检索结果-内蒙古大学图书馆

2017年中国肿瘤标志物学术大会暨第十一届肿瘤标志物青年科学家论坛

作者：戚丽霜李天浩石根根李昕王佳圣李颖郭政哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院福建医科大学基础医学院生物信息学系与消化道恶性肿瘤教育部重点实验室

目的:针对基因表达检测值变异高、存在批次效应并难以标准化等问题,本研究利用肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)样本内基因表达相对大小关系(秩次关系),识别个体化多级预后预测标志,可先预测I-II期LUAD患者是否存在微转移风险(即术后... 详细信息

目的:针对基因表达检测值变异高、存在批次效应并难以标准化等问题,本研究利用肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)样本内基因表达相对大小关系(秩次关系),识别个体化多级预后预测标志,可先预测I-II期LUAD患者是否存在微转移风险(即术后复发风险),再预测存在微转移风险的患者是否对铂类耐药。方法:利用单纯接受手术切除治疗的I-II期LUAD样本,识别一组基因对,根据其在样本内基因表达的大小关系可预测术后复发风险与生存预后(1级标志)。然后,在术后接受铂类辅助化疗的I-II期LUAD样本中,先利用1级预后标志识别术后复发高风险患者的样本;再利用这些可能存在微转移的样本,识别一组铂类耐药预测基因对标志(2级标志)。结果:识别出一组包含9对基因的预测术后复发及死亡风险的1级预后标志(9-GPS)(图1A),其预后能力在两套芯片平台检测的样本及一套RNA-sequencing平台检测的样本中得到了验证(图1B)。然后,在接受了术后铂类联合辅助化疗的LUAD数据中,利用1级预后标志识别术后复发高风险患者的样本,并利用这些可能存在微转移的样本识别出一组包含三个基因对的铂类耐药预测标志(3-GPS,分类规则同9-GPS)。在一套独立的整合验证数据集中,该标志能够有效预测接受铂类化疗治疗患者是否能够受益于铂类化疗(图1C)。最后,将9-GPS及3-GPS耦联应用于TCGA多维组学数据中,发现九个拷贝数区域的扩增或缺失频率均在对铂类敏感组中显著高(Fisher检验,FDR<0.05),提示敏感患者的基因组更倾向不稳定。结论:该基于基因表达秩次关系的双联标志不受实验批次影响,能够个体化预测I-II期LUAD患者术后复发风险(微转移)及对铂类辅助化疗的敏感性。图1.肺腺癌复发风险及铂类药效预测标志。A. 9-GPS的风险分类规则。当一个样本(黄色示例)内9对基因中,超过5个基因对的秩次关系投票其为高风险,则该样本(n=7)被预测为高风险,反之为低风险。B. 9-GPS在两套芯片平台及一套RNA-sequencing平台检测数据中预测复发风险及整体生存时间的能力。C. 3-GPS在一套验证整合数据集中预测样本能否受益于铂类化疗的能力。

关键词：铂类耐药复发风险术后复发微转移肺腺癌

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基于转录组定性特征鉴别乳腺癌患者雌激素受体亚型

基于转录组定性特征鉴别乳腺癌患者雌激素受体亚型

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2018年中国肿瘤标志物学术大会暨第十二届肿瘤标志物青年科学家论坛

作者：张硕波蔡浩郭文冰李娜刘光豪陈燕花郭政哈尔滨医科大学福建医科大学基础医学院生物信息学系消化道恶性肿瘤教育部重点实验室赣南医学院第一附属医院

目的乳腺癌患者雌激素受体(Estrogen Receptor,ER)亚型的准确鉴别对于其临床治疗方案的制定具有重要的指导意义。目前临床上对乳腺癌患者ER亚型的主要检测手段是免疫组化技术,其存在因固定手法,参照物的设置以及医生主观判断等多方面因... 详细信息

