检索结果-内蒙古大学图书馆

生物医学工程学杂志 2017年第1期34卷 129-133页

作者：陈燕花郑宝童林云轻朱慧敏郑智军关庆洲郭政严海丹福建医科大学基础医学院生物信息学系消化道恶性肿瘤教育部重点实验室福州350108

在应用基于转录组特征构建的支持向量机、贝叶斯分类器等传统分类器对组织样本进行分类时,要求对基因表达谱进行样本间的数据标准化处理,以去除实验批次效应带来的影响,因此限制了这些分类器在个体化水平上的应用。本文旨在构建鉴别肺... 详细信息

在应用基于转录组特征构建的支持向量机、贝叶斯分类器等传统分类器对组织样本进行分类时,要求对基因表达谱进行样本间的数据标准化处理,以去除实验批次效应带来的影响,因此限制了这些分类器在个体化水平上的应用。本文旨在构建鉴别肺癌组织与非癌(肺炎与肺正常)组织的个体化分类器。文中采用来自多组独立数据的197例肺癌与189例肺非癌组织样本作为训练集,筛选得到了3对基因作为特征,应用多数投票规则区分肺癌组织与肺非癌组织的平均准确率达到95.34%。然后,本文采用来自多组独立数据的251例肺癌组织与141例肺非癌组织样本的非标化数据进行独立验证,其平均准确率达到96.78%。因此,本文提出的该分类器可对由不同实验室检测的样本进行个体化判断提供一种新的思路,具有较强的临床实用性。

关键词：标志分类器肺癌数据标准化批次效应

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基于结直肠癌细胞系MIC50相关基因对的基础耐药评分模型构建

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遗传 2020年第6期42卷 577-585页

作者：陈湖星徐蕾李静郭政敖露福建医科大学基础医学院医学生物信息学福建省高校重点实验室消化道恶性肿瘤教育部重点实验室福州350122

癌细胞系模型已广泛用于药物敏感性测试及耐药标志筛选。然而研究者常忽视癌细胞系的基础耐药性,导致许多药效标志物难以应用于临床实践。为评估肿瘤细胞系的基础耐药性水平及其与临床药效的相关性,本研究以48种结直肠癌(colorectal can... 详细信息

癌细胞系模型已广泛用于药物敏感性测试及耐药标志筛选。然而研究者常忽视癌细胞系的基础耐药性,导致许多药效标志物难以应用于临床实践。为评估肿瘤细胞系的基础耐药性水平及其与临床药效的相关性,本研究以48种结直肠癌(colorectal cancer,CRC)细胞系为例,通过计算265种药物IC50值之间的相关性系数,以每种CRC细胞系对上述药物IC50的中值构建可反映基础耐药性水平的评估指标MIC50,并识别出表达值与MIC50显著正相关的基因。然后基于样本内基因表达值的相对大小秩序关系构建临床CRC组织样本的基础耐药评分模型。结果表明:在药物两两间IC50的相关系数中,有99%以上呈显著正相关(FDR<0.05),证明CRC细胞系存在基础耐药性特征;与MIC50显著相关602个基因,富集到4个与肿瘤耐药密切相关的功能模块。根据5368个MIC50相关基因对,筛选出一个由21个基因对组成的5-FU联合用药评分模型,卡方检验结果表明患者基础耐药性水平的高低与用药后的响应信息显著相关,生存分析显示低分组患者比高分组患者预后更好。本研究结果为CRC联合化疗耐药机制的研究及临床个体化用药提供了一定的理论依据。

关键词：癌细胞系基础耐药性水平 MIC50

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基于CpG位点的DNA甲基化水平的秩序关系识别结直肠癌的诊断标志

基于CpG位点的DNA甲基化水平的秩序关系识别结直肠癌的诊断标志

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2018年中国肿瘤标志物学术大会暨第十二届肿瘤标志物青年科学家论坛

作者：刘晖谢诗扬关庆洲谢佳静夏洁邓旭晟郭政严海丹福建医科大学基础医学院生物信息学系消化道恶性肿瘤教育部重点实验室

目的:当前,组织活检结合病理学诊断是结直肠癌诊断的重要手段。但是,由于活检组织取样量少或取样部位不准确都会造成假阴性结果。因此,需要识别一种稳健的定性标志来辅助结直肠癌的早期诊断。方法:我们从GEO和TCGA数据库收集结直肠癌与... 详细信息

