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第八届中国西部动物学学术研讨会

作者：刘华蔡延森侯伟彭立李静四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室

藏酋猴(Macaca thibetana)是我国特有的珍稀濒危物种,主要分布于我国西南和东南地区,包括四川、安徽、贵州、云南、福建等省。粪便DNA是动物遗传学研究应用最为广泛的非损伤性遗传材料,也是濒危野生动物研究者的首选材料。本研究基于藏... 详细信息

藏酋猴(Macaca thibetana)是我国特有的珍稀濒危物种,主要分布于我国西南和东南地区,包括四川、安徽、贵州、云南、福建等省。粪便DNA是动物遗传学研究应用最为广泛的非损伤性遗传材料,也是濒危野生动物研究者的首选材料。本研究基于藏酋猴的全基因组序列筛选了15个四碱基微卫星,建立了一套适用于粪便DNA样本的高多态性、稳定性和敏感性微卫星标准化遗传体系。结果表明,这套标准化遗传标记体系在藏酋猴黄山(n=22)、峨眉山(n=35)、喇叭河(n=29)和梵净山(n=38)野外种群共计124个个体的粪便样本都能稳定扩增,不易出现基因分型错误,具有高度敏感性和稳定性;这套标准化体系包含的15个位点都遵从中性突变模式,且在四个种群里均符合哈德温格平衡(P>0.01),且15个位点都具有高度多态性,等位基因数的变化范围为4-19,平均值是12.07;观察杂合度(Ho)的变化范围为0.323-0.831;期望杂合度(He)的变化范围为0.575-0.893;多态信息含量(PIC)的变化范围为0.538-0.826,PIC>0.5。基于这套标准化遗传标记体系进行的遗传多样性分析结果显示,不同地理种群遗传多样性水平依次排序为黄山>峨眉>喇叭河>梵净山,群体间的遗传多样性指数变化范围依次为He:0.627-0.723,Ho:0.725-0.673,PIC:0.560-0.663,GD:0.605-0.724。基于遗传距离构建的NJ系统树显示黄山、喇叭河和梵净山种群的个体分别为独立的支系,有趣的是峨眉山种群的藏酋猴分散于两个支系,来自生态猴区的个体与梵净山种群聚在一起,而来自雷洞坪的个体与喇叭河种群更近。此外,基于贝叶斯计算方法构建的Structure群体结构图与NJ系统树分析结果一致,均显示峨眉山生态猴区的群体与梵净山的种群的遗传距离最近,雷洞坪的群体与喇叭河种群的遗传背景最相似。配对的Fst和Rst显示,群体间的Fst和Rst变化范围为0.0804-0.2512和0.0828-0.2825,P>0.05。进一步分析结果显示,峨眉山分散的两个亚群体的遗传分化程度大(FST=0.117,P>0.05)、基因流动少(Nm=0.665,Nm<1)。我们的结果表明,长期的距离隔离限制了不同种群间的基因交流,导致了不同亚种的形成。我们的结果也显示,峨眉山藏酋猴具有两个不同的遗传背景,应合理将峨眉山的雷洞坪亚种群和生态猴区呀种群定义为两个不同的管理单位,并建议应加强峨眉山栖息地的连续性、减少遗传隔离、提高种群活力。

关键词：藏酋猴微卫星标准化体系多样性指数遗传结构

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红头美洲鹫的腐食适应性分子机制研究

红头美洲鹫的腐食适应性分子机制研究

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第八届中国西部动物学学术研讨会

作者：周闯孟杨范振鑫张修月岳碧松四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室

美洲鹫科是一类大型腐食性鸟类,其中红头美洲鹫(Cathartes aura)的分布最为广泛。为了研究红头美洲鹫的化学感受系统,解毒系统和免疫系统,我们将红头美洲鹫基因组和其他14种鸟类的基因组进行比较。通过比较基因组学研究,我们发现:相对... 详细信息

