检索结果-内蒙古大学图书馆

生物技术通报 2019年第2期35卷 129-136页

作者：陈露露王会柴志欣钟金城王吉坤陈智华姬秋梅信金伟西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室成都610041 西南民族大学青藏高原研究院成都610041 西藏自治区农牧科学院省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室拉萨850009

苹果酸脱氢酶具有氧化还原活性,主要控制动物机体的能量代谢。旨在克隆牦牛MDHI基因,结合生物信息学和组织表达分析,为研究牦牛MDHI基因的理化性质及功能奠定基础。结果显示,该基因的cDNA序列长1 169 bp,CDS区全长1 005 bp,编码334个氨... 详细信息

苹果酸脱氢酶具有氧化还原活性,主要控制动物机体的能量代谢。旨在克隆牦牛MDHI基因,结合生物信息学和组织表达分析,为研究牦牛MDHI基因的理化性质及功能奠定基础。结果显示,该基因的cDNA序列长1 169 bp,CDS区全长1 005 bp,编码334个氨基酸,编码的蛋白为亲水性稳定蛋白;属于保守结构域家族;有两个跨膜区,分别是6-22位和34-54位;存在26个磷酸化位点,其中有11个Ser磷酸化位点、11个Thr磷酸化位点、4个Tyr磷酸化位点;二级结构主要由α-螺旋(152个,占45.51%),无规卷曲(110个,占32.93%)组成;三级结构与猪细胞质苹果酸脱氢酶、α-酮丙二酸和四氢NAD的三元复合物的晶体结构具有98.50%的相似性;亚细胞定位分析得到在内质网中分布最多,在高尔基体和细胞核中分布最少;同源性及系统进化树分析表明牦牛该基因与普通牛的同源性最高,推测牦牛MDHI基因在进化水平上较为保守;组织表达分析表明该基因在臀脂中表达量最高,在臀肌中表达量较低,说明该基因参与机体脂肪沉积的调控。成功克隆了MDHI基因CDS区、并进行了生物信息学及组织表达分析。

关键词：牦牛 MDHI基因克隆生物信息学分析组织表达

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措美县高海拔边境地区青稞绿色增产增效关键技术与集成示范试验研究

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高原农业 2020年第3期4卷 226-231页

作者：焦国成普布卓玛扎罗丹巴益西罗布卓嘎达片次央省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室/西藏自治区农牧科学院农业研究所西藏拉萨850032 西藏自治区山南市措美县农业农村局西藏山南856900

选取适合在措美县高海拔地区种植的青稞品种为研究对象,以当地措美黑青稞作为对照,对西藏目前主推春青稞品种“藏青2000”、“藏青690”、“喜马拉22号”3个育成品种和新选育品系“12-10556”等4品种进行比较研究。在全生育期调查和记... 详细信息

选取适合在措美县高海拔地区种植的青稞品种为研究对象,以当地措美黑青稞作为对照,对西藏目前主推春青稞品种“藏青2000”、“藏青690”、“喜马拉22号”3个育成品种和新选育品系“12-10556”等4品种进行比较研究。在全生育期调查和记录主要农艺性状及产量性状,重点调查研究青稞基本苗数、株高、千粒重、亩穗数和穗粒数等性状;同时比较和分析条播、撒播不同的耕作方式对不同青稞品种(系)产量的影响,对不同品种(系)进行了综合比较研究。结果初步表明:“藏青690”的生育期天数较本研究试验选取的其他品种早,并且基本苗、株高、分蘖数等农艺性状都比对照当地品种表现好,亩穗数、千粒重、实际产量等产量性状均比对照当地品种高,“藏青690”较当地地方品种措美黑青稞在不同的耕作方式下的生育期、产量和农艺性状方面都具有明显的优势,初步推断其适宜在高海拔边境地区进行大面积推广与示范。

关键词：青稞高海拔边境地区措美县

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玉树牦牛与四个牦牛群体线粒体DNA D-Loop区遗传多样性分析

