目的对DNMT1高表达食管上皮细胞相关LncRNA进行初步筛选和鉴定,为揭示疾病发病机制提供基础。方法通过Agilent Human LncRNA V5芯片检测DNMT1高表达细胞和正常人食管上皮细胞差异表达的LncRNA和mRNA(差异倍数≥2.0,P<0.05)。选取10...
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目的对DNMT1高表达食管上皮细胞相关LncRNA进行初步筛选和鉴定,为揭示疾病发病机制提供基础。方法通过Agilent Human LncRNA V5芯片检测DNMT1高表达细胞和正常人食管上皮细胞差异表达的LncRNA和mRNA(差异倍数≥2.0,P<0.05)。选取10种差异较大的LncRNA进行qRT-PCR验证。KEGG通路分析和GO功能注释分析差异表达的mRNA。经过KEEG分析后选取4条信号通路进行LncRNA-mRNA共表达网络分析。结果共筛选出6987个差异表达的LncRNA和7421个差异表达的mRNA。qRT-PCR验证筛选出的10个LncRNA,全部与芯片结果吻合。GO及Pathway显示差异表达的LncRNA和mRNA分别参与凝血、细胞外间隙和蛋白结合等生物学功能。LncRNA-mRNA共表达分析得到了参与p53信号通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞信号转导、PI3K-Akt信号通路以及自然杀伤细胞介导的细胞毒性的LncRNA。结论通过芯片分析发现了DNMT1高表达细胞和正常食管上皮细胞中LncRNA和mRNA的差异表达谱。差异表达的LncRNA和mRNA在p53、PI3K-Akt等信号通路中存在复杂的调控作用。
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