检索结果-内蒙古大学图书馆

分子植物育种 2022年第24期20卷 8035-8042页

作者：黄小芳毕楚韵陈其俊刘江洪胡韵卓黄碧芳陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建省种子总站福州350003 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002 福建农林大学福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福州350002

本研究应用隐马尔可夫方法,利用甘薯栽培种‘泰中6号’全基因测序数据,鉴定到6个甘薯α-淀粉酶基因家族序列,定位于甘薯第4、10和15号染色体上。功能结构域分析表明,甘薯α-淀粉酶基因家族6个成员均含有完整的催化结构域,5个成员含有完... 详细信息

本研究应用隐马尔可夫方法,利用甘薯栽培种‘泰中6号’全基因测序数据,鉴定到6个甘薯α-淀粉酶基因家族序列,定位于甘薯第4、10和15号染色体上。功能结构域分析表明,甘薯α-淀粉酶基因家族6个成员均含有完整的催化结构域,5个成员含有完整的Alpha-amyl_C2结构域。meme检索结果和序列多重比对结果显示,甘薯α-淀粉酶蛋白序列中含有10个保守基序,甘薯α-淀粉酶的一级结构中含有α-淀粉酶家族的4个催化保守区域。将甘薯与其他物种α-淀粉酶家族蛋白序列共同构建系统进化树,31个α-淀粉酶蛋白序列被分为Ⅰ~Ⅳ4个亚组,甘薯α-淀粉酶家族成员集中在Ⅲ和Ⅳ亚组,在进化分支上主要与马铃薯和拟南芥α-淀粉酶家族蛋白序列位置靠近。转录组测序数据分析结果显示,甘薯α-淀粉酶家族基因中有3个成员在低温储藏期表达量出现变化,其中2个基因上调表达,1个基因下调表达。这些结果可为甘薯α-淀粉酶基因结构与功能研究提供参考。

关键词：甘薯(Ipomoea batatas) α-淀粉酶基因家族生物信息学

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多胺代谢介导蓝光调控金针菇生长发育的分子机理

多胺代谢介导蓝光调控金针菇生长发育的分子机理

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中国菌物学会2024年学术年会

作者：陶永新李建杨亚永徐欣宇宋寒冰谢宝贵福建农林大学园艺学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建农林大学生命科学学院菌物研究中心农业农村部国家食用菌品种改良中心福建分中心

光照是地球上最重要的环境因子之一,影响几乎所有生物的生长发育。真菌虽然没有光合作用,但光照对大型真菌的形态建成和物质代谢起重要作用,尤以蓝光的作用效果最为显著。本研究以食用菌金针菇作为担子菌代表,系统研究了多胺代谢通路中... 详细信息

光照是地球上最重要的环境因子之一,影响几乎所有生物的生长发育。真菌虽然没有光合作用,但光照对大型真菌的形态建成和物质代谢起重要作用,尤以蓝光的作用效果最为显著。本研究以食用菌金针菇作为担子菌代表,系统研究了多胺代谢通路中的关键基因介导蓝光调控金针菇形态发育和赖氨酸生物合成的分子机理。研究结果显示:蓝光照射显著提高金针菇的整齐度和产量,以及赖氨酸的含量。构建金针菇赖氨酸生物合成通路,发现其通路第七步的酵母氨酸还原酶基因Sr与多胺代谢通路中亚精胺合酶基因Spds形成天然融合基因SpdsSr。经过PCR验证和转录本可变剪切分析,FfSpdsSr在金针菇中有唯一的转录本。进一步进化分析发现:担子菌中均为SpdsSr融合形式,而子囊菌、壶菌和卵菌中Spds和Sr为两个独立分开的基因。对粗糙脉孢菌15个RNA-Seq数据集进行分析,发现粗糙脉孢菌中Nc Spds和Nc Sr具有高度相似的共表达模式。通过遗传转化和酵母单杂交实验证明,蓝光通过光受体WCC调控C2H2转录因子,C2H2转录因子结合融合基因SpdsSr的启动子区直接调控其转录,进而协同调控胞内亚精胺和赖氨酸的生物合成,从而调控金针菇子实体的形成和菌柄伸长。本研究结果构建了"蓝光-光受体-C2H2转录因子-多胺和赖氨酸代谢-生长发育"的真菌光生物调控模型,为合理使用光照提高金针菇产量和品质提供理论依据。

