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生物信息学和孟德尔随机化分析口腔鳞状细胞癌差异表达基因与患者预后的相关性

肿瘤防治研究 2025年第2期52卷 133-141页

作者：刘茂林宋晓娜刘雅琪史舒瑄宋国华山西医科大学资产管理部太原030001 山西医科大学实验动物中心实验动物与人类疾病动物模型山西省重点实验室太原030001

目的通过生物信息学和孟德尔随机化分析口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的差异表达基因,探讨其与OSCC预后的相关性。方法TCGA数据库和数据集GSE138206筛选OSCC共同的差异基因,并利用孟德尔随机化分析它们之间的关系,进一步通过Cox风险回归分析... 详细信息

目的通过生物信息学和孟德尔随机化分析口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的差异表达基因,探讨其与OSCC预后的相关性。方法TCGA数据库和数据集GSE138206筛选OSCC共同的差异基因,并利用孟德尔随机化分析它们之间的关系,进一步通过Cox风险回归分析差异基因的预后价值,对预后价值高的基因进行单基因差异分析后进一步评估其生物学功能。结果两个数据库共筛选出147个共同差异基因,双样本孟德尔随机化结果显示GREM2与口腔鳞状细胞癌风险增加有关,SH3BGRL2与其风险减小有关,此外DKK1、CCL11和HOXC6是OSCC预后的独立标志基因,而DKK1的预测结果与实际结果的一致性最好。KEGG富集通路显示DKK1可能参与花生四烯酸代谢与亚油酸代谢。此外,DKK1与Tgd和Th2细胞呈正相关,与PDC、Cytotoxic、Mast、CD8 T、TFH、B、T和Th17细胞呈负相关。结论GREM2与OSCC风险增加有关、DKK1在OSCC中高表达且与不良预后相关,其可能参与调控OSCC中花生四烯酸与亚油酸代谢及免疫细胞浸润进程,为后续研究奠定了基础。

关键词：生物信息孟德尔随机化口腔鳞状细胞癌 Cox风险回归分析

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Gli2调控Hedgehog通路活化对Tca8113细胞增殖、转移和上皮间充质转化的影响

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中国比较医学杂志 2024年第3期34卷 1-9页

作者：刘茂林王晓堂宋晓娜马云辉常潇琪宋国华山西医科大学资产管理部太原030001 山西医科大学实验动物中心实验动物与人类疾病动物模型山西省重点实验室太原030001

目的本研究通过在细胞水平检测Gli2对口腔癌细胞Tca8113增殖、生长、迁移和侵袭的影响,明确Gli2调控口腔癌细胞迁移和侵袭的分子机制。方法本研究利用siRNA抑制Tca8113细胞中Gli2的表达,通过CCK-8、平板克隆以及transwell小室实验分... 详细信息

目的本研究通过在细胞水平检测Gli2对口腔癌细胞Tca8113增殖、生长、迁移和侵袭的影响,明确Gli2调控口腔癌细胞迁移和侵袭的分子机制。方法本研究利用siRNA抑制Tca8113细胞中Gli2的表达,通过CCK-8、平板克隆以及transwell小室实验分别检测Gli2对Tca8113细胞增殖、生长、迁移与侵袭的影响。进一步利用qRT-PCR与Western blot实验探究Gli2调控Tca8113细胞恶性增殖和转移机制。结果口腔癌细胞Tca8113中Gli2的mRNA和蛋白表达升高。干扰Gli2表达可抑制Tca8113细胞增殖、生长、迁移及侵袭。进一步研究发现干扰Gli2表达可抑制Hedgehog(Hh)通路关键因子的mRNA与蛋白表达。此外,干扰Gli2表达可显著影响上皮间充质转化(epithelial mesenchymal transformation, EMT)通路关键因子的mRNA与蛋白表达。结论口腔癌病变过程中Gli2被异常激活,干扰Gli2表达显著抑制口腔癌细胞的增殖、生长、迁移和侵袭。Gli2通过调控Hh通路与EMT通路,进而影响口腔癌细胞的迁移和侵袭。本研究为阐明口腔癌的发病机制提供新思路,并为口腔癌的临床治疗提供新视角。

关键词： Tca8113细胞口腔癌 Gli2 细胞迁移细胞侵袭 Hedgehog通路上皮间充质转化

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孤独症谱系障碍的遗传病因和神经生物学机制

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中国科学：生命科学 2024年第11期54卷 2051-2067页

