检索结果-内蒙古大学图书馆

分子植物育种 2018年第11期16卷 3622-3628页

作者：迟文超黄力坤唐唯其高文霞吴为人福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学福建省作物设计育种重点实验室福州350002 福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002

烟草中已开发的SSR标记只有一部分定位到遗传图谱中(记为M-SSR),而大部分还没有定位(记为N-SSR)。本研究利用已发表的5 000多对烟草SSR标记引物和包含2 000多个SSR标记的高密度遗传图谱以及3个烟草品种基因组序列的数据,通过e-PCR将SSR... 详细信息

烟草中已开发的SSR标记只有一部分定位到遗传图谱中(记为M-SSR),而大部分还没有定位(记为N-SSR)。本研究利用已发表的5 000多对烟草SSR标记引物和包含2 000多个SSR标记的高密度遗传图谱以及3个烟草品种基因组序列的数据,通过e-PCR将SSR标记定位到烟草基因组中,并根据位于相同支架的M-SSR和N-SSR标记的连锁关系,将92个N-SSR标记定位到烟草遗传图中。本研究结果增加了烟草SSR遗传图的密度,证明了这种电子遗传定位方法的可行性,可在不同物种中应用。

关键词：烟草 SSR 遗传定位 e-PCR

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甘蔗易化子家族蛋白Sc ZIFL1与6K2互作应答SCMV侵染

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作物学报 2022年第12期48卷 3080-3090,I0001-I0012页

作者：刘淑娴杨宗桃程光远张海周营栓商贺阳黄国强徐景升农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室/福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心/教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002

易化子超家族转运蛋白(major facilitator superfamily,MFS)在生物中普遍存在,锌诱导类辅助因子(zinc induced facilitator like,ZIFL)是MFS成员,参与小分子有机物运输。本课题组前期利用酵母双杂交(yeast two-hybrid,Y2H)技术从甘蔗(Saccharum ***)中分离鉴定了1个与甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)编码蛋白6K2互作的ZIFL,命名为Sc ZIFL1。本研究利用双分子荧光互补技术(bimolecular fluorescence complementation,Bi FC)进一步验证了Sc ZIFL1与SCMV-6K2的互作。生物信息学分析表明,Sc ZIFL1长度为484个氨基酸,无信号肽,具有12个跨膜结构域,为不稳定的疏水性蛋白。序列比对分析表明,Sc ZIFL1具有MFS保守的半胱氨酸模体、特征基序及反向运输基序。系统进化树分析表明,该蛋白在单子叶和双子叶植物之间,以及单子叶C_(3)植物和C_(4)植物之间存在明显分化。亚细胞定位试验表明,Sc ZIFL1定位于液泡膜,部分与SCMV-6K2共定位。实时荧光定量PCR分析发现,Sc ZIFL1基因的表达具有明显的组织特异性,在茎中表达最高,叶中次之,根中最低;在完成形态建成且处于旺盛工作状态的+1叶和第8节间中的相对表达量显著高于未成熟的心叶、第3节间和渐衰叶片+7叶;接种SCMV后,Sc ZIFL1表达量在侵染早期显著上调,随后持续高表达。

关键词：甘蔗花叶病毒 6K2 ZIFL1 蛋白互作

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地黄NRT1家族基因的鉴定和表达特性分析

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中国中药杂志 2021年第11期46卷 2788-2797页

作者：古力王丰青李明杰林梅桂王建明王峰吉张重义福建农林大学农学院福建福州350002 河南农业大学农学院河南郑州450002 福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建福州350002

植物中NRT1家族蛋白具有吸收和转运硝酸盐的功能。为了鉴定地黄NRT1家族基因,该研究以11个拟南芥NRT1同源蛋白为探针序列,在地黄转录组数据库中进行BLASTN,对获得的NRT1家族蛋白的分子特征、保守结构域、跨膜结构、亚细胞定位、系统进... 详细信息