关键词：金针菇形态发育多胺代谢赖氨酸代谢光调控

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果香味金针菇的香气成分鉴定及其代谢调控基因挖掘

果香味金针菇的香气成分鉴定及其代谢调控基因挖掘

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中国菌物学会2024年学术年会

作者：李建钟应丽陶永新福建农林大学园艺学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建农林大学生命科学学院菌物研究中心农业农村部国家食用菌品种改良中心福建分中心

香气作为影响食用菌观赏价值和食用感官的重要因素之一,是由挥发性次级代谢物决定的基本感官特征,具有高度复杂的特性。实验室前期采集到一株具有"果香味"金针菇(FYX),通过对普通金针菇(JHH)和FYX的RNA-seq和挥发性代谢组分析... 详细信息

香气作为影响食用菌观赏价值和食用感官的重要因素之一,是由挥发性次级代谢物决定的基本感官特征,具有高度复杂的特性。实验室前期采集到一株具有"果香味"金针菇(FYX),通过对普通金针菇(JHH)和FYX的RNA-seq和挥发性代谢组分析,共筛选到1749个DEGs和69种差异VOCs。其中,差异基因显著富集到萜类、氨基酸类、脂肪酸类等挥发性有机化合物合成途径;差异VOCs主要富集在萜类、醇类、醛类等物质合成通路。对RNA-seq和挥发性代谢组联合分析发现倍半萜、三萜生物、脂肪酸合成通路被显著富集,暗示它们可能是FYX呈现特殊气味主要物质。进一步,对相关通路中关键节点基因(v5-203091,v5-212765)进行沉默,结果显示许多差异VOCs含量降低,包括萜类和脂肪酸类等次级代谢物,证明萜类和脂肪酸类是FYX具有"果香味"重要组成物质。此外,还发现细胞色素P450基因(v5-213842)对挥发性代谢物起着全局调控的作用。该研究揭示"果香味"金针菇的香气物质及其生物合成的相关基因,为选育具有特殊香气金针菇或其它食用菌新品种提供分子标靶。

关键词：香气成分代谢调控金针菇萜类脂肪酸

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染色质可及性与植物基因表达调控

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植物学报 2021年第6期56卷 664-675页

作者：李占杰秦源福建农林大学农学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002

真核生物基因组上的核小体呈现不均匀分布,转录活跃区域的染色质结构相对松散且易被调节蛋白结合,这些区域的可接近程度称为染色质可及性。随着测序技术的发展,DNase-seq、ATAC-seq、MNase-seq和NOMe-seq等组学技术的应用,全基因组范围... 详细信息

真核生物基因组上的核小体呈现不均匀分布,转录活跃区域的染色质结构相对松散且易被调节蛋白结合,这些区域的可接近程度称为染色质可及性。随着测序技术的发展,DNase-seq、ATAC-seq、MNase-seq和NOMe-seq等组学技术的应用,全基因组范围内染色质可及性检测变得简便且高效。该文主要介绍了真核生物染色质可及性的4种基本检测方法的技术原理,总结了核小体定位、组蛋白修饰以及转录因子结合与染色质可及性的关系,并综述了染色质可及性参与植物生长发育和环境响应研究进展,以期为植物领域全基因组水平染色质可及性研究、顺式调控元件挖掘及发育和环境响应过程中基因表达调控网络的解析提供借鉴。

关键词：染色质可及性组蛋白修饰 DNase-seq ATAC-seq 调控元件

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基于转录组的甘蔗ScJAZ基因家族鉴定及表达分析

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分子植物育种 2021年第7期19卷 2142-2155页

作者：娄文月孙婷婷岑光莉王文举尤垂淮苏炜华汪洲涛李大妹阙友雄苏亚春福建农林大学农业部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002

Jasmonate ZIM domain(JAZ)蛋白是茉莉酸信号转导途径的关键因子,参与植物抵御生物和非生物逆境胁迫信号的响应和调控。本研究基于课题组构建的多个甘蔗转录组数据库鉴定了19个具有完整编码区的甘蔗ScJAZ家族基因(ScJAZ15~ScJAZ33),并... 详细信息