美洲鹫科是一类大型腐食性鸟类,其中红头美洲鹫(Cathartes aura)的分布最为广泛。为了研究红头美洲鹫的化学感受系统,解毒系统和免疫系统,我们将红头美洲鹫基因组和其他14种鸟类的基因组进行比较。通过比较基因组学研究,我们发现:相对于其他14种鸟类来说,红头美洲鹫的化学感受系统相关基因家族发生显著扩张,尤其是嗅觉受体基因家族,而其解毒系统相关基因并没有发生明显的扩张。通过正选择分析,我们发现在红头美洲鹫中有174个基因受到了正选择作用,部分基因是免疫系统中的重要组成基因,这很可能对红头美洲鹫的免疫防御能力的提高起到重要作用。对得到正选择基因进行功能富集后,我们发现了许多免疫系统调节相关的通路,这表明这些免疫相关通路中的正选择基因对于红头美洲鹫的免疫系统的调节起到了重要作用,从而使该物种拥有腐食适应性。我们在一个正选择基因(BCL6)中发现了3个红头美洲鹫特有的氨基酸非同义突变位点,这3个氨基酸非同义突变被PolyPhen-2预测为可能对BCL6的结构甚至是功能有损害性,因此,BCL6中的这些突变很可能增强了红头美洲鹫的免疫能力。此外,我们在3个β防御素(Av BD8,Av BD10和Av BD11)中发现了4个红头美洲鹫特有的氨基酸非同义突变,而β防御素是先天免疫中不可或缺的组成部分。本研究对红头美洲鹫的腐食适应性遗传机制的进一步研究奠定了基础。

关键词：红头美洲鹫比较基因组化学感受系统解毒系统免疫系统

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普通猕猴青年与老年个体间的全基因组差异甲基化

普通猕猴青年与老年个体间的全基因组差异甲基化

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第八届中国西部动物学学术研讨会

作者：周敏严超超岳碧松范振鑫四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室

猕猴属(Macaca)是非人灵长类中分布最广的类群,普通猕猴(***)作为人类近缘的模式生物,在生物医学研究中具有独特优势。DNA水平的研究并不能完全解答普通猕猴间的遗传差异,因此需要结合其他水平的数据。表观遗传能够在不改变DNA序列的情... 详细信息

猕猴属(Macaca)是非人灵长类中分布最广的类群,普通猕猴(***)作为人类近缘的模式生物,在生物医学研究中具有独特优势。DNA水平的研究并不能完全解答普通猕猴间的遗传差异,因此需要结合其他水平的数据。表观遗传能够在不改变DNA序列的情况下,引起基因功能的改变。DNA甲基化是表观遗传修饰的主要方式之一。全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)能从单碱基分辨率水平上研究生物的DNA甲基化图谱。本项目通过高通量测序获得两只青年猴(5岁、9岁)和两只老年猴(15岁、18岁)的血液甲基化组数据,对青年和老年组进行了差异甲基化分析。我们分别得到了44×、41×、45×、49×(126.02G、117.78G、128.66G、141.22G)的甲基化测序数据,基因组胞嘧啶覆盖率分别为92.75%、95.42%、95.64%、96.10%。其中甲基化的C(mC)分别占4.17%、4.06%、4.08%、4.23%,并主要以mCG形式存在(分别占87.49%、82.25%、83.31%、84.78%)。从全基因组甲基化水平分布来看,老年组的要略低于青年组。通过构建统计模型并检验,鉴定出了青年组和老年组中存在9,708个差异甲基化区域(DMR),主要分布于内含子55.82%、基因间区30.33%和启动子6.43%,共覆盖7,411个基因。在青年组中高甲基化的DMR有8,050个(82.9%),在老年组中高甲基化的DMR有1,658个(17.1%)。用DMR覆盖的7,411基因进行GO和KEGG注释后发现这些基因显著富集在免疫调节、生长激素、神经调控、血糖代谢等通路中,如Lysosome (KEGG:04142),Phagosome (KEGG:04145),Thyroid hormone synthesis (KEGG:04918),Insulin secretion (KEGG:04911),Dopaminergic synapse(KEGG:04728)。本研究展示了普通猕猴的青年个体与老年个体在全基因组水平的甲基化差异,会结合实验室已经收集产生的年龄相关转录组数据进行甲基化调控-基因表达之间的关联性分析,更深入的研究猕猴基因调控和表达。

关键词：普通猕猴基因组甲基化年龄相关差异甲基化

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大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)基因组编码区微卫星多态性研究

大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)基因组编码区微卫星多态性研究

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第十四届全国野生动物生态与资源保护学术研讨会暨第九届中国动物学会兽类学分会全国代表大会

作者：成美玲任建英范振鑫岳碧松张修月生物资源与生态环境教育部重点实验室四川大学生命科学学院成都610064 四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室四川大学生命科学学院成都610064

