检索结果-内蒙古大学图书馆

基础医学教育 2023年第2期25卷 159-162页

作者：李雅静马丽杰张楠包丽丽张星光李时荣施琳马秀梅张子英内蒙古医科大学基础医学院组织学与胚胎学教研室呼和浩特010110 内蒙古医科大学基础医学院药理学教研室内蒙古医科大学公共卫生学院卫生检验与检疫教研室内蒙古医科大学基础医学院微生物学教研室内蒙古医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室内蒙古医科大学基础医学院病理学教研室

进阶式多元化直播融合教学是开展线上授课的一种教学新模式。文章在基础医学总论课前、课中和课后3个阶段中融入与线上直播授课相契合的问题-案例-知识一体化、虚拟实验数字化和网络自习室空间化的进阶式教学模式。该模式受到了大多数... 详细信息

进阶式多元化直播融合教学是开展线上授课的一种教学新模式。文章在基础医学总论课前、课中和课后3个阶段中融入与线上直播授课相契合的问题-案例-知识一体化、虚拟实验数字化和网络自习室空间化的进阶式教学模式。该模式受到了大多数学生的认可,取得了有效的教学成果。

关键词：基础医学总论教学改革阶段式多元化教学直播融合教学

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PLB1基因在白假丝酵母二相性中的表达

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中华医院感染学杂志 2023年第16期33卷 2427-2431页

作者：罗红梅苑天红杨怀贵阳市妇幼保健院新生儿科贵州贵阳550003 贵州医科大学基础医学院微生物学教研室贵州贵阳550004 贵州省人民医院医院感染管理科贵州贵阳550002

目的通过对编码白假丝酵母磷脂酶B1(PLB1)基因在该菌酵母相和菌丝相中的mRNA和DNA表达水平的比较,从分子生物学角度探讨编码白假丝酵母侵袭性酶的重要毒力基因在该菌二相性中的表达差异,为进一步研究白假丝酵母的遗传变异、致病性与防... 详细信息

目的通过对编码白假丝酵母磷脂酶B1(PLB1)基因在该菌酵母相和菌丝相中的mRNA和DNA表达水平的比较,从分子生物学角度探讨编码白假丝酵母侵袭性酶的重要毒力基因在该菌二相性中的表达差异,为进一步研究白假丝酵母的遗传变异、致病性与防治提供初步实验依据。方法采用RNAiso Plus试剂联合玻璃珠破壁方法,分别提取白假丝酵母酵母相和菌丝相的总RNA;应用半定量逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,比较PLB1基因在白假丝酵母酵母相和菌丝相中mRNA水平的表达差异;分别提取白假丝酵母酵母相与菌丝相的总DNA,应用聚合酶链反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)技术,比较PLB1基因在白假丝酵母酵母相与菌丝相中DNA水平的表达差异。结果提取的白假丝酵母酵母相及菌丝相总RNA电泳结果均可见较为清晰的28S、18S、5S三条带;运用半定量RT-PCR技术,得出PLB1基因在酵母相和菌丝相内mRNA的相对表达量分别为(0.90±0.04,1.00±0.01),两者比较有统计学差异(P<0.05);提取的白假丝酵母酵母相和菌丝相总DNA,应用PCR-SSCP技术,得到的SSCP图谱显示:PLB1基因在二相中的电泳带型无统计学差异。结论采用RNAiso Plus试剂联合玻璃珠破壁方法提取的白假丝酵母酵母相和菌丝相总RNA的浓度和纯度较高、完整性好;PLB1基因在白假丝酵母菌丝相mRNA表达水平明显高于酵母相;应用PCR-SSCP技术得到的SSCP图谱显示,所扩增的PLB1基因在酵母相和菌丝相的DNA表达水平上无统计学差异。

关键词：白假丝酵母二相性磷脂酶B1 mRNA表达 DNA表达

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宏基因组测序在中枢神经系统感染性疾病诊断中的应用及研究进展

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微生物学报 2022年第10期62卷 3722-3731页

作者：孙新蕾吴长城谭文杰魏兰兰哈尔滨医科大学基础医学院微生物学教研室黑龙江哈尔滨150081 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 深圳市第三人民医院广东深圳518112