Jasmonate ZIM domain(JAZ)蛋白是茉莉酸信号转导途径的关键因子,参与植物抵御生物和非生物逆境胁迫信号的响应和调控。本研究基于课题组构建的多个甘蔗转录组数据库鉴定了19个具有完整编码区的甘蔗ScJAZ家族基因(ScJAZ15~ScJAZ33),并分析了相应编码蛋白的理化性质、结构特征、进化分类及在低温、低氮和叶枯病菌(Stagonospora tainanensis)胁迫下的基因表达模式。生物信息学分析显示,ScJAZ15~ScJAZ33基因编码蛋白均属于不稳定亲水性的胞内非分泌蛋白,其氨基酸数目(94~426)和相对分子量(10451.94~45125.6 Da)差异较大,氨基酸序列的一致性仅为18.09%,且蛋白磷酸化和糖基化潜在位点的数目各异。ScJAZ15~ScJAZ33聚类在JAZ家族的Group A、Group B和Group C三个不同的系统分支上,19个ScJAZ成员均含有JAZ蛋白家族的两个典型保守结构域Jas基序和TIFY motif以及1个弱保守的motif 3基序,但其他结构功能未明确的motif在ScJAZ15~ScJAZ33蛋白中的数量和分布存在差异。对低温胁迫甘蔗后的转录组数据分析发现,ScJAZ17基因在耐寒性强品种FN39中下调表达,但在耐寒性弱品种ROC22中没有差异表达,推测ScJAZ17基因可能负向调节甘蔗对低温胁迫的应答反应。在低氮处理下,ScJAZ18、ScJAZ19、ScJAZ20和ScJAZ21基因均无差异表达。受叶枯病菌侵染后,在胁迫早期,抗叶枯病品种ROC22中的ScJAZ22基因下调表达,而ScJAZ24和ScJAZ30基因上调表达,在胁迫中后期,ScJAZ22、ScJAZ24和ScJAZ31基因均上调表达;感叶枯病品种FN12-047中的ScJAZ31基因在病原菌侵染的早期和中后期均上调表达,ScJAZ28基因则在病原菌侵染中后期上调表达,表明ScJAZ22、ScJAZ24、ScJAZ28、ScJAZ30和ScJAZ31在甘蔗应答叶枯病菌侵染过程中可能发挥积极调控作用。本研究结果为深入研究甘蔗ScJAZ家族基因的结构和功能提供参考。

关键词：甘蔗(Saccharum spp.) JAZ 基因家族生物信息学分析表达模式

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甘薯β-淀粉酶家族基因的全基因组鉴定和表达分析

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华南农业大学学报 2021年第5期42卷 50-59页

作者：黄小芳毕楚韵黄伟群刘江洪胡韵卓黄碧芳林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学农学院福建福州350002 福建省种子总站福建福州350003 福建农林大学生命科学学院福建福州350002 福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002

【目的】挖掘甘薯Ipomoea batatas基因组中β-淀粉酶(Beta-amylase)基因家族序列信息,分析结构与功能信息。【方法】基于甘薯栽培种‘泰中6号’全基因组测序数据,利用生物信息学分析方法对鉴定到的12个甘薯β-淀粉酶家族成员进行结构域... 详细信息

【目的】挖掘甘薯Ipomoea batatas基因组中β-淀粉酶(Beta-amylase)基因家族序列信息,分析结构与功能信息。【方法】基于甘薯栽培种‘泰中6号’全基因组测序数据,利用生物信息学分析方法对鉴定到的12个甘薯β-淀粉酶家族成员进行结构域保守性分析、染色体定位、潜在重复基因筛查、保守基序分析和系统进化树构建,利用转录组数据进行低温胁迫下相关基因的表达分析。【结果】12个β-淀粉酶基因分布于甘薯第2、4、5、6、11、12、13和14号染色体上,含有8个具有潜在重复关系的基因对。多重比对和功能结构域搜索结果显示,甘薯β-淀粉酶家族的氨基酸序列中含有3个保守性较高的区域和10个保守基序。甘薯与其他物种β-淀粉酶蛋白的系统进化分析结果显示,62个β-淀粉酶家族成员被分为S1~S7等7个亚组,甘薯β-淀粉酶家族成员主要分布在S2、S4、S5、S6以及S7亚组中,且大多与拟南芥、马铃薯以及番茄的β-淀粉酶为同一分支。转录组测序数据分析结果显示,在低温贮藏的过程中有6个甘薯β-淀粉酶基因表达量出现变化,其中‘徐薯15-1’有2个基因上调表达、4个基因下调表达,‘徐薯15-4’仅有2个基因下调表达。【结论】β-淀粉酶是一类关键的淀粉水解酶,在甘薯生长发育和薯块贮藏阶段淀粉降解为还原糖的过程中发挥着重要作用,本研究鉴定得到的12个甘薯β-淀粉酶基因序列信息为进一步探讨甘薯β-淀粉酶基因家族的生物学功能提供数据参考。

