检索结果-内蒙古大学图书馆

分子植物育种 2024年

作者：游磊石宪铭郑兰兰罗湘胤叶峥秀张泽志李琛张勇洪湖北医药学院基础医学院药用植物实验室湖北医药学院生物医药研究院武当特色中药研究湖北省重点实验室十堰市农业科学院

基于流式细胞术和基因组调研分析(K-mer分析)测定药用活血丹(Glechoma longituba)基因组大小及序列特征，更好地开发活血丹的基因组遗传资源。利用流式细胞术估测的活血丹基因组大小约为530 Mb。利用Illumina测序平台获取43.21 Gb高质... 详细信息

基于流式细胞术和基因组调研分析(K-mer分析)测定药用活血丹(Glechoma longituba)基因组大小及序列特征，更好地开发活血丹的基因组遗传资源。利用流式细胞术估测的活血丹基因组大小约为530 Mb。利用Illumina测序平台获取43.21 Gb高质量的数据，平均测序深度为66 ×，估算活血丹的基因组大小为595.19 Mb，基因组杂合度为0.62%，基因组的GC含量为38.29%，重复序列比例为55.4%。流式细胞术和K-mer分析法估测的基因组大小相接近。NT数据库比对结果显示，在已公布序列信息的物种之中，活血丹与自身的reads数匹配率最高(23.64%)，次之是一串红(Salvia splendens， 7.24%)、西班牙鼠尾草(Salvia hispanica， 6.70%)、丹参(Salvia miltiorrhiza， 3.32%)等鼠尾草属植物。活血丹基因组序列特征是较高的杂合度以及重复序列比例，可能需要结合第二代和第三代测序技术来完成活血丹的基因组组装。本研究为开展活血丹基因组测序、分子遗传等研究提供了必要理论基础。

关键词：活血丹流式细胞术基因组调研基因组大小药用植物

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联合流式细胞术和K-mer分析法测定半蒴苣苔基因组大小

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分子植物育种 2024年

作者：石宪铭张泽志叶峥秀罗湘胤常堃张勇洪李琛游磊郑兰兰湖北医药学院基础医学院药用植物实验室湖北医药学院生物医药研究院武当特色中药研究湖北省重点实验室十堰市农业科学院

运用流式细胞术和基因组调研分析(K-mer分析)，测定药用半蒴苣苔(Hemiboea subcapitata)基因组大小及序列特征，有利于开发该物种的基因组遗传资源。结果显示流式细胞术估测的半蒴苣苔基因组大小约为750 Mb。通过提取半蒴苣苔基因组DNA... 详细信息

运用流式细胞术和基因组调研分析(K-mer分析)，测定药用半蒴苣苔(Hemiboea subcapitata)基因组大小及序列特征，有利于开发该物种的基因组遗传资源。结果显示流式细胞术估测的半蒴苣苔基因组大小约为750 Mb。通过提取半蒴苣苔基因组DNA，测序获取71.58 Gb高质量的数据，K-mer分析估测半蒴苣苔的基因组大小为866.5 Mb，基因组GC含量为38.43%，杂合度为0.98%，重复序列比例为52.6%。流式细胞术和K-mer分析估测的基因组大小相差116.5 Mb。与NT数据库比对，发现在已公布序列信息的物种之中，与半蒴苣苔近缘的植物物种按相似度依次是大花糯米条(Abelia×grandiflora， 9.73%)，次之是单座苣苔(Hemiboea ovalifolia， 6.59%)和弥勒苣苔(Oreocharis mileensis， 6.81%)。本研究结果确定半蒴苣苔基因组特征是高杂合度与高重复度，为开展半蒴苣苔资源保护、分子遗传和品种选育等工作提供了必要基础。

关键词：半蒴苣苔流式细胞术基因组大小 K-mer基因组调研药用植物

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药用植物益智的基因组调研及SSR分子标记开发

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分子植物育种 2022年第20期20卷 6818-6823页

