检索结果-内蒙古大学图书馆

植物科学学报 2021年第2期39卷 163-171页

作者：毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福州350003 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002

基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的... 详细信息

基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的表达差异。结果显示,甘薯基因组中共有27个TCP转录因子,其中ClassⅠ13个、ClassⅡ(CIN)8个、ClassⅡ(CYC/TB1)6个。甘薯TCP以单个基因或基因簇的形式不均匀分布在15条染色体上,其中6对基因存在潜在复制关系。甘薯ClassⅡ(CYC/TB1)转录因子含有R结构域,其氨基酸序列较为保守。在TCP家族中共发现10个保守基序(motif),基序的氨基酸序列长度为15~60个,其中motif 1含有TCP结构域,motif 3含有R结构域,TCP转录因子的保守基序种类在组间存在一定差异。逆境胁迫下甘薯的转录组数据分析结果表明,TCP转录因子在苗期受蔓割病侵染后有2个差异表达基因;在块根储藏期受低温胁迫下有11个差异表达基因。

关键词：甘薯 TCP 转录因子生物信息学

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不同地理种群紫萍对水体氮和磷的生理响应和吸收能力的差异

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生态学杂志 2021年第6期40卷 1734-1744页

作者：刘艳红吴磊林熠斌廖露赵义叶茂曾任森孙仲享福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/农学院福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002 贵州大学昆虫研究所贵州省山地农业病虫害重点实验室贵阳550025

养殖场高浓度氮磷废水的排放对环境造成巨大污染。紫萍具有很强的净化水体污染物的能力,然而,不同地理种群紫萍对水体氮和磷吸收净化的研究还比较缺乏。本研究从中国南方不同地区采集15个紫萍种群,分析在高浓度氮和磷的水体中不同地理... 详细信息

养殖场高浓度氮磷废水的排放对环境造成巨大污染。紫萍具有很强的净化水体污染物的能力,然而,不同地理种群紫萍对水体氮和磷吸收净化的研究还比较缺乏。本研究从中国南方不同地区采集15个紫萍种群,分析在高浓度氮和磷的水体中不同地理种群紫萍的生理响应和对氮磷吸收能力的差异性。结果表明:不同地理种群紫萍之间的生长表型和生理指标(叶状体个数、鲜重、干重、根长和蛋白质含量)均达到极显著差异(P <0.001)。进一步研究发现,不同地理种群紫萍对水体中氮和磷的生理响应和吸收能力也存在较大差异。不同地理种群紫萍对高氮的耐受性不同,氮耐受指数范围为64.47%~119.42%,其中昆明和乐山两地紫萍的氮吸收能力最高,分别为0.12和0.11 mg·pot^(-1)·d^(-1)。不同地理种群紫萍对高磷的耐受性差异较大,磷耐受指数范围为81.22%~157.73%,磷吸收能力以大理和武汉种群最高,分别为0.06和0.05 mg·pot^(-1)·d^(-1)。为了鉴定与紫萍净化氮磷能力相关的生理指标,通过关联分析,发现不同地理种群紫萍的叶状体个数、生物量、耐受性与其对氮和磷的净化能力均呈显著正相关,说明叶状体个数、生物量、耐受性对于紫萍净化氮磷能力具有重要的作用。本研究从生长表型和生理层面揭示了不同地理种群紫萍对高浓度氮磷的生理响应以及对水体氮磷净化能力的差异,获得了对水体氮磷污染具有较理想净化效果的紫萍种群,研究结果可为合理利用紫萍资源进行水体净化提供科学依据。

关键词：紫萍地理种群氮和磷净化能力叶状体个数生理响应

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甘薯全基因组WRKY转录因子的基因鉴定与逆境胁迫表达分析

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2021年第9期49卷 30-44页

作者：毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学农学院福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福建福州350003

【目的】对甘薯(Ipomoea batatas)全基因组WRKY转录因子进行基因鉴定与逆境胁迫表达分析,为甘薯WRKY基因的应用提供参考。【方法】在甘薯全基因组序列的基础上,应用生物信息学方法对WRKY基因进行挖掘,分析基因潜在复制关系、保守结构域... 详细信息

