检索结果-内蒙古大学图书馆

基因组学与应用生物学 2025年第1期44卷 1-10页

作者：张以星王争光谭月吴婷婷齐浥颖王宇浩黄育敏张积森唐海宝福建农林大学未来技术学院海峡联合研究院福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福州350002 福建农林大学农学院海峡联合研究院福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福州350002 广西大学农学院亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室南宁530004

随着高通量测序技术的快速发展,越来越多物种的基因组组装、注释,以及比较基因组学研究得到开展。尽管已有各类工具可以分别处理这些步骤,但用户对能够整合这些不同工具的解决方案的需求日益增加。在此,本文介绍了JCVI库,这是一个功能... 详细信息

随着高通量测序技术的快速发展,越来越多物种的基因组组装、注释,以及比较基因组学研究得到开展。尽管已有各类工具可以分别处理这些步骤,但用户对能够整合这些不同工具的解决方案的需求日益增加。在此,本文介绍了JCVI库,这是一个功能多样的基于Python的库,其模块化设计能够处理格式解析、图形生成、基因组挂载和植物表型提取等多种任务。该库以BSD-2-Clause许可证发布,用户可在https://***/tanghaibao/jcvi免费获取。JCVI提供了简洁统一的解决方案,简化了这些任务,使研究人员能够流畅地开展全面的基因组分析。

关键词：共线性分析表型提取基因组质量控制基因组挂载

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宽叶十万错叶绿体基因组比较分析和系统进化关系研究

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中草药 2025年第5期56卷 1731-1746页

作者：赵艳林陈渊沈晓婷安昌王振华黄泽豪黄鸣清林彦翔郑燕芳福建中医药大学药学院福建福州350122 福建农林大学生命科学学院福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福建福州350002 宁德师范学院生物科学与工程学院福建省特色药用植物工程技术研究中心福建宁德352100

目的以药用植物宽叶十万错Asystasia gangetica为研究对象,解析其叶绿体基因组结构特征,探究宽叶十万错在爵床族中的系统发育关系;方法利用Illumina NovaSeq 6000测序平台对宽叶十万错叶绿体基因组进行测序,对其进行组装、注释和特征序... 详细信息

目的以药用植物宽叶十万错Asystasia gangetica为研究对象,解析其叶绿体基因组结构特征,探究宽叶十万错在爵床族中的系统发育关系;方法利用Illumina NovaSeq 6000测序平台对宽叶十万错叶绿体基因组进行测序,对其进行组装、注释和特征序列分析,并基于34种爵床族物种构建系统发育树。结果宽叶十万错叶绿体基因组为典型的四分体结构,总序列长度为150307 bp,包括一个大单拷贝区(LSC,82332 bp),一个小单拷贝区(SSC,17425 bp)和一对反向重复区(IRs,25275 bp);宽叶十万错叶绿体基因组共注释到光合作用基因、自我复制基因、其他基因和未知功能基因4类共133个基因,包括88个蛋白编码基因,37个tRNA基因和8个rRNA基因;宽叶十万错叶绿体基因组共检测到34个SSR位点,SSR类型以A/T为主,通过REPuter软件共检测到33个长重复序列;IR区边界分析表明,宽叶十万错比其他属物种保守,边界区域变异小;基于8个属8个物种全叶绿体基因组比较分析可知,基因间隔区atpH-atpI、petN-trnD-GUC、rps4-trnT-UGU、trnF-GAA-ndhJ等的变异大于编码区;宽叶十万错密码子偏好性分析表明,甘氨酸是宽叶十万错使用频次最高的氨基酸,以A或U结尾的密码子是宽叶十万错叶绿体基因组的偏好性密码子;ENC、PR2和中性绘图分析表明,自然选择是影响宽叶十万错密码子偏好性的主要原因;选择压力分析表明,有9个基因受到正选择,对宽叶十万错及其近缘属物种适应性进化具有重要作用;系统发育分析表明,宽叶十万错所在的十万错属和钩粉草属形成姊妹类群,亲缘关系最近,并具有较高的支持率,共同归为彩叶木亚族。结论对宽叶十万错叶绿体基因组结构进行了解析,并探讨了爵床族物种系统发育关系,丰富了爵床族药用植物遗传资源,为爵床族的物种分类提供了参考。

关键词：宽叶十万错叶绿体基因组密码子偏好性选择压力序列变异系统发育

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拟南芥HECTE3s家族基因表达模式和功能的初步研究

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西北植物学报 2017年第11期37卷 2112-2119页

作者：兰蔚邱士优任育军缪颖分子细胞与系统生物学中心福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福建农林大学生命科学学院福州350002

