检索结果-内蒙古大学图书馆

生理学报 2025年第2期77卷 277-288页

作者：罗伊凌陈柳燕王耀彬周素芳广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室广西高校生物分子医学研究重点实验室

泛凋亡(PANoptosis)是一种由泛凋亡复合体调控的程序性细胞死亡，具有细胞焦亡、凋亡和(或)坏死性凋亡的关键特征。作为最复杂的程序性细胞死亡方式，泛凋亡涉及多种程序性细胞死亡之间的补偿作用，可以通过多种信号通路调节肿瘤细胞的... 详细信息

泛凋亡(PANoptosis)是一种由泛凋亡复合体调控的程序性细胞死亡，具有细胞焦亡、凋亡和(或)坏死性凋亡的关键特征。作为最复杂的程序性细胞死亡方式，泛凋亡涉及多种程序性细胞死亡之间的补偿作用，可以通过多种信号通路调节肿瘤细胞的增殖，迁移和侵袭等恶性表型的发生过程，从而影响恶性肿瘤的进展。研究发现泛凋亡在肿瘤进展和治疗中具有抑癌和促癌双重作用，因此深入研究泛凋亡在肿瘤发生、发展中的相关分子机制意义重大。本文综述了细胞凋亡、焦亡和坏死性凋亡的分子机制，总结了泛凋亡及其复合体的激活和调控机制以及泛凋亡在肿瘤发生、发展中的作用，以期为癌症治疗和预后评估提供新的思路。

关键词：细胞凋亡焦亡坏死性凋亡泛凋亡泛凋亡复合体肿瘤

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基于TCGA数据挖掘及网络药理学探讨卤泛群治疗胶质母细胞瘤的潜在机制

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中国药理学通报 2024年第4期40卷 756-764页

作者：曹振程路畅秦祎雄郭勇韩标桂林医学院智能医学与生物技术学院广西桂林541199 桂林医学院生物化学与分子生物学重点实验室广西桂林541199

目的运用癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)基因组学数据挖掘潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群(halofantrine),通过网络药理学方法探讨卤泛群防治胶质母细胞瘤的作用机制,并结合细胞实验对卤泛群防治胶质母细胞瘤的机制进行... 详细信息

目的运用癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)基因组学数据挖掘潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群(halofantrine),通过网络药理学方法探讨卤泛群防治胶质母细胞瘤的作用机制,并结合细胞实验对卤泛群防治胶质母细胞瘤的机制进行验证。方法通过癌症临床公开数据库TCGA挖掘胶质母细胞瘤发生发展的关键基因,利用CMAP数据库寻找潜在治疗胶质母细胞瘤的药物,借助STITCH、Drug bank、Binding DB、BATMAN-TCM、TargetNet、SwissTarget、PubChem检索药物靶点信息,利用Drug bank、DisGeNET、GeneCards,TDD筛选胶质母细胞瘤靶点。通过Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”可视化网络图,通过进行GO、KEGG和分子对接分析,预测其作用机制。利用CCK-8及qPCR等方法验证卤泛群对胶质母细胞瘤细胞及治疗靶点的作用。结果筛选出潜在治疗胶质母细胞瘤的药物卤泛群,卤泛群有150个作用靶点,胶质母细胞瘤治疗靶点有173个,和药物交集靶点有12个,获得3个核心靶点:EGFR、MAPK14、IGF1R。分子对接结果显示,卤泛群与核心靶点结合的潜能和活性良好。CCK-8和qPCR实验结果表明卤泛群可通过EGFR、MAPK14、IGF1R靶点抑制胶质母细胞瘤细胞增殖。结论卤泛群通过EGFR、MAPK14、IGF1R靶点发挥治疗胶质母细胞瘤的作用。

关键词： TCGA数据库网络药理学胶质母细胞瘤卤泛群分子对接作用机制

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NUF2对泛癌的预后和免疫治疗效果的预测价值

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南方医科大学学报 2025年第1期45卷 137-149页

