检索结果-内蒙古大学图书馆

作物学报 2021年第1期47卷 80-93页

作者：郭艳春张力岚陈思远祁建民方平平陶爱芬张列梅张立武福建农林大学农学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

构建并研究黄麻应用核心种质是促进黄麻遗传育种和挖掘优异基因的必要途径。在300份黄麻种质资源的农艺性状观察统计基础上,构建了黄麻应用核心种质,包含61份品种(系),可划分为高产、优质、抗病等16种应用类型。为准确鉴定这61份应用核... 详细信息

构建并研究黄麻应用核心种质是促进黄麻遗传育种和挖掘优异基因的必要途径。在300份黄麻种质资源的农艺性状观察统计基础上,构建了黄麻应用核心种质,包含61份品种(系),可划分为高产、优质、抗病等16种应用类型。为准确鉴定这61份应用核心种质,以46对核心引物为基础,筛选出12对荧光核心引物,采用荧光标记毛细管电泳分析这12对引物的多态性,共检测出140个多态性位点。将毛细管电泳得到的分子量数据以数字+英文字母方式编码,选取了12对荧光核心引物的组合,构建出该应用核心种质的字符串DNA分子身份证,进而构建了相应的条形码和二维码DNA分子身份证,可迅速被电子设备识别。这些结果可促进黄麻种质资源的高效利用及快速分子鉴定。

关键词：黄麻应用核心种质 SSR 荧光分子标记 DNA分子身份证

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甘薯基因组TCP转录因子鉴定与逆境胁迫表达分析

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植物科学学报 2021年第2期39卷 163-171页

作者：毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福州350003 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002

基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的... 详细信息

基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的表达差异。结果显示,甘薯基因组中共有27个TCP转录因子,其中ClassⅠ13个、ClassⅡ(CIN)8个、ClassⅡ(CYC/TB1)6个。甘薯TCP以单个基因或基因簇的形式不均匀分布在15条染色体上,其中6对基因存在潜在复制关系。甘薯ClassⅡ(CYC/TB1)转录因子含有R结构域,其氨基酸序列较为保守。在TCP家族中共发现10个保守基序(motif),基序的氨基酸序列长度为15~60个,其中motif 1含有TCP结构域,motif 3含有R结构域,TCP转录因子的保守基序种类在组间存在一定差异。逆境胁迫下甘薯的转录组数据分析结果表明,TCP转录因子在苗期受蔓割病侵染后有2个差异表达基因;在块根储藏期受低温胁迫下有11个差异表达基因。

关键词：甘薯 TCP 转录因子生物信息学

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烟草根系在青枯病菌侵染早期的蛋白组分析

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分子植物育种 2021年第5期19卷 1466-1472页

作者：高文霞钟东源余文叶炎芳程崖芝巫升鑫陈顺辉吴为人福建农林大学农学院福州350002 福建省烟草专卖局烟草科学研究所福州350003 福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002 福建农林大学福建省作物设计育种重点实验室福州350002 福建农林大学作物应用遗传学福建省高校重点(开放)实验室福州350002

烟草青枯病是一种由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的毁灭性土传病害。为研究烟草根系在青枯菌侵染早期的抗性机理,本研究以抗青枯病品种D101为材料,对接种青枯菌3 h后的烟苗根系进行了蛋白组学分析。结果显示,与未接种的对... 详细信息

烟草青枯病是一种由茄科雷尔氏菌(Ralstonia solanacearum)引起的毁灭性土传病害。为研究烟草根系在青枯菌侵染早期的抗性机理,本研究以抗青枯病品种D101为材料,对接种青枯菌3 h后的烟苗根系进行了蛋白组学分析。结果显示,与未接种的对照比较,青枯菌侵染早期的烟草根系中存在相当比例的差异表达蛋白,但蛋白表达水平的变化幅度总体上不高。在P值小于0.05和变化倍数大于1.2的标准下,筛选到63个差异表达蛋白。对这些蛋白进行基因本体(gene ontology,GO)和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)路径分析发现,烟草根系对青枯菌侵染的早期抗性主要涉及具有杀菌作用的次生代谢物(如木脂素)的合成,能够杀菌和诱导系统抗性的亚磷酸盐的合成,以及活性氧毒性物质(如过氧化氢)的消除方面的生物学过程和路径。本研究结果为深入研究烟草及其它茄科植物抗青枯病的分子机制提供了有价值的线索,也可为烟草青枯病抗性分子育种提供参考。

