检索结果-内蒙古大学图书馆

植物科学学报 2021年第2期39卷 163-171页

作者：毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福州350003 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002

基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的... 详细信息

基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的表达差异。结果显示,甘薯基因组中共有27个TCP转录因子,其中ClassⅠ13个、ClassⅡ(CIN)8个、ClassⅡ(CYC/TB1)6个。甘薯TCP以单个基因或基因簇的形式不均匀分布在15条染色体上,其中6对基因存在潜在复制关系。甘薯ClassⅡ(CYC/TB1)转录因子含有R结构域,其氨基酸序列较为保守。在TCP家族中共发现10个保守基序(motif),基序的氨基酸序列长度为15~60个,其中motif 1含有TCP结构域,motif 3含有R结构域,TCP转录因子的保守基序种类在组间存在一定差异。逆境胁迫下甘薯的转录组数据分析结果表明,TCP转录因子在苗期受蔓割病侵染后有2个差异表达基因;在块根储藏期受低温胁迫下有11个差异表达基因。

关键词：甘薯 TCP 转录因子生物信息学

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甘薯全基因组WRKY转录因子的基因鉴定与逆境胁迫表达分析

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2021年第9期49卷 30-44页

作者：毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学农学院福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福建福州350003

【目的】对甘薯(Ipomoea batatas)全基因组WRKY转录因子进行基因鉴定与逆境胁迫表达分析,为甘薯WRKY基因的应用提供参考。【方法】在甘薯全基因组序列的基础上,应用生物信息学方法对WRKY基因进行挖掘,分析基因潜在复制关系、保守结构域... 详细信息

【目的】对甘薯(Ipomoea batatas)全基因组WRKY转录因子进行基因鉴定与逆境胁迫表达分析,为甘薯WRKY基因的应用提供参考。【方法】在甘薯全基因组序列的基础上,应用生物信息学方法对WRKY基因进行挖掘,分析基因潜在复制关系、保守结构域、亚家族系统进化树、保守基序和抗逆表达模式,并对甘薯SPF1基因与IbWRKY基因进行了比较和分析。【结果】甘薯全基因组上共有82个WRKY基因,可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个类型,其中类型Ⅰ和类型Ⅲ的成员数量分别为18和5,类型Ⅱ可进一步分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e 5个亚类,其成员数量分别为4,14,20,8和13。甘薯WRKY基因不均匀分布于15条染色体上,其中25对基因存在潜在复制关系。保守结构域分析发现,大部分WRKY的结构域高度保守,但个别基因存在保守结构域缺失现象。拟南芥与甘薯的WRKY转录因子在系统进化树上呈现按物种少量聚集的现象。在甘薯WRKY转录因子家族中共发现10个保守基序,包括含有WRKY七肽结构域的基序1和基序7、含有锌指结构域的基序2和基序3,其中基序3为Ⅰ类型WRKY转录因子N端WRKY结构域所特有。对逆境胁迫下的甘薯转录组数据进行分析发现,甘薯苗期在蔓割病菌(Fusarium oxysporum ***)侵染后共有19个WRKY基因差异表达,甘薯块根贮藏期在低温胁迫下有34个WRKY基因差异表达。蛋白序列比较和分析结果表明,甘薯SPF1的氨基酸序列与IbWRKY32的氨基酸序列一致度最高,为85.4%。【结论】甘薯全基因组中鉴定得到82个WRKY基因,其结构域较为保守,在蔓割病胁迫与低温胁迫条件下均存在差异表达。

关键词：甘薯 WRKY转录因子生物信息学逆境胁迫

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甘薯NAC转录因子家族的全基因组鉴定与分析

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热带作物学报 2021年第7期42卷 1831-1840页

作者：黄小芳毕楚韵王和寿陈其俊胡韵卓陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学农学院福建福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002

利用生物信息学方法对甘薯(Ipomoea batatas)基因组中NAC转录因子进行鉴定、保守结构域分析、motif查找、染色体定位、系统进化树分析以及逆境胁迫下基因表达分析。结果表明:甘薯全基因组序列中含有91个NAC转录因子基因,非均匀分布于甘... 详细信息