利用GUS组织化学染色法,研究由拟南芥泛素蛋白连接酶HECT家族基因(UPLs)启动子起始的β-葡萄糖苷酸酶报告基因(GUS)的表达模式。结果表明:UPLs家族中6个成员的启动子在拟南芥植株的不同组织和不同时期均有所表达,且在莲座叶发育的早期... 详细信息

利用GUS组织化学染色法,研究由拟南芥泛素蛋白连接酶HECT家族基因(UPLs)启动子起始的β-葡萄糖苷酸酶报告基因(GUS)的表达模式。结果表明:UPLs家族中6个成员的启动子在拟南芥植株的不同组织和不同时期均有所表达,且在莲座叶发育的早期和衰老期表现出较高活性。进一步观察upl3和upl4突变体发现,upl3和upl4突变体除了upl3有较明显的叶型变化,两者均表现为延迟衰老现象;且突变体中衰老相关基因的表达水平不同于野生型。研究推测UPL3和UPL4可能参与了叶片生长发育过程的调控,同时还参与调控植株衰老进程。

关键词：拟南芥 HECT泛素蛋白连接酶家族 GUS染色表达模式

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番木瓜果糖-2,6-二磷酸酶CpF2KP基因克隆和蛋白表达纯化

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生物工程学报 2023年第2期39卷 614-624页

作者：左丽萍曾秋霞赵晓兵杨丽媛徐良伟赖娟岳晶晶福建农林大学基因组与生物技术研究中心、福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福建福州350002 福建农林大学园艺学院福建福州350002

番木瓜是岭南四大名果之一,在我国东南部地区广泛种植,因其具有食用和药用双重价值,因此深受人们的青睐。果糖-6-磷酸,2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酯酶(fructose-6-phosphate,2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase,F2KP)是一个独特的双功能... 详细信息

番木瓜是岭南四大名果之一,在我国东南部地区广泛种植,因其具有食用和药用双重价值,因此深受人们的青睐。果糖-6-磷酸,2-激酶/果糖-2,6-二磷酸酯酶(fructose-6-phosphate,2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase,F2KP)是一个独特的双功能酶,具有激酶功能域和酯酶功能域,能催化生物体内糖代谢的重要调节物果糖-2,6-二磷酸(Fru-2,6-P_(2))的合成和降解。为了研究番木瓜中编码该酶的基因CpF2KP的功能,得到目的蛋白尤为重要。本研究从番木瓜基因组中提取到CpF2KP基因的编码序列(coding sequence,CDS)序列,该基因CDS全长2274 bp。将该基因CDS全长扩增之后选用pGEX-4T-1载体进行原核表达。对载体pGEX-4T-1用EcoRⅠ和BamHⅠ进行双酶切,利用基因重组的方式将扩增序列构建到原核表达载体上。经过诱导条件探索,SDS-PAGE结果显示GST-CpF2KP重组蛋白的大小约为110 kDa,诱导CpF2KP蛋白表达的最适条件为:异丙基β-D-硫代半乳糖苷(isopropyl beta-D-thiogalactopyranoside,IPTG)浓度为0.5 mmol/L,温度28℃。对诱导后的CpF2KP蛋白进行纯化,得到了纯化的单一目的蛋白。此外,检测了该基因的组织表达特性发现该基因在种子中表达量最高,在果肉中表达量最低。该研究为进一步深入揭示番木瓜CpF2KP蛋白的功能及研究该基因参与的生物学过程提供了重要基础。

关键词：番木瓜 CpF2KP 原核表达蛋白纯化

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番木瓜胚性愈伤组织高效诱导与植株再生

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分子植物育种 2022年第8期20卷 2713-2724页

作者：赵晓兵曾秋霞杨丽媛方寒梅左丽萍吴永旺岳晶晶福建农林大学基因组与生物技术研究中心福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福州350002

番木瓜(Carica papaya L.)具有巨大的医用和生产价值,开展番木瓜胚性愈伤组织高效诱导与植株再生对其产业发展具有重要意义。本研究以海南主栽番木瓜品种‘中白’下胚轴为外植体,探讨不同激素以及添加物的组合对‘中白’胚性愈伤组织的... 详细信息