关键词：烟草青枯病蛋白组早期抗性

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甘薯全基因组WRKY转录因子的基因鉴定与逆境胁迫表达分析

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2021年第9期49卷 30-44页

作者：毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学农学院福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福建福州350003

【目的】对甘薯(Ipomoea batatas)全基因组WRKY转录因子进行基因鉴定与逆境胁迫表达分析,为甘薯WRKY基因的应用提供参考。【方法】在甘薯全基因组序列的基础上,应用生物信息学方法对WRKY基因进行挖掘,分析基因潜在复制关系、保守结构域... 详细信息

【目的】对甘薯(Ipomoea batatas)全基因组WRKY转录因子进行基因鉴定与逆境胁迫表达分析,为甘薯WRKY基因的应用提供参考。【方法】在甘薯全基因组序列的基础上,应用生物信息学方法对WRKY基因进行挖掘,分析基因潜在复制关系、保守结构域、亚家族系统进化树、保守基序和抗逆表达模式,并对甘薯SPF1基因与IbWRKY基因进行了比较和分析。【结果】甘薯全基因组上共有82个WRKY基因,可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个类型,其中类型Ⅰ和类型Ⅲ的成员数量分别为18和5,类型Ⅱ可进一步分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e 5个亚类,其成员数量分别为4,14,20,8和13。甘薯WRKY基因不均匀分布于15条染色体上,其中25对基因存在潜在复制关系。保守结构域分析发现,大部分WRKY的结构域高度保守,但个别基因存在保守结构域缺失现象。拟南芥与甘薯的WRKY转录因子在系统进化树上呈现按物种少量聚集的现象。在甘薯WRKY转录因子家族中共发现10个保守基序,包括含有WRKY七肽结构域的基序1和基序7、含有锌指结构域的基序2和基序3,其中基序3为Ⅰ类型WRKY转录因子N端WRKY结构域所特有。对逆境胁迫下的甘薯转录组数据进行分析发现,甘薯苗期在蔓割病菌(Fusarium oxysporum ***)侵染后共有19个WRKY基因差异表达,甘薯块根贮藏期在低温胁迫下有34个WRKY基因差异表达。蛋白序列比较和分析结果表明,甘薯SPF1的氨基酸序列与IbWRKY32的氨基酸序列一致度最高,为85.4%。【结论】甘薯全基因组中鉴定得到82个WRKY基因,其结构域较为保守,在蔓割病胁迫与低温胁迫条件下均存在差异表达。

关键词：甘薯 WRKY转录因子生物信息学逆境胁迫

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不同地理种群紫萍对水体氮和磷的生理响应和吸收能力的差异

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生态学杂志 2021年第6期40卷 1734-1744页

作者：刘艳红吴磊林熠斌廖露赵义叶茂曾任森孙仲享福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/农学院福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002 贵州大学昆虫研究所贵州省山地农业病虫害重点实验室贵阳550025

养殖场高浓度氮磷废水的排放对环境造成巨大污染。紫萍具有很强的净化水体污染物的能力,然而,不同地理种群紫萍对水体氮和磷吸收净化的研究还比较缺乏。本研究从中国南方不同地区采集15个紫萍种群,分析在高浓度氮和磷的水体中不同地理... 详细信息

养殖场高浓度氮磷废水的排放对环境造成巨大污染。紫萍具有很强的净化水体污染物的能力,然而,不同地理种群紫萍对水体氮和磷吸收净化的研究还比较缺乏。本研究从中国南方不同地区采集15个紫萍种群,分析在高浓度氮和磷的水体中不同地理种群紫萍的生理响应和对氮磷吸收能力的差异性。结果表明:不同地理种群紫萍之间的生长表型和生理指标(叶状体个数、鲜重、干重、根长和蛋白质含量)均达到极显著差异(P <0.001)。进一步研究发现,不同地理种群紫萍对水体中氮和磷的生理响应和吸收能力也存在较大差异。不同地理种群紫萍对高氮的耐受性不同,氮耐受指数范围为64.47%~119.42%,其中昆明和乐山两地紫萍的氮吸收能力最高,分别为0.12和0.11 mg·pot^(-1)·d^(-1)。不同地理种群紫萍对高磷的耐受性差异较大,磷耐受指数范围为81.22%~157.73%,磷吸收能力以大理和武汉种群最高,分别为0.06和0.05 mg·pot^(-1)·d^(-1)。为了鉴定与紫萍净化氮磷能力相关的生理指标,通过关联分析,发现不同地理种群紫萍的叶状体个数、生物量、耐受性与其对氮和磷的净化能力均呈显著正相关,说明叶状体个数、生物量、耐受性对于紫萍净化氮磷能力具有重要的作用。本研究从生长表型和生理层面揭示了不同地理种群紫萍对高浓度氮磷的生理响应以及对水体氮磷净化能力的差异,获得了对水体氮磷污染具有较理想净化效果的紫萍种群,研究结果可为合理利用紫萍资源进行水体净化提供科学依据。

