检索结果-内蒙古大学图书馆

热带作物学报 2021年第7期42卷 1831-1840页

作者：黄小芳毕楚韵王和寿陈其俊胡韵卓陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学农学院福建福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002

利用生物信息学方法对甘薯(Ipomoea batatas)基因组中NAC转录因子进行鉴定、保守结构域分析、motif查找、染色体定位、系统进化树分析以及逆境胁迫下基因表达分析。结果表明:甘薯全基因组序列中含有91个NAC转录因子基因,非均匀分布于甘... 详细信息

利用生物信息学方法对甘薯(Ipomoea batatas)基因组中NAC转录因子进行鉴定、保守结构域分析、motif查找、染色体定位、系统进化树分析以及逆境胁迫下基因表达分析。结果表明:甘薯全基因组序列中含有91个NAC转录因子基因,非均匀分布于甘薯15条染色体上;系统进化树及motif分析结果显示,91个甘薯NAC家族成员可分为16个亚组,共包含20个motif,其中大部分家族成员中均含有motif 2、motif 4、motif 1、motif 8和motif 3,这5个motif分别对应NAC结构域中的5个子域A、B、C、D和E。在与拟南芥(Arabidopsis thaliana)NAC转录因子共同构建的进化树中,有64个甘薯NAC家族成员被归入拟南芥NAC基因家族的14个亚组,其中,NAC2亚组包含的成员数最多,有9个,TIP和AtNAC3亚组均仅有1个。转录组数据分析结果显示,在蔓割病菌(Fusarium oxysporum ***,Fob)胁迫下甘薯NAC基因家族中有10个基因的表达量发生变化;而在低温环境下有25个NAC基因差异表达。本研究结合利用基因组与转录组数据分析,该结果为进一步研究甘薯NAC基因家族的功能提供参考。

关键词：甘薯 NAC 转录因子生物信息学

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甘薯基因组BBX转录因子基因鉴定与逆境胁迫表达分析

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四川农业大学学报 2021年第2期39卷 157-165页

作者：毕楚韵黄小芳黄伟群刘江洪胡韵卓黄碧芳林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建省种子总站福州350003 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002

【目的】甘薯BBX基因的鉴定和逆境胁迫表达分析可为探究其功能和甘薯的抗性育种提供参考。【方法】利用甘薯栽培种"泰中6号"全基因组序列和甘薯逆境胁迫下的转录组数据,进行BBX转录因子的鉴定和分析,包括进化树、染色体定位... 详细信息

【目的】甘薯BBX基因的鉴定和逆境胁迫表达分析可为探究其功能和甘薯的抗性育种提供参考。【方法】利用甘薯栽培种"泰中6号"全基因组序列和甘薯逆境胁迫下的转录组数据,进行BBX转录因子的鉴定和分析,包括进化树、染色体定位、基因相似度分析、保守结构域、保守基序和抗逆表达模式。【结果】甘薯基因组中共鉴定到24个BBX转录因子基因,其中5对基因相似度高。BBX基因编码的蛋白具有1个或2个B-Box结构域,其中8个蛋白还包含CCT结构域,这些结构域在甘薯BBX蛋白中均较为保守,保守基序motif 2代表甘薯BBX蛋白的CCT结构域。转录组学数据结果表明,甘薯在蔓割病菌侵染后,有3个BBX基因发生差异性表达。甘薯块根在长达2周或6周的冷胁迫下,13个BBX基因表达量发生变化,其中多数为表达下调。【结论】甘薯全基因组中鉴定得到24个BBX转录因子基因,在低温胁迫和蔓割病胁迫条件下分别有13和3个基因存在差异表达。

关键词：甘薯 BBX 转录因子生物信息学

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甘薯基因组JAZ基因家族的鉴定与分析

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基因组学与应用生物学 2021年第11期40卷 3685-3693页