中枢神经系统(central nervous system,CNS)感染是指由病毒、细菌或真菌等侵染中枢神经系统引起的急性或慢性炎症性(或非炎症性)疾病,致死率高,易引发严重后遗症。由于检测通量及灵敏度的限制,一半以上的中枢神经系统感染患者无法通过... 详细信息

中枢神经系统(central nervous system,CNS)感染是指由病毒、细菌或真菌等侵染中枢神经系统引起的急性或慢性炎症性(或非炎症性)疾病,致死率高,易引发严重后遗症。由于检测通量及灵敏度的限制,一半以上的中枢神经系统感染患者无法通过常规检测方法确定病原体。宏基因组测序是一种新兴的病原检测技术,能够极大地提升病原检出率。当前部分临床医生及相关从业人员对宏基因组测序的认识存在不足,限制了其在临床诊疗中的快速推广和应用。本文系统介绍了宏基因组测序整体流程,综述了该技术在中枢神经系统感染性疾病诊疗中的发展历程和最新研究进展,希望为中枢神经系统感染性疾病的诊断和治疗提供参考。

关键词：宏基因组测序中枢神经系统感染脑脊液病原检测

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抗生物降解药渣中高效水解木质素的菌株筛选

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贵州医科大学学报 2025年第1期50卷 24-30页

作者：程敏王海洁黄劲赵亮王迪廖万清康颖倩贵州医科大学附属医院医院感染管理科贵州贵阳550004 贵州医科大学基础医学院微生物学教研室贵州贵阳550025 贵州省微生物与人类健康关系研究人才基地&贵州省普通高校病原生物学特色重点实验室贵州贵阳550025 贵州医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室贵州贵阳550025 海军军医大学长征医院皮肤科上海200003 上海市医学真菌分子生物学重点实验室上海200003

目的从抗生物降解药渣中筛选对木质素水解能力强的真菌菌株。方法通过分离鉴定、纯培养及以木质素为唯一碳源液体发酵后测定木质素过氧化物酶(lignin peroxidase,LiP)与漆酶(laccase,Lac)酶活筛选堆放药渣中高效水解木质素的真菌。结果... 详细信息

目的从抗生物降解药渣中筛选对木质素水解能力强的真菌菌株。方法通过分离鉴定、纯培养及以木质素为唯一碳源液体发酵后测定木质素过氧化物酶(lignin peroxidase,LiP)与漆酶(laccase,Lac)酶活筛选堆放药渣中高效水解木质素的真菌。结果从药渣中分离出42株真菌,经过木质素碳源平板筛选进一步发现了8株水解效果较好的丝状真菌,其中ZYJHYZ246、ZYJHYZ257、ZYJHYZ280在平板上脱色效果最明显;将以上8株真菌进行分子鉴定及LiP及Lac酶活检测发现多数菌株在发酵第5~7天时达峰值,其中阳性对照NDM3-2在第7天时产LiP酶最高,为223.59 U/L,其次是ZYJHYZ268,生长第3天时达峰值(176.85 U/L);Lac酶活结果表明,ZYJHYZ268是产酶最高的一株菌,在第5天时达到250.83 U/L,是阳性对照最高产酶时期的1.8倍。结论筛选出的ZYJHYZ268经鉴定为Piloderma sp.,其能产较高水平LiP与Lac,具有良好的水解木质素的能力,为降解木质素菌株提供了更多选择。

关键词：木质素中草药渣丝状真菌水解酶活

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新型冠状病毒PLpro蛋白酶结构与功能的生物信息学分析

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病毒学报 2021年第1期37卷 43-51页

作者：杜倩倩张智慧廉政张庆媛薛向阳张丽芳蒋朋飞温州医科大学基础医学院微生物学与免疫学教研室分子病毒与免疫研究所温州325035 温州医科大学病毒研究院温州325035