作者：张竞贾相斌夏昆郭辉李家大中南大学医学遗传学研究中心长沙410078 中南大学生命科学学院长沙410013 中南大学儿科罕见病教育部重点实验室长沙410199 中南大学人类重大疾病动物模型研究湖南省重点实验室长沙410078 中南大学医学遗传学湖南省重点实验室长沙410078

孤独症谱系障碍是一种常见的严重影响儿童健康的神经发育障碍疾病,主要表现为社交障碍及重复刻板行为,尚无有效治疗手段,给社会和家庭带来沉重负担.因此,研究孤独症病因学、探索防治新方法具有重要理论和实践意义.孤独症病因复杂,遗传... 详细信息

孤独症谱系障碍是一种常见的严重影响儿童健康的神经发育障碍疾病,主要表现为社交障碍及重复刻板行为,尚无有效治疗手段,给社会和家庭带来沉重负担.因此,研究孤独症病因学、探索防治新方法具有重要理论和实践意义.孤独症病因复杂,遗传和环境因素均参与其中.对孤独症风险基因功能的系统研究,发现了潜在的神经生物学病理机制和共同信号通路.基因-环境交互作用在孤独症病因学中的重要作用也被逐步揭示,将为孤独症研究提供一个全新切入点.此外,动物模型的运用推动了孤独症病因学研究、药物开发等领域迅速发展,开发新的动物模型十分必要.对孤独症发病机制的深入认识将促进生物标记物或治疗靶点的发现,为孤独症“早诊断、早预警、早干预”提供理论基础和必要支持.

关键词：孤独症谱系障碍遗传病因神经环路分子通路动物模型

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非核苷类逆转录酶抑制剂DB02氨基酸衍生物的合成及抗HIV-1活性研究

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药学学报 2023年第2期58卷 405-412页

作者：杨金轩余乐杨玉卓罗荣华何严萍郑永唐中国科学院昆明动物研究所中国科学院动物模型与人类疾病机理重点实验室云南昆明650223 云南大学化学科学与工程学院自然资源药物化学教育部重点实验室云南昆明650091 云南中医药大学中药学院云南昆明650500

为提高非核苷类HIV-1逆转录酶抑制剂DB02氨基酸酯衍生物的稳定性,本文基于生物电子等排原理,以具有更高化学稳定性的酰胺替代酯键,设计合成了24个DB02氨基酸酰胺衍生物2a~2x。采用MTT法及合胞体计数评估了其体外抗HIV-1活性。研究发现... 详细信息

为提高非核苷类HIV-1逆转录酶抑制剂DB02氨基酸酯衍生物的稳定性,本文基于生物电子等排原理,以具有更高化学稳定性的酰胺替代酯键,设计合成了24个DB02氨基酸酰胺衍生物2a~2x。采用MTT法及合胞体计数评估了其体外抗HIV-1活性。研究发现大部分目标化合物具有良好的抗HIV-1活性,其中活性最佳的5个化合物2d、2i、2l、2s、2w的抗病毒效果均优于先导化合物DB02,且具有优良的治疗指数(TI>1000.00)。这类化合物的构效关系研究为DB02衍生物的进一步开发提供了新的思路。

关键词： DB02 非核苷类逆转录酶抑制剂氨基酸酰胺衍生物抗HIV-1活性构效关系

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基于大规模RNA-seq数据绘制猪RNA编辑图谱的研究

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生物技术通报 2024年第10期40卷 288-295页

作者：龙佳佳刘玮玮范新浩黎旺长杨小淦唐中林广西大学动物科学技术学院广西畜禽繁育与疾病防控重点实验室南宁530004 佛山鲲鹏现代农业研究院佛山528226 中国农业科学院深圳农业基因组研究所(岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心)中国农业科学院深圳农业基因组研究所畜禽多组学重点实验室深圳518124 华中农业大学农用动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室农业农村部猪遗传育种重点实验室武汉430070

【目的】A-to-I RNA编辑是一种由ADAR酶家族介导的共转录/转录后修饰,系统绘制猪的RNA编辑图谱,为猪的分子育种提供候选靶标。【方法】收集16种猪组织的3461个RNA-seq数据,采用生物信息学方法检测猪RNA编辑位点。【结果】共检测到130989... 详细信息

