检索结果-内蒙古大学图书馆

华北农学报 2020年第2期35卷 228-238页

作者：向娅柴志欣王吉坤信金伟王会王嘉博武志娟钟金城姬秋梅西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省、教育部重点实验室四川成都610041 省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850000

为了克隆TNNI基因家族,预测其蛋白结构和功能,并分析其在牦牛不同组织中的表达差异,以0.5岁健康的类乌齐牦牛为试验材料,采用RT-PCR技术克隆牦牛肌钙蛋白Ⅰ基因家族的CDS区序列并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR技术检测TNNI基... 详细信息

为了克隆TNNI基因家族,预测其蛋白结构和功能,并分析其在牦牛不同组织中的表达差异,以0.5岁健康的类乌齐牦牛为试验材料,采用RT-PCR技术克隆牦牛肌钙蛋白Ⅰ基因家族的CDS区序列并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR技术检测TNNI基因家族各成员的mRNA表达水平。结果表明,TNNI1、TNNI2和TNNI3基因CDS区大小分别为564,549,639 bp,分别编码187,182,212个氨基酸残基。预测分析结果显示:TNNI基因家族编码的蛋白质均为偏碱性蛋白,蛋白结构不稳定,均无跨膜结构域,无信号肽,属非分泌型蛋白;二、三级结构均以α-螺旋为主,均含有肌蛋白超家族保守结构域。系统进化树分析表明:类乌齐牦牛TNNI1基因与水牛的亲缘关系最近,其次是绵羊、黄牛,与小鼠亲缘关系最远;TNNI2和TNNI3均与黄牛、水牛的亲缘关系较近,与其他亲缘关系较远。实时荧光定量PCR结果显示,TNNI1和TNNI2基因在臀肌中的相对表达量最高,且TNNI1基因在心脏、肝脏和肺脏中的表达量显著高于TNNI2基因(P<0.05),TNNI3基因在心脏中表达量较高,而在肺脏、臀肌和肝脏中表达量低。

关键词：牦牛肌钙蛋白Ⅰ基因家族克隆组织表达

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牦牛MDHⅡ基因克隆表达及脂代谢候选基因关联性分析

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华北农学报 2020年第3期35卷 208-216页

作者：陈露露王会王吉坤柴志欣王嘉博陈智华信金伟姬秋梅钟金城青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省、教育部重点实验室西南民族大学四川成都610041 省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850009

旨在通过克隆牦牛MDHⅡ基因,探究其组织表达谱及与脂代谢候选基因的相关性,为进一步研究牦牛脂代谢机制提供基础数据。采集0.5,2.5,3.5,7.5岁4个年龄段的12头牦牛心脏、肝脏、肺脏、臀肌和臀脂组织总RNA并反转录成cDNA,实时荧光定量检测... 详细信息

旨在通过克隆牦牛MDHⅡ基因,探究其组织表达谱及与脂代谢候选基因的相关性,为进一步研究牦牛脂代谢机制提供基础数据。采集0.5,2.5,3.5,7.5岁4个年龄段的12头牦牛心脏、肝脏、肺脏、臀肌和臀脂组织总RNA并反转录成cDNA,实时荧光定量检测MDHⅡ表达量;随机选取12个与脂代谢相关的候选基因,采用实时荧光定量检测MDHⅡ在类乌齐牦牛臀肌、臀脂上的表达量,利用皮尔森系数法计算其与MDHⅡ基因表达量相关性。结果表明:牦牛MDHⅡ基因全长1 196 bp,CDS区长为1 017 bp,编码338个氨基酸,在进化上相对不保守;随年龄增长,MDHⅡ在各组织表达量下降,且在心脏上的表达量高于其他组织;除FABP2和VLDLR外的其余10个脂代谢候选基因在牦牛臀脂上的表达量均高于臀肌,MDHⅡ基因在臀肌上的表达量与脂代谢候选基因没有相关性,在臀脂上的表达量与CPT1基因呈显著负相关。本研究成功克隆得到牦牛MDHⅡ基因,其与脂代谢候选基因CPT1显著相关,推测该基因可能参与脂代谢调控,为进一步研究牦牛脂代谢机制提供了理论参考。

关键词：牦牛 MDHⅡ基因克隆表达脂代谢候选基因

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西藏青稞品种喜马拉雅8号低温处理的SSH-cDNA文库构建及分析