关键词：紫萍地理种群氮和磷净化能力叶状体个数生理响应

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甘薯NAC转录因子家族的全基因组鉴定与分析

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热带作物学报 2021年第7期42卷 1831-1840页

作者：黄小芳毕楚韵王和寿陈其俊胡韵卓陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学农学院福建福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002

利用生物信息学方法对甘薯(Ipomoea batatas)基因组中NAC转录因子进行鉴定、保守结构域分析、motif查找、染色体定位、系统进化树分析以及逆境胁迫下基因表达分析。结果表明:甘薯全基因组序列中含有91个NAC转录因子基因,非均匀分布于甘... 详细信息

利用生物信息学方法对甘薯(Ipomoea batatas)基因组中NAC转录因子进行鉴定、保守结构域分析、motif查找、染色体定位、系统进化树分析以及逆境胁迫下基因表达分析。结果表明:甘薯全基因组序列中含有91个NAC转录因子基因,非均匀分布于甘薯15条染色体上;系统进化树及motif分析结果显示,91个甘薯NAC家族成员可分为16个亚组,共包含20个motif,其中大部分家族成员中均含有motif 2、motif 4、motif 1、motif 8和motif 3,这5个motif分别对应NAC结构域中的5个子域A、B、C、D和E。在与拟南芥(Arabidopsis thaliana)NAC转录因子共同构建的进化树中,有64个甘薯NAC家族成员被归入拟南芥NAC基因家族的14个亚组,其中,NAC2亚组包含的成员数最多,有9个,TIP和AtNAC3亚组均仅有1个。转录组数据分析结果显示,在蔓割病菌(Fusarium oxysporum ***,Fob)胁迫下甘薯NAC基因家族中有10个基因的表达量发生变化;而在低温环境下有25个NAC基因差异表达。本研究结合利用基因组与转录组数据分析,该结果为进一步研究甘薯NAC基因家族的功能提供参考。

关键词：甘薯 NAC 转录因子生物信息学

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深耕对烤烟产量产值及根际土壤微环境的影响

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南方农业学报 2023年第8期54卷 2195-2206页

作者：张汴泓雷涵李日坤杨铭榆潘睿欣潘美清王成己唐莉娜黄锦文作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建农林大学农学院福建福州350002 作物生态与分子生理学福建省高校重点实验室福建福州350002 赣州市烟草公司石城分公司江西赣州342700 福建省农业科学院农业生态研究所/农业农村部福州农业环境科学观测实验站福建福州350013 福建省烟草专卖局烟草科学研究所福建福州350003

【目的】探讨深耕栽培对烤烟产量产值及根际土壤特性和微生态系统的影响,以期为福建烟区构建合理耕层及建立烤烟优质高效栽培体系提供科学依据。【方法】以福建烟区自然耕深15 cm+中耕培土为对照(CK),设耕深20 cm+中耕培土(D1)、耕深25 ... 详细信息

【目的】探讨深耕栽培对烤烟产量产值及根际土壤特性和微生态系统的影响,以期为福建烟区构建合理耕层及建立烤烟优质高效栽培体系提供科学依据。【方法】以福建烟区自然耕深15 cm+中耕培土为对照(CK),设耕深20 cm+中耕培土(D1)、耕深25 cm+中耕培土(D2)和耕深25 cm+免中耕培土(D3)3个深耕处理,对比分析各处理的烤烟产量产值及土壤理化性质差异,并采用Illumina MiSeq高通量测序技术,系统分析深耕处理下根际细菌结构差异与功能多样性变化,运用Spearman相关系数与随机森林模型评估根际细菌群落与土壤养分及烤烟产量的相关性。【结果】深耕可显著提高烤烟产量产值(P<0.05,下同),以D2处理增产增效效果最好,但与D3处理间差异不显著(P>0.05,下同)。土壤性质方面,各深耕处理均可较CK显著改善土壤总孔隙度和毛管孔隙度;土壤碱解氮含量及脲酶、蔗糖酶和过氧化氢酶活性随着耕深的加深而提高。适当深耕可显著提高细菌α多样性;深耕处理下绿弯菌门(Chloroflexi)与伯克氏菌属(Burkholderia)相对丰度显著上升,而罗河杆菌属(Rhodanobacter)相对丰度显著下降。Bugbase表型预测结果表明,深耕处理可显著提高根际土壤好氧菌与革兰氏阴性菌丰度,D2和D3处理较CK和D1处理显著提高氧化胁迫耐受菌相对丰度。FAPROTAX功能预测结果显示,各深耕处理均可较CK显著提升固氮作用(Nitrogen fixation)、纤维素分解(Cellulolsis)等养分循环方面功能相对丰度。随机森林模型预测结果显示,固氮作用是影响烤烟产量形成的最主要因素。【结论】在福建烟区耕层普遍变浅现状下,适度深耕(25 cm)对改善烤烟根际微生态环境有积极作用,但适度深耕下烤烟旺长前是否进行中耕培土对烤烟产量产值无显著影响。