2019年12月,由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在中国武汉暴发。SARS-CoV-2的基因组编码2种病毒蛋白酶,即木瓜样蛋白酶(Papain-like protease,PLpro)和3C样蛋白酶(3C-like protease)。其中PLpro是SARS-CoV-2复制酶复合体(RC)形成的重要调节蛋白分子,对于病毒基因组转录和复制至关重要。因此,将SARS-CoV-2 PLpro作为药物的靶点对COVID-19的治疗具有积极意义。本研究应用生物信息学工具分析新型冠状病毒的木瓜样蛋白酶的结构和功能,首先利用BLAST和BioEdit获取SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶(SC2-PLpro)及其同源蛋白的氨基酸序列,并利用BLAST和MEGA 6.0进行同源性分析。之后,利用ProParam和Proscale分别对SC2-PLpro蛋白酶的理化性质、亲水性和疏水性进行分析。然后,通过SOMPA、ScanProsite和InterPro分别预测SC2-PLpro蛋白酶的二级结构和功能区域,进一步利用SignalP 4.0和TMHMM对SC2-PLpro蛋白酶的信号肽和跨膜区进行分析。最后,通过SWISS-MODEL对SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶进行三级结构同源建模。结果显示,对SARS-CoV-2 PLpro蛋白酶与已报道的PLpro蛋白酶进行多序列比对后,发现SARS-CoV-2 nsp3的746~1063段氨基酸与多种冠状病毒PLpro蛋白酶氨基酸序列高度相似。同时,同源性分析发现SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒的PLpro蛋白酶具有同源性,其中与QHR63299、AVP78030相似性最高。对SC2-PLpro进行理化性质预测结果显示,其由318个氨基酸所组成,为稳定亲水性蛋白。二级结构预测结果显示SC2-PLpro主要含有α-螺旋、延伸链、β-转角、无规卷曲,四种结构贯穿整条氨基酸链。进一步进行功能分析,发现其具有完整的催化三联体、锌结合域、泛素样N末端结构域,故推测该蛋白具有去泛素化的功能。然后,信号肽假说和跨膜结构域分析结果表明,SC2-PLpro既不是分泌蛋白,也不属于跨膜蛋白。本研究提示,生物信息学分析SC2-PLpro为稳定性亲水蛋白,属于非跨膜蛋白,比较保守,具有去泛素化的功能,利用此功能可以进一步规避宿主的固有免疫反应。通过制备PLpro蛋白酶小分子抑制剂,可能有助于治疗新型冠状病毒肺炎。

关键词：新型冠状病毒(SARS-CoV-2) 木瓜样蛋白酶(PLpro蛋白酶) 结构功能生物信息学新型冠状病毒肺炎(COVID-19)

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具备高效CRISPR协同激活活性的HIEC6-dCas9-SAM稳转细胞株构建

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生物技术通报 2025年第5期41卷 52-61页

作者：任柱平杨泰然雷元三金留飞崔古贞田益明陈峥宏贵州医科大学基础医学院微生物学教研室贵州省病原生物学特色重点实验室贵州省微生物组与感染性疾病防控重点实验室

【目的】以人正常肠道上皮细胞（HIEC6）为研究模型，建立具有高水平转录激活活性的HIEC6-dCas9-SAM单克隆细胞株，为利用CRISPR激活（CRISPR activation, CRISPRa）系统筛选人类肠道疾病发生发展相关关键基因和探究分子致病机制提供细... 详细信息

【目的】以人正常肠道上皮细胞（HIEC6）为研究模型，建立具有高水平转录激活活性的HIEC6-dCas9-SAM单克隆细胞株，为利用CRISPR激活（CRISPR activation, CRISPRa）系统筛选人类肠道疾病发生发展相关关键基因和探究分子致病机制提供细胞工具。【方法】首先利用PiggyBac转座子系统构建HIEC6-dCas9-SAM多克隆细胞；然后通过有限稀释法筛选单克隆细胞株，并使用免疫印迹、间接免疫荧光法鉴定单克隆细胞株中dCas9-SAM蛋白（dCas9、VP64、MS2、HSF1、p65）的表达情况；最后利用CRISPRa荧光报告系统和构建包装特定靶基因sgRNA慢病毒，检测所构建稳转株在转录和蛋白水平的CRISPR激活效率。【结果】成功获得两株HIEC6-d Cas9-SAM单克隆细胞，两株细胞均能高水平稳定表达dCas9-SAM蛋白。CRISPRa荧光报告系统检测显示，两株HIEC6-dCas9-SAM稳转细胞的激活效率分别高达96.7%、99.0%。靶基因激活功能验证显示，在转录水平，两株HIEC6-dCas9-SAM稳转细胞中靶基因APN的转录激活水平分别高达2 725倍和4 521倍，SLC35A1基因的转录激活水平分别为27.5倍和18.1倍；在蛋白水平，APN蛋白的激活效率分别高于12.9倍和11.2倍，SLC35A1蛋白的激活效率分别为1.32倍和0.97倍。两株单克隆稳转细胞均表现出较高的转录激活活性。【结论】成功构建两株具有高水平CRISPR转录激活活性的HIEC6-dCas9-SAM单克隆稳转细胞，为后续基于CRISPRa系统筛选人类肠道疾病发生发展相关关键基因和探究分子致病机制提供了重要细胞工具。