利用生物信息学方法对甘薯(Ipomoea batatas)基因组中NAC转录因子进行鉴定、保守结构域分析、motif查找、染色体定位、系统进化树分析以及逆境胁迫下基因表达分析。结果表明:甘薯全基因组序列中含有91个NAC转录因子基因,非均匀分布于甘薯15条染色体上;系统进化树及motif分析结果显示,91个甘薯NAC家族成员可分为16个亚组,共包含20个motif,其中大部分家族成员中均含有motif 2、motif 4、motif 1、motif 8和motif 3,这5个motif分别对应NAC结构域中的5个子域A、B、C、D和E。在与拟南芥(Arabidopsis thaliana)NAC转录因子共同构建的进化树中,有64个甘薯NAC家族成员被归入拟南芥NAC基因家族的14个亚组,其中,NAC2亚组包含的成员数最多,有9个,TIP和AtNAC3亚组均仅有1个。转录组数据分析结果显示,在蔓割病菌(Fusarium oxysporum ***,Fob)胁迫下甘薯NAC基因家族中有10个基因的表达量发生变化;而在低温环境下有25个NAC基因差异表达。本研究结合利用基因组与转录组数据分析,该结果为进一步研究甘薯NAC基因家族的功能提供参考。

关键词：甘薯 NAC 转录因子生物信息学

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甘薯基因组JAZ基因家族的鉴定与分析

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基因组学与应用生物学 2021年第11期40卷 3685-3693页

作者：黄小芳毕楚韵陈其俊刘江洪胡韵卓黄碧芳许明陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建省种子总站福州350003 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002

JAZ(jasmonate ZIM-domain,JAZ)蛋白作为茉莉酸途径的抑制因子,可通过与其他信号通路的调控因子互作来调节植物生长发育过程。为了探究甘薯[Ipomoea batatas(L.)LAM]JAZ家族基因的特征和潜在功能,本研究利用生物信息学的分析方法从甘薯... 详细信息

JAZ(jasmonate ZIM-domain,JAZ)蛋白作为茉莉酸途径的抑制因子,可通过与其他信号通路的调控因子互作来调节植物生长发育过程。为了探究甘薯[Ipomoea batatas(L.)LAM]JAZ家族基因的特征和潜在功能,本研究利用生物信息学的分析方法从甘薯全基因序列中鉴定到11个JAZ基因序列,对其进行多重序列比对、染色体定位、保守基序、系统进化树以及逆境胁迫下基因表达量变化等多方面的研究。结果表明,11个甘薯JAZ基因分布在甘薯1号、3号、6号、7号和9号染色体上,其数目分别为2个、1个、2个、1个和5个;利用MEME检索工具从甘薯JAZ家族蛋白序列中检索得到9个保守基序(motif 1~motif 9),其中motif 1和motif 7氨基酸序列组成与多重比对结果中的TIFY结构域一致,motif 2序列特征与Jas结构域一致;甘薯、拟南芥和水稻的JAZ家族系统进化树可分为5个亚组(Group1~Group 5);转录组数据分析结果表明,甘薯JAZ基因家族中有2个成员在受到尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum ***)侵染时表达量上调;有5个成员在低温胁迫下差异表达,其中3个表达上调、2个表达下调。以上结果可为研究甘薯JAZ家族基因的结构和功能提供参考。

关键词：甘薯 JAZ 基因家族生物信息学

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甘薯基因组BBX转录因子基因鉴定与逆境胁迫表达分析

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四川农业大学学报 2021年第2期39卷 157-165页

作者：毕楚韵黄小芳黄伟群刘江洪胡韵卓黄碧芳林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建省种子总站福州350003 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002

【目的】甘薯BBX基因的鉴定和逆境胁迫表达分析可为探究其功能和甘薯的抗性育种提供参考。【方法】利用甘薯栽培种"泰中6号"全基因组序列和甘薯逆境胁迫下的转录组数据,进行BBX转录因子的鉴定和分析,包括进化树、染色体定位... 详细信息

【目的】甘薯BBX基因的鉴定和逆境胁迫表达分析可为探究其功能和甘薯的抗性育种提供参考。【方法】利用甘薯栽培种"泰中6号"全基因组序列和甘薯逆境胁迫下的转录组数据,进行BBX转录因子的鉴定和分析,包括进化树、染色体定位、基因相似度分析、保守结构域、保守基序和抗逆表达模式。【结果】甘薯基因组中共鉴定到24个BBX转录因子基因,其中5对基因相似度高。BBX基因编码的蛋白具有1个或2个B-Box结构域,其中8个蛋白还包含CCT结构域,这些结构域在甘薯BBX蛋白中均较为保守,保守基序motif 2代表甘薯BBX蛋白的CCT结构域。转录组学数据结果表明,甘薯在蔓割病菌侵染后,有3个BBX基因发生差异性表达。甘薯块根在长达2周或6周的冷胁迫下,13个BBX基因表达量发生变化,其中多数为表达下调。【结论】甘薯全基因组中鉴定得到24个BBX转录因子基因,在低温胁迫和蔓割病胁迫条件下分别有13和3个基因存在差异表达。