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麦类作物学报 2017年第8期37卷 1025-1030页

作者：王玉林徐齐君原红军曾兴权尼玛扎西西藏自治区农牧科学院农业研究所/省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850002

为进一步研究青稞低温抗性相关基因,以喜马拉雅8号为材料,通过抑制差减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)的方法,构建青稞低温环境下的cDNA文库,并通过nr及KEGG数据库对筛选得到的高质量EST序列进行功能注释。结果发现,... 详细信息

为进一步研究青稞低温抗性相关基因,以喜马拉雅8号为材料,通过抑制差减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)的方法,构建青稞低温环境下的cDNA文库,并通过nr及KEGG数据库对筛选得到的高质量EST序列进行功能注释。结果发现,对随机挑选的281个阳性克隆进行测序,获得209条高质量ESTs序列,其中有117条序列能够在GenBank库中比对到同源性较高的基因或蛋白。对上述117条序列进行GO功能注释及KEGG代谢路径分析,发现其涉及到植物的基础物质、能量代谢、光合作用、信号转导等方面,说明这些基因可能参与了青稞对低温的抗性反应。

关键词：青稞抑制差减杂交(SSH) 低温处理 EST

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MMP-2和MMP-9基因在牦牛肌肉组织的表达分析

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东北农业大学学报 2021年第11期52卷 44-55页

作者：欧阳谭亮武志娟信金伟柴志欣王吉坤王海波张明钟金城青藏高原动物遗传资源保护与利用四川省、教育部重点实验室成都610041 省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室拉萨850002

采用RT-PCR和DNA重组技术克隆牦牛基质金属蛋白酶MMP-2和MMP-9基因CDS区,检测0.5岁、1.5岁和2.5岁牦牛臀大肌和心脏组织中表达水平,作生物信息学分析。结果表明,①牦牛MMP-2和MMP-9基因CDS区长度分别为1983 bp和2137 bp,二者编码的蛋白... 详细信息

采用RT-PCR和DNA重组技术克隆牦牛基质金属蛋白酶MMP-2和MMP-9基因CDS区,检测0.5岁、1.5岁和2.5岁牦牛臀大肌和心脏组织中表达水平,作生物信息学分析。结果表明,①牦牛MMP-2和MMP-9基因CDS区长度分别为1983 bp和2137 bp,二者编码的蛋白质均为酸性亲水蛋白,无跨膜结构、含有多个磷酸化位点和糖基化位点;MMP-2与MMP-9主要分布区域不同;MMP-2为非典型分泌蛋白;MMP-2和MMP-9蛋白二级结构均以无规则卷曲为主;②牦牛MMP-2和MMP-9蛋白中甘氨酸、天冬氨酸和亮氨酸含量较高,此为牦牛肉质鲜美原因之一;③牦牛MMP-2和MMP-9基因序列与其他物种比对后,发现牦牛与黄牛亲缘关系最近,显示这两个基因可用于动物系统进化研究;④牦牛MMP-2和MMP-9基因在牦牛臀大肌和心脏组织中表达水平与年龄增长呈正相关。臀大肌组织免疫组化结果显示,MMP-2和MMP-9蛋白表达趋势与基因表达趋势相似,表明明胶类酶MMPs可能是肉质随年龄增大而改变的原因之一。

关键词：牦牛 MMP-2基因 MMP-9基因基质金属蛋白酶组织表达

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西藏牛和三江牛大脑组织中低氧适应相关circRNAs的比较分析

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畜牧兽医学报 2020年第3期51卷 490-504页

作者：邓磊柴志欣王嘉博王会王吉坤武志娟信金伟钟金城姬秋梅西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室成都610041 省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室拉萨850009

旨在从circRNA层面加深哺乳动物对高原低氧环境适应性的认识,探索西藏牛和三江牛大脑组织中差异表达的circRNA及相关调控网络,为研究circRNA在西藏牛低氧适应性方面的分子调控机制奠定理论基础。本研究分别采集3头4.5岁健康、雌性西藏... 详细信息