作者：王耀彬陈柳燕罗伊凌申继清周素芳广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室//广西高校生物分子医学研究重点实验室广西南宁530021

目的探讨NUF2表达水平与肿瘤预后的关系及在肿瘤微环境中的作用。方法综合利用人类蛋白质图谱(HPA)、癌症基因组图谱(TCGA)、基因型-组织表达计划(GTEx)、癌细胞系百科全书(CCLE)、TIMER的数据集,采用生物信息学方法挖掘NUF2的潜在致癌... 详细信息

目的探讨NUF2表达水平与肿瘤预后的关系及在肿瘤微环境中的作用。方法综合利用人类蛋白质图谱(HPA)、癌症基因组图谱(TCGA)、基因型-组织表达计划(GTEx)、癌细胞系百科全书(CCLE)、TIMER的数据集,采用生物信息学方法挖掘NUF2的潜在致癌作用,包括剖析NUF2在各种类型肿瘤组织中的表达水平、预后价值及免疫价值;采用RT-qPCR、Western blotting、免疫组化(IHC)等实验检测NUF2在肝癌细胞系和肝癌患者癌组织及血液中的表达情况。利用基因本体论(GO)、基因组百科全书(KEGG)和基因集富集分析(GSEA)探索NUF2及相关基因的分子机制并在肝癌中构建了NUF2的竞争性内源RNA(ceRNA)网络。结果与正常组织相比,NUF2表达在27种肿瘤中上调并与多种类型肿瘤的临床分期相关(P<0.05)。在部分肿瘤中,NUF2的表达上调与肿瘤患者的不良预后(总体生存期、疾病特异性生存期、无病生存期和无进展生存期)相关(P<0.05)。NUF2表达水平与多种肿瘤的肿瘤突变负荷、微卫星不稳定、浸润免疫细胞(B细胞、髓样树突状细胞、中性粒细胞、CD4+T细胞)、免疫细胞maker基因(CCR7、CD163、CD19、CD4、CD79A、CD8A、CD8B、IRF5、ITGAX和MS4A4A)以及免疫检查点基因(CTLA4、HAVCR2、LAG3、PDCD1和PDCD1LG2)呈正相关(P<0.05)。RT-qPCR等实验结果显示NUF2在肝癌细胞系、肝癌患者癌组织和血液中表达上调(P<0.05),其中肝癌患者经手术治疗之后,使得血液中NUF2表达下调(P<0.05)。GO和KEGG富集分析表明,NUF2相关基因与染色体分离、微管运动以及细胞周期相关(P<0.05)。GSEA分析提示,在肝癌中NUF2高表达与甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢以及调控神经活性配体受体相互作用有关(P<0.05)。结论NUF2在27种肿瘤中表达上调并与部分肿瘤的临床分期、不良预后有关。此外NUF2的表达与多种肿瘤的免疫细胞浸润密切相关,可能作为这些癌症免疫治疗效果的潜在预测因子。

关键词： NUF2 泛癌分析免疫浸润预后

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圣草次苷抑制肝细胞癌SMMC-7721细胞的增殖和迁移:基于激活ROS/MAPKs信号轴

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南方医科大学学报 2023年第3期43卷 412-419页

作者：周慧张雨晴甘超范喜瑞戚之琳齐世美皖南医学院活性生物大分子重点实验室安徽芜湖241002 皖南医学院生物化学与分子生物学教研室安徽芜湖241002

目的探讨圣草次苷通过ROS/MAPKs信号轴调控肝癌SMMC-7721细胞增殖和迁移的作用机制。方法分别用0、25、50、100、150、200、250、300μg/mL圣草次苷处理肝癌SMMC-7721细胞系24 h后,CCK-8法检测细胞活性;不同浓度的圣草次苷(100、200、30... 详细信息

