目的:探讨芳香烃受体(aryl hydrocarbon receptor,AhR)基因表达与弥漫大B细胞淋巴瘤(Diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)患者临床病理特征及预后的关系。方法:利用GTEx、TCGA及GEO数据集分析正常人及DLBCL患者AhR mRNA水平,免疫组化...
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目的:探讨芳香烃受体(aryl hydrocarbon receptor,AhR)基因表达与弥漫大B细胞淋巴瘤(Diffuse large B cell lymphoma,DLBCL)患者临床病理特征及预后的关系。方法:利用GTEx、TCGA及GEO数据集分析正常人及DLBCL患者AhR mRNA水平,免疫组化检测组织芯片AhR蛋白水平,分析AhR基因表达与DLBCL患者临床病理特征相关性及患者生存预后相关性,GSEA法预测AhR调控基因及潜在相关通路。结果:AhR在DLBCL中高表达(P<0.05)。AhR mRNA水平在非生发中心型(non-germinal center B-cell-like lymphoma,non-GCB)淋巴瘤患者中显著高于生发中心型(germinal center B-cell-like lymphoma,GCB)患者(P<0.05),AhR mRNA表达水平与DLBCL患者其他指标无显著相关性,包括远期生存率,AhR不是DLBCL患者的独立预后因素。高表达AhR组富集于TCA循环、过氧化氢酶体,以及缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解,低表达组富集于氧化磷酸化等代谢信号通路。结论:AhR高表达与non-GCB显著相关而与其他临床相关病理指标及预后无显著相关,AhR可能在DLBCL发生过程中发挥作用,与淋巴细胞物质和能量代谢有关。
目的:应用生物信息学方法对哮喘患者上气道基因表达谱芯片进行分析,进一步探讨其可能的发病机制。方法:从GEO(Gene expressionomnibus)数据库下载哮喘表达谱的芯片数据(GSE41861),利用R语言Limma软件包筛选哮喘患者与非哮喘患者鼻黏膜的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对差异基因作基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。利用STRING在线数据库进行蛋白-蛋白相互作用(protein protein interaction,PPI)分析,并用Cytoscape软件及其插件NetworkAnalyzer进行可视化,寻找关键(Hub)基因。结果:共筛选出118个差异基因,其中包括93个上调基因和25个下调基因。对差异基因进行生物信息学分析,上调DEGs主要参与唾液分泌相关通路和结核相关通路,下调DEGs主要参与TGF-β相关信号通路。蛋白网络分析筛选出CDC5L、AR和ACTR23个degree得分>10的关键基因。结论:CDC5L、AR、ACTR2可能在哮喘的发生发展中起着重要作用,为研究哮喘的发病机制提供了新的策略。
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