【目的】A-to-I RNA编辑是一种由ADAR酶家族介导的共转录/转录后修饰,系统绘制猪的RNA编辑图谱,为猪的分子育种提供候选靶标。【方法】收集16种猪组织的3461个RNA-seq数据,采用生物信息学方法检测猪RNA编辑位点。【结果】共检测到130989个RNA编辑位点,其中,A-to-I RNA编辑位点有124208个。A-to-I RNA编辑位点特征分析表明,98.2%的位点位于重复区域,且主要位于猪特异性的SINE反转录转座子区域的PRE-1/Pre0_SS元件内。只有12.3%的A-to-I RNA编辑位点具有编码意功能。最后,本研究分析了7种组织(脂肪、大脑、大肠、小肠、骨骼肌、肝和肺)的特异性A-to-I RNA编辑位点,脂肪组织特异性位点宿主基因的功能富集分析表明,这些基因在与细胞脂质代谢过程、脂质代谢过程、硫酯代谢过程等相关的信号通路中富集。在这些通路中,与脂肪沉积相关的基因有PDK1、ACSL1和PDE3B等。【结论】绘制了猪的RNA编辑位点图谱,为猪的分子育种提供了候选靶点。

关键词： A-to-I RNA编辑脂肪沉积猪组织组织特异性RNA编辑位点

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青海牦牛源益生菌分离、鉴定及其益生特性的研究

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动物营养学报 2025年第1期37卷 658-671页

作者：谢林林曹瑾赵玉琪张欣郝力壮简莹娜孙偲李军训宋洪宁王楠天津科技大学生物工程学院教育部工业发酵微生物学重点实验室天津300457 青海大学青海省高原放牧家畜动物营养与饲料科学重点实验室西宁810016 青海大学畜牧兽医科学院青海省动物疾病病原诊断与绿色防控技术研究重点实验室西宁810016 青海百分牛生物科技有限公司西宁810016 山东泰山生力源集团股份有限公司泰安271000

本研究旨在从青海省牦牛源样品中分离筛选可用于改善牦牛腹泻的潜在益生菌菌株,并评价其体外益生特性。试验首先从健康牦牛粪便和酸奶中分离纯化出乳酸菌,通过菌落形态观察、16S rDNA以及对部分菌株进行保守基因rpoA测序,并进行BLAST比... 详细信息

本研究旨在从青海省牦牛源样品中分离筛选可用于改善牦牛腹泻的潜在益生菌菌株,并评价其体外益生特性。试验首先从健康牦牛粪便和酸奶中分离纯化出乳酸菌,通过菌落形态观察、16S rDNA以及对部分菌株进行保守基因rpoA测序,并进行BLAST比对,对筛选菌株进行鉴定。然后,通过评价菌株的生长、耐酸、耐胆盐、自动聚集能力和疏水性等特性筛选出优异菌株,重点考察其对来自腹泻致死牦牛中分离的致病菌的抑制能力,同时对其抗生素耐药性、细胞黏附能力、抗氧化能力[2,2-二苯基-1-苦基肼(DPPH)自由基清除率、羟自由基清除率及还原能力]及抗炎能力[巨噬细胞释放一氧化氮(NO)]进行测定。结果表明:试验共获得8株乳酸菌,其中1株为罗伊氏黏液乳杆菌,3株为植物乳植杆菌,4株为屎肠球菌。其中,罗伊氏黏液乳杆菌QM11具有较强的耐酸和耐胆盐能力;自动聚集率和疏水率分别为(64.07±1.36)%和(26.90±1.51)%;对牦牛源致病性大肠杆菌QH01、QH02和QH03的抑菌率分别为(87.29±0.98)%、(74.67±1.28)%和(86.43±0.21)%,对金黄色葡萄球菌、单增李斯特菌和鼠伤寒沙门氏菌等多种病原指示菌的抑菌率达74%以上;对氨苄西林、青霉素、庆大霉素和链霉素等多种抗生素敏感。与对照菌株鼠李糖乳杆菌GG相比,罗伊氏黏液乳杆菌QM11对结肠细胞的黏附能力更强,黏附率为(54.38±2.15)%;菌悬液的抗氧化能力更强,DPPH自由基清除率、羟自由基清除率和还原能力分别为(4.19±1.03)%、(180.29±9.28)%和(6.07±0.60)%;抑制巨噬细胞释放NO的能力与鼠李糖乳杆菌GG相当。综上所述,本试验筛选出的罗伊氏黏液乳杆菌QM11可作为后续研制用于防治牦牛腹泻益生菌制剂的备选菌株。

