检索结果-内蒙古大学图书馆

电子学报 2005年第1期33卷 78-82页

作者：庄永龙马飞周敏沈岩李衍达清华大学生物信息学研究所教育部生物信息学重点实验室北京100084 中国协和医科大学基础医学院

随着人类基因组计划的实施 ,生命科学研究已进入后基因组时代 .人们基于指数形式增长的核酸、蛋白质序列和结构等数据 ,开发了数百种不同类型的数据库 .由于不同数据库存贮和检索方式的极大差异 ,给研究者对它们的整合应用造成了一定的... 详细信息

随着人类基因组计划的实施 ,生命科学研究已进入后基因组时代 .人们基于指数形式增长的核酸、蛋白质序列和结构等数据 ,开发了数百种不同类型的数据库 .由于不同数据库存贮和检索方式的极大差异 ,给研究者对它们的整合应用造成了一定的难度 .本文建立了一个基于多Agent的生物信息数据整合系统 BioAgent,通过信息采集A gent、信息整合Agent、用户Agent的协调 ,完成数据抽取、数据标准化、数据存储、数据融合、Web显示等工作流程 ,以实现数据整合的自动化 .同时利用BioAgent系统 ,开发了人类精神分裂症相关基因的突变信息多层次定位数据库 .

关键词：生物信息学数据整合 XML 多Agent

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基于结直肠癌细胞系MIC50相关基因对的基础耐药评分模型构建

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遗传 2020年第6期42卷 577-585页

作者：陈湖星徐蕾李静郭政敖露福建医科大学基础医学院医学生物信息学福建省高校重点实验室消化道恶性肿瘤教育部重点实验室福州350122

癌细胞系模型已广泛用于药物敏感性测试及耐药标志筛选。然而研究者常忽视癌细胞系的基础耐药性,导致许多药效标志物难以应用于临床实践。为评估肿瘤细胞系的基础耐药性水平及其与临床药效的相关性,本研究以48种结直肠癌(colorectal can... 详细信息

癌细胞系模型已广泛用于药物敏感性测试及耐药标志筛选。然而研究者常忽视癌细胞系的基础耐药性,导致许多药效标志物难以应用于临床实践。为评估肿瘤细胞系的基础耐药性水平及其与临床药效的相关性,本研究以48种结直肠癌(colorectal cancer,CRC)细胞系为例,通过计算265种药物IC50值之间的相关性系数,以每种CRC细胞系对上述药物IC50的中值构建可反映基础耐药性水平的评估指标MIC50,并识别出表达值与MIC50显著正相关的基因。然后基于样本内基因表达值的相对大小秩序关系构建临床CRC组织样本的基础耐药评分模型。结果表明:在药物两两间IC50的相关系数中,有99%以上呈显著正相关(FDR<0.05),证明CRC细胞系存在基础耐药性特征;与MIC50显著相关602个基因,富集到4个与肿瘤耐药密切相关的功能模块。根据5368个MIC50相关基因对,筛选出一个由21个基因对组成的5-FU联合用药评分模型,卡方检验结果表明患者基础耐药性水平的高低与用药后的响应信息显著相关,生存分析显示低分组患者比高分组患者预后更好。本研究结果为CRC联合化疗耐药机制的研究及临床个体化用药提供了一定的理论依据。

关键词：癌细胞系基础耐药性水平 MIC50

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利用基因表达值相对大小秩序标志鉴别肺癌

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生物医学工程学杂志 2017年第1期34卷 129-133页

作者：陈燕花郑宝童林云轻朱慧敏郑智军关庆洲郭政严海丹福建医科大学基础医学院生物信息学系消化道恶性肿瘤教育部重点实验室福州350108

在应用基于转录组特征构建的支持向量机、贝叶斯分类器等传统分类器对组织样本进行分类时,要求对基因表达谱进行样本间的数据标准化处理,以去除实验批次效应带来的影响,因此限制了这些分类器在个体化水平上的应用。本文旨在构建鉴别肺... 详细信息