微卫星(SSRs)的不稳定性对基因的调控、表达及蛋白功能都有重要影响,高频率的长度变异也为物种的适应性进化创造了丰富的遗传资源和表型变异。一般认为,编码区SSRs,尤其是非三碱基SSRs 由于受到高选择压限制可能缺乏多态性或只有低多态性。

关键词：大熊猫编码区微卫星多态性,表型多样,进化选择

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中国建立国家公园体制的科学内涵

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大自然 2019年第1期40卷 1-1页

作者：马建章国家林业局猫科动物研究中心林业部野生动物保护生物学重点开放实验室学术委员会浙江大学教育部濒危动物遗传学与繁殖生物学重点开放实验室学术委员会农业部北方鱼类生物工程育种实验室学术委员会国务院学科评审组

国家公园并不是一个新概念,世界自然保护联盟保护地分类中的第二类便是国家公园。著名的美国黄石国家公园建立于1872年,是世界上第一个国家公园,目前全球有超过6000个符合世界自然保护联盟定义的国家公园。2013年11月,党的十八届三中全... 详细信息

国家公园并不是一个新概念,世界自然保护联盟保护地分类中的第二类便是国家公园。著名的美国黄石国家公园建立于1872年,是世界上第一个国家公园,目前全球有超过6000个符合世界自然保护联盟定义的国家公园。2013年11月,党的十八届三中全会提出建立国家公园体制,将其作为我国生态文明建设的重要内容。国家公园体制的建立不仅是制度创新,更是社会治理和发展理念的伟大创新。

关键词：黄石国家公园科学内涵体制世界自然保护联盟中国生态文明建设制度创新保护地

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恒河猴与食蟹猴基因组比较揭示Alu逆转座子的多样性

恒河猴与食蟹猴基因组比较揭示Alu逆转座子的多样性

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第十四届全国野生动物生态与资源保护学术研讨会暨第九届中国动物学会兽类学分会全国代表大会

作者：孙天琳张雪艳范振鑫李静四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064 四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室成都610064 四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室成都610064

Alu 元件是灵长目特有的一类非自主性逆转座子，也是灵长目动物基因组中最成功、数量最多的逆转座子，对于基因组的多样性和进化具有重要影响。恒河猴(Macaca mulatta)和食蟹猴(Macacafascicularis)都是重要的非人灵长类实验动物，它们... 详细信息

Alu 元件是灵长目特有的一类非自主性逆转座子，也是灵长目动物基因组中最成功、数量最多的逆转座子，对于基因组的多样性和进化具有重要影响。恒河猴(Macaca mulatta)和食蟹猴(Macacafascicularis)都是重要的非人灵长类实验动物，它们约在1-3 百万年前分化，种间遗传差异较大。

关键词： Alu逆转座子恒河猴食蟹猴物种特有Alu 种群多态性Alu

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基于高通量测序的达氏鲟微卫星标记筛选

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动物学杂志 2017年第3期52卷 449-457页

作者：李薇李久煊荆慧芳雷毅宋昭彬四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室、四川大学生命科学学院成都610064 生物资源与生态环境教育部重点实验室、四川大学生命科学学院成都610064

达氏鲟(Acipenser dabryanus)是我国特有的珍稀鱼类,主要分布在长江上游干支流。由于人类活动的影响,其种群数量急剧下降,被列为国家Ⅰ级重点保护动物、IUCN红色名录极危(CR)物种。本研究针对当前达氏鲟群体的濒危现状,应用微卫星标记... 详细信息

达氏鲟(Acipenser dabryanus)是我国特有的珍稀鱼类,主要分布在长江上游干支流。由于人类活动的影响,其种群数量急剧下降,被列为国家Ⅰ级重点保护动物、IUCN红色名录极危(CR)物种。本研究针对当前达氏鲟群体的濒危现状,应用微卫星标记开展达氏鲟保护遗传学研究。通过高通量测序成功筛选出25个微卫星位点,采用18尾野生个体和30尾人工繁殖个体对其多样性进行了检验,结果表明,25个位点共检测出181个等位基因,每个位点的等位基因数(A)为4~11(平均值7.2),观测杂合度(HO)为0.160~1.000(平均值0.744),期望杂合度(HE)为0.346~0.875(平均值0.727)。所有位点均不偏离"Hardy-Weinberg"平衡(P>0.05),各位点间也无连锁不平衡现象。除了其中一个位点以外,所有位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5,其多态性较好。本次筛选的微卫星位点将有助于达氏鲟资源保护和群体遗传研究。