植物中NRT1家族蛋白具有吸收和转运硝酸盐的功能。为了鉴定地黄NRT1家族基因,该研究以11个拟南芥NRT1同源蛋白为探针序列,在地黄转录组数据库中进行BLASTN,对获得的NRT1家族蛋白的分子特征、保守结构域、跨膜结构、亚细胞定位、系统进化树进行分析,并对NRT1家族基因的时空表达模式及其响应逆境胁迫的表达特性进行了系统研究。结果表明,18个地黄NRT1家族基因编码区长度1 260~1 806 bp,分别编码419~601个氨基酸,均具有典型的肽转运蛋白结构域,有7~12个跨膜结构域。大部分蛋白被定位在细胞质膜上,均为疏水性蛋白。同时,进化分析显示获取的NRT1蛋白家族可分为2个亚家族,其中14个NRT1家族基因在进化过程中发生了正向选择,4个基因发生了钝化选择。此外,18个NRT1家族基因在地黄不同组织中的表达模式存在较大差异,其表达量对逆境胁迫的响应特性也有区别,预示着18个NRT1家族蛋白可能在地黄硝酸盐转运中具有明显的功能分化。该研究为解读地黄生长发育对氮素的吸收和转运机制,进一步研究地黄NRT1蛋白在硝酸盐吸收和转运中的分子功能奠定了理论基础。

关键词：地黄 NRT1蛋白序列分析表达特性

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F-box蛋白家族在植物抗逆响应中的作用机制

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中国生态农业学报 2018年第8期26卷 1125-1136页

作者：贾琪孙松孙天昊林文雄福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/作物生态与分子生理学福建省高校重点实验室福州350002

SCF复合体泛素连接酶E3介导的泛素化蛋白降解是翻译后水平上对生命进程进行调控的一个重要方式。它的关键组分F-box蛋白负责识别被降解的靶底物蛋白。植物F-box基因家族成员众多,极具多样性。F-box蛋白N端常含F-box基序,C端常为蛋白互... 详细信息

SCF复合体泛素连接酶E3介导的泛素化蛋白降解是翻译后水平上对生命进程进行调控的一个重要方式。它的关键组分F-box蛋白负责识别被降解的靶底物蛋白。植物F-box基因家族成员众多,极具多样性。F-box蛋白N端常含F-box基序,C端常为蛋白互作保守结构域,该结构具多样性,可识别不同底物,是F-box蛋白分类的依据。研究表明,F-box蛋白参与调控植物的许多生命进程,包括抗逆反应。本文就近年来F-box蛋白在植物抗逆反应中的作用机制进行总结。F-box蛋白大多以SCF复合体泛素连接酶E3介导的泛素化蛋白降解目标蛋白的方式调控抗逆反应,也有不依赖形成SCF复合体的方式行使功能,不少F-box蛋白参与了植物激素信号传导,通过调控转录因子活性而改变下游基因的表达,由此影响了植物的抗逆反应。基因表达谱的生物信息学预测表明,大多数F-box基因参与了植物抗逆反应,目前只有其中一小部分已报道了其抗逆调节功能。在此综述了这些F-box蛋白在植物抗逆胁迫中的研究进展。在干旱和盐碱胁迫反应中,F-box基因常通过影响植物激素脱落酸、乙烯等植物激素信号传导而调控抗逆。由于干旱和盐碱胁迫具协同性,不少F-box基因同时参与抗旱和抗盐碱胁迫,但调节方式有所不同,一些F-box基因对抗干旱和盐碱的反应具协同性,从总体上调控植物的渗透胁迫和离子毒害反应;而另一些F-box基因对干旱和盐胁迫反应的调节作用相反,它们可能在植物抗逆的精细调节中起作用。在低温胁迫反应中,F-box蛋白可调节植物抗低温的CBF信号途径。在生物胁迫反应中,F-box基因常通过影响植物激素茉莉酸和水杨酸途径来调控抗病,病原菌也以攻击植物SCF复合体使植物致病。此外,植物激素信号途径之间相互作用,共同影响抗逆反应。

关键词： F-box蛋白家族 SCF复合体植物环境胁迫抗逆反应

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甘蔗PsbR亚基应答SCMV侵染及其与SCMV-6K2的互作

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作物学报 2021年第8期47卷 1522-1530页

作者：张海程光远杨宗桃刘淑娴商贺阳黄国强徐景升福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心/农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室/教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002