关键词：深耕烤烟根际土壤高通量测序随机森林模型

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不同时期追施氮肥对成熟期蜜柚树体氮素分配的影响

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植物营养与肥料学报 2021年第4期27卷 553-564页

作者：徐凯悦王晓华宋彪郭世伟郑朝元郭九信吴良泉苏达福建农林大学资源与环境学院/国际镁营养研究所福建福州350002 福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建福州350002 南京农业大学资源与环境科学学院江苏南京210095

【目的】研究不同时期追施氮肥对成熟期蜜柚树体氮素分配的影响,为蜜柚果园氮肥的合理运筹和高效利用提供理论依据。【方法】以7年生红肉蜜柚[Citrus grandis(L.)***]为试材进行高量(对照)和减量施肥试验。供试尿素以5∶3∶2的比例分别... 详细信息

【目的】研究不同时期追施氮肥对成熟期蜜柚树体氮素分配的影响,为蜜柚果园氮肥的合理运筹和高效利用提供理论依据。【方法】以7年生红肉蜜柚[Citrus grandis(L.)***]为试材进行高量(对照)和减量施肥试验。供试尿素以5∶3∶2的比例分别在春梢萌发期、稳果期和果实膨大期追施,在每个时期的追施尿素中加入5%的^(15)N-尿素。在成熟期,采集蜜柚各部位器官样品,测定生物量、氮浓度、^(15)N丰度,计算不同器官从肥料中吸收分配到的^(15)N量对该器官全氮量的贡献率(Ndff)、^(15)N分配率以及^(15)N利用率。【结果】对照处理中,在春梢萌发期追施^(15)N-尿素的蜜柚果实、当年生挂果枝上的叶和枝的Ndff值较高;在稳果期追施^(15)N-尿素的蜜柚果实的Ndff值显著高于其它器官;在果实膨大期追施^(15)N-尿素的蜜柚,则以当年生未挂果枝和叶的Ndff值最高。减量施肥处理中,在春梢萌发期和稳果期追施^(15)N-尿素的,Ndff值在果实、营养器官和贮藏器官与对照相似;在果实膨大期追施^(15)N-尿素的,枝条中的Ndff值都高于叶片,这与对照处理当年生未挂果枝叶Ndff值最高有所差异。成熟期不同器官的^(15)N分配率表现为:对照处理中,在春梢萌发期追施^(15)N-尿素的,果实^(15)N分配率(52.5%)显著高于营养器官(25.5%)和贮藏器官(22.1%);在稳果期追施^(15)N-尿素的,^(15)N分配率以果实中最高(61.3%),其次是贮藏器官(25.4%),显著高于营养器官(13.3%);在果实膨大期追施^(15)N-尿素的,^(15)N分配率在贮藏器官进一步增加至最高(44.0%),其次为营养器官(35.8%),最低为果实(20.3%)。减量施肥中,在春梢萌发期和稳果期追施^(15)N-尿素的,^(15)N在不同器官的分配率与对照相似,而在果实膨大期追施^(15)N-尿素,^(15)N分配率以贮藏器官最大(45.8%),其次为果实(34.3%),最低为营养器官(19.9%)。对照和减量施肥两个处理的氮肥利用率均以春梢萌发期施入^(15)N-尿素的处理最低。对照处理中,^(15)N利用率总体随^(15)N-尿素施用时期的后移而逐步提高,减量施肥中,以稳果期施入^(15)N-尿素处理的利用率最高(37.5%),且减量施肥蜜柚树体各器官的^(15)N利用率均高于对照,并以果实中^(15)N利用率的增幅最大。【结论】利用^(15)N示踪技术研究发现,春梢萌发期施入的氮肥,主要分配到果实以及当年生枝叶中,稳果期施入的氮肥较多分配在果实中,而果实膨大期施入的氮肥可以显著提高贮藏器官的氮素积累,有利于来年果实的生长。因此,在蜜柚生产上,春梢萌发期施肥量可以适当减少,以避免氮肥的大量损失;稳果期施肥作为果实氮素积累的关键施肥时期,施肥量需得到保障;同时需要追施果实膨大肥增加贮藏营养,用于果树的花芽分化,提高翌年果实的产量与品质。适当优化氮肥用量有利于抑制蜜柚果树的过度营养生长,提高果实的氮素利用率,具体优化比例还需进一步研究。