目的乳腺癌患者雌激素受体(Estrogen Receptor,ER)亚型的准确鉴别对于其临床治疗方案的制定具有重要的指导意义。目前临床上对乳腺癌患者ER亚型的主要检测手段是免疫组化技术,其存在因固定手法,参照物的设置以及医生主观判断等多方面因素影响产生的假阳性和假阴性现象。本研究旨在基于转录组定性特征,即在组织样本内基因表达相对大小的秩次关系,构建一组能准确鉴别患者ER亚型的分子标志。方法在四组乳腺癌患者的基因表达数据中,分别识别ER阳性和阴性样本间的差异表达基因,及由这些差异表达基因构成的分别在ER阳性和ER阴性样本中秩次关系显著稳定,但在两类样本间秩次关系相反的基因对,从四组数据交叠的基因对中构建ER亚型鉴别标志。最后,通过评价重分类的ER阳性或ER阴性患者是否能获益于相应的他莫昔芬治疗或新辅助化疗,验证此标志的有效性。结果我们构建出由11对基因组成的分子标志,该分子标志基于半数投票规则鉴别乳腺癌患者ER亚型。在一组包含194例术后接受他莫昔芬治疗的由免疫组化判定的ER阳性乳腺癌患者的RNA测序数据中,该分子标志识别出17例ER阴性患者和177例ER阳性患者,前者的五年总体生存率显著低于后者(Log rank p=0.0502,HR=0.21 (95%CI, 0.04-1.17))。在两组分别包含由免疫组化判定的164例和934例ER阳性术后接受他莫昔芬治疗的乳腺癌患者的芯片基因表达数据中,此分子标志分别识别出8例ER阴性患者和63例ER阴性患者。在每组数据中,标志识别出的ER阴性患者的五年无复发生存率都显著低于被此分子标志确认的ER阳性患者(Log rank p=0.0960, HR=0.31 (95%CI, 0.07-1.33);Log rank p=0.0140, HR=0.54 (95%CI, 0.33-0.89))。而在另外一组接受紫杉类药物新辅助化疗的乳腺癌患者的芯片表达数据中,该标志从391例免疫组化判定的ER阴性患者中识别出45例ER阳性患者,从547例免疫组化判定的ER阳性患者识别出73例ER阴性患者,ER阳性患者相比于ER阴性患者,有显著低的病理完全反应比率(Fisher精确检验p=0.0044, p=0.0429)。结论我们构建的这组由11对基因组成的分子标志在多组独立数据集中得到了验证,能够客观判定乳腺癌患者ER状态,减少临床上免疫组化检测的错误评定。

关键词：乳腺癌患者基因表达数据免疫组化雌激素受体亚型

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弓形虫速缓殖子转录组的对比研究

弓形虫速缓殖子转录组的对比研究

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中国动物学会原生动物学分会第十八次学术讨论会

作者：陈龙飞韩晓龙李芬香陈晓光广东省新发传染病重点实验室南方医科大学公共卫生与热带医学学院病原生物学实验室广州510515 南方医科大学基础医学院生物信息学实验室广州510515

弓形虫是一种细胞内寄生的单细胞原虫,可以感染几乎所有的温血动物,据估计全球约有1/3的人口感染弓形虫.在宿主免疫力正常的情况下,弓形虫感染可表现为无任何临床症状的隐性感染;当机体免疫功能下降或受抑制时,处于隐性感染状态的虫体...

弓形虫是一种细胞内寄生的单细胞原虫,可以感染几乎所有的温血动物,据估计全球约有1/3的人口感染弓形虫.在宿主免疫力正常的情况下,弓形虫感染可表现为无任何临床症状的隐性感染;当机体免疫功能下降或受抑制时,处于隐性感染状态的虫体就会活化,迅速增生繁殖,破坏宿主细胞而引起多器官、多脏器的损害,严重者可导致宿主死亡.因此,阐明弓形虫速殖子和缓殖子相互转化的转录学基础,对于弓形虫病的防治非常重要.

关键词：

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优劣环境交替性生物循环选育的理论与技术体系和应用

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科技导报 2003年第11期21卷 11-17,10页

作者：张德礼李衍达黄高升朱关福方福德清华大学信息科学技术学院自动化系智能技术与系统国家重点实验室清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室北京100084 第四军医大学基础部病理学教研室中国癌症研究基金会肿瘤学研究所西安710032 中国医学科学院基础医学研究所/中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京710032

不同环境条件下的交替选育作用[1-6]虽已有成功的应用,但在恶劣环境下筛选后再回归到同类优越环境下培育,并反复循环选育的优良生物品种,特别是选育强毒高免疫原性的超高增殖病毒株,经体内外环境交替培育获得高变异率肿瘤细胞系并实现... 详细信息

不同环境条件下的交替选育作用[1-6]虽已有成功的应用,但在恶劣环境下筛选后再回归到同类优越环境下培育,并反复循环选育的优良生物品种,特别是选育强毒高免疫原性的超高增殖病毒株,经体内外环境交替培育获得高变异率肿瘤细胞系并实现异类肿瘤在体实验转化的现象,尚未见报道.