光系统II(Photosystem II,PSII)的PsbR亚基对于放氧复合体(oxygen-evolving complex)的组装和稳定具有至关重要的作用。本课题组前期克隆了甘蔗(Saccharum ***)的PsbR亚基编码基因,命名为ScPsbR,并利用酵母双杂交技术(yeast two hybrid,Y2H)验证了ScPsbR与甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)编码蛋白6K2的互作。本研究通过生物信息学分析表明,ScPsbR具有典型的PsbR亚基结构域,无信号肽,具有1个跨膜结构域,为稳定的疏水性蛋白。系统进化树分析表明,该蛋白在C3和C4植物中存在明显的分化。亚细胞定位试验表明,ScPsbR定位于叶绿体且与SCMV-6K2共定位。双分子荧光互补(bimolecular fluorescence complementation,BiFC)试验进一步验证了ScPsbR与SCMV-6K2的互作。实时荧光定量PCR检测表明,ScPsbR基因表达具有显著的组织特异性,在根和茎中表达极少,未成熟叶片和初衰叶中次之,成熟叶片中相对表达量最高;SCMV侵染显著影响ScPsbR基因表达,ScPsbR基因在侵染0~12 h显著上调,侵染1~5 d下调至略低于对照的水平,但差异不显著,侵染7~15 d显著下调。

关键词： PsbR亚基甘蔗花叶病毒 6K2 蛋白互作

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水蕨的农田生境调查和人工繁育探索

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中国生态农业学报 2012年第6期20卷 810-812页

作者：黄碧光陈庆山林文雄福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002 福建农林大学农业生态研究所福州350002

水蕨（Ceratopteris thalictroides）是水蕨科（Parkeriaceae）、水蕨属（Ceratopteris）的蕨类植物[1]。中国境内有2种：水蕨和粗梗水蕨（***）[1],分布于长江以南,湿生,茎叶入药治胎毒、消痰积,嫩叶可做蔬菜[1],同时是研究性别决定和... 详细信息

水蕨（Ceratopteris thalictroides）是水蕨科（Parkeriaceae）、水蕨属（Ceratopteris）的蕨类植物[1]。中国境内有2种：水蕨和粗梗水蕨（***）[1],分布于长江以南,湿生,茎叶入药治胎毒、消痰积,嫩叶可做蔬菜[1],同时是研究性别决定和基因定位的良好材料[2]。水蕨对生存环境的质量要求较高,可用于农田环境监测,洗涤剂、除草剂。

关键词：水蕨属人工繁育农田生境环境监测蕨类植物中国境内基因定位

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甘蔗PsbS亚基应答甘蔗花叶病毒侵染及其与6K2蛋白的互作研究

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作物学报 2020年第11期46卷 1722-1733页

作者：张海刘淑娴杨宗桃王彤程光远商贺阳徐景升福建农林大学国家甘蔗工程技术研究中心/农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室/教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002

非光化学猝灭(non-photochemical quenching,NPQ)是高等植物主要的光保护调节机制,光合系统Ⅱ(PhotosystemⅡ,PSⅡ)的Psb S亚基在NPQ起关键作用。甘蔗(Saccharum ***)中PSⅡPsb S亚基应答甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)的侵染尚未见报道。本课题组在前期研究中克隆了甘蔗的Psb S亚基编码基因,命名为Sc Psb S,该基因开放读码框(open reading frame, ORF)长度为798 bp,编码长度为265个氨基酸的蛋白。生物信息学分析表明, Sc Psb S为稳定的疏水性蛋白,具有叶绿体定位信号,有4个跨膜结构域;具有典型的Psb S亚基结构域。系统进化树分析表明, Sc Psb S在单子叶、双子叶以及单子叶的C3和C4植物中存在明显的分化。亚细胞定位分析表明,Sc Psb S定位于叶绿体且与SCMV-6K2部分共定位于叶绿体。双分子荧光互补(bimolecular fluorescence complementation, BiFC)试验进一步证实了ScPsbS与SCMV-6K2互作。实时荧光定量PCR分析发现, ScPsbS基因的表达具有明显的组织特异性,在成熟叶片中相对表达量最高,未成熟叶片和初衰叶中次之,茎和根中几乎不表达;SCMV侵染对ScPsbS基因表达影响显著, ScPsbS基因在侵染早期显著上调,侵染后期没有明显的差异。