关键词：牦牛益生菌筛选益生特性

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人源化小鼠在呼吸道病原研究中的应用与发展

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中国实验动物学报 2022年第2期30卷 267-273页

作者：程春雨段翔李颜模式动物与疾病研究教育部重点实验室蛋白质与多肽药物教育部工程研究中心医药生物技术国家重点实验室南京大学化学与生物医药创新研究院医学院模式动物研究所南京210061

小鼠模型对于呼吸道病原的研究有着重要意义。然而进化所带来的肺及免疫系统的物种差异,使小鼠模型难以精准模拟人体的呼吸道病原感染。通过构建免疫系统人源化小鼠,可更好地再现人体免疫系统对呼吸道病原感染的应答。构建肺组织人源化... 详细信息

小鼠模型对于呼吸道病原的研究有着重要意义。然而进化所带来的肺及免疫系统的物种差异,使小鼠模型难以精准模拟人体的呼吸道病原感染。通过构建免疫系统人源化小鼠,可更好地再现人体免疫系统对呼吸道病原感染的应答。构建肺组织人源化小鼠和肺/免疫系统双人源化小鼠可实现人特异性的呼吸道病原感染及其免疫响应。本综述将从免疫系统、肺、肺/免疫系统双人源化3个方面,回顾人源化小鼠在人类呼吸道病原研究方面的进展。

关键词：人源化小鼠呼吸道病原肺免疫

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肝豆状核变性的基因治疗研究进展

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中华肝脏病杂志 2025年第1期33卷 97-102页

作者：陈归郑浩洋刘芳袁静徐元宏程维晟安徽医科大学第一附属医院妇产科产前诊断中心合肥230022 安徽医科大学第一附属医院检验科合肥230022 动物源性传染病安徽省重点实验室(安徽医科大学) 合肥230032 人畜共患病安徽高校省级重点实验室(安徽医科大学) 合肥230032 国家卫生健康委配子及生殖道异常研究重点实验室合肥230032 生命资源保存与人工器官教育部工程研究中心合肥230032 出生人口健康教育部重点实验室合肥230032 生育障碍与妇产疾病研究安徽省重点实验室合肥230032 安徽省生命资源保存与人工器官工程技术研究中心(安徽医科大学) 合肥230032 安徽省转化医学研究院合肥230032

肝豆状核变性,又称为威尔逊氏症,是一种常染色体隐性遗传的铜代谢障碍性疾病。其致病基因ATP7B位于13号染色体长臂上,编码参与铜转运的P型ATP酶。ATP7B基因序列的致病突变会使ATP7B蛋白功能减弱或丧失,导致铜在肝脏、脑、肾脏、角膜等... 详细信息

肝豆状核变性,又称为威尔逊氏症,是一种常染色体隐性遗传的铜代谢障碍性疾病。其致病基因ATP7B位于13号染色体长臂上,编码参与铜转运的P型ATP酶。ATP7B基因序列的致病突变会使ATP7B蛋白功能减弱或丧失,导致铜在肝脏、脑、肾脏、角膜等器官产生病理性沉积。目前肝豆状核变性的治疗主要使用口服药物促进铜排出或减少铜吸收,以缓解病情。但是药物治疗存在客观局限性,包括需终身治疗和部分患者存在不同程度的药物不良反应。基因治疗可以彻底纠正患者的基因缺陷,恢复ATP7B蛋白功能,达到治愈性效果,提高患者的生活质量。

关键词：肝豆状核变性 ATP7B 基因治疗基因编辑治疗

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添加红景天苷的全价粮对犬血液生化指标和肝转录组学的影响

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畜牧兽医学报 2025年第1期56卷 455-465页

作者：王盛琪季新雨黄福青胡曼丽王柔淇耿玉欣孙迎雪齐智利张鑫华中农业大学动物科学技术学院武汉430070 赣南医科大学赣南创新与转化医学研究院重大疾病新药靶发现及新药创制全国重点实验室赣州341000 赣南医科大学附属第一医院心脑血管疾病防治教育部重点实验室赣州341000 赣州大健康宠物科学研究院赣州341000

