检索结果-内蒙古大学图书馆

中国农业科学 2024年第7期57卷 1394-1406页

作者：赵真坚王凯陈栋申琦余杨崔晟頔王俊戈陈子旸禹世欣陈佳苗王翔枫唐国庆四川农业大学动物科技学院/农业农村部畜禽生物组学重点实验室/畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室/猪禽种业全国重点实验室

【背景】猪的肉质性状是重要的经济性状。研究影响各类肉质性状的分子机制，发掘关键基因，从而指导猪的遗传改良，对改善猪肉品质具有重要意义。当前肉质相关的机制研究主要是基于DNA的基因组研究，而对肉质性状的DNA甲基化研究以及结... 详细信息

【背景】猪的肉质性状是重要的经济性状。研究影响各类肉质性状的分子机制，发掘关键基因，从而指导猪的遗传改良，对改善猪肉品质具有重要意义。当前肉质相关的机制研究主要是基于DNA的基因组研究，而对肉质性状的DNA甲基化研究以及结合基因组和甲基化组的综合分析却鲜有报道。【目的】通过基因组和DNA甲基化组联合分析，筛选、鉴定了影响猪肉质的潜在关键基因。为猪肉品质的遗传改良研究提供借鉴。【方法】检测了140头大白猪背最长肌的28个肉质性状，通过表观基因组关联分析（EWAS）与全基因组关联分析（GWAS）筛选了各性状显著关联的CpG和SNP位点。随后以SNP为协变量对GWAS和EWAS重叠的显著关联位点进行条件关联分析，进一步筛选具有独立效应的CpG位点。然后以CpG位点的甲基化水平为因变量，以SNP为自变量进行关联分析从而鉴定甲基化数量性状位点（meQTL）。最后使用顺式甲基化数量性状位点（cis-meQTL）作为工具变量进行孟德尔随机化分析，从而推断cis-meQTL与表型之间的因果关系，同时对位点进行注释，鉴定潜在的关键基因。【结果】（1）在屠宰45 min黄度值(b45min)、滴水损失（DL）、二十二碳六烯酸（C22:6n-3）3个肉质性状上，EWAS和GWAS在相同基因组区域鉴定到显著关联位点。（2）b45min的7个CpG位点在条件关联分析后仍保持显著，DL有1个CpG位点在条件关联分析后仍保持显著，而C22:6n-3的3个位点在使用SNP作为协变量分析后不再显著，表明EWAS鉴定的b45min的7个CpG位点和DL的1个CpG位点的显著关联不受附近的显著SNP影响。（3）b45min的7个CpG位点和DL的1个CpG位点共鉴定了10个meQTL，但绝大多数是trans-meQTL，只有一个CpG位点（SSC12:44 254 675 bp）鉴定到一个cis-meQTL，表明该位点可能受到近距离SNP调控。（4）孟德尔随机化分析显示该CpG位点（SSC12:44 254 675 bp）与b45min表型存在一定的因果关联。（5）对该位点注释发现，距离CpG位点（SSC12:44 254 675 bp）和其cis-meQTL最近的基因是NOS2，且CpG位点位于NOS2基因内。【结论】综合DNA甲基化组合基因组数据联合分析结果，可以推测NOS2基因是肉色性状关键候选基因，其DNA甲基化、SNP共同作用调控基因表达，进而影响肉色性状相关基因表达。

关键词：表观基因组关联分析全基因组关联分析肉质性状 DNA甲基化甲基化数量性状位点

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基于GWAS的哺乳仔猪抗腹泻候选基因筛选及通路研究

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华中农业大学学报 2025年

作者：黄睿陈栋赵真坚申琦崔晟頔王俊戈陈子旸吴平先唐国庆猪禽种业全国重点实验室/四川农业大学动物科技学院/农业农村部畜禽生物组学重点实验室/畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室国家生猪技术创新中心

为研究哺乳仔猪抗腹泻的遗传因素和通路，通过对640头腹泻仔猪进行采样和统计分析，选取其中600个样本，包括大白猪453头，长白猪105头和杜洛克猪42头进行低深度重测序（1×），对测序结果质控后开展全基因组关联分析（genome-wide ... 详细信息