关键词：甘蔗 PsbS亚基甘蔗花叶病毒 6K2 光保护

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水稻苗期耐盐突变体的遗传分析及基因定位

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遗传 2013年第9期35卷 1101-1105页

作者：汪斌刘婷婷张淑君兰涛官华忠周元昌吴为人福建农林大学作物遗传育种与综合利用省部共建教育部重点实验室福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学作物科学学院福州350002

在籼稻品种R401辐射诱变的M2群体中筛选到一个苗期耐盐突变体,在150mmol/L的NaCl溶液处理下对照植株枯萎死亡,而突变体植株依然存活。以粳稻品种Nipponbare(不耐盐)和耐盐突变体作亲本,构建了一个F2群体,调查该群体在150mmol/L的NaCl溶... 详细信息

在籼稻品种R401辐射诱变的M2群体中筛选到一个苗期耐盐突变体,在150mmol/L的NaCl溶液处理下对照植株枯萎死亡,而突变体植株依然存活。以粳稻品种Nipponbare(不耐盐)和耐盐突变体作亲本,构建了一个F2群体,调查该群体在150mmol/L的NaCl溶液胁迫下的表现,发现Nipponbare和耐盐突变体苗期耐盐性的差异受单个主基因控制,耐盐为隐性,将该基因暂时命名为SST(t)。利用该F2群体,采用集团分离分析(Bulked segregant analysis,BSA)法将SST(t)定位在第6染色体上,进一步对F2群体中137个典型的耐盐单株的分子标记进行分析,将该基因定位在InDel标记ID26847和ID27253之间,约2.3cM(或406kb)的区间内,与两标记分别相距1.2cM和1.1cM。

关键词：水稻苗期耐盐性遗传基因定位

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甘蔗Rieske Fe/S蛋白前体基因ScPetC的克隆及表达分析

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作物学报 2020年第6期46卷 844-857页

作者：郑清雷余陈静姚坤存黄宁阙友雄凌辉许莉萍福建农林大学/农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学/教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002 福建农林大学生命科学学院广西玉林537000 玉林师范学院农学院福建福州350002

细胞色素b6f复合体还原型铁硫蛋白前体(Cytochrome b6f complex Rieske Fe/S precursor protein,PetC)是由细胞核PetC基因编码的蛋白,其成熟蛋白参与构成细胞色素b6f复合体,是电子传递的重要元件。基于前期构建的受高粱花叶病毒(Sorghum... 详细信息

细胞色素b6f复合体还原型铁硫蛋白前体(Cytochrome b6f complex Rieske Fe/S precursor protein,PetC)是由细胞核PetC基因编码的蛋白,其成熟蛋白参与构成细胞色素b6f复合体,是电子传递的重要元件。基于前期构建的受高粱花叶病毒(Sorghum mosaic virus,SrMV)侵染的甘蔗转录组数据库,从主栽甘蔗品种‘新台糖22号’叶片中成功克隆到该基因,并命名为ScPetC(GenBank登录号为MH333037.1)。生物信息学分析发现,ScPetC基因cDNA全长824bp,包含了一个678bp的开放阅读框,编码226个氨基酸。ScPetC属于PRK13473超家族,其C末端具有典型的Rieske保守结构域;蛋白理论等电点为8.19,属于稳定的、亲水性蛋白;二级结构多为无规则卷曲,三级结构预测其比其他植物PetC多出一段α螺旋结构。在本氏烟(Nicotiana benthamiana)叶片瞬时表达中,ScPetC定位于叶绿体、细胞质和细胞膜。尽管前人研究表明,ScPetC的表达量会受SrMV侵染的影响,不同于半夏(Pinellia ternata)PetC与大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)P1蛋白之间的互作,ScPetC不能与SrMV-P1蛋白互作,但能与甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus,SCYLV)P0蛋白互作。实时荧光定量PCR分析表明,ScPetC基因在甘蔗不同组织中均有表达,但在叶片中的表达量最高。甘蔗受脱落酸胁迫3 h时,ScPetC表达量显著上调,但是随着处理时间的延长,表达受到抑制;在茉莉酸甲酯、水杨酸、氯化铜、氯化镉和氯化钠胁迫下,ScPetC表达量均显著下调。本研究通过对ScPetC生物学功能、环境外源激素与重金属等胁迫下的表达模式及其与甘蔗病原病毒蛋白互作的初步探究,增加了对甘蔗PetC的了解,也为深入研究其在甘蔗受黄叶病毒侵染中的作用奠定基础。

