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作物学报 2025年

作者：黄梦欣庄灵玲程佩佩李秦徐建堂陶爱芬方平平祁建民张立武福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/农业农村部闽台作物生物育种重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地

U6启动子是CRISPR/Cas9体系中驱动单向导RNA (single guide RNA， sgRNA)转录的重要元件，内源U6启动子相比外源U6启动子通常具有更高的启动效率。然而，目前黄麻内源U6启动子的研究还尚未见报道。本研究利用拟南芥保守的sgRNA AtU6-26... 详细信息

U6启动子是CRISPR/Cas9体系中驱动单向导RNA (single guide RNA， sgRNA)转录的重要元件，内源U6启动子相比外源U6启动子通常具有更高的启动效率。然而，目前黄麻内源U6启动子的研究还尚未见报道。本研究利用拟南芥保守的sgRNA AtU6-26序列，从黄麻“梅峰4号”基因组中克隆到相似性最高的CcU6.1与CcU6.3两个候选启动子。通过构建CcU6.1与CcU6.3分别驱动GUS报告基因的融合表达载体，利用农杆菌介导的转化法分别转染本氏烟草叶片和黄麻毛状根，通过GUS组织化学染色分析启动子的转录活性。同源比对结果显示，CcU6.1与CcU6.3启动子均具有影响U6启动子转录活性的2个必要元件USE和TATA box。GUS组织化学染色表明，黄麻这2个U6启动子均具有转录活性，但在烟草叶片和黄麻毛状根中CcU6.1启动子的转录活性均弱于CcU6.3启动子，荧光定量PCR进一步验证了这一结果。考虑到过长的U6启动子可能会削弱其转录活性，于是比较分析CcU6.3与AtU6-26启动子的顺式作用元件，发现CcU6.3启动子5′端截短后的序列即从转录起始位点至-550 bp位置，可能会进一步提高其转录活性。本研究率先在黄麻中克隆到具有较高转录活性的U6启动子CcU6.3，为构建黄麻属CRISPR/Cas9基因编辑系统提供了应用潜力的启动子。

关键词：黄麻 U6启动子 CRISPR/Cas9 本氏烟草毛状根转录活性

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黄麻U6启动子克隆及其转录活性分析

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作物学报 2025年第5期51卷 1156-1165页

作者：黄梦欣庄灵玲程佩佩李秦徐建堂陶爱芬方平平祁建民张立武福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/农业农村部闽台作物生物育种重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻科学观测实验站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002

U6启动子是CRISPR/Cas9体系中驱动单向导RNA (single guide RNA, sgRNA)转录的重要元件,内源U6启动子相比外源U6启动子通常具有更高的启动效率。然而,目前黄麻内源U6启动子的研究还尚未见报道。本研究利用拟南芥保守的sgRNA AtU6-26序列... 详细信息

U6启动子是CRISPR/Cas9体系中驱动单向导RNA (single guide RNA, sgRNA)转录的重要元件,内源U6启动子相比外源U6启动子通常具有更高的启动效率。然而,目前黄麻内源U6启动子的研究还尚未见报道。本研究利用拟南芥保守的sgRNA AtU6-26序列,从黄麻“梅峰4号”基因组中克隆到相似性最高的CcU6.1与CcU6.3两个候选启动子。通过构建CcU6.1与CcU6.3分别驱动GUS报告基因的融合表达载体,利用农杆菌介导的转化法分别转染本氏烟草叶片和黄麻毛状根,通过GUS组织化学染色分析启动子的转录活性。同源比对结果显示,CcU6.1与CcU6.3启动子均具有影响U6启动子转录活性的2个必要元件USE和TATAbox。GUS组织化学染色表明,黄麻这2个U6启动子均具有转录活性,但在烟草叶片和黄麻毛状根中CcU6.1启动子的转录活性均弱于CcU6.3启动子,荧光定量PCR进一步验证了这一结果。考虑到过长的U6启动子可能会削弱其转录活性,于是比较分析CcU6.3与AtU6-26启动子的顺式作用元件,发现CcU6.3启动子5′端截短后的序列即从转录起始位点至–550bp位置,可能会进一步提高其转录活性。本研究率先在黄麻中克隆到具有较高转录活性的U6启动子CcU6.3,为构建黄麻属CRISPR/Cas9基因编辑系统提供了应用潜力的启动子。