为研究哺乳仔猪抗腹泻的遗传因素和通路，通过对640头腹泻仔猪进行采样和统计分析，选取其中600个样本，包括大白猪453头，长白猪105头和杜洛克猪42头进行低深度重测序（1×），对测序结果质控后开展全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS），在大白猪和长白猪中分别筛选出42个和107个显著SNPs，这些位点上下游20 kb区域分别涉及32个和82个基因，对这些基因进行GO和KEGG富集分析，结果最终分别确定了6个（PLA2G4A、C1RL、PTPN6、C1R、PPP1R12A和GRID2）和8个（DAPK1、TMC8、ITM2C、CHMP4B、CAST、PDE4D、HSPA4和GRID2）可能与哺乳仔猪腹泻性状相关的重要候选基因，其中GRID2在大白猪和长白猪中同时被筛选到。结果表明，仔猪腹泻性状候选基因与细胞凋亡、免疫、细胞屏障和物质的跨膜运输相关功能有关。

关键词：哺乳仔猪 GWAS 腹泻抗腹泻基因通路

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MicroRNA对肌肉再生功能调控研究进展

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遗传 2025年第5期47卷 513-532页

作者：周泰增陈秋阳杨祎挺甘麦邻朱砺沈林園四川农业大学猪禽种业全国重点实验室成都611130 四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室成都611130 四川农业大学动物科技学院农业农村部畜禽生物组学重点实验室成都611130

MicroRNA(miRNA)是一类大小在22 nt左右的单链非编码短RNA分子,已被证明参与了几乎所有细胞事件中基因表达的转录后调节,包括细胞增殖、迁移、分化和凋亡。因此,miRNA受到最为广泛的研究和关注。miRNA通过靶向骨骼肌再生不同阶段的关键... 详细信息

MicroRNA(miRNA)是一类大小在22 nt左右的单链非编码短RNA分子,已被证明参与了几乎所有细胞事件中基因表达的转录后调节,包括细胞增殖、迁移、分化和凋亡。因此,miRNA受到最为广泛的研究和关注。miRNA通过靶向骨骼肌再生不同阶段的关键因素,在肌肉再生过程中发挥着重要作用。本文探讨了miRNA在肌肉再生过程中通过影响卫星细胞静止、成肌细胞增殖、分化从而调控肌肉再生能力,并且更新了miRNA在肌肉再生过程中与PI3K/AKT、TGF-β/Smad信号通路互作的研究进展,有助于研究者更多地了解miRNA在肌肉再生生物学中的知识,为非编码RNA参与肌肉再生提供更深入的理解。

关键词： microRNA 肌肉再生肌肉卫星细胞成肌细胞信号通路

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肝脏RNA-seq揭示杜洛克猪剩余采食量的社会遗传效应调控的关键基因和分子途径

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华南农业大学学报 2025年第3期46卷 336-341页

作者：崔晟頔王书杰赵真坚陈栋申琦余杨王俊戈陈子旸禹世欣陈佳苗王翔枫吴平先唐国庆四川农业大学动物科技学院/猪禽种业全国重点实验室/农业农村部畜禽生物组学重点实验室/畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室四川成都611130 国家生猪技术创新中心重庆402460

【目的】旨在解析杜洛克猪剩余采食量的社会遗传效应(The social genetic effects of residual feed intake,SGE-RFI)的分子调控机制,揭示其通过能量代谢途径影响群体行为的生物学基础,为提高猪只饲料利用效率提供理论依据。【方法】通... 详细信息

【目的】旨在解析杜洛克猪剩余采食量的社会遗传效应(The social genetic effects of residual feed intake,SGE-RFI)的分子调控机制,揭示其通过能量代谢途径影响群体行为的生物学基础,为提高猪只饲料利用效率提供理论依据。【方法】通过RNA测序技术对杜洛克猪肝脏组织进行全转录组分析,系统筛选与SGE-RFI性状相关的关键差异表达基因,并采用功能富集方法解析其参与的生物学通路。【结果】鉴定出360个显著差异表达基因,功能分析表明这些基因主要富集于线粒体氧化磷酸化和ATP代谢等能量代谢相关通路,提示其可能通过调控机体能量稳态间接影响社会行为。载脂蛋白基因簇APOA1、APOC3和APOA4的协同表达改变,揭示了社会遗传效应调控过程中神经内分泌系统与脂代谢的交互作用。【结论】本研究构建了杜洛克猪SGE-RFI的多维度调控网络,不仅为解析群体行为遗传机制提供了新视角,更为精准选育低剩余采食量种猪和优化群体饲养管理方案奠定了分子基础。