番木瓜(Carica papaya L.)具有巨大的医用和生产价值,开展番木瓜胚性愈伤组织高效诱导与植株再生对其产业发展具有重要意义。本研究以海南主栽番木瓜品种‘中白’下胚轴为外植体,探讨不同激素以及添加物的组合对‘中白’胚性愈伤组织的诱导以及植株再生的影响。结果表明:番木瓜愈伤诱导阶段最适培养基为K5:1/2MS+5 mg/L 2,4-D+0.5 mg/L KT+3%蔗糖+3.6 g/L植物凝胶。番木瓜胚性愈伤诱导最适培养基为M13:1/2MS+5 mg/L 2,4-D+0.6 mg/L脯氨酸+25 mg/L Vitamin+3%蔗糖+3.6 g/L植物凝胶。番木瓜芽分化最适培养基为Ci:1/2MS+0.2 mg/L 6-BA+0.2 mg/L NAA+3%蔗糖+3.6 g/L植物凝胶。番木瓜‘中白’组培苗生根最佳方法为100 mg/L生根粉处理后直接种植在营养土中生根。本研究获得的番木瓜“两步法”胚性愈伤诱导体系使胚性愈伤生长周期显著缩短,并且该体系在木瓜不同品种中应用具有一定的广谱性,为进一步提高番木瓜的遗传转化效率提供了参考依据。

关键词：番木瓜下胚轴愈伤组织再生

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半制备型液相色谱法分离纯化茶叶鲜叶中7种儿茶素类化合物

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色谱 2017年第11期35卷 1192-1197页

作者：龚智宏陈思高江涛李梅红汪厦霞林军俞晓敏福建农林大学海峡联合研究院园艺植物生物学及代谢组学研究中心福建福州350002 福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福建福州350002 福建农林大学园艺学院福建福州350002 福建农林大学生命科学学院福建福州350002

建立了从茶叶鲜叶中分离纯化7种儿茶素类化合物(没食子儿茶素(GC)、表没食子儿茶素(EGC)、儿茶素(C)、表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)、表儿茶素(EC)、表没食子儿茶素3-O-(3-O-甲基)没食子酸酯(EGCG3"Me)和表儿茶素没食子酸酯(EC... 详细信息

建立了从茶叶鲜叶中分离纯化7种儿茶素类化合物(没食子儿茶素(GC)、表没食子儿茶素(EGC)、儿茶素(C)、表没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)、表儿茶素(EC)、表没食子儿茶素3-O-(3-O-甲基)没食子酸酯(EGCG3"Me)和表儿茶素没食子酸酯(ECG))的半制备色谱法。铁观音鲜叶经甲醇超声浸提、浓缩、氯仿萃取后,向水相中加入碱式醋酸铅沉淀,得到茶多酚粗品。分别以甲醇-水、乙腈-水作为流动相,采用半制备色谱法纯化7种儿茶素类化合物,纯度均达到90%。此外,利用同样的方法分离纯化另外两种茶叶鲜叶中的7种儿茶素类化合物,得到相似的结果。该方法以溶剂提取、离子沉淀结合半制备色谱,适于简单、高效地同时分离制备多种儿茶素类化合物。

关键词：半制备色谱离子沉淀分离纯化儿茶素类化合物茶叶

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染色质可及性与植物基因表达调控

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植物学报 2021年第6期56卷 664-675页

作者：李占杰秦源福建农林大学农学院作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福州350002 福建农林大学生命科学学院福州350002

真核生物基因组上的核小体呈现不均匀分布,转录活跃区域的染色质结构相对松散且易被调节蛋白结合,这些区域的可接近程度称为染色质可及性。随着测序技术的发展,DNase-seq、ATAC-seq、MNase-seq和NOMe-seq等组学技术的应用,全基因组范围... 详细信息

真核生物基因组上的核小体呈现不均匀分布,转录活跃区域的染色质结构相对松散且易被调节蛋白结合,这些区域的可接近程度称为染色质可及性。随着测序技术的发展,DNase-seq、ATAC-seq、MNase-seq和NOMe-seq等组学技术的应用,全基因组范围内染色质可及性检测变得简便且高效。该文主要介绍了真核生物染色质可及性的4种基本检测方法的技术原理,总结了核小体定位、组蛋白修饰以及转录因子结合与染色质可及性的关系,并综述了染色质可及性参与植物生长发育和环境响应研究进展,以期为植物领域全基因组水平染色质可及性研究、顺式调控元件挖掘及发育和环境响应过程中基因表达调控网络的解析提供借鉴。

关键词：染色质可及性组蛋白修饰 DNase-seq ATAC-seq 调控元件

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福建省维管植物名录

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生物多样性 2023年第6期31卷 15-23页

作者：安昌庄怡雪郑平林彦翔杨成梓秦源福建农林大学生命科学学院福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福州350002 广西大学农学院南宁530004 福建中医药大学药学院福州350122