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家畜生态学报 2020年第3期41卷 21-26页

作者：侯孟典宋仁德王会柴志欣杨玉文尕才仁汪永洲信金伟钟金城西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室四川成都610041 青海省玉树州畜牧兽医工作站青海玉树815099 青海省玉树曲麻莱县畜牧兽医工作站青海曲麻莱815500 青海省玉树杂多县畜牧兽医工作站青海杂多815300 西藏自治区农牧科学院省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850009

利用线粒体DNA标记方法从分子水平上研究牦牛的遗传多样性。根据牦牛线粒体DNA(mtDNA)序列设计引物,扩增出长度为1000 bp左右的片段,序列对比分析。结果表明:mtDNA D-Loop区长度为945 bp,共发现变异位点127个,单倍型71个,单倍型多样度(... 详细信息

利用线粒体DNA标记方法从分子水平上研究牦牛的遗传多样性。根据牦牛线粒体DNA(mtDNA)序列设计引物,扩增出长度为1000 bp左右的片段,序列对比分析。结果表明:mtDNA D-Loop区长度为945 bp,共发现变异位点127个,单倍型71个,单倍型多样度(Hd)为0.909±0.016,核苷酸多样性(pi)为0.082;其中玉树牦牛发现变异位点74个,单倍型27个,单倍型多样度(Hd)为0.885±0.034,核苷酸多样性(pi)为0.0134;申扎牦牛单倍型多样度、核苷酸多样性和平均核苷酸差异数均最高;5个牦牛群体D-Loop区序列具有一定的A/T碱基偏好性。玉树牦牛不遵循中性进化(P<0.05),其余4个牦牛群体符合中性进化(P>0.05);玉树牦牛与类乌齐牦牛和帕里牦牛的遗传距离较近(0.023、0.018),申扎牦牛与斯布牦牛的遗传距离最远(0.533)。发现玉树牦牛与其余4个群体的牦牛在同一个分支。斯布牦牛和申扎牦牛群体出现两个分支,说明玉树牦牛在进化的过程中可能不存在相互交流的情况。

关键词：玉树牦牛分子标记线粒体DNA D-Loop区遗传距离系统发育树

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牦牛miR-378前体克隆及组织表达分析

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生物技术通报 2019年第1期35卷 58-66页

作者：纪会王会柴志欣王吉坤罗晓林姬秋梅信金伟钟金城西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室成都610041 四川省草原科学研究院成都611731 西藏自治区农牧科学院省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室拉萨850009

旨在克隆牦牛miR-378的前体序列,阐明其组织表达规律,结合bta-miR-378靶基因的生物信息学预测和分析,探讨miR-378在牦牛生长发育过程中的调控功能。采用PCR方法成功克隆类乌齐牦牛miR-378前体序列,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测miR-378... 详细信息

旨在克隆牦牛miR-378的前体序列,阐明其组织表达规律,结合bta-miR-378靶基因的生物信息学预测和分析,探讨miR-378在牦牛生长发育过程中的调控功能。采用PCR方法成功克隆类乌齐牦牛miR-378前体序列,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测miR-378-3p在各组织中的表达模式,结合生物信息学软件TargetScan、DAVID以及数据库NCBI、miRbase等对miR-378进行保守性分析、靶基因预测及其生物学功能分析。结果表明,miR-378在各物种间高度保守,且miR-378-3p在各组织中广泛表达,其中在臀大肌中表达水平最高,显著高于其他组织(P<0.01),在臀脂中的表达高于卵巢、大脑、乳腺和肝脏。获得的272个靶基因主要参与细胞分化、细胞发育、大分子代谢等多个生物学过程,涉及孕酮介导的卵母细胞成熟、促性腺激素释放激素(GnRH)信号通路等,由此推测,miR-378可能在卵泡发育、卵母细胞成熟过程中起关键作用,进而影响母牦牛的繁殖性能。

关键词：牦牛 miR-378 克隆组织表达生物信息分析

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牦牛不同年龄肌肉组织microRNA表达谱及生物信息学分析

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畜牧兽医学报 2019年第5期50卷 957-971页

作者：纪会王会柴志欣王吉坤王嘉博罗晓林姬秋梅信金伟钟金城西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室成都610041 四川省草原科学研究院成都611731 西藏自治区农牧科学院省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室拉萨850009