作者：黄小芳毕楚韵陈其俊刘江洪胡韵卓黄碧芳许明陈选阳林世强福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福州350002 福建农林大学农学院福州350002 福建省种子总站福州350003 福建农林大学生命科学学院福州350002 福建省特种作物育种与利用工程技术研究中心福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福州350002

JAZ(jasmonate ZIM-domain,JAZ)蛋白作为茉莉酸途径的抑制因子,可通过与其他信号通路的调控因子互作来调节植物生长发育过程。为了探究甘薯[Ipomoea batatas(L.)LAM]JAZ家族基因的特征和潜在功能,本研究利用生物信息学的分析方法从甘薯... 详细信息

JAZ(jasmonate ZIM-domain,JAZ)蛋白作为茉莉酸途径的抑制因子,可通过与其他信号通路的调控因子互作来调节植物生长发育过程。为了探究甘薯[Ipomoea batatas(L.)LAM]JAZ家族基因的特征和潜在功能,本研究利用生物信息学的分析方法从甘薯全基因序列中鉴定到11个JAZ基因序列,对其进行多重序列比对、染色体定位、保守基序、系统进化树以及逆境胁迫下基因表达量变化等多方面的研究。结果表明,11个甘薯JAZ基因分布在甘薯1号、3号、6号、7号和9号染色体上,其数目分别为2个、1个、2个、1个和5个;利用MEME检索工具从甘薯JAZ家族蛋白序列中检索得到9个保守基序(motif 1~motif 9),其中motif 1和motif 7氨基酸序列组成与多重比对结果中的TIFY结构域一致,motif 2序列特征与Jas结构域一致;甘薯、拟南芥和水稻的JAZ家族系统进化树可分为5个亚组(Group1~Group 5);转录组数据分析结果表明,甘薯JAZ基因家族中有2个成员在受到尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum ***)侵染时表达量上调;有5个成员在低温胁迫下差异表达,其中3个表达上调、2个表达下调。以上结果可为研究甘薯JAZ家族基因的结构和功能提供参考。

关键词：甘薯 JAZ 基因家族生物信息学

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甘薯基因组bHLH转录因子鉴定与逆境胁迫表达分析

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福建农林大学学报（自然科学版） 2021年第4期50卷 440-450页

作者：黄小芳毕楚韵王和寿陈其俊胡韵卓黄碧芳许明杨志坚陈选阳林世强福建农林大学生命科学学院福建福州350002 福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 宁德市农业农村局福建宁德352100 福建省种子总站福建福州350003 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002

利用生物信息学方法从未经注释的甘薯(Ipomoea batatas)基因组中鉴定得到143个bHLH转录因子,对其保守结构域、motif组成、染色体分布情况、系统进化以及尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum ***,Fob)胁迫下和低温胁迫下的差异表达基因进行分... 详细信息

利用生物信息学方法从未经注释的甘薯(Ipomoea batatas)基因组中鉴定得到143个bHLH转录因子,对其保守结构域、motif组成、染色体分布情况、系统进化以及尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum ***,Fob)胁迫下和低温胁迫下的差异表达基因进行分析.结果表明,甘薯bHLH结构域约由54个氨基酸组成,其中21个氨基酸位点保守性在50%以上;74.8%(107个)的家族成员具有E-盒结合活性,56.6%(81个)的家族成员具G-盒结合活性.bHLH基因在15条染色体上的分布不均匀,在1、2、5、6以及14号染色体上分布较多,9和12号染色体上分布较少.MEME分析得到甘薯bHLH转录因子含有5个保守基序,motif 1和motif 2共同组成了bHLH结构域,存在于90%以上的家族成员中;系统进化分析将甘薯bHLH基因家族分为22个亚组.甘薯bHLH转录因子中有6个家族成员响应尖孢镰刀菌胁迫,其中4个基因表达下调,2个基因表达上调;在低温胁迫下甘薯bHLH家族成员中有44个基因表达量发生变化,其中13个基因在4个处理组中表达量均有变化,8个基因表达下调,5个基因表达上调.

