTR作为最优组合。结论该数据库的建立,推动了结核分枝杆菌传染源全国范围的追踪和簇调查;一系列优化VNTR组合的推出助推各省通过分析成簇率实现当地疫情的监测和进行群体遗传学的研究。

关键词：分枝杆菌,结核 VNTR 基因分型 Hunter-Gaston Index 成簇率

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北京市昌平区肺结核发病数ARIMA模型预测

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疾病监测 2015年第12期30卷 1045-1049页

作者：原梅张治国豆智慧王路钦张峣李卫民高基民温州医科大学检验医学院生命科学学院浙江省模式生物技术与应用重点实验室浙江温州325035 北京市昌平区结核病防治所北京102200 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心北京100050 首都医科大学附属北京胸科医院北京市结核病胸部肿瘤研究所国家结核病临床实验室北京101149

目的探讨自回归滑动平均混合模型(autoregressive integrated moving average model,ARIMA)模型在北京市昌平区肺结核发病数预测中的应用,阐述建模过程并预测2015年昌平区肺结核发病数,为制定防治策略合理配置资源等提供参考。方法采用... 详细信息

目的探讨自回归滑动平均混合模型(autoregressive integrated moving average model,ARIMA)模型在北京市昌平区肺结核发病数预测中的应用,阐述建模过程并预测2015年昌平区肺结核发病数,为制定防治策略合理配置资源等提供参考。方法采用全国结核病网络专报系统中2009 2014年现住址为北京市昌平区的肺结核报告发病数数据,通过模型识别、参数估计、检验诊断及模型评价,建立昌平区结核病发病数的ARIMA模型,并预测其2015年肺结核发病数。结果现住址为昌平区的肺结核发病数预测模型为ARIMA(0,1,1)(0,1,1)12,预测2015年的新发报告肺结核患者总数为851例,模型2015年第一、二季度(1 6月)预测误差率为1.65%,不到10%,模型预测精度较好。结论 ARIMA模型适用于昌平区肺结核发病数的早期预测。

关键词： ARIMA模型结核病发病数预测

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