关键词：剩余采食量社会遗传效应杜洛克猪肝脏 RNA-seq

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piRNA及其生成相关基因在睾丸发育过程中的表达特征分析

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四川农业大学学报 2024年第6期42卷 1371-1380页

作者：雷宇航赵梦颖王恺周泰增何晓菲沈林園朱砺甘麦邻四川农业大学动物科技学院/四川省畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室/猪禽种业全国重点实验室/农业农村部畜禽生物组学重点实验室成都611130

【目的】以不同发育时间点ICR小鼠为研究对象,旨在探究piRNA及其相关基因在小鼠睾丸中的表达规律,并为研究piRNA在睾丸发育和精子生成的相关调控机制提供理论依据。【方法】通过HE染色、qRT-PCR等技术手段,分析不同发育日龄小鼠睾丸组... 详细信息

【目的】以不同发育时间点ICR小鼠为研究对象,旨在探究piRNA及其相关基因在小鼠睾丸中的表达规律,并为研究piRNA在睾丸发育和精子生成的相关调控机制提供理论依据。【方法】通过HE染色、qRT-PCR等技术手段,分析不同发育日龄小鼠睾丸组织的表型差异及piRNA和piRNA生成相关基因的表达水平,同时研究与piRNA相关的调控因子在睾丸发育过程中的动态变化和相关性分析。【结果】小鼠睾丸组织中的piRNA表达量呈现出明显的时序性变化,随着发育日龄的增长而逐渐增加,表明piRNA在小鼠睾丸发育过程中发挥着重要的调控作用。进一步分析发现,一些与piRNA相关的基因在不同发育阶段表达水平存在显著差异,提示这些基因可能参与了小鼠睾丸发育和精子生成的调控网络。【结论】揭示了piRNA在小鼠睾丸中的表达规律及其潜在的调控机制,为理解睾丸发育和精子生成过程中的分子调控提供了新的理论基础。

关键词： piRNA 睾丸发育精子生成

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小非编码RNA在雄性生殖发育和代际遗传中研究进展

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遗传 2025年

作者：师愉倩马剑峰陈思宇周立新薛佳沈林園朱砺甘麦邻四川农业大学猪禽种业全国重点实验室四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室四川农业大学动物科技学院农业农村部畜禽生物组学重点实验室成都市动物疫病预防控制中心

作为表观遗传的重要研究内容，小非编码RNA (small non-coding RNAs，sncRNAs)在雄性生殖正常发育和代际遗传中发挥着重要的调控作用。研究表明，哺乳动物雄性生殖细胞中高度表达的小非编码RNA包括miRNA、piRNA和tsRNA等，在维持雄性生... 详细信息

作为表观遗传的重要研究内容，小非编码RNA (small non-coding RNAs，sncRNAs)在雄性生殖正常发育和代际遗传中发挥着重要的调控作用。研究表明，哺乳动物雄性生殖细胞中高度表达的小非编码RNA包括miRNA、piRNA和tsRNA等，在维持雄性生殖细胞发育和精子发生等过程中发挥重要作用。sncRNAs通过调控基因表达、影响蛋白翻译、改变精子表观遗传修饰等方式参与维持不同阶段的雄性生殖发育过程，其表达异常与雄性不育密切相关。此外，越来越多的证据表明，环境暴露影响精子的表观遗传修饰，这种表观遗传修饰的变化常导致后代表型发生改变。本文系统总结了雄性生殖细胞中sncRNAs的种类及其发挥的功能，介绍了各种因素环境暴露引起的代际遗传中sncRNAs的作用，以期为雄性生殖健康的研究提供新的视角和理论依据，为预防和治疗雄性不育及相关生殖疾病提供潜在的靶点和策略。