旨在从circRNA层面加深哺乳动物对高原低氧环境适应性的认识,探索西藏牛和三江牛大脑组织中差异表达的circRNA及相关调控网络,为研究circRNA在西藏牛低氧适应性方面的分子调控机制奠定理论基础。本研究分别采集3头4.5岁健康、雌性西藏牛和三江牛的大脑组织作为试验样本,构建cDNA文库进行高通量测序,利用生物信息学方法对宿主基因进行GO和KEGG分析,预测差异表达circRNA下游靶向基因,构建circRNA-miRNA和circRNA-miRNA-mRNA可视化调控网络,辅以RNaseR酶抗性检测和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证测序数据的可靠性。结果,在西藏牛和三江牛的6个样本中,共筛选获得858个显著差异的circRNAs,其中上调表达394个,下调表达464个。其宿主基因共参与49个功能亚类,注释到31条显著富集的信号通路(P<0.05),主要涉及MAPK信号通路、谷氨酸能突触、Rap1信号通路、磷脂酶D信号通路及cGMP-PKG信号通路等生物学过程。靶基因预测结果显示,350个上调和364个下调差异表达circRNAs分别靶向结合492和508个miRNAs。其中,miRNA靶点数最多的是novelcirc017825和novelcirc046762,说明这两个circRNAs可能在西藏牛脑功能调控方面发挥重要作用。circRNA-bta-miR-2284z-mRNA调控网络展示了bta-miR-2284z与circRNA、mRNA间的靶向关系,推测上述circRNAs可能通过充当bta-miR-2284z海绵的方式,间接影响西藏牛脑组织中相关靶向mRNA的表达水平。随机挑选6个circRNA进行RNaseR酶抗性试验和qRT-PCR验证,表达趋势与测序结果一致,说明所获得的circRNA为环状转录本。本研究利用高通量测序技术获得了西藏牛和三江牛大脑组织中circRNA的表达谱及信号通路,并初步构建了circRNA-miRNA-mRNA网络互作模型,为后续进一步探索circRNA参与西藏牛低氧适应性的生物学过程和分子功能,研究circRNA在大型哺乳动物低氧适应性方面的调控机制提供了可靠的数据支持。

关键词：西藏牛三江牛低氧适应性转录组 circRNA

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西藏青稞地方品种主要农艺性状的遗传多样性

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2023年第6期51卷 48-57,65页

作者：卓嘎伦珠朗杰张旭辉旺姆扎桑普布卓玛高利云达瓦顿珠汪妤西北农林科技大学农学院陕西杨凌712100 省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850032

【目的】解析西藏青稞地方品种的表型变异和遗传多样性,为提高西藏青稞育种组合选配的针对性和育种效果提供参考。【方法】从国家作物种质资源库提供的1700份青稞地方品种中选取覆盖西藏青稞种植区域的代表性品种310份,2020-2021年在西... 详细信息

【目的】解析西藏青稞地方品种的表型变异和遗传多样性,为提高西藏青稞育种组合选配的针对性和育种效果提供参考。【方法】从国家作物种质资源库提供的1700份青稞地方品种中选取覆盖西藏青稞种植区域的代表性品种310份,2020-2021年在西藏自治区农牧科学院农业研究所试验地种植供试的310份青稞种质,调查抽穗期、成熟期、株高、穗长、穗粒数、千粒质量,采用Shannon-Weaver多样性指数分析其农艺性状的多样性,利用生物信息学方法进行遗传力、主成分分析、综合评价及聚类分析。【结果】参试310份青稞品种6个主要农艺性状的遗传力为0.43~0.95,其中抽穗期的遗传力最高,而株高的遗传力最低;Shannon-Weaver多样性指数为1.30~1.42,均值为1.38,其中千粒质量和抽穗期的遗传多样性最高,穗长和穗粒数的变异系数最大。西部地区(日喀则、阿里)的青稞品种表现为早熟、矮秆、穗粒数少、千粒质量高;东部地区(昌都、林芝)的青稞品种表现为晚熟、高秆、穗粒数多和千粒质量低。前4个主成分成熟期、穗长、穗粒数和千粒质量代表青稞种质资源表型性状88.67%的遗传信息量。按表型性状的综合得分(F值)大小,筛选出排名前10位的青稞种质分别为ZDM06930、ZDM06926、ZDM06859、ZDM06732、ZDM06631、ZDM06590、ZDM05468、ZDM05131、ZDM04747和ZDM04727,其中来自西藏林芝的ZDM06930品种F值最高(66.49),综合表现最好。聚类分析将农艺性状采集齐全的291份参试材料分为4个类群,聚类结果与材料地理来源较吻合。【结论】西藏青稞地方品种遗传多样性较为丰富,且地区间遗传差异明显,以其为亲本或拟改良亲本育成的后代对西藏地区自然环境的适应性强。