关键词：达氏鲟微卫星多态性高通量测序

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四川小寨子沟国家级自然保护区绿尾虹雉种群密度调查与栖息地评价

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四川动物 2017年第4期36卷 361-367页

作者：余翔陈俊橙王彬严勇冉江洪贺飞彭波四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室成都610064 四川小寨子沟国家级自然保护区管理局四川北川622750

2015年6—8月和2016年3—8月,在四川小寨子沟国家级自然保护区及周边地区,采用绝对密度调查法,对繁殖期绿尾虹雉Lophophorus lhuysii的密度进行了调查,并基于Max Ent对繁殖期绿尾虹雉的栖息地质量进行了评价。结果显示:在保护区及其周... 详细信息

2015年6—8月和2016年3—8月,在四川小寨子沟国家级自然保护区及周边地区,采用绝对密度调查法,对繁殖期绿尾虹雉Lophophorus lhuysii的密度进行了调查,并基于Max Ent对繁殖期绿尾虹雉的栖息地质量进行了评价。结果显示:在保护区及其周边区域内,绿尾虹雉繁殖期常活动于海拔3 500~4 100 m靠近阳坡的草甸、灌丛生境。在整个评价区域内适宜栖息地120.05 km^2,次适宜栖息地141.67 km^2;在保护区内繁殖期绿尾虹雉的平均密度为4.99只/km^2,适宜栖息地49.17 km^2,次适宜栖息地48.27 km^2,推测其种群数量为245只。放牧、资源采集等人类活动是影响绿尾虹雉种群密度的主要因子,因此在本区域的保护区网络间需要加强对人类活动的控制,限制放牧活动,以保护高海拔区域的生物多样性。

关键词：绿尾虹雉种群密度栖息地评价岷山山系小寨子沟保护区

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松潘裸鲤种群遗传多样性及遗传结构研究

松潘裸鲤种群遗传多样性及遗传结构研究

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第十三届全国野生动物生态与资源保护学术研讨会暨第六届中国西部动物学学术研讨会

作者：周宇雷毅鲁艳宋昭彬四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室生物资源与生态环境教育部重点实验室

利用微卫星和线粒体控制区两种DNA分子标记,对松潘裸鲤六个种群(岷江水系杂谷脑河的赖苏、米亚罗和沙坝种群,雅砻江水系安宁河的依兹觉和宁源种群,大渡河水系南垭河的冶勒种群)共238个个体进行了种群遗传学分析。微卫星分析显示,杂谷脑... 详细信息

利用微卫星和线粒体控制区两种DNA分子标记,对松潘裸鲤六个种群(岷江水系杂谷脑河的赖苏、米亚罗和沙坝种群,雅砻江水系安宁河的依兹觉和宁源种群,大渡河水系南垭河的冶勒种群)共238个个体进行了种群遗传学分析。微卫星分析显示,杂谷脑河三个种群的遗传多样性水平较高,其次是宁源和冶勒种群,依兹觉种群最低;六个种群的遗传结构包含三个组群,分别对应三个水系的种群,其中,杂谷脑河三

关键词：种群遗传多样性线粒体控制区微卫星杂谷脑河松潘裸鲤结构研究

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贵州生态保护的初心与梦想

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大自然 2018年第2期39卷 1-1页

作者：马建章中国工程院国家林业局猫科动物研究中心林业部野生动物保护生物学重点开放实验室学术委员会浙江大学教育部濒危动物遗传学与繁殖生物学重点开放实验室学术委员会农业部北方鱼类生物工程育种实验室学术委员会

时光如梭。2017年贵州专刊的美文犹在眼前，第三届“美丽中国·跨界科考”专题系列报道又扑面而来。从习水到梵净山，《大自然》又一次带领读者领略了贵州的地质奇书、缤纷植被、人文景观。黔地那些草木花卉、翩翩彩蝶、幽境茶香，... 详细信息

时光如梭。2017年贵州专刊的美文犹在眼前，第三届“美丽中国·跨界科考”专题系列报道又扑面而来。从习水到梵净山，《大自然》又一次带领读者领略了贵州的地质奇书、缤纷植被、人文景观。黔地那些草木花卉、翩翩彩蝶、幽境茶香，以及孕育这些有趣画面的多样而丰富的生态资源，在这辑专栏中栩栩如生，给人以耳目一新之感。

关键词：生态保护贵州专题系列人文景观草木花卉生态资源梵净山大自然

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