目的探讨圣草次苷通过ROS/MAPKs信号轴调控肝癌SMMC-7721细胞增殖和迁移的作用机制。方法分别用0、25、50、100、150、200、250、300μg/mL圣草次苷处理肝癌SMMC-7721细胞系24 h后,CCK-8法检测细胞活性;不同浓度的圣草次苷(100、200、300μg/mL)处理细胞后,运用划痕实验分别在24、48、72 h检测划痕愈合率,Transwell实验检测细胞迁移率,克隆形成实验检测细胞增殖能力,DAPI染色观察细胞核形态变化,Western blot检测侵袭蛋白E-cadherin、N-cadherin、MMP-2、MMP-9、凋亡因子PARP和Pro-caspase 3以及MAPKs通路p-JNK、p-P38、p-ERK信号分子;用(分别为2、5、10μmol/L)ERK抑制剂U0126、JNK抑制剂SB203580和P38抑制剂SP600125预先处理细胞2 h,再用200μg/mL圣草次苷处理细胞24 h,Western blot检测凋亡蛋白PARP的切割情况;分别用N-乙酰-半胱氨酸(NAC)(30μmol/L)或圣草次苷(100、200、300μg/mL)单独或共处理细胞后,通过DCFH-DA荧光探针法分别在15、30、60 min检测内源性活性氧(ROS)水平。结果圣草次苷在50μg/mL范围内,对细胞活力基本无影响(P>0.05);圣草次苷能够显著抑制SMMC-7721细胞的划痕愈合(P<0.01),细胞迁移(P<0.01)和克隆形成(P<0.01),在300μg/mL浓度时作用最显著;圣草次苷明显减少侵袭蛋白N-cadherin、MMP-2、MMP-9的蛋白表达量(P<0.01),上调E-cadherin的蛋白表达量(P<0.05);圣草次苷诱导SMMC-7721细胞发生显著的凋亡形态学变化,Pro-caspase 3表达降低,PARP切割增多(P<0.01);圣草次苷在300μg/mL刺激30 min时ROS表达水平较高,NAC(30μmol/L)处理后,细胞内ROS表达水平下降明显;圣草次苷能够显著诱导MAPKs信号途径JNK、P38和ERK的磷酸化(P<0.01),U0126和SB203580能够增强圣草次苷诱导的PAPR切割,而SP600125逆转圣草次苷诱导的PARP切割。结论圣草次苷通过促进细胞内ROS的合成,诱导MAPKs信号通路的活化,调控肝癌细胞系SMMC-7721的增殖、迁移和凋亡。

关键词：圣草次苷 SMMC-7721 ROS MAPKs

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氨基酸代谢重编程对肝细胞癌发生发展及治疗的影响

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第10期40卷 1392-1399页

作者：张青周青鸟林文珍广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

在肿瘤细胞中,特定氨基酸的改变会对癌细胞的代谢产生显著影响,并使肿瘤微环境中的免疫细胞发生改变,影响肿瘤的发生发展和治疗效果。本文首先介绍肿瘤中氨基酸的作用,从外源性氨基酸的摄入,氨基酸修饰,支链氨基酸的代谢探讨肿瘤中必需... 详细信息

在肿瘤细胞中,特定氨基酸的改变会对癌细胞的代谢产生显著影响,并使肿瘤微环境中的免疫细胞发生改变,影响肿瘤的发生发展和治疗效果。本文首先介绍肿瘤中氨基酸的作用,从外源性氨基酸的摄入,氨基酸修饰,支链氨基酸的代谢探讨肿瘤中必需氨基酸的代谢,并阐明非必需氨基酸在非必需氨基酸营养缺陷型肿瘤中的作用。其次,阐述了氨基酸代谢重编程对肝细胞癌发生发展的影响。必需氨基酸和非必需氨基酸在肝细胞癌中存在不可或缺的作用。在肝癌细胞内,必需氨基酸含量异常升高,促进肝癌细胞的发生发展,但支链氨基酸含量的升高却存在双重作用。非必需氨基酸在肝癌细胞中常作为抑制因子发挥作用,但精氨酸可联合天冬酰胺形成正反馈循环促进肝细胞癌的发生发展。最后阐述了氨基酸代谢重编程对肝细胞癌治疗的影响。谷氨酸、丝氨酸,支链氨基酸,S-腺苷甲硫氨酸,甘氨酸,精氨酸等可作为肝细胞癌的作用靶点,抑制氧化戊二酸脱氢酶的表达可以提高肝细胞癌患者对索拉非尼的药物敏感性。肝细胞癌肿瘤微环境中的氨基酸代谢重编程促进了肝癌细胞的恶性增殖和免疫逃逸,研究其中特异性改变的氨基酸有利于为患者制定个性化的免疫治疗。