关键词：甘薯 β-淀粉酶基因家族系统进化差异表达分析

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不同地理种群紫萍对水体氮和磷的生理响应和吸收能力的差异

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生态学杂志 2021年第6期40卷 1734-1744页

作者：刘艳红吴磊林熠斌廖露赵义叶茂曾任森孙仲享福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/农学院福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002 贵州大学昆虫研究所贵州省山地农业病虫害重点实验室贵阳550025

养殖场高浓度氮磷废水的排放对环境造成巨大污染。紫萍具有很强的净化水体污染物的能力,然而,不同地理种群紫萍对水体氮和磷吸收净化的研究还比较缺乏。本研究从中国南方不同地区采集15个紫萍种群,分析在高浓度氮和磷的水体中不同地理... 详细信息

养殖场高浓度氮磷废水的排放对环境造成巨大污染。紫萍具有很强的净化水体污染物的能力,然而,不同地理种群紫萍对水体氮和磷吸收净化的研究还比较缺乏。本研究从中国南方不同地区采集15个紫萍种群,分析在高浓度氮和磷的水体中不同地理种群紫萍的生理响应和对氮磷吸收能力的差异性。结果表明:不同地理种群紫萍之间的生长表型和生理指标(叶状体个数、鲜重、干重、根长和蛋白质含量)均达到极显著差异(P <0.001)。进一步研究发现,不同地理种群紫萍对水体中氮和磷的生理响应和吸收能力也存在较大差异。不同地理种群紫萍对高氮的耐受性不同,氮耐受指数范围为64.47%~119.42%,其中昆明和乐山两地紫萍的氮吸收能力最高,分别为0.12和0.11 mg·pot^(-1)·d^(-1)。不同地理种群紫萍对高磷的耐受性差异较大,磷耐受指数范围为81.22%~157.73%,磷吸收能力以大理和武汉种群最高,分别为0.06和0.05 mg·pot^(-1)·d^(-1)。为了鉴定与紫萍净化氮磷能力相关的生理指标,通过关联分析,发现不同地理种群紫萍的叶状体个数、生物量、耐受性与其对氮和磷的净化能力均呈显著正相关,说明叶状体个数、生物量、耐受性对于紫萍净化氮磷能力具有重要的作用。本研究从生长表型和生理层面揭示了不同地理种群紫萍对高浓度氮磷的生理响应以及对水体氮磷净化能力的差异,获得了对水体氮磷污染具有较理想净化效果的紫萍种群,研究结果可为合理利用紫萍资源进行水体净化提供科学依据。

关键词：紫萍地理种群氮和磷净化能力叶状体个数生理响应

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甘薯基因组R2R3-MYB转录因子鉴定与分析

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分子植物育种 2021年第21期19卷 7000-7011页

作者：黄小芳毕楚韵黄碧芳许明杨志坚林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002

MYB是植物中数量众多且功能重要的转录因子家族。本研究通过生物信息学方法从未经注释的甘薯全基因组序列中筛选鉴定出MYB家族基因,分析了R2R3-MYB类基因的结构与功能。结果发现,甘薯基因组中含有R2R3-MYB转录因子基因88个,均含有完整... 详细信息

MYB是植物中数量众多且功能重要的转录因子家族。本研究通过生物信息学方法从未经注释的甘薯全基因组序列中筛选鉴定出MYB家族基因,分析了R2R3-MYB类基因的结构与功能。结果发现,甘薯基因组中含有R2R3-MYB转录因子基因88个,均含有完整的R2、R3保守结构域,且R2、R3保守结构域中分别含有8个和9个高度保守的碱性氨基酸。MEME分析结果表明,甘薯R2R3-MYB蛋白序列中含有10个保守基序,其中80%以上的R2R3-MYB序列中含有motif 1、motif 2、motif 3、motif 4、motif 5以及motif 7;利用circos软件定位R2R3-MYB序列在染色体上的分布情况,发现甘薯88个R2R3-MYB基因不均匀分布在15条染色体上,其中5号染色体上数量最多,达15个,4号和13号数量最少,仅2个,经序列比对分析,发现它们在染色体内和染色体间均存在复制关系,其中存在于染色体间潜在复制关系的基因有6对,染色体内有20对,且这20个基因对中有19对在染色体上成簇状分布。经序列功能预测与归类,有44个R2R3-MYB转录因子基因可归入拟南芥R2R3-MYB基因分类的13个亚组中,分别参与响应生物与非生物胁迫、花青素合成、花药发育等途径。进一步分析发现,甘薯中有36个R2R3-MYB转录因子基因可能在响应生物和非生物胁迫上发挥重要功能,其中9个基因在尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum ***,Fob)胁迫下表达量出现明显上调/下调变化,27个在低温胁迫下表达量出现明显上调/下调变化。甘薯R2R3-MYB转录因子结构域高度保守,R2和R3结构域中均含有较高的保守基序;进化树及转录组测序分析显示部分基因可能参与植物生长发育、代谢调控以及生物与非生物胁迫等途径,可为甘薯抗性育种提供参考。