关键词：甘薯 BBX 转录因子生物信息学

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甘薯α-淀粉酶基因的全基因组鉴定和分析

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分子植物育种 2022年第24期20卷 8035-8042页

作者：黄小芳毕楚韵陈其俊刘江洪胡韵卓黄碧芳陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建省种子总站福州350003 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002 福建农林大学福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福州350002

本研究应用隐马尔可夫方法,利用甘薯栽培种‘泰中6号’全基因测序数据,鉴定到6个甘薯α-淀粉酶基因家族序列,定位于甘薯第4、10和15号染色体上。功能结构域分析表明,甘薯α-淀粉酶基因家族6个成员均含有完整的催化结构域,5个成员含有完... 详细信息

本研究应用隐马尔可夫方法,利用甘薯栽培种‘泰中6号’全基因测序数据,鉴定到6个甘薯α-淀粉酶基因家族序列,定位于甘薯第4、10和15号染色体上。功能结构域分析表明,甘薯α-淀粉酶基因家族6个成员均含有完整的催化结构域,5个成员含有完整的Alpha-amyl_C2结构域。meme检索结果和序列多重比对结果显示,甘薯α-淀粉酶蛋白序列中含有10个保守基序,甘薯α-淀粉酶的一级结构中含有α-淀粉酶家族的4个催化保守区域。将甘薯与其他物种α-淀粉酶家族蛋白序列共同构建系统进化树,31个α-淀粉酶蛋白序列被分为Ⅰ~Ⅳ4个亚组,甘薯α-淀粉酶家族成员集中在Ⅲ和Ⅳ亚组,在进化分支上主要与马铃薯和拟南芥α-淀粉酶家族蛋白序列位置靠近。转录组测序数据分析结果显示,甘薯α-淀粉酶家族基因中有3个成员在低温储藏期表达量出现变化,其中2个基因上调表达,1个基因下调表达。这些结果可为甘薯α-淀粉酶基因结构与功能研究提供参考。

关键词：甘薯(Ipomoea batatas) α-淀粉酶基因家族生物信息学

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专题导读:加强麻类作物基因组学研究,推动优异等位基因发掘及种质创新

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作物学报 2021年第6期47卷 993-996页

作者：张立武福建农林大学农学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

麻类作物是指以收获茎秆韧皮纤维和叶纤维为主的作物,主要包括黄麻(Corchorus spp.)、红麻(Hibiscus cannabinus)、苎麻(Boehmeria spp.)、亚麻(Linum usitatissimum)、工业大麻(Cannabis sativa L.)与剑麻(Agave sisalana *** Engelm.),与粮、棉、油、菜并列为第五大作物群[1],其种植历史可追溯到远古新石器至尧舜时代。我国是麻类生产大国。2009年,作为50个农产品之一的麻产品被列入国家现代农业产业技术体系。2011—2020,以二代、三代测序技术为主体,以Hi-C等技术辅助,先后完成了主要麻类作物染色体级别的草图或参考基因组,这标志着麻类作物科学已经进入基因组时代。为加强主要麻类作物基因组学与遗传改良研究,《作物学报》以专栏形式集中刊发了8篇论文,方便相关研究工作者了解最新研究动态。

关键词：麻类作物叶纤维《作物学报》韧皮纤维尧舜时代现代农业产业技术体系麻产品基因组学

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甘薯基因组bHLH转录因子鉴定与逆境胁迫表达分析

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福建农林大学学报（自然科学版） 2021年第4期50卷 440-450页

作者：黄小芳毕楚韵王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚陈选阳林世强福建农林大学生命科学学院福建福州350002 福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福建福州350003 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002

利用生物信息学方法从未经注释的甘薯(Ipomoea batatas)基因组中鉴定得到143个bHLH转录因子,对其保守结构域、motif组成、染色体分布情况、系统进化以及尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum ***,Fob)胁迫下和低温胁迫下的差异表达基因进行分... 详细信息

利用生物信息学方法从未经注释的甘薯(Ipomoea batatas)基因组中鉴定得到143个bHLH转录因子,对其保守结构域、motif组成、染色体分布情况、系统进化以及尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum ***,Fob)胁迫下和低温胁迫下的差异表达基因进行分析.结果表明,甘薯bHLH结构域约由54个氨基酸组成,其中21个氨基酸位点保守性在50%以上;74.8%(107个)的家族成员具有E-盒结合活性,56.6%(81个)的家族成员具G-盒结合活性.bHLH基因在15条染色体上的分布不均匀,在1、2、5、6以及14号染色体上分布较多,9和12号染色体上分布较少.MEME分析得到甘薯bHLH转录因子含有5个保守基序,motif 1和motif 2共同组成了bHLH结构域,存在于90%以上的家族成员中;系统进化分析将甘薯bHLH基因家族分为22个亚组.甘薯bHLH转录因子中有6个家族成员响应尖孢镰刀菌胁迫,其中4个基因表达下调,2个基因表达上调;在低温胁迫下甘薯bHLH家族成员中有44个基因表达量发生变化,其中13个基因在4个处理组中表达量均有变化,8个基因表达下调,5个基因表达上调.