关键词： sncRNA 雄性生殖精子发生代际遗传

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犬精液低温保存研究进展

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经济动物学报 2025年第1期29卷 62-67页

作者：孟庆达侯嘉怡杨潍菡王静曾长军四川农业大学动物科技学院猪禽种业全国重点实验室农业生物信息教育部重点实验室农业农村部畜禽生物组学重点实验室畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室西部宠物生命科学研究院

低温保存已经广泛应用于犬精液人工授精，有效促进了优良犬品种间的遗传交流。在低温保存过程中，温度、pH与渗透压变化可导致精子出现氧化应激与冷休克等现象，严重影响犬精子质量与受精率。近年来，在犬精液稀释液中常加入抗冷物质和... 详细信息

低温保存已经广泛应用于犬精液人工授精，有效促进了优良犬品种间的遗传交流。在低温保存过程中，温度、pH与渗透压变化可导致精子出现氧化应激与冷休克等现象，严重影响犬精子质量与受精率。近年来，在犬精液稀释液中常加入抗冷物质和抗氧化物质，以防止精子冷休克，缓解氧化应激和脂质过氧化。对国内外犬精液低温保存的研究进展进行综述，为高效保存犬精液，促进犬种质资源保护以及人工授精技术的推广和应用等提供参考。

关键词：犬精液低温保存抗冷物质抗氧化物质

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母猪死胎和木乃伊全基因组关联分析

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畜牧兽医学报 2025年第3期56卷 1231-1241页

作者：周泰增杨祎挺朱悦华钱洪喜刘一辉甘麦邻朱砺沈林園四川农业大学猪禽种业全国重点实验室成都611130 四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室成都611130 四川农业大学动物科技学院农业农村部畜禽生物组学重点实验室成都611130 铁骑力士食品有限责任公司成都610000 四川省畜牧总站成都610066

旨在鉴定大白母猪初胎的死胎和木乃伊性状相关候选基因与遗传标记。本研究采用“中芯一号”50K SNP芯片对1805头大白母猪进行全基因组基因分型,经过数据结果的过滤与筛选,结合初胎死胎数和木乃伊数的表型数据,开展全基因组关联分析(GWAS... 详细信息

旨在鉴定大白母猪初胎的死胎和木乃伊性状相关候选基因与遗传标记。本研究采用“中芯一号”50K SNP芯片对1805头大白母猪进行全基因组基因分型,经过数据结果的过滤与筛选,结合初胎死胎数和木乃伊数的表型数据,开展全基因组关联分析(GWAS)。研究结果表明,有24个SNPs与初胎死胎数、18个SNPs与木乃伊性状显著相关,并注释得到34个候选基因。其中,25个基因与死胎性状相关(如SIL1、FSTL4、DHX38、PLK2、PDE 4D等),9个基因与木乃伊性状相关(如LRRTM4、ERC2、ARHGEF3、U 6等)。通过猪QTL数据库(Pig QTLdb)进行比对分析发现,部分候选基因位于已有文献报道的与死胎和木乃伊性状相关的基因区域内,且显著SNPs存在连锁现象。GO和KEGG富集分析揭示了显著SNPs的上、下游注释基因与免疫反应、细胞信号传导、细胞凋亡与分裂以及疾病的产生等过程密切相关。此项研究筛选了大白猪群体的初胎死胎和木乃伊性状相关候选基因,并为分子育种提供重要参考。

关键词：母猪初胎死胎数木乃伊 GWAS SNP QTL

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基于计算机视觉技术的猪肌内脂肪含量和眼肌面积测定系统的研发

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畜牧兽医学报 2024年第9期55卷 3843-3852页

作者：陈栋周文譞赵真坚申琦余杨崔晟頔王俊戈陈子旸禹世欣陈佳苗王翔枫吴平先郭宗义王金勇唐国庆四川农业大学动物科技学院猪禽种业全国重点实验室成都611130 四川农业大学动物科技学院农业农村部畜禽生物组学重点实验室成都611130 四川农业大学“畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室” 成都611130 国家生猪技术创新中心重庆402460