旨在挖掘牦牛不同年龄肌肉组织中miRNA表达谱,分析其生物学特征,以探索其在牦牛肌肉发育过程中的调节模式。本研究构建0.5、2.5、4.5和7.5岁肌肉组织的4个小RNA文库,利用Solexa技术进行测序,用生物信息学方法和RT-qPCR技术对测序结果进... 详细信息

旨在挖掘牦牛不同年龄肌肉组织中miRNA表达谱,分析其生物学特征,以探索其在牦牛肌肉发育过程中的调节模式。本研究构建0.5、2.5、4.5和7.5岁肌肉组织的4个小RNA文库,利用Solexa技术进行测序,用生物信息学方法和RT-qPCR技术对测序结果进行分析和验证。结果,获得各miRNAs分别在4个年龄段肌肉组织中的表达量,在7.5岁肌肉组织中发现58个共同与0.5、2.5、4.5岁差异表达的miRNAs,其中53个miRNAs在7.5岁肌肉组织中显著下调,5个显著上调。运用R语言进行GO富集和KEGG信号通路分析,58个miRNAs可能通过PI3K-Akt、MAPK、Ras和肌动蛋白细胞骨架调节通路(regulation of actin cytoskeleton)参与调节牦牛肌肉细胞的增殖与分化,且PI3K-Akt、MAPK、Ras 3个信号通路共同靶向53个靶基因,说明3个信号通路相互关联。随机选择8个miRNAs进行RT-qPCR验证,结果表明其中7个miRNAs的表达趋势与测序结果一致。结果表明,牦牛肌肉发育可能受到多种miRNA的调控并涉及多个信号通路,有助于构建肌肉组织中miRNA的调控网络,为进一步研究miRNA调控哺乳动物肌肉发育奠定了理论基础。

关键词：牦牛肌肉组织高通量测序 miRNA

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牦牛SMPX基因CDS区克隆及组织表达分析

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中国畜牧兽医 2019年第5期46卷 1273-1282页

作者：郭梁王吉坤王会柴志欣信金伟姬秋梅钟金城西南民族大学青藏高原研究院青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室四川省重点实验室成都610041 西藏自治区农牧科学院省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室拉萨850009

本研究旨在克隆牦牛X染色体相关小肌肉蛋白(small muscle protein X-link,SMPX)基因的CDS区序列,分析该序列所编码蛋白的结构与功能,并检测SMPX基因在牦牛不同组织中的表达情况。运用RT-PCR技术扩增并克隆SMPX基因CDS区序列,分析其氨基... 详细信息

本研究旨在克隆牦牛X染色体相关小肌肉蛋白(small muscle protein X-link,SMPX)基因的CDS区序列,分析该序列所编码蛋白的结构与功能,并检测SMPX基因在牦牛不同组织中的表达情况。运用RT-PCR技术扩增并克隆SMPX基因CDS区序列,分析其氨基酸序列相似性并构建系统进化树;通过在线软件对其理化性质、二级结构和三级结构进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR方法检测SMPX基因在牦牛右心室、臀大肌、肺脏和大脑4个组织中的表达情况。结果表明,牦牛SMPX基因CDS区全长515 bp,开放阅读框(ORF)长261 bp,编码86个氨基酸。牦牛SMPX氨基酸序列与野牦牛、水牛、家犬、人、白尾鹿德克萨斯亚种、绵羊、黑猩猩、藏羚羊、野猪的相似性分别为100%、97.7%、96.5%、96.5%、95.3%、95.3%、96.5%、94.2%和91.9%,说明其在不同物种间具有较高的保守性。生物信息学分析发现,SMPX蛋白是一种不稳定的亲水性蛋白,二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,为膜内蛋白,无信号肽和跨膜蛋白;SMPX氨基酸序列共有4个磷酸化位点。亚细胞定位结果表明,SMPX蛋白的分布于细胞核(52.2%)、线粒体(43.5%)和细胞质(4.3%)。实时荧光定量PCR检测结果显示,SMPX基因在牦牛右心室中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05)。本试验结果为深入研究SMPX基因在牦牛中的生理功能和调控机制提供了参考数据。