【目的】对甘薯(Ipomoea batatas)全基因组WRKY转录因子进行基因鉴定与逆境胁迫表达分析,为甘薯WRKY基因的应用提供参考。【方法】在甘薯全基因组序列的基础上,应用生物信息学方法对WRKY基因进行挖掘,分析基因潜在复制关系、保守结构域、亚家族系统进化树、保守基序和抗逆表达模式,并对甘薯SPF1基因与IbWRKY基因进行了比较和分析。【结果】甘薯全基因组上共有82个WRKY基因,可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个类型,其中类型Ⅰ和类型Ⅲ的成员数量分别为18和5,类型Ⅱ可进一步分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e 5个亚类,其成员数量分别为4,14,20,8和13。甘薯WRKY基因不均匀分布于15条染色体上,其中25对基因存在潜在复制关系。保守结构域分析发现,大部分WRKY的结构域高度保守,但个别基因存在保守结构域缺失现象。拟南芥与甘薯的WRKY转录因子在系统进化树上呈现按物种少量聚集的现象。在甘薯WRKY转录因子家族中共发现10个保守基序,包括含有WRKY七肽结构域的基序1和基序7、含有锌指结构域的基序2和基序3,其中基序3为Ⅰ类型WRKY转录因子N端WRKY结构域所特有。对逆境胁迫下的甘薯转录组数据进行分析发现,甘薯苗期在蔓割病菌(Fusarium oxysporum ***)侵染后共有19个WRKY基因差异表达,甘薯块根贮藏期在低温胁迫下有34个WRKY基因差异表达。蛋白序列比较和分析结果表明,甘薯SPF1的氨基酸序列与IbWRKY32的氨基酸序列一致度最高,为85.4%。【结论】甘薯全基因组中鉴定得到82个WRKY基因,其结构域较为保守,在蔓割病胁迫与低温胁迫条件下均存在差异表达。

关键词：甘薯 WRKY转录因子生物信息学逆境胁迫

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甘薯NAC转录因子家族的全基因组鉴定与分析

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热带作物学报 2021年第7期42卷 1831-1840页

作者：黄小芳毕楚韵王和寿陈其俊胡韵卓陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学农学院福建福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002

利用生物信息学方法对甘薯(Ipomoea batatas)基因组中NAC转录因子进行鉴定、保守结构域分析、motif查找、染色体定位、系统进化树分析以及逆境胁迫下基因表达分析。结果表明:甘薯全基因组序列中含有91个NAC转录因子基因,非均匀分布于甘... 详细信息

利用生物信息学方法对甘薯(Ipomoea batatas)基因组中NAC转录因子进行鉴定、保守结构域分析、motif查找、染色体定位、系统进化树分析以及逆境胁迫下基因表达分析。结果表明:甘薯全基因组序列中含有91个NAC转录因子基因,非均匀分布于甘薯15条染色体上;系统进化树及motif分析结果显示,91个甘薯NAC家族成员可分为16个亚组,共包含20个motif,其中大部分家族成员中均含有motif 2、motif 4、motif 1、motif 8和motif 3,这5个motif分别对应NAC结构域中的5个子域A、B、C、D和E。在与拟南芥(Arabidopsis thaliana)NAC转录因子共同构建的进化树中,有64个甘薯NAC家族成员被归入拟南芥NAC基因家族的14个亚组,其中,NAC2亚组包含的成员数最多,有9个,TIP和AtNAC3亚组均仅有1个。转录组数据分析结果显示,在蔓割病菌(Fusarium oxysporum ***,Fob)胁迫下甘薯NAC基因家族中有10个基因的表达量发生变化;而在低温环境下有25个NAC基因差异表达。本研究结合利用基因组与转录组数据分析,该结果为进一步研究甘薯NAC基因家族的功能提供参考。

关键词：甘薯 NAC 转录因子生物信息学

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优质抗病杂交糯稻新组合糯两优12的选育与应用

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杂交水稻 2023年第5期38卷 68-70页

作者：程祖锌林荔辉章清杞蔡来龙黄荣华福建农林大学农学院/福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福建福州350002 福建农林大学农学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建福州350002 福建农林大学作物遗传改良研究所福建福州350002

糯两优12是用糯稻光温敏核不育系闽糯1S和三系保持系嘉农wx2B配组育成的籼型杂交糯稻新组合,具有稳产、优质、抗稻瘟病等特点,于2021年通过福建省农作物品种审定委员会审定。

关键词：杂交糯稻糯两优12 优质中抗稻瘟病选育

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甘薯基因组BBX转录因子基因鉴定与逆境胁迫表达分析

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四川农业大学学报 2021年第2期39卷 157-165页

作者：毕楚韵黄小芳黄伟群刘江洪胡韵卓黄碧芳林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建省种子总站福州350003 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002

【目的】甘薯BBX基因的鉴定和逆境胁迫表达分析可为探究其功能和甘薯的抗性育种提供参考。【方法】利用甘薯栽培种"泰中6号"全基因组序列和甘薯逆境胁迫下的转录组数据,进行BBX转录因子的鉴定和分析,包括进化树、染色体定位... 详细信息