关键词：青稞地方品种农艺性状遗传多样性西藏高原

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短期养分添加对西藏沼泽化高寒草甸地上生物量、植物多样性和功能性状的影响

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草业学报 2023年第11期32卷 17-29页

作者：周娟娟刘云飞王敬龙魏巍省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850000 西藏自治区农牧科学院草业科学研究所西藏拉萨850000

N、P是植物生长发育的主要营养元素,养分添加对退化草地改良复壮起着关键作用。本研究以当雄县格达乡甲多村长期围封刈割的藏嵩草沼泽化草甸为研究对象,开展短期养分添加对地上生物量、植物多样性和功能性状的影响,明确植物多样性和群... 详细信息

N、P是植物生长发育的主要营养元素,养分添加对退化草地改良复壮起着关键作用。本研究以当雄县格达乡甲多村长期围封刈割的藏嵩草沼泽化草甸为研究对象,开展短期养分添加对地上生物量、植物多样性和功能性状的影响,明确植物多样性和群落水平功能性状对地上生物量变化的解释度。结果显示:N添加和N+P添加处理下,地上生物量至少增加39.3%和98.9%。N+P添加与单独N添加相比,显著增加了喜马拉雅嵩草、华扁穗草、禾草类群和杂类草类群的地上生物量(P<0.05);降低了藏嵩草的重要值,增加了喜马拉雅嵩草、早熟禾、鹅绒委陵菜、西藏报春的重要值。N+P添加显著提高了物种丰富度、Shannon-Wiener指数和Simpson指数;物种丰富度、Shannon-Wiener指数与地上生物量呈极显著正相关关系(P<0.01)。养分添加增加了群落水平植株高度和氮含量(P<0.05),N+P添加显著增加群落水平叶片磷含量,增加了叶比重,降低了叶干物质含量;群落水平植株高度、叶片磷含量、叶片氮含量与地上生物量呈正相关关系(P<0.01)。最小二乘结构方程和方差分解结果显示,N添加对群落水平加权性状和地上生物量有显著的正向促进作用(P<0.05),P添加对群落水平加权性状、地上生物量和植物多样性有显著的正向促进作用(P<0.05),氮、磷共同决定了地上生物量的增加。群落水平植物功能性状和植物多样性对地上生物量的总解释度为81.3%,群落水平植物功能性状对地上生物量的解释度为78.5%,植物多样性的解释度为45.5%。综上,群落水平植物功能性状和植物多样性共同决定了高寒沼泽化草甸地上生物量对氮、磷养分添加的响应变化。施氮同时配施磷肥对草地增产和生物多样性维持均有积极作用。

关键词：青藏高原氮磷添加沼泽化高寒草甸物种多样性功能性状地上生物量

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施肥和刈割协同对藏北高原禾草混播群落动态和超产的影响

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草业学报 2023年第10期32卷 28-39页

作者：周娟娟魏巍省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850000 西藏自治区农牧科学院草业科学研究所西藏拉萨850000

应用乡土物种构建人工草地是修复退化草地的有效措施。本研究以藏北高原驯化的垂穗披碱草、麦宾草和中亚早熟禾3种乡土草种为试验对象,设置单播(S_(1)~S_(3))和混播(M_(1)~M_(4))共7个播种组合为主区,嵌套施肥(fertilization,F)、刈割(c... 详细信息