关键词：甘薯 R2R3-MYB 转录因子生物信息学

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甘薯基因组TCP转录因子鉴定与逆境胁迫表达分析

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植物科学学报 2021年第2期39卷 163-171页

作者：毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福州350003 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002

基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的... 详细信息

基于甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)全基因组序列,利用生物信息学方法鉴定筛选了全基因组中的TCP(teosinte branched1/cincinnata/proliferating cell factor)转录因子,并分析了甘薯苗期在蔓割病菌胁迫及块根储藏期低温胁迫下TCP基因的表达差异。结果显示,甘薯基因组中共有27个TCP转录因子,其中ClassⅠ13个、ClassⅡ(CIN)8个、ClassⅡ(CYC/TB1)6个。甘薯TCP以单个基因或基因簇的形式不均匀分布在15条染色体上,其中6对基因存在潜在复制关系。甘薯ClassⅡ(CYC/TB1)转录因子含有R结构域,其氨基酸序列较为保守。在TCP家族中共发现10个保守基序(motif),基序的氨基酸序列长度为15~60个,其中motif 1含有TCP结构域,motif 3含有R结构域,TCP转录因子的保守基序种类在组间存在一定差异。逆境胁迫下甘薯的转录组数据分析结果表明,TCP转录因子在苗期受蔓割病侵染后有2个差异表达基因;在块根储藏期受低温胁迫下有11个差异表达基因。

关键词：甘薯 TCP 转录因子生物信息学

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甘薯全基因组WRKY转录因子的基因鉴定与逆境胁迫表达分析

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2021年第9期49卷 30-44页

作者：毕楚韵黄小芳王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学农学院福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福建福州350003

【目的】对甘薯(Ipomoea batatas)全基因组WRKY转录因子进行基因鉴定与逆境胁迫表达分析,为甘薯WRKY基因的应用提供参考。【方法】在甘薯全基因组序列的基础上,应用生物信息学方法对WRKY基因进行挖掘,分析基因潜在复制关系、保守结构域... 详细信息

【目的】对甘薯(Ipomoea batatas)全基因组WRKY转录因子进行基因鉴定与逆境胁迫表达分析,为甘薯WRKY基因的应用提供参考。【方法】在甘薯全基因组序列的基础上,应用生物信息学方法对WRKY基因进行挖掘,分析基因潜在复制关系、保守结构域、亚家族系统进化树、保守基序和抗逆表达模式,并对甘薯SPF1基因与IbWRKY基因进行了比较和分析。【结果】甘薯全基因组上共有82个WRKY基因,可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个类型,其中类型Ⅰ和类型Ⅲ的成员数量分别为18和5,类型Ⅱ可进一步分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e 5个亚类,其成员数量分别为4,14,20,8和13。甘薯WRKY基因不均匀分布于15条染色体上,其中25对基因存在潜在复制关系。保守结构域分析发现,大部分WRKY的结构域高度保守,但个别基因存在保守结构域缺失现象。拟南芥与甘薯的WRKY转录因子在系统进化树上呈现按物种少量聚集的现象。在甘薯WRKY转录因子家族中共发现10个保守基序,包括含有WRKY七肽结构域的基序1和基序7、含有锌指结构域的基序2和基序3,其中基序3为Ⅰ类型WRKY转录因子N端WRKY结构域所特有。对逆境胁迫下的甘薯转录组数据进行分析发现,甘薯苗期在蔓割病菌(Fusarium oxysporum ***)侵染后共有19个WRKY基因差异表达,甘薯块根贮藏期在低温胁迫下有34个WRKY基因差异表达。蛋白序列比较和分析结果表明,甘薯SPF1的氨基酸序列与IbWRKY32的氨基酸序列一致度最高,为85.4%。【结论】甘薯全基因组中鉴定得到82个WRKY基因,其结构域较为保守,在蔓割病胁迫与低温胁迫条件下均存在差异表达。

关键词：甘薯 WRKY转录因子生物信息学逆境胁迫

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