【目的】甘薯BBX基因的鉴定和逆境胁迫表达分析可为探究其功能和甘薯的抗性育种提供参考。【方法】利用甘薯栽培种"泰中6号"全基因组序列和甘薯逆境胁迫下的转录组数据,进行BBX转录因子的鉴定和分析,包括进化树、染色体定位、基因相似度分析、保守结构域、保守基序和抗逆表达模式。【结果】甘薯基因组中共鉴定到24个BBX转录因子基因,其中5对基因相似度高。BBX基因编码的蛋白具有1个或2个B-Box结构域,其中8个蛋白还包含CCT结构域,这些结构域在甘薯BBX蛋白中均较为保守,保守基序motif 2代表甘薯BBX蛋白的CCT结构域。转录组学数据结果表明,甘薯在蔓割病菌侵染后,有3个BBX基因发生差异性表达。甘薯块根在长达2周或6周的冷胁迫下,13个BBX基因表达量发生变化,其中多数为表达下调。【结论】甘薯全基因组中鉴定得到24个BBX转录因子基因,在低温胁迫和蔓割病胁迫条件下分别有13和3个基因存在差异表达。

关键词：甘薯 BBX 转录因子生物信息学

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籽用大麻性别连锁标记的验证及SCAR标记开发

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热带作物学报 2019年第10期40卷 2076-2082页

作者：赵铭森方书生陈瑶康红梅高金虎陈思远杨昕冯旭平张立武山西省农业科学院经济作物研究所山西太原030000 福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台福建福州350002

大麻是雌雄异株的异花授粉作物,在苗期鉴定出植株的性别,对大麻育种及生产具有重要的意义。为开发与籽用大麻品种性别连锁的SCAR标记,本研究以汾麻3号、榆社麻和苍山麻为试验材料,研究已有的11个性别连锁标记在籽用大麻品种中的适用性... 详细信息

大麻是雌雄异株的异花授粉作物,在苗期鉴定出植株的性别,对大麻育种及生产具有重要的意义。为开发与籽用大麻品种性别连锁的SCAR标记,本研究以汾麻3号、榆社麻和苍山麻为试验材料,研究已有的11个性别连锁标记在籽用大麻品种中的适用性。结果表明,3个标记(OPD-05、UBC-354和MADC2)在籽用大麻品种中呈雄性特异,尚未发现雌性特异条带。回收雄性特异条带并测序,根据测序结果新开发了6个SCAR标记,其中MADC2-8表现最好;进而利用123份已知性别的样本来检测MADC2-8的准确性,发现其平均准确性高达98.34%。该研究不仅丰富了大麻性别鉴定的分子标记,而且为大麻性别研究和实际应用奠定基础。

关键词：大麻籽用品种性染色体 SCAR MADC

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专题导读:加强麻类作物基因组学研究,推动优异等位基因发掘及种质创新

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作物学报 2021年第6期47卷 993-996页

作者：张立武福建农林大学农学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学农业农村部东南黄红麻实验观测站/福建省麻类种质资源共享平台/福建省南方经济作物遗传育种与多用途开发国际科技合作基地福建福州350002 福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心福建福州350002

麻类作物是指以收获茎秆韧皮纤维和叶纤维为主的作物,主要包括黄麻(Corchorus spp.)、红麻(Hibiscus cannabinus)、苎麻(Boehmeria spp.)、亚麻(Linum usitatissimum)、工业大麻(Cannabis sativa L.)与剑麻(Agave sisalana *** Engelm.),与粮、棉、油、菜并列为第五大作物群[1],其种植历史可追溯到远古新石器至尧舜时代。我国是麻类生产大国。2009年,作为50个农产品之一的麻产品被列入国家现代农业产业技术体系。2011—2020,以二代、三代测序技术为主体,以Hi-C等技术辅助,先后完成了主要麻类作物染色体级别的草图或参考基因组,这标志着麻类作物科学已经进入基因组时代。为加强主要麻类作物基因组学与遗传改良研究,《作物学报》以专栏形式集中刊发了8篇论文,方便相关研究工作者了解最新研究动态。

关键词：麻类作物叶纤维《作物学报》韧皮纤维尧舜时代现代农业产业技术体系麻产品基因组学

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甘薯α-淀粉酶基因的全基因组鉴定和分析

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分子植物育种 2022年第24期20卷 8035-8042页

作者：黄小芳毕楚韵陈其俊刘江洪胡韵卓黄碧芳陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建省种子总站福州350003 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002 福建农林大学福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福州350002