关键词：黄麻 U6启动子 CRISPR/Cas9 本氏烟草毛状根转录活性

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红麻HcKAN4基因克隆、表达及在类黄酮合成中的功能

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作物学报 2024年第3期50卷 645-655页

作者：吴法轩李秦杨昕李新根徐建堂陶爱芬方平平祁建民张立武福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/农业农村部闽台作物生物育种重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002

MYB类转录因子KAN4(KANADI4)在红麻类黄酮合成和纤维发育中发挥着重要作用。本研究以红麻品种‘福红952’为材料,对HcKAN4基因进行克隆和表达模式分析,探讨TRV-VIGS诱导该基因沉默对类黄酮合成途径中关键酶基因表达量改变的影响。基因... 详细信息

MYB类转录因子KAN4(KANADI4)在红麻类黄酮合成和纤维发育中发挥着重要作用。本研究以红麻品种‘福红952’为材料,对HcKAN4基因进行克隆和表达模式分析,探讨TRV-VIGS诱导该基因沉默对类黄酮合成途径中关键酶基因表达量改变的影响。基因克隆显示,HcKAN4基因开放阅读框(open reading frame,ORF)全长为966 bp,编码322个氨基酸,包含一个MYB保守结构域。进化树分析发现,其与拟南芥和木槿KAN4s的亲缘关系较近。表达分析表明,该基因在红麻不同组织中均有表达,且转录水平随着植物生长而递增。VIGS诱导基因沉默显示,6株HcKAN4的转录水平显著下调,达到基因沉默效果。进一步实时荧光定量PCR检测发现,类黄酮合成相关基因HcCHS、HcF3’5’H、HcANS、HcANR的转录水平显著下调,分别是对照组的0.51、0.14、0.23、0.11倍,表明HcKAN4基因可调控红麻类黄酮生物合成相关基因。这些结果为阐明红麻MYB转录因子调控类黄酮合成提供了依据,同时为改善纤维品质提供了研究思路。

关键词：红麻 HcKAN4 类黄酮合成 VIGS

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黄麻应用核心种质的DNA分子身份证构建

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作物学报 2021年第1期47卷 80-93页

作者：郭艳春张力岚陈思远祁建民方平平陶爱芬张列梅张立武福建农林大学农学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

构建并研究黄麻应用核心种质是促进黄麻遗传育种和挖掘优异基因的必要途径。在300份黄麻种质资源的农艺性状观察统计基础上,构建了黄麻应用核心种质,包含61份品种(系),可划分为高产、优质、抗病等16种应用类型。为准确鉴定这61份应用核... 详细信息

构建并研究黄麻应用核心种质是促进黄麻遗传育种和挖掘优异基因的必要途径。在300份黄麻种质资源的农艺性状观察统计基础上,构建了黄麻应用核心种质,包含61份品种(系),可划分为高产、优质、抗病等16种应用类型。为准确鉴定这61份应用核心种质,以46对核心引物为基础,筛选出12对荧光核心引物,采用荧光标记毛细管电泳分析这12对引物的多态性,共检测出140个多态性位点。将毛细管电泳得到的分子量数据以数字+英文字母方式编码,选取了12对荧光核心引物的组合,构建出该应用核心种质的字符串DNA分子身份证,进而构建了相应的条形码和二维码DNA分子身份证,可迅速被电子设备识别。这些结果可促进黄麻种质资源的高效利用及快速分子鉴定。

关键词：黄麻应用核心种质 SSR 荧光分子标记 DNA分子身份证

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主要麻类作物基因组学与遗传改良:现状与展望

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作物学报 2021年第6期47卷 997-1019页

作者：徐益张力岚祁建民张列梅张立武福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

随着测序技术的发展,主要麻类作物(黄麻、红麻、苎麻、亚麻和工业大麻)参考基因组从2011年至2020年陆续完成测序,这标志着麻类作物科学已经进入基因组时代。文章首先详细概述主要麻类作物基因组测序。其次,评述了基于基因组学的麻类作... 详细信息