关键词：牦牛 SMPX基因克隆生物信息学组织表达

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西藏牦牛MyoD1基因多态性及与生长性状的关联性分析

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西南农业学报 2019年第2期32卷 439-445页

作者：黄兴柴志欣王会姬秋梅信金伟钟金城西南民族大学/青藏高原研究院四川成都610041 西藏自治区农牧科学院省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850009

【目的】本研究旨在对西藏牦牛MyoD1基因多态性与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状进行关联性分析,以期获得对牦牛重要经济性状具有显著效应的遗传标记。【方法】本研究利用DNA池直接测序、PCR-RFLP与生物信息学技术,对西藏帕... 详细信息

【目的】本研究旨在对西藏牦牛MyoD1基因多态性与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状进行关联性分析,以期获得对牦牛重要经济性状具有显著效应的遗传标记。【方法】本研究利用DNA池直接测序、PCR-RFLP与生物信息学技术,对西藏帕里(PL)、斯布(SB)、申扎(SZ)和类乌齐(LWQ)4个牦牛类群(品种)共148头个体的MyoD1基因内含子2及外显子3部分序列进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状的关联性。【结果】①西藏牦牛MyoD1基因外显子3上存在(C1710T)XmaI酶切位点,多态性检测均存在CC、CT和TT 3种基因型,T/C频率分别为:0.308/0.692、0.400/0.600、0.605/0.395和0.527/0.473,处于中度多态。②适合性检验表明,西藏4个牦牛类群MyoD1基因多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。③利用最小二乘拟合线性模型,对各标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围和体重)进行差异显著性检验,申扎牦牛该位点TT和CT基因型在生长性状上差异显著(P<0.05),CT基因型胸围均高于CC和TT基因型。【结论】可以将MyoD1上的C1710T基因座作为牦牛经济性状选育的一个重要遗传标记,用于育种改良。

关键词：西藏牦牛 MyoD1基因 PCR-RFLP 生长性状关联分析

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牦牛GPR41基因遗传多态性与生长性状关联性研究

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中国畜牧杂志 2019年第2期55卷 58-61页

作者：郝军王吉坤柴志欣王会信金伟钟金城青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室四川省重点实验室西南民族大学四川成都610041 西藏自治区农牧科学院省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850009

本研究旨在探讨G蛋白偶联受体41(GPR41)基因在牦牛中的遗传多态性,对麦洼牦牛(50头)、申扎牦牛(47头)和类乌齐牦牛(28头)GPR41基因外显子区域片段进行扩增,筛查SNPs位点,利用RFLP分子标记技术鉴定其基因型,开展其与生长性状间的关联分析... 详细信息

本研究旨在探讨G蛋白偶联受体41(GPR41)基因在牦牛中的遗传多态性,对麦洼牦牛(50头)、申扎牦牛(47头)和类乌齐牦牛(28头)GPR41基因外显子区域片段进行扩增,筛查SNPs位点,利用RFLP分子标记技术鉴定其基因型,开展其与生长性状间的关联分析,为牦牛品种改良和选育提供遗传学依据。结果表明:在麦洼牦牛中未发现突变位点,申扎和类乌齐牦牛在外显子2区域发现1个突变位点,第4570位碱基发生G→A突变,属同义突变;经RFLP鉴定出3种基因型,命名为AA、AG和GG;χ~2适应性检验显示,申扎牦牛基因型分布不符合Hardy-Weinberg平衡(P<0.01),类乌齐牦牛处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05);申扎牦牛和类乌齐牦牛均表现为中度多态;GPR41基因不同基因型与申扎牦牛体重和体高显著相关,且GG型显著高于AA型(P<0.05),而GPR41基因不同基因型对类乌齐牦牛各体尺性状无显著性影响(P>0.05)。综上,申扎牦牛GPR41基因G4570A基因座可为牦牛选育过程中分子标记选择提供参考。

关键词：牦牛 GPR41基因多态性生长性状关联分析

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类乌齐牦牛EGLN1基因克隆、生物信息学分析及差异表达

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黑龙江畜牧兽医 2019年第7期 6-12,17,163页