在应用基于转录组特征构建的支持向量机、贝叶斯分类器等传统分类器对组织样本进行分类时,要求对基因表达谱进行样本间的数据标准化处理,以去除实验批次效应带来的影响,因此限制了这些分类器在个体化水平上的应用。本文旨在构建鉴别肺癌组织与非癌(肺炎与肺正常)组织的个体化分类器。文中采用来自多组独立数据的197例肺癌与189例肺非癌组织样本作为训练集,筛选得到了3对基因作为特征,应用多数投票规则区分肺癌组织与肺非癌组织的平均准确率达到95.34%。然后,本文采用来自多组独立数据的251例肺癌组织与141例肺非癌组织样本的非标化数据进行独立验证,其平均准确率达到96.78%。因此,本文提出的该分类器可对由不同实验室检测的样本进行个体化判断提供一种新的思路,具有较强的临床实用性。

关键词：标志分类器肺癌数据标准化批次效应

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人类遗传突变数据库及其应用

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遗传 2004年第4期26卷 514-518页

作者：庄永龙周敏李衍达沈岩清华大学自动化系生物信息学研究所教育部生物信息学重点实验室北京100084 中国协和医科大学基础医学院

随着人类基因组序列草图的完成,基因组突变的研究显得日益重要,而越来越多的突变信息的积累,使得各种突变数据库相继诞生。根据各种数据库的功能,对目前的人类突变相关数据库资源进行了分类总结,分类为突变数据库、单核苷酸多态信息数... 详细信息

随着人类基因组序列草图的完成,基因组突变的研究显得日益重要,而越来越多的突变信息的积累,使得各种突变数据库相继诞生。根据各种数据库的功能,对目前的人类突变相关数据库资源进行了分类总结,分类为突变数据库、单核苷酸多态信息数据库、与疾病相关的突变数据库、突变对蛋白质的影响、突变图谱以及特定基因的突变信息,分析该如何合理使用这些遗传突变数据资源,以及目前的突变数据库所存在的问题。

关键词：突变数据库遗传突变 SNP

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利用癌旁组织中基因表达的秩序关系识别肝癌的早期诊断特征

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生物物理学报 2013年第8期29卷 614-623页

作者：章琳郝春香陈蓓蓓廖之君郭政电子科技大学生命学院生物信息中心成都610054 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150086 福建医科大学基础医学院生物信息学实验室福州350004

目前,对于肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)早期检测中放射成像技术无法确定的结节,通常需要通过活检取样来进行组织病理学鉴定。然而,一些早期肝癌组织中所呈现的病理改变微小难辨,活检取样时也经常会出现未取到癌组织而漏检的情况... 详细信息

目前,对于肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)早期检测中放射成像技术无法确定的结节,通常需要通过活检取样来进行组织病理学鉴定。然而,一些早期肝癌组织中所呈现的病理改变微小难辨,活检取样时也经常会出现未取到癌组织而漏检的情况。针对这些临床上肝癌早期诊断的困难,同时为了应对基因表达谱检测批次效应等对分类结果的影响,作者提出了利用癌旁组织中基因表达的秩序关系来鉴别早期肝癌及癌前病变的方法。首先找出在肝癌患者的肝硬化组织(cirrhosis tissue in patients with HCC,wHCC)和非肝癌患者的肝硬化组织(cirrhosis tissue in patients without HCC,woHCC)间基因表达值的相对秩序发生逆转的基因对,然后,借用大样本的肝癌组织表达谱数据筛选出HCC及wHCC中表达相对秩序一致的基因对,再基于这些基因对发展能将HCC、wHCC与woHCC进行鉴别的分类器。结果显示,该分类器对来自不同平台、不同实验室的验证集都有稳健的分类能力,可以用于早期肝癌的辅助鉴别诊断。

关键词：肝癌癌旁组织肝硬化诊断基因表达

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用静息张力表征离体蟾蜍腓肠肌等长收缩能力

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南方医科大学学报 2008年第8期28卷 1412-1414,1418页