关键词：氨基酸代谢支链氨基酸非必需氨基酸肿瘤肝细胞癌

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Atoh1调控毛细胞再生与分化的研究进展

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中华耳科学杂志 2023年第2期21卷 254-257页

作者：栾珺韩锋产滨州医学院生物化学与分子生物学教研室山东省医药卫生耳科遗传病重点实验室烟台264003

哺乳动物耳蜗毛细胞受损后无法再生,从而造成听力障碍。Atoh1是bHLH转录因子家族中的一员,是正性调控毛细胞再生与分化的关键因子之一。研究发现,Atoh1可与其上游调控基因(Eya1、Six1、Sox2)和下游调节基因(Gfi,Pou4f3,Barhl1)协同作用... 详细信息

哺乳动物耳蜗毛细胞受损后无法再生,从而造成听力障碍。Atoh1是bHLH转录因子家族中的一员,是正性调控毛细胞再生与分化的关键因子之一。研究发现,Atoh1可与其上游调控基因(Eya1、Six1、Sox2)和下游调节基因(Gfi,Pou4f3,Barhl1)协同作用,调节多种细胞信号转导通路(如Notch,Wnt/β-catenin,SHH,FGF等),诱导耳蜗毛细胞再生。干细胞具有分化成毛细胞样细胞的潜能,该过程依赖Atoh1的表达。因此,调控Atoh1依赖性耳祖细胞或干细胞的定向分化,将为毛细胞损害的临床治疗提供新途径。

关键词： Atoh1 信号转导毛细胞再生干细胞听力障碍

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一种新的泛素化-铁死亡相关基因特征用于肝细胞癌患者预后分析

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基因组学与应用生物学 2024年第2期43卷 298-310页

作者：张豪郭泽皓曹骏莫之婧金荣仲桂林医学院智能医学与生物技术学院桂林541199 广西高校生物化学与分子生物学重点实验室桂林541199

本研究通过筛选泛素化-铁死亡相关基因构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后模型,并探究泛素化-铁死亡相关基因对HCC预后的影响。使用R包DESeq2对TCGA-LIHC数据集进行差异分析,获取HCC差异表达基因(HCC_DEGs)。将HCC_DEGs、... 详细信息

本研究通过筛选泛素化-铁死亡相关基因构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后模型,并探究泛素化-铁死亡相关基因对HCC预后的影响。使用R包DESeq2对TCGA-LIHC数据集进行差异分析,获取HCC差异表达基因(HCC_DEGs)。将HCC_DEGs、泛素化相关基因(ubiquitination related genes,URGs)和铁死亡差异表达基因(ferroptosis_differentially expressed genes,FERR_EDGs)取交集获得泛素化和铁死亡相关基因(UBFE_EDGs),将UBFE_EDGs依次进行LASSO回归分析、单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析以筛选出最佳独立预后基因用于构建HCC预后模型(ubiquitination and ferroptosis-related prognostic model,UBFE)。由生存曲线、ROC曲线和校正曲线评估UBFE的预测准确性。单因素Cox回归分析、多因素Cox回归分析评估UBFE风险评分是否为HCC的预后独立危险因素,并构建列线图模型。ssGSEA分析和单细胞测序数据分析用于评估UBFE与泛素化及铁死亡的相关性。结果显示,HCC_DEGs、URGs和FERR_EDGs取交集得到45个UBFE_EDGs,依次进行LASSO回归分析、单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析筛选出2个UBFE_EDGs(DCAF13和UBE2C)用于构建HCC预后模型UBFE。生存曲线、ROC曲线和校准曲线分析显示UBFE高风险评分组(HighUBFE)与HCC患者预后差显著相关,UBFE具有较好的预测准确性。单因素Cox回归分析和多因素Cox回归分析结果显示UBFE风险评分是HCC患者预后的独立危险因素,UBFE联合TNM分期的预测准确性更高,列线图预测HCC患者的1年、2年和3年生存率与实际生存率的一致性较高。ssGSEA分析和单细胞分析的结果均显示UBFE风险评分与泛素化呈正相关性,与铁死亡呈负相关性,UBFE高风险评分组的铁死亡拮抗反应高于UBFE低风险评分组的。本研究构建的UBFE在预测HCC患者的预后方面具有较好的表现,DCAF13和UBE2C可能通过泛素化和铁死亡通路影响肝细胞癌的进展及患者预后。