目的:当前,组织活检结合病理学诊断是结直肠癌诊断的重要手段。但是,由于活检组织取样量少或取样部位不准确都会造成假阴性结果。因此,需要识别一种稳健的定性标志来辅助结直肠癌的早期诊断。方法:我们从GEO和TCGA数据库收集结直肠癌与非癌组织样本的DNA甲基化谱,应用CpG位点的DNA甲基化水平的相对高低秩序关系来识别在结直肠正常和炎症组织样本中高度稳定而在结直肠癌和癌旁样本中显著逆转的CpG位点对,并优选一些逆转程度大的CpG位点对作为结直肠癌诊断的定性标志。结果:基于样本内CpG位点DNA甲基化水平的相对高低秩序关系,我们在训练集中筛选出了11对CpG位点对组成的结直肠癌的早期诊断标志。应用这11对CpG位点对,通过多数投票规则对样本进行分类,发现所有227例结直肠癌样本和86.16%的159例结直肠癌癌旁样本准确地分类为癌,而94.44%的18例结直肠炎症样本和100%的15例结直肠正常样本准确地分类为非癌样本。该结果表明即使对于取样不准确的癌旁组织样本,我们的诊断标志也可准确分类。结论:本文识别的结直肠癌早期诊断标志能够准确的运用于结直肠癌的个体化诊断中,具有较强的临床可行性。

关键词：结直肠癌早期诊断标志甲基化

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Ⅰ-Ⅱ期肺腺癌癌微转移预测及铂类耐药预测双联标志

Ⅰ-Ⅱ期肺腺癌癌微转移预测及铂类耐药预测双联标志

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2017年中国肿瘤标志物学术大会暨第十一届肿瘤标志物青年科学家论坛

作者：戚丽霜李天浩石根根李昕王佳圣李颖郭政哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院福建医科大学基础医学院生物信息学系与消化道恶性肿瘤教育部重点实验室

目的:针对基因表达检测值变异高、存在批次效应并难以标准化等问题,本研究利用肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)样本内基因表达相对大小关系(秩次关系),识别个体化多级预后预测标志,可先预测I-II期LUAD患者是否存在微转移风险(即术后... 详细信息

目的:针对基因表达检测值变异高、存在批次效应并难以标准化等问题,本研究利用肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)样本内基因表达相对大小关系(秩次关系),识别个体化多级预后预测标志,可先预测I-II期LUAD患者是否存在微转移风险(即术后复发风险),再预测存在微转移风险的患者是否对铂类耐药。方法:利用单纯接受手术切除治疗的I-II期LUAD样本,识别一组基因对,根据其在样本内基因表达的大小关系可预测术后复发风险与生存预后(1级标志)。然后,在术后接受铂类辅助化疗的I-II期LUAD样本中,先利用1级预后标志识别术后复发高风险患者的样本;再利用这些可能存在微转移的样本,识别一组铂类耐药预测基因对标志(2级标志)。结果:识别出一组包含9对基因的预测术后复发及死亡风险的1级预后标志(9-GPS)(图1A),其预后能力在两套芯片平台检测的样本及一套RNA-sequencing平台检测的样本中得到了验证(图1B)。然后,在接受了术后铂类联合辅助化疗的LUAD数据中,利用1级预后标志识别术后复发高风险患者的样本,并利用这些可能存在微转移的样本识别出一组包含三个基因对的铂类耐药预测标志(3-GPS,分类规则同9-GPS)。在一套独立的整合验证数据集中,该标志能够有效预测接受铂类化疗治疗患者是否能够受益于铂类化疗(图1C)。最后,将9-GPS及3-GPS耦联应用于TCGA多维组学数据中,发现九个拷贝数区域的扩增或缺失频率均在对铂类敏感组中显著高(Fisher检验,FDR<0.05),提示敏感患者的基因组更倾向不稳定。结论:该基于基因表达秩次关系的双联标志不受实验批次影响,能够个体化预测I-II期LUAD患者术后复发风险(微转移)及对铂类辅助化疗的敏感性。图1.肺腺癌复发风险及铂类药效预测标志。A. 9-GPS的风险分类规则。当一个样本(黄色示例)内9对基因中,超过5个基因对的秩次关系投票其为高风险,则该样本(n=7)被预测为高风险,反之为低风险。B. 9-GPS在两套芯片平台及一套RNA-sequencing平台检测数据中预测复发风险及整体生存时间的能力。C. 3-GPS在一套验证整合数据集中预测样本能否受益于铂类化疗的能力。