旨在开发基于计算机视觉技术的猪肉质图像快速鉴别方法,为解决猪肉质传统测定方法缺陷和构建猪肉质快速测定系统奠定技术基础。本研究采用canny边缘检测算法、归一化、伽马校正、自适应直方图均衡化和阈值化等方法进行图像处理,利用二... 详细信息

旨在开发基于计算机视觉技术的猪肉质图像快速鉴别方法,为解决猪肉质传统测定方法缺陷和构建猪肉质快速测定系统奠定技术基础。本研究采用canny边缘检测算法、归一化、伽马校正、自适应直方图均衡化和阈值化等方法进行图像处理,利用二维信息模拟了猪背最长肌的三维模型,开发了基于图像的猪肌内脂肪含量计算机视觉测定方法。利用人工描绘和计算机视觉轮廓搜寻技术开发了基于图像处理的眼肌面积识别方法。利用Open CV和C++实现各方法的底层算法程序,研发了一套猪肌内脂肪含量和眼肌面积的测定系统,并利用250头不同品种的试验猪进行了应用测试。测试结果显示,肌内脂肪含量检测模块能够快速实现肌内脂肪图形信息的提取与预测,单个样品检测时间平均不超过2 min,准确性可达0.54,且测定离散系数为0.062,具有较强的稳定性。眼肌面积与背膘厚检测模块能够通过人工与计算机结合的方式快速测定眼肌面积和背膘厚。本研究建立的检测方法和软件系统能够实现猪肌内脂肪含量、背膘厚和眼肌面积的快速检测。

关键词：计算机视觉图像处理肌内脂肪含量猪

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基于机器学习的猪生长性状基因组预测

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遗传 2023年第10期45卷 922-932页

作者：陈栋王书杰赵真坚姬祥申琦余杨崔晟頔王俊戈陈子旸王金勇郭宗义吴平先唐国庆四川农业大学动物科技学院农业农村部畜禽生物组学重点实验室成都611130 四川农业大学畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室成都611130 四川农业大学动物科技学院猪禽种业全国重点实验室成都611130 国家生猪技术创新中心重庆402460

为了比较自动机器学习下不同机器学习模型预测部分猪生长性状与全基因组估计育种值(genomic estimated breeding value,GEBV)的性能,并寻找适合的机器学习模型,以优化生猪育种的全基因组评估方法,本研究利用来自多个公司9968头猪的基因... 详细信息

为了比较自动机器学习下不同机器学习模型预测部分猪生长性状与全基因组估计育种值(genomic estimated breeding value,GEBV)的性能,并寻找适合的机器学习模型,以优化生猪育种的全基因组评估方法,本研究利用来自多个公司9968头猪的基因组信息、系谱矩阵、固定效应及表型信息通过自动机器学习方法获取深度学习(deep learning,DL)、随机森林(random forest,RF)、梯度提升机(gradient boosting machine,GBM)和极致梯度提升(extreme gradient boosting,XGB)4种机器学习最佳模型。采用10折交叉验证分别对猪达100 kg校正背膘(correcting backfat to 100 kg,B100)、达115 kg校正背膘(correcting backfat to 115 kg,B115)、达100 kg校正日龄(correcting days to 100 kg,D100)、达115 kg校正日龄(correcting days to 100 kg,D115)的GEBV及其表型进行预测,比较不同机器学习模型应用于猪基因组评估的性能。结果表明:机器学习模型对GEBV的估计准确性高于性状表型;在GEBV预测中,GBM在B100、B115、D100、D115的预测准确性分别为0.683、0.710、0.866、0.871,略高于其他方法;在表型预测中,对猪B100、B115、D100、D115预测性能最好的模型依次为GBM(0.547)、DL(0.547)、XGB(0.672、0.670);在模型训练所需时间上,RF远高于其他3种模型,GBM与DL居中,XGB所需时间最少。综上所述,通过自动机器学习获取的机器学习模型对GEBV预测的准确性高于表型;GBM模型总体上表现出最高的预测准确性与较短训练时间;XGB能够利用最短的时间训练准确性较高的预测模型;RF模型的训练时间远超其他3种模型,且准确性不足,不适用猪生长性状表型与GEBV预测。

关键词：基因组估计育种值生长性状自动机器学习性能比较

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