作者：何志凯耿平美惠张勇洪姚淞元张旭东湖北医药学院基础医学院药用植物实验室十堰442000 湖北医药学院生物医药研究院武当特色中药研究湖北省重点实验室十堰442000 湖北医药学院实验动物中心十堰442000

益智是中国著名的“四大南药”之一,也是海南省道地药材。本研究以Illumina高通量测序技术为基础,通过益智样品的基因组DNA构建350 bp文库,采用Kmer分析方法分析益智基因组大小、重复序列比例和杂合率;采用MISA方法分析可能的SSR分子标... 详细信息

益智是中国著名的“四大南药”之一,也是海南省道地药材。本研究以Illumina高通量测序技术为基础,通过益智样品的基因组DNA构建350 bp文库,采用Kmer分析方法分析益智基因组大小、重复序列比例和杂合率;采用MISA方法分析可能的SSR分子标记;利用与NT库(Nucleotide Database)进行BLAST比对,分析益智物种多样性。结果显示:益智的基因组大小为2.06 Gb,重复序列比例为77.94%,基因组杂合度为0.38%;在基因组序列中,进行SSR分子标记分析,共鉴定出了409474个SSR,其中,单、双、三核苷酸重复模体的比例较高,分别占比68.16%、19.66%、10.68%;为分析益智的物种多样性,在测序构建的350 bp小文库中,任意筛选10000条单端reads与NCBI核酸数据库比对,发现在已公布的序列信息的物种中,小豆蔻(Elettaria cardamomum)和艳山姜(Alpinia zerumbet)上的reads匹配率较高,分别占比15.96%和10.44%。该研究表明,南药益智的基因组属于大基因组,高重复的复杂基因组结构特征;同时,也为益智的资源保护和遗传多样性分析及品种选育提供了遗传信息支撑。

关键词：高通量测序益智基因组调研遗传信息

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基于ImageJ的药用植物黄精染色体核型分析

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湖北农业科学 2025年第4期64卷 24-30页

作者：游磊朱哲慧石宪铭张泽志郑兰兰张勇洪湖北医药学院基础医学院湖北十堰442000 湖北医药学院生物医药研究院/武当特色中药研究湖北省重点实验室/药用植物及进化遗传学十堰市重点实验室湖北十堰442000 十堰市农业科学院湖北十堰442000

以药用植物黄精(Polygonatum sibiricum)为例,建立基于开源的图像处理软件ImageJ的植物染色体核型分析方法和工作流程。打开ImageJ软件并加载Stowers插件包和LEVAN插件,将已获取的黄精中期染色体显微图像经过图片预处理、染色体轮廓选... 详细信息

以药用植物黄精(Polygonatum sibiricum)为例,建立基于开源的图像处理软件ImageJ的植物染色体核型分析方法和工作流程。打开ImageJ软件并加载Stowers插件包和LEVAN插件,将已获取的黄精中期染色体显微图像经过图片预处理、染色体轮廓选定、染色体轮廓分割及去杂、染色体裁切等步骤后,获取染色体形态数据。使用Photoshop软件进行核型图排布,使用Excel软件绘制核型模式图。结果表明,依据Levan核型分类标准,黄精染色体核型公式为2n=24=4m+10sm+10st,核型不对称系数为72.11%,核型属于3B型。该方法提出了针对核型图像中染色体接触或重叠的解决策略,具有开源免费、操作流程清晰、交互准确的优点。

关键词：黄精(Polygonatum sibiricum) ImageJ 药用植物染色体核型分析

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虎杖RGF多肽的系统进化分析及其在根发育中的功能研究

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世界科学技术-中医药现代化 2022年第7期24卷 2684-2694页