经几代人前赴后继的野外科考和孳孳不息的伏案整理,福建植物多样性调查及保护工作历久弥新。为全面更新和了解福建省维管植物资源的现状,近年来已开展的福建省维管植物多样性相关调查与科考工作成果亟需进一步梳理和呈现。本文在《福建... 详细信息

经几代人前赴后继的野外科考和孳孳不息的伏案整理,福建植物多样性调查及保护工作历久弥新。为全面更新和了解福建省维管植物资源的现状,近年来已开展的福建省维管植物多样性相关调查与科考工作成果亟需进一步梳理和呈现。本文在《福建植物志》(1982–1995年)的基础上,通过收集文献、考证标本、查阅相关志书及数据库,并结合笔者及众多一线调查工作者的野外调查结果,依照维管植物最新的分类系统(APG IV系统、杨氏系统、PPG I系统)整理出福建省维管植物名录,包含科属信息、中文名、拉丁名、物种的省内分布及数据来源等信息。结果显示,福建省野生、归化及栽培维管植物共计256科1,807属5,587种(其中野生植物231科1,402属4,550种),其中石松类和蕨类植物32科102属414种,裸子植物10科38属76种,被子植物214科1,667属5,097种,较《福建植物志》记载数据新增8科216属1,107种。从数据分析可知,石松类和蕨类植物物种数排列前5位的科为鳞毛蕨科(67种)、水龙骨科(51种)、凤尾蕨科(51种)、金星蕨科(42种)和蹄盖蕨科(38种);裸子植物中物种数最多的科和属分别为柏科(15属25种)和松属(Pinus,14种);被子植物物种数量排列前10位的科分别为禾本科(452种)、豆科(305种)、菊科(279种)、兰科(244种)、莎草科(225种)、蔷薇科(198种)、唇形科(188种)、茜草科(126种)、锦葵科(85种)和樟科(80种),总计2,180个物种,占福建省维管植物物种总数的39.0%;物种数排列前5位的属分别为薹草属(Carex,94种)、悬钩子属(Rubus,58种)、冬青属(Ilex,54种)、刚竹属(Phyllostachys,38种)和蓼属(Persicaria,36种)。本研究旨在后植物志时代对福建省维管植物的物种名录进行修订和更新,进一步完善物种分布概况和标本信息,以期为福建省植物多样性调查、评估及保护,植物学相关学科的发展以及《福建植物志》的再版等提供基础资料。

关键词：福建省维管植物名录新种新分布

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植物雌配子体发育的分子调控

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生命科学 2017年第3期29卷 310-318页

作者：王路路秦源福建农林大学生命科学学院基因组与生物技术研究中心福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福州350002

植物雌配子体发育是一个复杂而有序的生物学过程,这个过程包括大孢子发生和雌配子体发生两个连续的阶段,涉及许多重要的生物学事件和复杂的调控过程。近年来,分子生物学研究迅速发展,植物雌配子体发育研究取得了重要进展。现主要对近年... 详细信息

植物雌配子体发育是一个复杂而有序的生物学过程,这个过程包括大孢子发生和雌配子体发生两个连续的阶段,涉及许多重要的生物学事件和复杂的调控过程。近年来,分子生物学研究迅速发展,植物雌配子体发育研究取得了重要进展。现主要对近年来雌配子体发育中关键调控事件的研究进展进行归纳和总结。

关键词：雌配子体发育大孢子发生雌配子体发生表观遗传调控植物激素

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植物生长和胁迫响应的脂质组学解析:脂质调控综览

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基因组学与应用生物学 2024年第5期43卷 738-754页

作者：沈梦千安昌秦源郑平福建农林大学生命科学学院海峡联合研究院福建省海峡植物应用系统生物学重点实验室福州350002 广西大学农学院南宁530004

脂质组学是一种新的代谢组学技术。脂质作为生命体中重要的化合物,在调节植物应答各种非生物和生物胁迫中有着重要作用。脂质代谢参与各种生殖发育进程,如胚芽和胚珠发育、愈伤组织诱导、开花等,并且在各种植物的不同组织中都存在,无论... 详细信息

脂质组学是一种新的代谢组学技术。脂质作为生命体中重要的化合物,在调节植物应答各种非生物和生物胁迫中有着重要作用。脂质代谢参与各种生殖发育进程,如胚芽和胚珠发育、愈伤组织诱导、开花等,并且在各种植物的不同组织中都存在,无论是花粉还是种皮、胚珠。长期以来,脂质代谢都是解析植物生长发育分子机制的重要研究内容。本综述介绍了脂质组学贯穿于植物的研究领域,重点归纳和总结了植株在响应各种胁迫下脂质重塑,以及植物所可能受到的形态和生理功能的影响。

关键词：脂质组代谢组学胁迫响应植物

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