关键词：蜜柚减量施肥时空特征 ^(15)N-尿素

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甘薯基因组BBX转录因子基因鉴定与逆境胁迫表达分析

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四川农业大学学报 2021年第2期39卷 157-165页

作者：毕楚韵黄小芳黄伟群刘江洪胡韵卓黄碧芳林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建省种子总站福州350003 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002

【目的】甘薯BBX基因的鉴定和逆境胁迫表达分析可为探究其功能和甘薯的抗性育种提供参考。【方法】利用甘薯栽培种"泰中6号"全基因组序列和甘薯逆境胁迫下的转录组数据,进行BBX转录因子的鉴定和分析,包括进化树、染色体定位... 详细信息

【目的】甘薯BBX基因的鉴定和逆境胁迫表达分析可为探究其功能和甘薯的抗性育种提供参考。【方法】利用甘薯栽培种"泰中6号"全基因组序列和甘薯逆境胁迫下的转录组数据,进行BBX转录因子的鉴定和分析,包括进化树、染色体定位、基因相似度分析、保守结构域、保守基序和抗逆表达模式。【结果】甘薯基因组中共鉴定到24个BBX转录因子基因,其中5对基因相似度高。BBX基因编码的蛋白具有1个或2个B-Box结构域,其中8个蛋白还包含CCT结构域,这些结构域在甘薯BBX蛋白中均较为保守,保守基序motif 2代表甘薯BBX蛋白的CCT结构域。转录组学数据结果表明,甘薯在蔓割病菌侵染后,有3个BBX基因发生差异性表达。甘薯块根在长达2周或6周的冷胁迫下,13个BBX基因表达量发生变化,其中多数为表达下调。【结论】甘薯全基因组中鉴定得到24个BBX转录因子基因,在低温胁迫和蔓割病胁迫条件下分别有13和3个基因存在差异表达。

关键词：甘薯 BBX 转录因子生物信息学

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基于黄麻转录组序列SNP位点的CAPS标记开发与验证

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作物学报 2020年第7期46卷 987-996页

作者：陶爱芬游梓翊徐建堂林荔辉张立武祁建民方平平福建农林大学金山学院福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室/福建省分子设计育种实验室福建福州350002

黄麻CAPS分子标记的开发,可以为黄麻遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子标记辅助选择等研究提供有效方法。本试验以黄麻179和爱店野生种为材料,采用IlluminaHiSeq4000测序技术进行转录组测序,对其SNP位点进行分析,设计了与木质素合成基... 详细信息

黄麻CAPS分子标记的开发,可以为黄麻遗传多样性分析、种质资源鉴定和分子标记辅助选择等研究提供有效方法。本试验以黄麻179和爱店野生种为材料,采用IlluminaHiSeq4000测序技术进行转录组测序,对其SNP位点进行分析,设计了与木质素合成基因4CL、COMT及转录因子MYB相兲的SNP引物,在此基础上,应用dCAPS Finder2.0软件开发了CAPS标记,并对其有效性进行了验证。结果表明:(1)组装后的黄麻unigene序列共72,674条,序列总长度为29,705,997 bp,检测到的SNP位点总数为67,567个,平均每440 bp有1个SNP。(2)获得了39对分别与4CL、COMT和MYB相兲的SNP引物,从中筛选获得26对CAPS标记引物,开发成功率为66.7%,其中11对CAPS标记具有多态性,多态性比例为43.2%。(3)开发的CAPS标记能较好地将12份不同类型的黄麻种质区分开来,表明CAPS是适用于黄麻研究的较理想的分子标记方法,为黄麻遗传基础研究提供了可靠工具。

关键词：黄麻转录组 SNP位点 CAPS标记开发

来源：评论

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