关键词： dCas9-SAM HIEC6细胞 CRISPR激活稳转细胞株

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消炎药药渣堆放过程中真菌多样性分析

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菌物学报 2022年第10期41卷 1585-1596页

作者：程敏郭鑫瑶王梅竹季晶焱李小兵康颖倩贵州医科大学基础医学院微生物学教研室贵州贵阳550025 贵州省微生物与人类健康关系研究人才基地贵州省普通高校病原生物学特色重点实验室贵州贵阳550025 贵州医科大学环境污染与疾病监控教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州省赤水河畔酱酒研究中心贵州贵阳550003 贵州省烟草科学研究院贵州贵阳550009

中药药渣的处理是中药制药的难题,本研究利用Pac Bio Sequel高通量测序对堆放2年与5年的消炎药药渣进行理化性质及真菌多样性研究,为重要药渣的利用提供依据。分别对堆放2年(New 1–New 3)及5年(Old 1–Old 3)各3个消炎药渣高通量测序,... 详细信息

中药药渣的处理是中药制药的难题,本研究利用Pac Bio Sequel高通量测序对堆放2年与5年的消炎药药渣进行理化性质及真菌多样性研究,为重要药渣的利用提供依据。分别对堆放2年(New 1–New 3)及5年(Old 1–Old 3)各3个消炎药渣高通量测序,共检测到43753条有效序列,堆放2年的药渣中共检测到4个门、86个属、126个种,节担菌纲、小丛壳目、曲霉属为优势类群。堆放5年的药渣中检测到3个门、49个属、59个种,Chaetomium novozelandicum及小囊菌科为优势类群。消炎药药渣功能组成分析发现,堆放2年的药渣中腐生型真菌占比67.7%、致病真菌占比32.3%;堆放5年的药渣中腐生型真菌占比96.8%,仅检测到极少数其他型真菌。堆放2年的药渣p H为4.9±0.2,含水量为49.2%;堆放5年的药渣p H为3.6±0.1,含水量为20.8%。结果表明,随着堆放时间的增加,药渣p H及含水量下降,真菌营养类型由腐生、致病与共生三者丰度相当转变为单一的腐生型,说明随着堆放时间的增加,腐生真菌丰度增加,药渣降解加快,研究结果为药渣的利用提供了一定依据。

关键词：特殊生物质消炎中草药渣真菌多样性高通量测序

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一株产酶真菌Phaeophlebiopsis sp.转录组分析

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菌物学报 2022年第10期41卷 1634-1646页

作者：程敏郭鑫瑶李启瑞王迪李小兵康颖倩贵州医科大学基础医学院微生物学教研室贵州贵阳550025 贵州省微生物与人类健康关系研究人才基地贵州省普通高校病原生物学特色重点实验室贵州贵阳550025 贵州医科大学环境污染与疾病监控教育部重点实验室贵州贵阳550025 贵州省赤水河畔酱酒研究中心贵州贵阳550003 贵州省烟草科学研究院贵州贵阳550009

对从药渣中分离的真菌ZYJHYZ254进行鉴定及产酶活性研究,从转录组分析菌株不同生长时期差异表达基因对其生长发育及产酶调控的影响,以筛选高产木质纤维素水解酶真菌,寻找调控关键基因。鉴定ZYJHYZ254为拟暗射脉菌Phaeophlebiopsissp.,... 详细信息