应用乡土物种构建人工草地是修复退化草地的有效措施。本研究以藏北高原驯化的垂穗披碱草、麦宾草和中亚早熟禾3种乡土草种为试验对象,设置单播(S_(1)~S_(3))和混播(M_(1)~M_(4))共7个播种组合为主区,嵌套施肥(fertilization,F)、刈割(cutting,C)、施肥+刈割(F+C),无施肥无刈割(Con)为副区。筛选最佳播种组合,明确不同禾草草地的群落消长动态,探究混播草地超产效应和多样性效应以及物种个体对施肥和刈割的响应,以期为藏北高原退化草地的生态恢复提供科学依据。结果表明:不同播种组合禾草草地均表现出明显的生长季种群消长动态,地上生物量均在9月20日(生长季末)达到峰值,垂穗披碱草为混播群落优势种群;8月20日(孕穗期)根系生物量积累达到极大值,混播M4中F处理根系生物量最高,为669.61 g·m^(-2);垂穗披碱草+麦宾草+中亚早熟禾3物种混播(M_(4))地上生物量最高,F和F+C处理显著增加群落的地上生物量,F+C处理地上生物量高达3190.83 g·m^(-2),垂穗披碱草+麦宾草+中亚早熟禾混播配套施肥和刈割措施是藏北高原建植人工草地较理想的方式。结合自然对数响应比值(LNRR)分析,3个物种中垂穗披碱草的竞争力最强,中亚早熟禾次之,麦宾草最弱。混播M_(1)、M_(2)、M_(3)(Con和C处理)和M4相对产量总和(RYT)皆大于1,且都存在超产;其中,混播M1中Con和C处理、M_(2)中C、F和F+C处理、M_(4)中Con和C处理的选择效应和互补效应共同主导超产效应,M_(1)中F和F+C处理、M_(2)中Con处理、M_(3)中Con和C处理的互补作用主导超产效应。

关键词：人工草地乡土物种施肥和刈割群落动态超产效应藏北高原

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利用全基因组重测序技术研究182份大麦和青稞的基因组结构变异

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西北农业学报 2020年第10期29卷 1502-1509页

作者：徐齐君王玉林杨春葆扎桑于明寨原红军省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室拉萨850002 西藏自治区农牧科学院农业研究所拉萨850032

为探明大麦(Hordeum vulgare L.)和青稞(Hordeum vulgare ***)基因组结构变异与表型和环境适应差异的遗传机制,以大麦基因组为参考,基于182份大麦和青稞样品的全基因组重测序数据,进行了基因组结构变异分析。结果表明:182份大麦和青稞... 详细信息

为探明大麦(Hordeum vulgare L.)和青稞(Hordeum vulgare ***)基因组结构变异与表型和环境适应差异的遗传机制,以大麦基因组为参考,基于182份大麦和青稞样品的全基因组重测序数据,进行了基因组结构变异分析。结果表明:182份大麦和青稞样品的平均测序深度约为12 X,共获得74262个结构变异,包含48078个缺失(65%)、13461个插入(18%)、7012个倒位(9%)和5711个染色体内易位(8%)。大麦参考基因组18.72%(7440/39734)的基因位于结构变异区内。许多与基因组结构变异相关的基因参与了光系统和防御反应过程。研究认为,基于182份大麦和青稞的基因组结构变异分析结果将为大麦和青稞建立一个比较完善的结构变异数据集,并将加深对大麦和青稞物种进化和表型差异分子机制的认识。

关键词：大麦青稞基因组结构变异全基因组重测序功能分析

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青稞白粉菌诱导酵母双杂文库的构建及HVUL0H33228.2互作蛋白的筛选

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分子植物育种 2021年

作者：羊海珍顿珠加布徐齐君省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏自治区农牧科学院农业研究所

白粉病是青稞生产中危害最为严重的病害之一，会造成产量严重下降。本实验室前期筛选到一个白粉菌诱导后上调表达的NF-YB转录因子HVUL0H33228.2。为了进一步明确该基因的作用机制，本研究构建了青稞受白粉菌诱导的酵母双杂交cDNA文库，... 详细信息

白粉病是青稞生产中危害最为严重的病害之一，会造成产量严重下降。本实验室前期筛选到一个白粉菌诱导后上调表达的NF-YB转录因子HVUL0H33228.2。为了进一步明确该基因的作用机制，本研究构建了青稞受白粉菌诱导的酵母双杂交cDNA文库，以HVUL0H33228.2为诱饵进行酵母双杂交筛选。结果表明：所获得的cDNA文库滴度为5.6×108 CFU/mL，插入片段长500～2 000 bp，重组率为94%，符合酵母双杂文库质量要求。利用酵母双杂交系统在该文库中筛选到6个与HVUL0H33228.2相互作用的蛋白，分别为铁氧还蛋白-NADP+氧化还原酶、核酮糖二磷酸羧化酶、叶绿素a/b结合蛋白2和6、光合系统II反应中心蛋白CP43和醛缩酶型TIM桶家族蛋白。本研究为进一步揭示HVUL0H33228.2应答白粉菌侵染的分子机制提供了参考依据。

关键词：青稞白粉病 cDNA文库 HVUL0H33228.2 互作蛋白

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