作者：管春燕王吉坤柴志欣王会信金伟姬秋梅钟金城西南民族大学青藏高原研究院成都610041 西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室成都610041 西藏自治区农牧科学院省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室拉萨850009

为了对牦牛egl-9家族缺氧诱导因子1 (EGLN1)基因的CDS区核苷酸序列进行克隆,预测其编码的蛋白结构和功能,并分析其在牦牛和黄牛心脏、肺脏、肝脏及大脑等器官中的表达差异,试验根据GenBank中公布的黄牛EGLN1基因mRNA序列设计特异性引物... 详细信息

为了对牦牛egl-9家族缺氧诱导因子1 (EGLN1)基因的CDS区核苷酸序列进行克隆,预测其编码的蛋白结构和功能,并分析其在牦牛和黄牛心脏、肺脏、肝脏及大脑等器官中的表达差异,试验根据GenBank中公布的黄牛EGLN1基因mRNA序列设计特异性引物,运用RT-PCR技术获取牦牛EGLN1基因的cDNA序列,对牦牛EGLN1基因CDS区核苷酸序列与蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统进化树,利用荧光定量PCR技术检测黄牛和牦牛心脏、肺脏、肝脏、大脑中EGLN1基因的相对表达水平。结果表明:牦牛EGLN1基因CDS区序列长度为1 263 bp,编码420个氨基酸;EGLN1的半衰期为30 h,属于碱性蛋白,表现为亲水性,无信号肽及跨膜结构;磷酸化位点共30个,存在3个低复杂区域和1个P4Hc结构功能域;二级结构以无规则卷曲为主,三级结构由无规则卷曲、α-螺旋、延伸链和β-转角构成。牦牛和其他9种动物EGLN1基因序列构建系统进化树中,牦牛与水牛亲缘关系最近,同源性高达99.3%,与褐家鼠亲缘关系较远。EGLN1基因在黄牛和牦牛肝脏、大脑、心脏、肺脏4个器官中均有表达,表达量依次递减;EGLN1基因在牦牛各器官中的相对表达量均显著高于黄牛(P<0.05),其中牦牛肝脏中的相对表达量约为黄牛的5.5倍。说明EGLN1基因可作为牦牛低氧适应性研究的重要基因之一。

关键词：牦牛黄牛 egl-9 家族缺氧诱导因子 1 基因基因克隆组织表达生物信息学分析荧光定量 PCR

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西藏部分山羊群体线粒体DNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

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畜牧与兽医 2019年第3期51卷 16-22页

作者：黄兴柴志欣信金伟王会王吉坤姬秋梅钟金城西南民族大学青藏高原研究院四川成都610041 省部共建青稞和牦牛种质资源与遗传改良国家重点实验室西藏拉萨850009 西藏自治区农牧科学院西藏拉萨850009

为了探究西藏不同山羊群体的遗传多样性和亲缘关系,提取4个山羊群体DNA,扩增其mtDNA D-loop区,并测序。结果显示:西藏山羊群体mtDNA D-loop区长度在1 200～1 212 bp,各群体山羊D-loop区富含A、T碱基,共发现106个多态位点,分离出21个单... 详细信息

为了探究西藏不同山羊群体的遗传多样性和亲缘关系,提取4个山羊群体DNA,扩增其mtDNA D-loop区,并测序。结果显示:西藏山羊群体mtDNA D-loop区长度在1 200～1 212 bp,各群体山羊D-loop区富含A、T碱基,共发现106个多态位点,分离出21个单倍型。西藏山羊群体单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.085 7～1.000 0,0.007 04～0.019 14,4个群体山羊碱基突变率高,表明西藏山羊的遗传多样性非常丰富。核苷酸歧义度、NJ系统进化树表明西藏山羊群体间有共同母系血源,部分支系母系起源于镰刀型角野山羊(Capra aegagrus)和捻角山羊(Capra falconeri),同时存在其他的母系起源,支持山羊品种内的多起源说。

关键词：藏山羊 mtDNA D-loop 遗传多样性系统进化树

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