关键词：甘蔗细胞色素b6f复合体还原型铁硫蛋白前体生物信息学亚细胞定位蛋白互作实时荧光定量PCR

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基因组学在作物抗逆性研究中的新进展

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中国生态农业学报 2014年第4期22卷 375-385页

作者：贾琪吴名耀梁康迳孙新立林文雄福建农林大学作物科学学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002

自然环境中各种生物和非生物胁迫是影响作物产量的巨大威胁。随着现代分子生物学的发展,从分子水平研究作物抵御逆境的机理已成为生态农业研究的一个重要任务,分子遗传学与生态学的整合诞生了生态基因组学即用基因组学的技术和手段研究... 详细信息

自然环境中各种生物和非生物胁迫是影响作物产量的巨大威胁。随着现代分子生物学的发展,从分子水平研究作物抵御逆境的机理已成为生态农业研究的一个重要任务,分子遗传学与生态学的整合诞生了生态基因组学即用基因组学的技术和手段研究生态学领域的问题。基因组学按其研究内容分为功能基因组学、结构基因组学和比较基因组学,本文从这3方面分别阐述了作物抵抗生物胁迫和非生物胁迫的生态基因组学研究进展,总结了基因组学在植物抗逆性研究中的一些新技术和新手段,特别是基于近几年发展起来的二代深度测序所带来的一系列高通量的检测方法与结果。①功能基因组学包含转录组学、表观遗传学、蛋白组学、相互作用组学、代谢组学和表型组学,本文侧重从植物抗逆的功能基因表达水平上的研究展开,重点探讨了转录组学和表观遗传学在植物抗逆研究的新进展,介绍了一些转录组学和表观遗传学研究技术,如基因芯片技术、RNA测序技术、SAGE、cDNA-AFLP、SSH、亚硫酸盐法、ChIP-Chip、ChIP-seq等;例举了一些转录因子基因家族在植物抗逆反应中的作用,总结其作用共性,结果表明不少抗逆基因受到胁迫后基因转录激活上有一定相关性,大多受激素信号转导途径所调控,很多抗逆途径最终都涉及到ABA信号传导通路并与衰老相关;植物的抗逆性受多个信号通路调控,对同一逆境响应常常需要不同的转录因子共同参与,而同一转录因子也有可能参与2个以上的不同抗逆反应;表观遗传学则指在不改变基因序列前提下,对DNA甲基化修饰、组蛋白翻译后修饰及小RNA介导的信号传导等,有证据表明其存在遗传印记作用。②结构基因组学主要利用QTL定位和DNA测序技术,确定植物基因组的遗传图谱和物理图谱,二代深度测序平台的建立使许多植物的全基因组测序成为可能。迄今为止,已有超过40种植物完成全基因组测序,越来越多的植物全基因组计划正在实施中或预计实施。③比较基因组学是基于功能基因组学和结构基因组学进而比较不同物种或不同群体间的基因组差异和相关性的研究,可分析逆境响应相关基因在进化过程中及在地理位置分布中的作用和意义,也同时为QTL定位及功能基因组学研究提供丰富信息。此外,还简要介绍并列举了一些网络共享作物抗逆的生物信息资源数据库。虽然基因组学在如何正确处理海量数据等问题上还存在瓶颈,但它提供的大量作物抗逆方面的基因组信息已为植物抗逆研究提供了众多线索与依据,为今后改良作物抗逆性的遗传育种工作带来了新启示。

关键词：环境生物胁迫非生物胁迫作物基因组学生物信息学

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