关键词：甘薯 bHLH 转录因子生物信息学

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甘薯基因组NBS-LRR类抗病家族基因挖掘与分析

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作物学报 2020年第8期46卷 1195-1207页

作者：黄小芳毕楚韵石媛媛胡韵卓周丽香梁才晓黄碧芳许明林世强陈选阳福建农林大学作物生物技术福建省高校重点实验室福建福州350002 福建农林大学农学院福建福州350002 福建农林大学植物保护学院福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002 福建农林大学教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002

NBS-LRR类基因家族是植物抗病R基因(Resistance gene)数量最多的一类,具有NBS(Nucleotide-binding site)和LRR(Leucine-leucine-repeat)结构域。甘薯(Ipomoea batatas)栽培种基因组已完成测序,但尚未注释,本研究对甘薯基因组序列进行外显子预测,得到甘薯染色体组全基因组蛋白序列,在此基础上进一步对NBS-LRR家族基因鉴定和分析表明,甘薯基因组中含有379个NBS-LRR家族基因,占全基因组基因总数的0.212%,其中N型亚家族120个,NL型103个,CNL型133个,TNL型22个,PN型1个。所有染色体上均有NBS-LRR家族基因分布,但数量明显不同,其中有60.9%的NBS-LRR基因序列呈簇状分布。NBS-LRR基因序列有15个保守结构域,在N端较为保守。研究结果为甘薯进一步开展NBS-LRR家族基因的功能研究和抗性育种提供了参考。

关键词：甘薯 NBS-LRR R基因基因家族生物信息学

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甘蔗Rieske Fe/S蛋白前体基因ScPetC的克隆及表达分析

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作物学报 2020年第6期46卷 844-857页

作者：郑清雷余陈静姚坤存黄宁阙友雄凌辉许莉萍福建农林大学/农业农村部福建甘蔗生物学与遗传育种重点实验室福建福州350002 福建农林大学/教育部作物遗传育种与综合利用重点实验室福建福州350002 福建农林大学生命科学学院广西玉林537000 玉林师范学院农学院福建福州350002

细胞色素b6f复合体还原型铁硫蛋白前体(Cytochrome b6f complex Rieske Fe/S precursor protein,PetC)是由细胞核PetC基因编码的蛋白,其成熟蛋白参与构成细胞色素b6f复合体,是电子传递的重要元件。基于前期构建的受高粱花叶病毒(Sorghum... 详细信息

细胞色素b6f复合体还原型铁硫蛋白前体(Cytochrome b6f complex Rieske Fe/S precursor protein,PetC)是由细胞核PetC基因编码的蛋白,其成熟蛋白参与构成细胞色素b6f复合体,是电子传递的重要元件。基于前期构建的受高粱花叶病毒(Sorghum mosaic virus,SrMV)侵染的甘蔗转录组数据库,从主栽甘蔗品种‘新台糖22号’叶片中成功克隆到该基因,并命名为ScPetC(GenBank登录号为MH333037.1)。生物信息学分析发现,ScPetC基因cDNA全长824bp,包含了一个678bp的开放阅读框,编码226个氨基酸。ScPetC属于PRK13473超家族,其C末端具有典型的Rieske保守结构域;蛋白理论等电点为8.19,属于稳定的、亲水性蛋白;二级结构多为无规则卷曲,三级结构预测其比其他植物PetC多出一段α螺旋结构。在本氏烟(Nicotiana benthamiana)叶片瞬时表达中,ScPetC定位于叶绿体、细胞质和细胞膜。尽管前人研究表明,ScPetC的表达量会受SrMV侵染的影响,不同于半夏(Pinellia ternata)PetC与大豆花叶病毒(Soybean mosaic virus,SMV)P1蛋白之间的互作,ScPetC不能与SrMV-P1蛋白互作,但能与甘蔗黄叶病毒(Sugarcane yellow leaf virus,SCYLV)P0蛋白互作。实时荧光定量PCR分析表明,ScPetC基因在甘蔗不同组织中均有表达,但在叶片中的表达量最高。甘蔗受脱落酸胁迫3 h时,ScPetC表达量显著上调,但是随着处理时间的延长,表达受到抑制;在茉莉酸甲酯、水杨酸、氯化铜、氯化镉和氯化钠胁迫下,ScPetC表达量均显著下调。本研究通过对ScPetC生物学功能、环境外源激素与重金属等胁迫下的表达模式及其与甘蔗病原病毒蛋白互作的初步探究,增加了对甘蔗PetC的了解,也为深入研究其在甘蔗受黄叶病毒侵染中的作用奠定基础。