关键词：病毒疫苗交替选育恶性横纹肌样瘤制备水貂细小病毒致癌安全性

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从病毒细胞遗传进化的生物循环选育到新基因识别与验证

从病毒细胞遗传进化的生物循环选育到新基因识别与验证

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2003年中国科协“生物信息学与进化计算”青年科学家论坛

作者：张德礼李衍达黄高升方福德季梁朱关福北京大学医学部公共卫生学院营养与食品卫生学系，北京大学人类疾病基因研究中心，北京，100083 清华大学信息科学与技术国家实验室生物信息学研究部，清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室，清清华大学信息科学与技术国家实验室生物信息学研究部，清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室，清华大学信息科学技术学院自动化系智能技术与系统国家重点实验室，北京，100084 第四军医大学基础部病理学教研室，西京医院病理科，中国癌症研究基金会肿瘤研究所，西安，710032 中国医学科学院基础医学研究所，中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室，北京，710032

初步建立了病毒细胞遗传进化的优劣环境交替性生物循环选育作用的理论与技术体系并得到实际应用。发现细小病毒超高增殖的交替选育规律又在不同实验体系基因与染色体水平分别得到验证，从而发现了病毒细胞遗传进化的优劣环境交替性生物... 详细信息

初步建立了病毒细胞遗传进化的优劣环境交替性生物循环选育作用的理论与技术体系并得到实际应用。发现细小病毒超高增殖的交替选育规律又在不同实验体系基因与染色体水平分别得到验证，从而发现了病毒细胞遗传进化的优劣环境交替性生物循环的选育规律，提出了相关选育机制与方法，初步建立了这种选育作用的理论与技术体系并得到实际应用，它正是联系高效水貂细小病毒疫苗研制、痘苗病毒重组质粒转染技术创新、细胞系致癌毒理学安全性评价、异类肿瘤在体实验转化现象确立与横纹肌样瘤起源之谜初步揭示的纽带与桥梁，具有广泛的科学指导和实用意义。实际应用：(1)安全高效的水貂肠炎病毒细胞培养灭活疫苗的首次研制成功和长期广泛应用;(2)在对痘苗病毒重组质粒转染技术的探索性研究中首次简化了基因转染技术;(3)恶性横纹肌样瘤(MRT)在模型动物体内的首次发现和成功复制，为阐明其起源之谜提供了机会。从染色体遗传变异角度初步阐明了MRT的发生、发展规律，从比较医学角度揭示了MRT的组织细胞起源;(4)解了传代细胞(CCL)致癌毒理实验的难题，揭示了遗传变异率与致癌(瘤)的关系。在基因识别新方法与功能基因分离方面取得重要进展。建立了从计算机软件分析、人工干预分析及与实验生物学相结合角度来发现人类新基因的方法，并证明它是加速基因克隆和鉴定的一条有效途径。电子克隆百余人类新基因(还用合作开发的软件计算机识别800个人类新基因候选对象)，部分基因编码序列已被实验证实和引用，其中几个新克隆基因已在动物实验中显示出明显的生物学功能活性。发现了美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因组注释项目公布的人类基因模式参考序列(REFSEQ)存在各种类型的多种/处错误，这一结果提示应慎重使用NCBI的REFSEQ数据库。

关键词：病毒细胞生物循环基因识别遗传进化

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优劣环境交替性生物循环选育作用的理论与技术体系的初步建立和实际应用

优劣环境交替性生物循环选育作用的理论与技术体系的初步建立和实...