作者：郑兰兰李彤晖肖潇罗湘胤张勇洪甄伟波孟昆刘娟王国栋李琛湖北医药学院基础医学院药用植物实验室/生物医药研究院/武当特色中药研究湖北省重点实验室十堰442000 河南大学作物逆境适应与改良国家重点实验室开封475001 湖北医药学院附属太和医院十堰442000 中国中医科学院中药资源中心北京100700 陕西师范大学生命科学学院/西北濒危药材资源开发国家工程实验室/药用资源与天然药物化学教育部重点实验室西安710119

目的鉴定与分析了虎杖中RGF多肽序列特征,阐明虎杖RGF多肽对植物根型的调控作用,为虎杖优形优质新品种奠定了理论研究基础。方法利用生物信息学的方法鉴定了虎杖RGF编码基因,并对其基序进行了比对、偏好性分析及系统进化分析。利用模式... 详细信息

目的鉴定与分析了虎杖中RGF多肽序列特征,阐明虎杖RGF多肽对植物根型的调控作用,为虎杖优形优质新品种奠定了理论研究基础。方法利用生物信息学的方法鉴定了虎杖RGF编码基因,并对其基序进行了比对、偏好性分析及系统进化分析。利用模式植物拟南芥根发育的体系,研究了虎杖PcRGF对根发育的影响。结果从虎杖基因组中鉴定出5个RGF基因(PcRGF1-5),系统进化分析表明PcRGF2-5与拟南芥AtRGF1、AtRGF4的亲缘关系较近,聚类为一族。PcRGF1与其他虎杖PcRGF较为分散,同拟南芥AtRGF9、AtRGF6的亲缘关系较近。与对照组相比,PcRGF2及PcRGF5影响根的重力反应,抑制了根的波浪(waving)表型。PcRGF4处理后主根长度相对于对照组显著增加,表明其促进根的生长。结论揭示了虎杖RGF家族的序列特征和系统进化关系,初步探究了虎杖PcRGF的生物学功能,发现虎杖PcRGF具备调控根发育的保守功能。

关键词：虎杖多肽激素根分生区生长因子根拟南芥

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基于Illumina高通量测序技术的草豆蔻基因组研究

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中草药 2020年第13期51卷 3530-3534页

作者：郑燕何志凯姚梦鹃郭云端陈曦荣涂梦薇张勇洪李琛湖北医药学院基础医学院药用植物实验室湖北十堰442000 湖北医药学院第一临床学院湖北十堰442000 湖北医药学院生物医药研究院武当特色中药研究湖北省重点实验室湖北十堰442000

目的对药食同源植物草豆蔻Alpinia katsumadai进行基因组调研分析,完善草豆蔻基因组遗传信息。方法研究采用Illumina高通量测序技术,基于K-mer分析手段来研究草豆蔻基因组的大小及杂合度,利用MISA方法分析可能的SSR分子标记。结果草豆... 详细信息

目的对药食同源植物草豆蔻Alpinia katsumadai进行基因组调研分析,完善草豆蔻基因组遗传信息。方法研究采用Illumina高通量测序技术,基于K-mer分析手段来研究草豆蔻基因组的大小及杂合度,利用MISA方法分析可能的SSR分子标记。结果草豆蔻的基因组大小为1.60 Gb,基因组杂合度为0.44%,重复序列比例为72.72%;在基因组序列中,进行SSR分子标记分析,共鉴定出了364 395个SSR,其中,单、双、三核苷酸重复模体的比例较高,分别占比64.25%、24.05%、10.31%;从测序得到的350 bp文库中,随机取10 000条单端reads,与NT库进行BLAST比对,发现草豆蔻的近缘物种艳山姜Alpinia zerumbet和小豆蔻Elettaria cardamomum上的reads数分别占比对上NT库reads数的12.89%和12.36%。结论通过对草豆蔻植物的基因组大小、杂合度调查及SSR分子标记分析表明,草豆蔻物种基因组属于高重复、大基因组的复杂基因组,这为草豆蔻的资源保护和遗传多样性分析及品种选育提供了遗传信息支撑。

关键词：高通量测序草豆蔻基因组大小杂合度简单重复序列

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