关键词：肝细胞癌铁死亡泛素化预后

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基于CRISPR/Cas9技术构建与鉴定敲除ACE2基因的Huh7肝癌细胞株

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生物技术通报 2023年第6期39卷 181-188页

作者：张祖霖刘方芳周青鸟赵瑞强贺菽嘉林文珍广西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室南宁530021 广西高校生物分子医学研究重点实验室南宁530021

利用CRISPR-Cas9基因编辑技术敲除人Huh7肝癌细胞的血管紧张素转化酶2(ACE2)基因,构建ACE2基因敲除细胞株,为研究ACE2在肝细胞癌的作用提供细胞模型。首先,对ACE2结构域进行鉴定,利用在线网站设计两条破坏所有结构域、靶向作用于ACE2外... 详细信息

利用CRISPR-Cas9基因编辑技术敲除人Huh7肝癌细胞的血管紧张素转化酶2(ACE2)基因,构建ACE2基因敲除细胞株,为研究ACE2在肝细胞癌的作用提供细胞模型。首先,对ACE2结构域进行鉴定,利用在线网站设计两条破坏所有结构域、靶向作用于ACE2外显子的sgRNA。其次,构建重组载体并转染肝癌细胞Huh7,嘌呤霉素筛选出单克隆细胞株。最后,免疫印迹鉴定敲除效果。结构域鉴定结果显示,在340-520号氨基酸位置存在Zn结合位点和激活位点,根据sgRNA靶点设计原则,采用片段敲除的方式,针对ACE2的第9、第10外显子设计两对sgRNA,并成功构建PX459-ACE2-sgRNA重组质粒。嘌呤霉素成功筛选出单克隆细胞株,并测序证实了发生片段敲除,ACE2蛋白在敲除细胞株中不表达;成功构建ACE2敲除的Huh7细胞株,为日后研究ACE2在肝细胞癌的发生机制奠定基础。

关键词：血管紧张素转化酶2 肝细胞癌 CRISPR-Cas9 单克隆细胞株

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肝细胞癌中UBE2S互作蛋白的筛选及预后模型构建

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吉林大学学报（医学版） 2024年第1期50卷 168-177页

作者：王小燕张豪郭泽皓曹骏莫之婧桂林医学院智能医学与生物技术学院实验教学中心广西桂林541199 桂林医学院广西高校生物化学与分子生物学重点实验室广西桂林541199 桂林医学院智能医学与生物技术学院生物化学教研室广西桂林541199

目的:筛选泛素结合酶E2S (UBE2S)互作蛋白并构建肝细胞癌(HCC)基于UBE2S互作蛋白的预后模型(UIPM),分析UIPM评估HCC患者预后的价值。方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)技术筛选与Flag-UBE2S结合的蛋白复合体,经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶... 详细信息