旨在研究全价粮添加红景天苷对犬血液和肝转录组学的影响,以期为犬的肝养护及肝疾病预防工作提供试验数据支持。选取10只成年中华田园犬(平均体重8.67±1.00 kg),随机分为对照组(n=5)和试验组(n=5),分别饲喂对照犬粮和红景天苷全价... 详细信息

旨在研究全价粮添加红景天苷对犬血液和肝转录组学的影响,以期为犬的肝养护及肝疾病预防工作提供试验数据支持。选取10只成年中华田园犬(平均体重8.67±1.00 kg),随机分为对照组(n=5)和试验组(n=5),分别饲喂对照犬粮和红景天苷全价粮。通过血液检查来评估红景天苷全价粮的饲喂效果和安全性,并通过转录组学技术探究红景天苷全价粮对犬潜在的调节机制,试验期为8周。血液检查结果显示,红景天苷全价粮显著降低了犬血清谷丙转氨酶的浓度(P<0.05),对其他大部分指标没有显著影响(P>0.05),但相比于对照犬粮,采食红景天苷全价粮的犬血液指标波动小,能保持血液指标的稳定。转录组学分析结果显示,差异表达基因显著富集在钙信号通路、PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路等。针对表型的基因集富集分析结果表明,红景天苷全价粮在脂代谢、糖代谢、炎症、氧化应激和纤维化方面起调节作用,其中对于糖脂代谢的调节更显著,相关信号通路在试验组显著上调。综上所述,红景天苷全价粮具有降低犬血清谷丙转氨酶浓度的作用,能够稳定犬的血液指标浓度,调节了犬的肝糖脂代谢,这可能主要通过调节钙信号通路、PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路来实现。

关键词：红景天苷转录组学糖脂代谢犬

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伴大细胞转化的蕈样肉芽肿24例临床病理及免疫表型分析

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中华皮肤科杂志 2022年第1期55卷 20-26页

作者：张莹甘璐李思琪李颜宋昊邵雪宝张韡徐秀莲姜祎群曾学思陈浩孙建方中国医学科学院、北京协和医学院皮肤病医院病理科南京210042 模式动物与疾病研究教育部重点实验室医药生物技术国家重点实验室化学和生物医药创新研究院南京大学医学院模式动物研究所南京210061

目的探讨伴大细胞转化的蕈样肉芽肿(TMF)的临床病理特征及预后。方法回顾性分析2014—2020年中国医学科学院皮肤病医院诊治的24例TMF患者的临床病理资料及其中11例患者的16份外周血样本流式细胞术检测结果。结果24例患者中男11例,女13例... 详细信息

目的探讨伴大细胞转化的蕈样肉芽肿(TMF)的临床病理特征及预后。方法回顾性分析2014—2020年中国医学科学院皮肤病医院诊治的24例TMF患者的临床病理资料及其中11例患者的16份外周血样本流式细胞术检测结果。结果24例患者中男11例,女13例,诊断TMF时年龄平均为50.0(18~77)岁,早期(9例)及肿瘤期(15例)患者分别为44.8岁和52.6岁。诊断MF至发生大细胞转化的时间间隔平均为3.7年,其中8例初诊时即为TMF(经组织病理检查明确诊断)。组织病理显示,20例患者大细胞呈弥漫分布,4例呈灶状分布,其中7例大细胞比例>75%。免疫组化显示,18例患者表达CD30,其中9例CD30阳性大细胞比例>75%;6例不表达CD30。16份外周血样本(早期4份,肿瘤期12份)流式细胞仪检测结果显示,2份早期及10份肿瘤期样本中检测到表达克隆性TCR-vβ的细胞亚群,且16份样本均检测到前向角散射明显大于正常淋巴细胞的肿瘤细胞。随访结果显示,早期TMF患者中,3例发生大细胞转化后平均3.3年后进展为肿瘤期,1例进展为红皮病型MF(ⅢA期),另4例仍呈惰性病程;肿瘤期TMF患者中,1例进展为Ⅳ期,5例死亡,平均为发生大细胞转化后3.3(1.5~6)年。结论大细胞转化可发生于任何疾病分期的MF患者,部分患者预后较差,应对TMF患者密切临床随访。

关键词：蕈样真菌病细胞转化,肿瘤皮肤表现病理过程诊断抗原,CD30 大细胞转化

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