对从药渣中分离的真菌ZYJHYZ254进行鉴定及产酶活性研究,从转录组分析菌株不同生长时期差异表达基因对其生长发育及产酶调控的影响,以筛选高产木质纤维素水解酶真菌,寻找调控关键基因。鉴定ZYJHYZ254为拟暗射脉菌Phaeophlebiopsissp.,产酶在第5–7天最高。从生长3 d与7 d的菌丝中共检测到1232个差异基因,以3 d的菌丝为对照,显著上调、下调基因分别有826及406个,基因注释和GO、KEGG功能富集分析结果表明差异表达基因主要与蛋白质合成、代谢及酶合成相关。此外,共有387个CAZymes基因表达,GH数量最多,约占49.61%,其次为AA(97)与GT(62),约占25.06%与16.02%。GH16(24个)占GH的12.50%,含量最多,主要编码葡萄糖苷酶、木聚糖酶等,AA中AA3(37个)占比38.14%,编码氧化酶、脱氢酶等。结果表明ZYJHYZ254中生长3 d与7 d的菌丝经功能富集分析发现差异表达基因主要与蛋白质合成、代谢,以及酶合成相关。进一步研究发现在两个生长时期中CAZymes基因表达最多的是GH16与AA3,预示了该菌葡萄糖苷酶、木聚糖酶、β-半乳糖苷酶、氧化酶与脱氢酶含量最丰富,对降解特殊生物质中的木质纤维素具有重要意义。

关键词：特殊环境丝状真菌转录组学木质纤维素碳水化合物活性酶

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新冠肺炎疫情对基础医学专业医学免疫学教学方式的启示

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高教学刊 2022年第22期8卷 108-111页

作者：赵云娟王松徐琦周晓涛徐茜彭磊马海梅新疆医科大学基础医学院免疫学教研室新疆乌鲁木齐830011 乌鲁木齐海关新疆乌鲁木齐830011 新疆医科大学基础医学院微生物学教研室新疆乌鲁木齐830011

基础医学专业学生旨在成为兼具教学、科研、基础与临床相结合的医学高级专门人才。医学免疫学是基础医学专业学生的必修课之一,有针对性的医学免疫学教学思考和设计显得尤为重要。医学免疫学教学应充分利用包括新冠肺炎在内的疾病、网... 详细信息

基础医学专业学生旨在成为兼具教学、科研、基础与临床相结合的医学高级专门人才。医学免疫学是基础医学专业学生的必修课之一,有针对性的医学免疫学教学思考和设计显得尤为重要。医学免疫学教学应充分利用包括新冠肺炎在内的疾病、网络资源等促进课程改革,将传统教材内容与临床疾病相结合,同时结合疫情期间的感人故事等,培养基础医学专业学生们的使命感、辩证思维能力、全局意识等,全方位开展生物时代医学生的教育。

关键词：新冠肺炎疫情医学免疫学基础医学专业教学

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临床宏基因组学应用现状及存在问题分析

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中国微生态学杂志 2021年第5期33卷 594-598页

作者：邱薇钟民涛伦永志莆田学院药学与医学技术学院医学微生态学福建省高校重点实验室福建莆田351100 大连医科大学基础医学院微生物学教研室

众所周知,宏基因组学是一种通过提取样品中微生物的总DNA,构建宏基因组文库,研究环境中全部微生物的遗传组成及其菌落功能的方法。而宏基因组新一代测序(metagenome next-generation sequencing, mNGS)是在宏基因组学基础上进一步发展... 详细信息

众所周知,宏基因组学是一种通过提取样品中微生物的总DNA,构建宏基因组文库,研究环境中全部微生物的遗传组成及其菌落功能的方法。而宏基因组新一代测序(metagenome next-generation sequencing, mNGS)是在宏基因组学基础上进一步发展起来的新一代测序技术,无需对患者标本进行培养,直接分析标本中的微生物DNA或RNA。本文介绍了宏基因组学在临床上的应用,包括传染病的诊断、疾病和健康状态下的微生物组分析、人类宿主反应分析和肿瘤相关病毒及其基因组鉴定,并简要探讨了临床宏基因组学研究中所遇到的挑战及解决方法。

关键词：临床微生物学宏基因组学传染病诊断生物信息学

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