关键词：甘蔗细胞色素b6f复合体还原型铁硫蛋白前体生物信息学亚细胞定位蛋白互作实时荧光定量PCR

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十字花科植物与食用菌共培养通过根系分泌物促进菌丝生长

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福建农林大学学报（自然科学版） 2019年第2期48卷 231-237页

作者：薛蓉蓉罗智捷黄宇晴覃丽谦胡林宋圆圆曾任森王杰福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建农林大学生命科学学院福建福州350002

以十字花科植物芥菜为供体,6种食用菌(金针菇、凤尾菇、香菇、杏鲍菇、黑木耳、银耳)为受体,通过共培法,研究了芥菜及其化感物质黑芥子苷对食用真菌菌丝生长的影响.结果表明,芥菜对杏鲍菇、黑木耳和银耳菌丝生长无明显促生作用,但可以... 详细信息

以十字花科植物芥菜为供体,6种食用菌(金针菇、凤尾菇、香菇、杏鲍菇、黑木耳、银耳)为受体,通过共培法,研究了芥菜及其化感物质黑芥子苷对食用真菌菌丝生长的影响.结果表明,芥菜对杏鲍菇、黑木耳和银耳菌丝生长无明显促生作用,但可以显著促进金针菇、凤尾菇和香菇菌丝的生长,从而有利于缩短菌株生长周期.进一步的试验发现不是因为芥菜幼苗产生的挥发物,而是其根系分泌物对菌丝生长有促进作用.将十字花科芥菜根系分泌的主要化感物质黑芥子苷加入培养基用来培养食用菌,当浓度等于1 mg·mL^(-1)时对金针菇、凤尾菇和香菇菌丝生长促生效果最佳.

关键词：芥菜化感物质食用菌根系分泌物黑芥子苷

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植物抗虫“防御警备”:概念、机理与应用

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应用生态学报 2018年第6期29卷 2068-2078页

作者：王杰宋圆圆胡林杨明玉曾任森福建农林大学作物科学学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002 福建农林大学作物抗性与化学生态学研究所福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002

植物抗虫"防御警备"是指受到某些生物或者非生物因子刺激警备后,植物会提前做好抗虫防御准备,之后当再次受到害虫袭击时,植物会产生更加快速和强烈的抗虫防御反应,从而使自身抗虫性显著提高.这是近年来新发现的植物防御害虫... 详细信息

植物抗虫"防御警备"是指受到某些生物或者非生物因子刺激警备后,植物会提前做好抗虫防御准备,之后当再次受到害虫袭击时,植物会产生更加快速和强烈的抗虫防御反应,从而使自身抗虫性显著提高.这是近年来新发现的植物防御害虫的一种策略,是一种特殊的诱导抗虫机制.植食性昆虫的取食、分泌物、产卵、为害诱导的植物挥发物(HIPVs)以及某些有益微生物、植物营养元素、重金属和一些化学物质均可以引起植物产生抗虫防御警备.防御警备具有抗性高效、持久、环境友好,甚至可以遗传到子代等优点.本文综述了近年来有关植物抗虫防御警备的研究,主要概括了植物抗虫防御警备的一般特征、刺激警备因子和形成机制,并对其在生产实践中的应用前景进行了简要分析,提出了这一领域尚未解决的问题和亟待深入的研究方向.通过合适的方法使植物产生抗虫防御警备可以大大减少杀虫剂的使用,成为害虫综合防治的重要手段.