作者：廖飞郭睿李生兵左渝萍陆杰孙安平重庆医科大学药学院重庆市生物化学与分子药理学重点实验室生物信息学与分子工程研究室重庆400016 重庆医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室重庆400016 重庆医科大学基础医学院生理学教研室重庆400016

目的考察用静息张力表征离体蟾蜍腓肠肌等长收缩能力的有效性。方法SOD抑制剂和维生素C联合作用蟾蜍腓肠肌,记录电刺激(12VDC,2ms波宽,2s间隔)下等长收缩张力变化,单指数函数加权拟合90%峰张力后的松弛过程测定松弛速度和静息张力表征... 详细信息

目的考察用静息张力表征离体蟾蜍腓肠肌等长收缩能力的有效性。方法SOD抑制剂和维生素C联合作用蟾蜍腓肠肌,记录电刺激(12VDC,2ms波宽,2s间隔)下等长收缩张力变化,单指数函数加权拟合90%峰张力后的松弛过程测定松弛速度和静息张力表征收缩能力。结果收缩1.0min后对照静息张力在7.0min内单调下降而药物处理后静息张力先降后升,7.0min后处理组静息张力相对初始值的增加值显著高于对照组。同时,对照松弛速度大多单调下降,药物处理后松弛速度多数先升后降,且10.0min内其松弛速度总低于相同时刻的对照组。结论静息张力可反映肌肉收缩能力。

关键词：蟾蜍腓肠肌等长收缩能力肌肉损伤静息张力松弛速度

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基于生物电阻抗法的椎弓根螺钉植入导航系统

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电子技术应用 2013年第4期39卷 112-114页

作者：钟胜河朱浩郭劲松梁妃学许俊杰王智运南方医科大学基础医学院生物信息学重点实验室广东广州510515 广州军区广州总医院广东广州510010

介绍一种基于生物电阻抗测量椎弓根螺钉植入手术导航系统。在实验用家猪的6节椎骨上进行了初步实验,所获取的相关生物电阻抗实验数据表明,该导航系统能实时、准确地反应插入电极到达骨组织的不同部位,从而可望在临床椎弓根螺钉植入手术... 详细信息

介绍一种基于生物电阻抗测量椎弓根螺钉植入手术导航系统。在实验用家猪的6节椎骨上进行了初步实验,所获取的相关生物电阻抗实验数据表明,该导航系统能实时、准确地反应插入电极到达骨组织的不同部位,从而可望在临床椎弓根螺钉植入手术中起到导航作用。

关键词：生物电阻抗椎弓根螺钉植入手术 MSP430F1612 直接数字合成技术

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偏执型精神分裂症与4个涉及多巴胺代谢的基因之间的关联分析

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遗传 2006年第4期28卷 403-406页

作者：李俊宁许琪沈岩季梁清华大学生物信息学教育部重点实验室清华大学自动化系北京100084 中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分... 详细信息

精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分析结果支持如下假说:COMT-136-BclⅠ对Val108/158Met有调控作用。当前者的基因型是CC时,后者的易感等位基因型是Met(A);而当前者的基因型是GG时,后者的易感等位基因型是Val(G)。这一新的假说可以解释此前单基因座分析对Val108/158Met(COMT)的截然相反的报道,同时也显示了多基因座分析对复杂疾病研究的必要性。

关键词：偏执型精神分裂症儿茶酚氧位甲基转移酶基因多基因座关联分析

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基于外周血转录组定性特征的活动性结核识别标志构建

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中华预防医学杂志 2024年第11期58卷 1651-1658页

作者：马赛君陈坤刘晟林添钰张胜行陈湖星福建医科大学福总临床医学院(第九〇〇医院)检验科福州350025 中国人民解放军联勤保障部队第九〇〇医院福建省适配体技术重点实验室福州350025 福建医科大学医学技术与工程学院医学生物信息学福建省高校重点实验室福州350122

