目的:筛选三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)潜在生物标志物并进行验证,探讨TNBC预后差、难治疗的遗传因素。方法:GEO与TCGA下载TNBC表达谱数据,使用GEO2R与R语言筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs...
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目的:筛选三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)潜在生物标志物并进行验证,探讨TNBC预后差、难治疗的遗传因素。方法:GEO与TCGA下载TNBC表达谱数据,使用GEO2R与R语言筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);KEGG与GO富集分析;STRING数据库与Cytoscape软件绘制PPI网络并筛选核心基因;Kaplan-Meier数据库绘制生存曲线;利用bc-GenExMiner与UALCAN数据库验证以上结果;CIBERSORT算法与TIMER数据库分析预后相关基因对免疫细胞浸润及免疫检查点基因表达量的影响;qRT-PCR与Western Blot鉴定目的基因在TNBC与非三阴性乳腺癌(non-triple-negative breast cancer,n-TNBC)间的表达差异;si-RNA敲减目的基因;划痕实验与Transwell实验对比目的基因敲减与否对癌细胞侵袭、迁移的影响。结果:共得到123个TNBC相关DEGs,主要与雌激素信号通路相关;MCODE聚类分析筛选出16个核心基因;KRT6B、CDH3与预后相关,其中KRT6B在TNBC中高表达;KRT6B能够减少γδT细胞浸润,使γδT细胞表面CD27与PTPRC(CD45)减少;KRT6B表达量与CD276(B7-H3)表达量呈正相关;qRT-PCR与Western Blot结果显示KRT6B在TNBC中高表达;KRT6B经敲减后TNBC细胞侵袭、迁移能力均明显减弱。结论:KRT6B在TNBC中高表达,可能通过抑制γδT细胞浸润、减少γδT细胞表面标志物的表达并下调免疫检查点CD276的表达,与TNBC不良预后相关,有望成为诊断与治疗的新靶点。
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