关键词：植物抗虫性警备防御诱导防御警备因子

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烟草SSR标记的电子遗传定位

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分子植物育种 2018年第11期16卷 3622-3628页

作者：迟文超黄力坤唐唯其高文霞吴为人福建农林大学生命科学学院福州350002 福建农林大学福建省作物设计育种重点实验室福州350002 福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福州350002

烟草中已开发的SSR标记只有一部分定位到遗传图谱中(记为M-SSR),而大部分还没有定位(记为N-SSR)。本研究利用已发表的5 000多对烟草SSR标记引物和包含2 000多个SSR标记的高密度遗传图谱以及3个烟草品种基因组序列的数据,通过e-PCR将SSR... 详细信息

烟草中已开发的SSR标记只有一部分定位到遗传图谱中(记为M-SSR),而大部分还没有定位(记为N-SSR)。本研究利用已发表的5 000多对烟草SSR标记引物和包含2 000多个SSR标记的高密度遗传图谱以及3个烟草品种基因组序列的数据,通过e-PCR将SSR标记定位到烟草基因组中,并根据位于相同支架的M-SSR和N-SSR标记的连锁关系,将92个N-SSR标记定位到烟草遗传图中。本研究结果增加了烟草SSR遗传图的密度,证明了这种电子遗传定位方法的可行性,可在不同物种中应用。

关键词：烟草 SSR 遗传定位 e-PCR

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OsVHA-A1基因缺失突变水稻早衰生理过程研究

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福建农业学报 2018年第9期33卷 906-918页

作者：林非凡李兆伟 PULLENG Letuma 陈婷蒋宇航王娟英林文雄福建农林大学生命科学学院福建福州350002 作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建福州350002 福建省农业生态过程与安全监控重点实验室福建福州350002 闽台作物特色种质创制与绿色栽培协同创新中心福建福州350002

负责编码水稻液泡膜ATP酶A亚基的OsVHA-A1基因在水稻生长发育和抵抗环境压力等诸多方面发挥重要作用。本试验以筛选纯合的OsVHA-A1基因缺失突变体株系及其野生型为材料,发现OsVHA-A1基因缺失突变会导致该突变体水稻生育后期发生严重的... 详细信息

负责编码水稻液泡膜ATP酶A亚基的OsVHA-A1基因在水稻生长发育和抵抗环境压力等诸多方面发挥重要作用。本试验以筛选纯合的OsVHA-A1基因缺失突变体株系及其野生型为材料,发现OsVHA-A1基因缺失突变会导致该突变体水稻生育后期发生严重的早衰现象与减产。两种基因型水稻叶片与根系中抗氧化保护酶活性随生育期呈现动态变化,孕穗期后突变体根系和叶片的衰老指标(包括H_2O_2含量、O-2产生率和MDA含量)均明显高于野生型;与野生型对比,突变体根系衰老程度显著高于其叶片。在早衰前后两个时期,即苗期和灌浆高峰期,对OsVHA-A1基因进行qRT-PCR定量,发现灌浆高峰期时的突变体与野生型叶片和根系中的OsVHAA1基因相对于苗期均下调表达,V-ATPase酶活性也显著下降,突变体下降幅度大于野生型。利用16S扩增子分析根际土壤微生物组成时发现,灌浆高峰期突变体根际土壤中植物病原菌的含量显著上升。同时,HPLC技术测得突变体根际土壤中对羟基苯甲酸和对香豆酸两种酚酸类物质极显著低于野生型。说明不同基因型水稻根际土壤微生物存在对根系分泌物的选择性利用并诱导根际病原菌的增长。相关性分析结果表明,孕穗期后两种基因型水稻的根系活力下降变化与其功能叶片叶绿素含量及光合速率降低呈一定的相关关系。综上所述,OsVHA-A1基因缺失突变直接介导了水稻根系和叶片早衰的发生,并通过选择性诱导根际病原菌增长而加剧突变体根系与整体老化。

关键词：早衰抗氧化酶:V-ATPase酶根际微生物:酚酸

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