关键词：铂类耐药复发风险术后复发微转移肺腺癌

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基于转录组定性特征鉴别乳腺癌患者雌激素受体亚型

基于转录组定性特征鉴别乳腺癌患者雌激素受体亚型

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2018年中国肿瘤标志物学术大会暨第十二届肿瘤标志物青年科学家论坛

作者：张硕波蔡浩郭文冰李娜刘光豪陈燕花郭政哈尔滨医科大学福建医科大学基础医学院生物信息学系消化道恶性肿瘤教育部重点实验室赣南医学院第一附属医院

目的乳腺癌患者雌激素受体(Estrogen Receptor,ER)亚型的准确鉴别对于其临床治疗方案的制定具有重要的指导意义。目前临床上对乳腺癌患者ER亚型的主要检测手段是免疫组化技术,其存在因固定手法,参照物的设置以及医生主观判断等多方面因... 详细信息

目的乳腺癌患者雌激素受体(Estrogen Receptor,ER)亚型的准确鉴别对于其临床治疗方案的制定具有重要的指导意义。目前临床上对乳腺癌患者ER亚型的主要检测手段是免疫组化技术,其存在因固定手法,参照物的设置以及医生主观判断等多方面因素影响产生的假阳性和假阴性现象。本研究旨在基于转录组定性特征,即在组织样本内基因表达相对大小的秩次关系,构建一组能准确鉴别患者ER亚型的分子标志。方法在四组乳腺癌患者的基因表达数据中,分别识别ER阳性和阴性样本间的差异表达基因,及由这些差异表达基因构成的分别在ER阳性和ER阴性样本中秩次关系显著稳定,但在两类样本间秩次关系相反的基因对,从四组数据交叠的基因对中构建ER亚型鉴别标志。最后,通过评价重分类的ER阳性或ER阴性患者是否能获益于相应的他莫昔芬治疗或新辅助化疗,验证此标志的有效性。结果我们构建出由11对基因组成的分子标志,该分子标志基于半数投票规则鉴别乳腺癌患者ER亚型。在一组包含194例术后接受他莫昔芬治疗的由免疫组化判定的ER阳性乳腺癌患者的RNA测序数据中,该分子标志识别出17例ER阴性患者和177例ER阳性患者,前者的五年总体生存率显著低于后者(Log rank p=0.0502,HR=0.21 (95%CI, 0.04-1.17))。在两组分别包含由免疫组化判定的164例和934例ER阳性术后接受他莫昔芬治疗的乳腺癌患者的芯片基因表达数据中,此分子标志分别识别出8例ER阴性患者和63例ER阴性患者。在每组数据中,标志识别出的ER阴性患者的五年无复发生存率都显著低于被此分子标志确认的ER阳性患者(Log rank p=0.0960, HR=0.31 (95%CI, 0.07-1.33);Log rank p=0.0140, HR=0.54 (95%CI, 0.33-0.89))。而在另外一组接受紫杉类药物新辅助化疗的乳腺癌患者的芯片表达数据中,该标志从391例免疫组化判定的ER阴性患者中识别出45例ER阳性患者,从547例免疫组化判定的ER阳性患者识别出73例ER阴性患者,ER阳性患者相比于ER阴性患者,有显著低的病理完全反应比率(Fisher精确检验p=0.0044, p=0.0429)。结论我们构建的这组由11对基因组成的分子标志在多组独立数据集中得到了验证,能够客观判定乳腺癌患者ER状态,减少临床上免疫组化检测的错误评定。

关键词：乳腺癌患者基因表达数据免疫组化雌激素受体亚型

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