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2003年中国博士后生命科学学术研讨会暨院士论坛

作者：张德礼李衍达黄高升朱关福方福德清华大学信息科学技术学院生物信息学教育部重点实验室北京100084 第四军医大学基础部中国癌症研究基金会肿瘤学研究所西安 710032 中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京 100005

在建立国内首家犬、猫、猴、鼠传代细胞种子库与工作库基础上,对研制生产犬五联和猫三联病毒活疫苗所用7种动物肾细胞系(F-81,CRFK,MDCK,Vero,Vero-2,MA-104,BHK-21)在700余只裸鼠进行了致癌(瘤)试验,并完成染色体变异率、克隆形成率、... 详细信息

在建立国内首家犬、猫、猴、鼠传代细胞种子库与工作库基础上,对研制生产犬五联和猫三联病毒活疫苗所用7种动物肾细胞系(F-81,CRFK,MDCK,Vero,Vero-2,MA-104,BHK-21)在700余只裸鼠进行了致癌(瘤)试验,并完成染色体变异率、克隆形成率、细胞凝集性与肿瘤形成相关性研究。试验结果证明,水貂肠炎病毒(MEV)S18和L12株为制苗用毒株,L12株为检验用强毒株。建立了MEV组织培养的方法及高效价无血清MEV抗原大批量生产和检验的新工艺。成功研制了安全有效的水貂病毒性肠炎(MVE)细胞培养灭活矿油苗和铝胶苗,并大批量常年生产应用,特制高效苗免疫产生期为3～5d,免疫期与保存期均在9个月以上,免疫保护率高达100％。制定了MEV疫苗制造及检验规程。实验证明F-81和CRFK猫肾细胞系为亚二倍体核型,不具有致癌性,可安全用于疫苗生产。该疫苗既可用于发生疫情时假定健康貂的紧急预防接种,又可接种隐性感染貂和发病水貂。同时,应用敏感细胞系与钝感细胞系交替培育的方法,大幅度提高MEV增殖滴度,获得最佳制苗毒株。筛选出高变异率上皮细胞系移植于裸鼠皮下,在体内环境下快速选育出更高突变率细胞系,进而发育成MRT,确立了异类肿瘤的在体实验转化现象。提出优劣环境交替性生物循环选育作用的理论与技术体系。

关键词：细小病毒疫苗交替选育生物循环

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互操作性本体:智能精准医学的基础

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中国医学伦理学 2021年第3期34卷 265-279页

作者：何勇群谢江安万灵杨啸林朱彦周伟李元放陆伟胜吴健民刘开永王海河刘清平余红 University of Michigan Medical School Ann ArborMI 48109 重庆邮电大学生物信息学院重庆400065 南京昂吉网智网络技术有限公司江苏南京211199 中国医学科学院基础医学研究所北京100005 中国中医科学院中医药信息研究所北京100700 国家人口健康科学数据中心北京100700 Faculty of Information Technology Monash UniversityClaytonVic 3800 北京大学肿瘤医院癌症生物信息学中心北京100142 安徽医科大学公共卫生学院安徽合肥230032 哈尔滨医科大学大庆分校黑龙江大庆163319 广州中医药大学广东广州510006 贵州大学医学院/贵州省人民医院/国家卫生健康委员会肺脏免疫性疾病诊治重点实验室贵州贵阳550002

近年来,互联网与物联网等技术的快速发展为探寻精准医学与人工智能之间的关联应用提供了战略机遇。然而,如何组织、集成和共享复杂异构的生物医学数据业已成为阻碍该领域发展的严重技术挑战。本体因其能够提供知识与元数据层面的语义基... 详细信息

近年来,互联网与物联网等技术的快速发展为探寻精准医学与人工智能之间的关联应用提供了战略机遇。然而,如何组织、集成和共享复杂异构的生物医学数据业已成为阻碍该领域发展的严重技术挑战。本体因其能够提供知识与元数据层面的语义基础而推动了生物医学人工智能的发展,而基于互操作性的本体对异构知识与数据的整合和分析发挥着关键性的作用。将人工智能与精准医疗的有机集合称之为智能精准医疗,并提出一个“河马假设”,用以阐明互操作性本体与智能精准医疗之间的正相关关系及如何发挥协同增效作用;同时,提出和展示了使用可扩展本体开发的原理和工具来实现本体的互操作性,进而支持智能精准医疗的应用与发展。此外,还对国内外互操作性本体的研究现状、本体中国的成立与发展以及医学伦理在智能精准医疗中的重要性等进行了综述和深入探讨。

关键词：本体互操作性本体生物医学大数据精准医学人工智能本体中国

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