目的基于单个样本内基因表达值的相对高低秩序关系(REOs)构建识别活动性结核的基因对标志。方法以来自4 个数据集的75 例活动性结核及69 例潜伏感染者的外周全血样本为训练集, 分别提取上述两类样本基因表达谱中高度稳定的REOs模式;然... 详细信息

目的基于单个样本内基因表达值的相对高低秩序关系(REOs)构建识别活动性结核的基因对标志。方法以来自4 个数据集的75 例活动性结核及69 例潜伏感染者的外周全血样本为训练集, 分别提取上述两类样本基因表达谱中高度稳定的REOs模式;然后筛选出二者间REOs模式发生逆转的基因对集合, 并根据每个基因对在两类样本间发生逆转的程度将其降序排列;最后选取分类准确率最高的前k 个基因对作为标志, 进行独立数据集验证。结果在训练集中筛选出一个由7对基因组成的标志, 即7-GPS;该标志应用多数投票规则区分活动性结核与潜伏感染样本的准确率为88.89%, 区分活动性结核与正常样本的准确率为90.09%;在来自不同检测平台的混合验证数据中, 其区分活动性结核与潜伏感染样本的受试者工作特征曲线下面积(AUC)为0.914(95%CI:0.881~0.948), 区分活动性结核与正常样本的AUC为0.934(95%CI:0.904~0.964);另外, 该标志中的4 个基因ETV7、BATF2、ANKRD22与CARD17P倾向于在活动性结核外周血样本中高表达, 且其表达值与临床抗结核治疗时间显著相关。结论 7-GPS标志的分类效能良好, 适合对单个外周血样本进行个体化分析, 具有一定的应用潜力。

关键词：活动性结核潜伏性结核外周血基因表达值的相对高低秩序关系转录组定性特征

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苛求芽孢杆菌胞外尿酸酶的表征及其在血清尿酸测定中的应用

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华中科技大学学报（医学版） 2007年第2期36卷 239-242页

作者：赵运胜赵利娜杨根庆陶佳卜友泉廖飞重庆医科大学重庆市生物化学与分子药理学重点实验室生物信息学与分子工程研究室重庆400016 重庆医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室重庆400016

目的考察苛求芽孢杆菌（ATCC 26904）分泌型尿酸酶的特性和将其应用于直接动力学尿酸酶法测定血清尿酸的有效性。方法苛求芽孢杆菌分泌的尿酸酶经DEAE-cellulose层析纯化后，用于以积分法分析尿酸酶反应曲线预测反应体系本底的直接动力... 详细信息

目的考察苛求芽孢杆菌（ATCC 26904）分泌型尿酸酶的特性和将其应用于直接动力学尿酸酶法测定血清尿酸的有效性。方法苛求芽孢杆菌分泌的尿酸酶经DEAE-cellulose层析纯化后，用于以积分法分析尿酸酶反应曲线预测反应体系本底的直接动力学尿酸酶法测定血清尿酸。结果苛求芽孢杆菌分泌的尿酸酶只含1种肽链，分子量为34．7kD（1kD=0．9921ku），其米氏常数为（0．22±0．01）mmol／L（n=11），黄嘌呤抑制常数为（36±3）μmol／L（n=4）。用此尿酸酶，只要被分析反应曲线终点的底物浓度低于起点的30％，应用积分法就能可靠预测本底；直接测定反应前吸收，可使直接动力学尿酸酶法不受常见血清成分、酶活性变化和15μmol／L黄嘌呤等干扰。监测0．025U／ml尿酸酶反应5min的数据，其线性响应范围为1～50μmol／L；所得临床标本血清尿酸含量（Ct）与过氧化物酶偶联间接终点平衡法（Ce）正相关（Ck=-0．008＋1．046Ce，r=0．996，n=206），但Bland—Altman法分析表明两种方法不一致。结论苛求芽孢杆菌分泌的尿酸酶可用于直接动力学尿酸酶法测定尿酸，并可保障其优势。

关键词：直接动力学尿酸酶法血清尿酸测定苛求芽孢杆菌分泌型尿酸酶

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