关键词：甘薯 bHLH 转录因子生物信息学

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红米亲本抗氧化活性成分的配合力分析

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植物遗传资源学报 2022年第2期23卷 460-467页

作者：肖长春程祖锌黄昕颖谢展文林荔辉三明市农业科学研究院生物技术研究所福建三明365500 福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002 福建农林大学农学院/福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福州350002

剖析红米抗氧化活性成分的配合力和遗传力,为富含功能营养成分的红米杂交水稻选育提供理论参考。选用6个三系不育系和8个红米恢复系,按不完全双列杂交6×8(NCII)设计,配制48个杂交红米组合,对总酚、总黄酮、原花青素和花色苷含量进... 详细信息

剖析红米抗氧化活性成分的配合力和遗传力,为富含功能营养成分的红米杂交水稻选育提供理论参考。选用6个三系不育系和8个红米恢复系,按不完全双列杂交6×8(NCII)设计,配制48个杂交红米组合,对总酚、总黄酮、原花青素和花色苷含量进行配合力及遗传参数分析。结果表明:红米杂交组合间的总酚、总黄酮、原花青素和花色苷含量存在遗传差异,受不育系亲本加性和组合间非加性效应共同影响,其中总酚、总黄酮和原花青素含量主要受基因非加性效应控制,花色苷含量受基因加性效应和基因非加性效应互作的共同影响;亲本一般配合力(GCA,general combining ability)的高低与组合特殊配合力(SCA,special combining ability)的优劣之间无直接相关,不同糙米颜色的母本与所配红米杂交组合的特殊配合力也无明显相关性;遗传力分析表明,4个抗氧化活性成分的狭义遗传率变幅为12.99%~48.29%,宜在中、高世代选择有效;不育系的4个抗氧化活性成分贡献率均大于恢复系,红米杂交稻育种中要加强母本的选择;母本野香A、品红1A在红米抗氧化活性成分育种上有较好的实际利用价值,野香A×18Rr175和广8A×18Rr178两个杂交组合的特殊配合力效应值高,生产应用潜力大。

关键词：红米抗氧化活性成分配合力遗传力

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黄麻组培再生体系的研究

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中国麻业科学 2022年第3期44卷 133-142页

作者：方平平王建勇祁建民陶爱芬徐建堂张立武福建农林大学农学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

研究以4份黄麻(圆果种和长果种各2份)为试验材料,采用黄麻组培苗的茎段为外植体,诱导胚性愈伤组织,建立植株再生体系。结果表明:利用均匀设计法进行培养基配制,圆果种黄麻愈伤组织诱导效果优于长果种黄麻,4个黄麻品种的排序为179>梅... 详细信息

研究以4份黄麻(圆果种和长果种各2份)为试验材料,采用黄麻组培苗的茎段为外植体,诱导胚性愈伤组织,建立植株再生体系。结果表明:利用均匀设计法进行培养基配制,圆果种黄麻愈伤组织诱导效果优于长果种黄麻,4个黄麻品种的排序为179>梅峰4号(M4)>尤溪长果(YC)>广巴矮(GBA)。4个黄麻品种的最佳培养基如下,179:MS+0.53mg/L2,4-D+2.0mg/L6-BA,愈伤组织诱导率100%;梅峰4号:MS+2.0mg/LTDZ+0.5mg/L2,4-D,诱导率100%;尤溪长果:MS+2.0mg/LTDZ+2.0mg/L6-BA,诱导率63%;广巴矮:MS+2.0mg/LTDZ+2.0mg/L2,4-D+2.0mg/L6-BA,诱导率52%。以生长良好的愈伤组织为材料,采用正交设计配制培养基进行不定芽和不定根诱导分化,结果表明,4个品种的诱导与再生能力差异显著,圆果种依然优于长果种,其诱导效果黄麻179>M4>YC>GBA。筛选出对4个品种都最佳的不定芽培养基9号,适合179的13号,适合M4和GBA的14号不定根培养基。黄麻179和M4获得再生植株,YC诱导出不定根,GBA只诱导出不定芽。

关键词：黄麻愈伤组织再生体系

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