随着测序技术的发展,主要麻类作物(黄麻、红麻、苎麻、亚麻和工业大麻)参考基因组从2011年至2020年陆续完成测序,这标志着麻类作物科学已经进入基因组时代。文章首先详细概述主要麻类作物基因组测序。其次,评述了基于基因组学的麻类作物重要应用价值基因挖掘。基于参考基因组和转录组测序,大量关于纤维发育、响应非生物胁迫的候选基因被挖掘,以促进麻类作物纤维的物种特性和“不与粮食争好地”的逆境农业。同时不同麻类作物特异性状候选基因陆续被报道,如红麻雄性不育、亚麻种子含油量和大麻大麻素相关候选基因等。再次,麻类作物基因组测序完成为基于组学的麻类作物遗传改良提供可能:有助于麻类作物种质资源形成和演化机制研究,系统解析纤维产量、纤维品质、抗病耐逆等农艺性状形成的分子基础;有助于建立高通量基因型-表型数据库,挖掘优异基因资源与创制新种质;有助于创新并集成分子标记辅助选择、基因组选择、转基因等技术,建立高效的快速育种技术体系。宜选育高产高效、抗逆抗病、适宜轻简化机械化、优质专用的多用途麻类作物新品种,以满足麻类作物相关产业的市场需求,适应麻类作物生产方式。尽管已经获得重要基因以及位点的信息,但如何高效率利用已有基因资源对麻类作物进行遗传改良仍需面临一系列挑战,如成熟稳定的遗传转化体系、麻类作物基因编辑体系构建及基因组选择育种等。

关键词：主要麻类作物基因组基因遗传改良

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黄麻SSR标记与纤维产量性状的相关性

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作物学报 2020年第12期46卷 1905-1913页

作者：张力岚张列梅牛焕颖徐益李玉祁建民陶爱芬方平平张立武福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

鉴定出与纤维产量相关性状连锁的SSR标记有助于黄麻纤维产量的分子标记辅助育种。本研究以311份黄麻种质资源为研究材料,通过2016—2018年表型鉴定,结合116对SSR引物扩增出397个SSR标记,利用SPSS软件对SSR标记与纤维产量性状进行相关性... 详细信息

鉴定出与纤维产量相关性状连锁的SSR标记有助于黄麻纤维产量的分子标记辅助育种。本研究以311份黄麻种质资源为研究材料,通过2016—2018年表型鉴定,结合116对SSR引物扩增出397个SSR标记,利用SPSS软件对SSR标记与纤维产量性状进行相关性分析。结果表明, 311份黄麻种质资源9个纤维产量性状的变异系数范围为13.05%~76.78%,表现出广泛的遗传变异。农艺性状相关分析表明,这些性状间存在极显著相关,其中分枝高和节数的平均相关系数最高(r=0.931),其次是单株鲜皮重和单株鲜茎重(r=0.781)、单株干皮重与单株鲜皮重(r=0.779)。方差分析表明,节数、分枝数、株高以及分枝高等性状在不同年份间相对稳定,广义遗传力较高。进而通过皮尔逊相关法鉴定与纤维产量性状相关的SSR标记。每个性状与这些相关SSR标记逐步回归分析表明,与纤维产量性状显著相关的标记有6个,单个SSR标记的贡献率为3.9%~22.5%。这些结果将会加快黄麻设计育种进程。

关键词：黄麻纤维产量农艺性状 SSR 相关性回归分析

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中国黄麻炭疽病病原菌的分离鉴定及系统发育分析

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作物学报 2022年第3期48卷 770-777,I0001-I0006页

作者：郭艳春姚嘉瑜张镕斌陈思远何青垚陶爱芬方平平祁建民张列梅张立武福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

炭疽病是严重影响黄麻纤维产量和品质的主要真菌性病害,明确炭疽病病原菌种类并测定其致病力有助于黄麻抗病育种和优异抗病基因资源挖掘。本研究从福建省福州市、福建省漳州市、河南省信阳市、安徽省六安市、浙江省杭州市、广西南宁市... 详细信息