目的:筛选泛素结合酶E2S (UBE2S)互作蛋白并构建肝细胞癌(HCC)基于UBE2S互作蛋白的预后模型(UIPM),分析UIPM评估HCC患者预后的价值。方法:采用免疫共沉淀(Co-IP)技术筛选与Flag-UBE2S结合的蛋白复合体,经十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDSPAGE)和Western blotting法验证后,采用液相色谱-质谱联用仪(LC-MS)分析鉴定UBE2S互作蛋白,并对互作蛋白进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。采用R软件survival包筛选癌症基因组图谱(TGGA)中HCC预后相关蛋白与UBE2S互作蛋白取交集,通过LASSO回归分析从交集蛋白中获取关键蛋白构建UIPM,并建立预后模型风险评分公式,按照风险评分的中位值将TGGA中HCC患者分为高风险组和低风险组,通过受试者工作特征曲线(ROC)评估UIPM的预测准确性,并采用国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库对UIPM预测准确性进行再次验证。采用单因素和多因素Cox回归分析评估UIPM风险评分是否为HCC的预后独立危险因素,并进一步构建列线图模型。结果:Co-IP联合LC-MS分析得到97个UBE2S互作蛋白。GO功能和KEGG信号通路富集分析,互作蛋白主要与半胱氨酸型内肽酶活性、氧化应激和细胞死亡有密切关联。TCGA筛选出5 163个HCC预后相关蛋白,与UBE2S互作蛋白取交集,获得40个预后相关互作蛋白,LASSO回归分析得到7个关键蛋白,包括UBE2S、热休克蛋白家族A成员8(HSPA8)、异质性胞核核糖核蛋白H1(HNRNPH1)、含TCP1伴侣蛋白亚基3 (CCT3)、真核翻译起始因子2亚基1 (EIF2S1)、活化蛋白C激酶1受体(RACK1)和肌动蛋白相关蛋白2/3复合体亚基4(ARPC4),并构建了UIPM,高和低风险组HCC患者生存率存比较差异有统计学意义(P<0.05)。ROC曲线,UIPM预测HCC患者1、2和3年UIPM风险评分的ROC曲线下面积(AUC)值均大于0.7,表明预测模型准确度较高。ICGC数据库数据也证实UIPM预测准确度较高。单因素和多因素Cox回归分析,UIPM风险评分是HCC患者的独立预后危险因素(P<0.05)。列线图预测HCC患者生存率与实际生存率之间有较好的一致性。结论:97个互作蛋白与UBE2S相互作用,可能通过氧化应激和铁死亡相关通路的失调促进HCC发生发展。UIPM风险评分是HCC预后的独立危险因素,可以用于预测HCC患者预后。而UBE2S、HSPA8、HNRNPH1、CCT3、EIF2S1、RACK1和ARPC4有望成为HCC新的生物标志物和治疗靶点。

关键词：泛素结合酶E2S 肝细胞癌免疫共沉淀液相色谱-质谱联用仪预后分析

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微小RNA（microRNA）在恶性胸膜间皮瘤发生发展中的作用机制研究进展

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基因组学与应用生物学 2024年

作者：赵丹普元倩熊伟大理大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室云南省高校临床生物化学检验重点实验室云南省昆虫生物医药研发重点实验室

微小RNA（microRNA，miRNA）是近年来发现的最短的内源性非编码RNA（non-coding RNAs， ncRNA）之一，普遍认为其通过调节mRNA表达水平来发挥作用，主要功能体现在参与调节生物个体发育、细胞增殖与分化、肿瘤的发生发展等多种病理和生... 详细信息

微小RNA（microRNA，miRNA）是近年来发现的最短的内源性非编码RNA（non-coding RNAs， ncRNA）之一，普遍认为其通过调节mRNA表达水平来发挥作用，主要功能体现在参与调节生物个体发育、细胞增殖与分化、肿瘤的发生发展等多种病理和生理过程中。miRNA 在调控癌基因、抑癌基因的表达及信号通路的活性过程中，以及在恶性胸膜间皮瘤（malignant pleural mesothelioma， MPM）发生和发展中发挥着重要的作用。本综述对miRNA的生成和miRNA的功能，及在MPM发生发展过程中发挥促癌作用和肿瘤抑制作用的相关miRNA进行总结和归纳，以期为MPM的临床诊断以及治疗提供理论参考。

关键词：微小RNA 恶性胸膜间皮瘤促癌基因抑癌基因

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