本研究应用隐马尔可夫方法,利用甘薯栽培种‘泰中6号’全基因测序数据,鉴定到6个甘薯α-淀粉酶基因家族序列,定位于甘薯第4、10和15号染色体上。功能结构域分析表明,甘薯α-淀粉酶基因家族6个成员均含有完整的催化结构域,5个成员含有完... 详细信息

本研究应用隐马尔可夫方法,利用甘薯栽培种‘泰中6号’全基因测序数据,鉴定到6个甘薯α-淀粉酶基因家族序列,定位于甘薯第4、10和15号染色体上。功能结构域分析表明,甘薯α-淀粉酶基因家族6个成员均含有完整的催化结构域,5个成员含有完整的Alpha-amyl_C2结构域。meme检索结果和序列多重比对结果显示,甘薯α-淀粉酶蛋白序列中含有10个保守基序,甘薯α-淀粉酶的一级结构中含有α-淀粉酶家族的4个催化保守区域。将甘薯与其他物种α-淀粉酶家族蛋白序列共同构建系统进化树,31个α-淀粉酶蛋白序列被分为Ⅰ~Ⅳ4个亚组,甘薯α-淀粉酶家族成员集中在Ⅲ和Ⅳ亚组,在进化分支上主要与马铃薯和拟南芥α-淀粉酶家族蛋白序列位置靠近。转录组测序数据分析结果显示,甘薯α-淀粉酶家族基因中有3个成员在低温储藏期表达量出现变化,其中2个基因上调表达,1个基因下调表达。这些结果可为甘薯α-淀粉酶基因结构与功能研究提供参考。

关键词：甘薯(Ipomoea batatas) α-淀粉酶基因家族生物信息学

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渍水寡照及协同作用对小麦生长发育的影响

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生态学杂志 2021年第11期40卷 3660-3672页

作者：江敏林聃石春林孙彬宣守丽薛昌颖福建农林大学农学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州30002 江苏省农业科学院农业信息研究所南京210014 中国气象局·河南省农业气象保障与应用技术重点开放实验室郑州450003

农业气象灾害是制约作物高产优质的主要因素之一。长江中下游地区春季连阴雨天气导致的渍水寡照常常会对小麦生长发育过程造成严重影响。为定量研究其影响程度,本文选取了长江中下游地区的小麦主栽品种宁麦13和扬麦23作为试验材料,设置... 详细信息

农业气象灾害是制约作物高产优质的主要因素之一。长江中下游地区春季连阴雨天气导致的渍水寡照常常会对小麦生长发育过程造成严重影响。为定量研究其影响程度,本文选取了长江中下游地区的小麦主栽品种宁麦13和扬麦23作为试验材料,设置渍水、寡照以及渍水+寡照3种处理,在小麦拔节期和孕穗期进行不同持续时长(5、10及15d)的胁迫试验以及灾后恢复试验,分析了渍水寡照对小麦发育进程、株高、叶片叶绿素含量及光合速率的影响。结果表明:不同处理均导致2品种小麦的发育进程有所推迟,拔节期渍水和寡照的协同胁迫对小麦影响最大;小麦孕穗期受逆境胁迫后,将导致后期的籽粒灌浆以及成熟过程的延迟,且延迟时间与受胁迫的时长呈正相关;小麦的株高也会受到拔节期和孕穗期逆境胁迫的影响,孕穗期胁迫对株高的影响大于拔节期,其中渍水和渍水+寡照处理对株高影响显著,单一寡照胁迫影响较弱;不同生长阶段的渍水和渍水+寡照胁迫时,小麦的叶绿素含量出现不同程度下降;而寡照处理后叶绿素含量有两种不同的响应模式,拔节期单一寡照胁迫5 d时,其叶绿素含量较对照更高,但随胁迫天数的增加而降低至对照水平之下;孕穗期寡照胁迫下,小麦的叶绿素含量均高于对照水平;各胁迫对小麦光合速率的影响表现为:受渍水或寡照的胁迫时间越长,光合速率下降幅度亦越大,其中拔节期光合速率对渍水+寡照的协同作用反应最敏感,孕穗期的光合速率变化在单一渍水胁迫时最明显。在拔节期受3种类型胁迫5 d时,光合速率均能在短时间内恢复至对照水平,但随着逆境胁迫时间加长,其受抑程度加大,恢复所需时间亦越长,渍水+寡照胁迫时,对恢复过程影响最大;孕穗期渍水处理持续时长超过10 d或渍水+寡照胁迫处理15 d后,光合速率将无法恢复到对照水平,而寡照不同处理时长下,光合速率均可恢复。本研究结果可用于渍水寡照灾害损失评估,提升小麦生长模型在灾害下的适用性。

关键词：小麦渍水寡照株高叶绿素光合速率

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