炭疽病是严重影响黄麻纤维产量和品质的主要真菌性病害,明确炭疽病病原菌种类并测定其致病力有助于黄麻抗病育种和优异抗病基因资源挖掘。本研究从福建省福州市、福建省漳州市、河南省信阳市、安徽省六安市、浙江省杭州市、广西南宁市和湖南省长沙市等7个黄麻生产区采集黄麻炭疽病病原菌样本,分离纯化出92个菌株;rDNA-ITS区域的序列分析表明,其中11个为典型炭疽病病原菌。LSU区域的系统进化树和形态学特征鉴定显示,ZZ4、GX19等10个菌株为胶胞炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides),菌株CS3为黑线炭疽菌(Colletotrichum dematium)。人工接种的致病力测定表明,不同炭疽菌菌株致病力存在显著差异,其中胶胞炭疽菌菌株GX19致病力最强,表现为优势菌株。这些结果为黄麻炭疽病抗性基因位点挖掘和有效防治奠定了基础。

关键词：黄麻炭疽菌致病力测定系统发育

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黄麻双生病毒 CoYVV 的分子鉴定和抗性种质筛选

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作物学报 2022年第3期48卷 624-634页

作者：杨昕林文忠陈思远杜振国林杰祁建民方平平陶爱芬张立武福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 闽台作物有害生物生态防控国家重点实验室福建福州350002

越南黄麻黄脉病毒(Corchorus yellow vein Vietnam virus,CoYVV)是影响黄麻纤维品质和产量的双生病毒,其基因组含2个环状单链DNA(DNA-A和DNA-B)。鉴定黄麻双生病毒CoYVV并筛选抗病毒种质,不仅丰富对双生病毒分布和进化的认识,而且为黄... 详细信息

越南黄麻黄脉病毒(Corchorus yellow vein Vietnam virus,CoYVV)是影响黄麻纤维品质和产量的双生病毒,其基因组含2个环状单链DNA(DNA-A和DNA-B)。鉴定黄麻双生病毒CoYVV并筛选抗病毒种质,不仅丰富对双生病毒分布和进化的认识,而且为黄麻抗性基因克隆奠定了基础。2018年福建省三明市福建农林大学洋中科教基地发现黄麻种质资源圃长果种黄麻福农5号疑似感染黄色花叶病。利用CTAB法提取该品种感病叶片DNA,通过PCR、滚环扩增及测序技术获得病毒基因组序列。通过同源序列比对和进化树构建明确该病毒与新旧世界双生病毒的关系。含有CoYVV DNA-A和CoYVV DNA-B侵染性克隆载体的农杆菌等比例混合,子叶注射法侵染具有代表性的7份长果种和7份圆果种黄麻品种(系),定期观察发病株数(病株率)并PCR检测接种黄麻的侵染率。PCR检测结果证实,福农5号病样感染了CoYVV,命名为CoYVV-FS。其DNA-A为2724 bp,DNA-B为2691 bp。进化分析表明,相较于旧世界菜豆金黄花叶病毒(begomoviruses),CoYVV-FS与新世界begomoviruses更近。农杆菌接种14份黄麻品种43 d时,统计病株率和侵染率。结果表明该病毒可以成功侵染13份黄麻品种,病株率和侵染率分别在0~60%和0~100%之间,说明该病毒在黄麻中具有较高侵染性。807元引马里的病株率和侵染率皆为0,表现为抗性种质;而巴长4号和印度墨绿子在接种30 d时产生黄脉、卷曲等典型的表型,表现出对CoYVV具有高度感病性。黄麻种植资源圃发现的CoYVV-FS与前期已报道的CoYVV属于同一分离物,它能侵染多数黄麻种质,在长果种黄麻上引起严重症状。

关键词：黄麻越南黄麻黄脉病毒 CoYVV 侵染性克隆抗性鉴定

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红麻乙酰乳酸合成酶基因的鉴定及表达模式分析

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分子植物育种 2022年

作者：何青垚郭国珍王传宇徐益张力岚祁建民徐建堂张立武福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建省作物设计育种重点实验室福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站福建省麻类种质资源共享平台福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地

了解红麻乙酰乳酸合成酶基因(ALS)的基因特征及组织表达特异性，可为培育红麻抗除草剂品种提供理论依据。以水稻OsALS1基因为模板，对红麻基因组进行Blastp，得到4个候选基因(HcALS1， HcALS2， HcALS13和HcALS14)。以红麻优良品种‘福... 详细信息

了解红麻乙酰乳酸合成酶基因(ALS)的基因特征及组织表达特异性，可为培育红麻抗除草剂品种提供理论依据。以水稻OsALS1基因为模板，对红麻基因组进行Blastp，得到4个候选基因(HcALS1， HcALS2， HcALS13和HcALS14)。以红麻优良品种‘福红952’叶片的cDNA为模板，利用PCR扩增ALS基因的CDS序列，采用生物信息学分析方法分析ALS基因的基因结构，同时进行了蛋白的同源进化树分析，并采用实时荧光定量PCR检测ALS基因在红麻不同组织和苯磺隆处理的表达情况。结果表明，ALS基因cDNA全长变化在1 962 bp和1 980 bp之间，编码蛋白含有654到660个氨基酸，均包含PLN02470家族(I1vB超级家族)、硫胺焦磷酸(thiamine pyrophosphate， TPP)家族和多个硫胺焦磷酸(thiamine pyrophosphate， TPP)亚族。通过氨基酸序列同源性分析发现，红麻ALS氨基酸序列与水稻的氨基酸序列相似性较高，达到85.4%。进化树分析表明，红麻ALS基因与棉花ALS基因亲缘关系较近。组织特异性表达特征显示，红麻ALS基因在根中的表达量高于茎、叶中的表达量。苯磺隆处理表达分析显示，在12 h处理时HcALS2和HcALS14表达量最低，且HcALS2和HcALS14基因编码蛋白含有I1vB超级家族结构域，在苯磺隆处理红麻叶片中表达较高，暗示其可作为红麻磺酰脲类除草剂的靶标位点。

关键词：红麻乙酰乳酸合成酶(ALS) 苯磺隆基因克隆表达模式

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黄麻内参基因筛选及次生细胞壁合成相关基因的表达分析

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作物学报 2022年第7期48卷 1614-1624页

作者：杨昕李玉刘传兵张力岚何青垚祁建民张立武福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 恩施土家族苗族自治州农业科学院湖北恩施445000

选择合适的内参基因进行校正和标准化,既能提高实时定量荧光PCR的准确性,也为分析黄麻次生细胞壁合成相关基因的表达模式奠定基础。本研究通过常用的内参基因,结合课题组已有的基因组数据和转录组数据,初步筛选出8个内参基因(CcTUBα、C... 详细信息

选择合适的内参基因进行校正和标准化,既能提高实时定量荧光PCR的准确性,也为分析黄麻次生细胞壁合成相关基因的表达模式奠定基础。本研究通过常用的内参基因,结合课题组已有的基因组数据和转录组数据,初步筛选出8个内参基因(CcTUBα、CcACT、CcDnaJ、CcTUBβ、CcUBQ、CcEF1α、CcUBC和CcUBI)。为验证这些候选内参基因的稳定性,以优良品种‘黄麻179’为材料,对种子萌发后14 d的根、茎、叶进行qRT-PCR分析。经Ct值的变异系数、软件geNorm和NormFinder的综合分析,确定表达最稳定内参基因为CcDnaJ,最佳内参基因组合方式为CcDnaJ+CcUBQ+CcUBI。通过种子萌发后10 d下胚轴、60 d和90 d茎皮的转录组数据分析次生细胞壁合成相关基因的表达模式,发现木质素合成基因Cc4CL1、CcCCoAOMT1的表达量在种子萌发后60 d茎皮最高,而种子萌发后90 d茎皮表现为下降;纤维素合成酶基因CcCesA4、CcCesA7、CcesA8和木聚糖合成基因CcIRX8、CcIRX9、CcFRA8的表达量在种子萌发后10 d下胚轴最高,而种子萌发后60 d、90 d茎皮的表达量均有下降,表明这些基因参与了黄麻纤维发育。以CcDnaJ+CcUBQ+CcUBI作为内参基因组合,qRT-PCR分析5个次生细胞壁合成相关基因,即Cc4CL1、CcCCoAOMT1、CcCesA4、CcCesA7、CcesA8,在种子萌发后7 d下胚轴和14 d茎的表达模式,发现这5个基因在种子萌发期后14 d茎的表达量均高于种子萌发期后7 d下胚轴,暗示着黄麻纤维的形成开始于7~14 d之间,同时表明CcDnaJ+CcUBQ+CcUBI的内参基因组合具有实用性。

关键词：黄麻 qRT-PCR 内参基因次生细胞壁纤维素木质素

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